토지 관련 용역비의 부가가치세 매입세액 공제 가능성 판단

요지

사업 관련 토지를 매입한 후 관광휴양지 등을 건설하기 위하여 도시기본계획, 각종 영향평가 수행과 관련한 쟁점용역계약의 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세는 사업시행자 지정 및 실시계획 승인과 개발행위 허가를 득함으로써 형질변경과 같은 효과를 얻게 되어 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 해당하는 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2014. 6. 2. 원고에 대하여 한 2012년 1기분 부가가치세 및 가산세 49,537,820원의 부과처분 중 30,085,820원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 5분하여 그 4는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 6. 2. 원고에 대하여 한 2012년 1기분 부가가치세 및 가산세 49,537,820원, 2012년 2기분 부가가치세 및 가산세 29,372,580원, 2013년 2기분 부가가치세 및 가산세 8,998,860원의 각 과세처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 구 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률(2014. 6. 3. 법률 제12737호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 지역균형개발법’이라 한다) 제9조 등에 따른 개발촉진지구인 00시 00동 산0 일원의 토지에서 탄광지역 개발촉진지구 개발사업으로 추진하는 CC DD파크 개발사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자로 지정받기 위하여 2008. 6. 16. 주식회사 EEEEE(이하 ⁠‘소외 회사’라 한다)와 사이에 ⁠‘00시 00동 관광지 조성계획을 위한 민간사업자 지정’에 관한 용역계약(이하 ⁠‘이 사건 ① 용역계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 지구개발사업의 사업자로 지정받은 후 2012. 2. 22. 이 사건 사업의 실시계획을 인가받기 위하여 ⁠‘실시설계 및 실시계획 수립, 지구단위계획 및 인허가’에 관한 조사설계 용역계약(이하 ⁠‘이 사건 ② 용역계약’이라 한다)을 체결하였다.

  나. 원고는 소외 회사로부터 각 용역을 제공받고 아래와 같이 발급받은 세금계산서의 각 공급가액(이하 순번에 따라 ⁠‘이 사건 ① ~ ⑥ 용역대금‘이라 한다)에 관하여 그 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 피고에게 2012년도 1, 2기분, 2013년도 2기분 부가가치세 신고를 하였다.

  다. 피고는 2014. 6. 2. 원고에 대하여 이 사건 각 용역대금에 관한 매입세액은 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제6호 후단, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제7항이 규정하고 있는 ⁠‘토지 관련 매입세액’으로서 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액을 산정할 때 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다는 이유로 이를 각 해당 과세기간의 매출세액에서 공제하지 아니하고 계산한 결과에 따라 부가가치세 및 가산세를 2012년 1기분 49,537,820원(가산세 12,607,824원 포함, 10원 미만 버림)으로, 2012년 2기분 29,372,580원(가산세 5,972,580원 포함)으로, 2013년 2기분 8,998,860원(가산세 1,198,860원 포함)으로 각 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

  라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 8. 12. 조세심판원에 심판 청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 2. 2. 원고의 심판청구를 기각하는 재결을 하였다.

【인정근거】

갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제2, 3호증, 갑 제4호증의 1 내지 5, 7, 갑 제7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고 주장의 요지

   이 사건 사업은 놀이시설 운영, 호텔운영, 부동산 분양 등을 목적으로 하는 부가가치세 과세사업이다. 이 사건 각 용역계약은 그 사업의 기본설계에 관한 것이고, 이 사건 각 용역대금은 원고가 이 사건 사업에 관하여 실시계획을 인가받은 후 이를 시행함으로써 얻게 될 영업권의 가치를 형성하는 비용에 해당할 뿐, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것과 무관하다. 이 사건 각 용역계약에 따른 서류 등을 근거로 이 사건 사업에 관한 실시계획이 인가된 이후 오히려 관련 토지의 개별공시지가가 하락한 것은 이를 뒷받침한다. 따라서 이 사건 각 용역대금은 모두 구 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 ⁠‘자기의 사업을 위하여 사용된 용역의 공급에 대한 세액’으로서 매출세액에서 공제하여야 할 매입세액에 해당할 뿐, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 후단, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제7항이 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있는 ⁠‘토지 관련 매입세액’에는 해당하지 아니함에도, 피고가 이와 달리 판단하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 관계법령

   별지 관계법령 기재와 같다.

  다. 판단

   (1) 토지 관련 매입세액의 불공제

    (가) 구 부가가치세법은 제17조 제1항에서 부가가치세 납부세액에 관하여 ⁠‘자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액’(매출세액)에서 ⁠‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 등’(매입세액)을 공제하여 산정한다고 규정하는 한편, 제2항 각 호에서 ⁠‘매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액’을 규정하면서 그 하나로 제7호 후단에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액’을 들고 있다. 그 위임에 따라 구 부가가치세법 시행령 제60조 제7항은 위 토지 관련 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다고 규정하면서, 제1호에서 ⁠‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’을, 제2호에서 ⁠‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’을, 제3호에서 ⁠‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 규정하고 있다.

    (나) 부가가치세 납부세액에 관한 이와 같은 규정의 형식 및 내용과 체계에 비

추어 보면, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 후단, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제7항 소정의 토지 관련 매입세액에 해당하면, 그것이 ⁠‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 등’(매입세액)에 해당하더라도 그 사업자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아야 한다. 따라서 부가가치세 과세사업을 위한 비용의 지출이더라도 그것이 토지 관련 매입세액 등 불공제 대상 매입세액에 해당한다면 부가가치세 세액을 산정할 때 매출세액에서 이를 공제하여서는 안 된다.

    (다) 한편, 토지 관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는 점(대법원 1999. 11. 12. 선고 98두15290 판결, 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 등 참조), 토지의 가치는 토질, 형상, 경사도, 접근조건 등에 따른 토지의 물리적 이용 가능성뿐만 아니라 토지의 보존 또는 용도 등에 관한 법적 규제의 내용에 따라 달라지는 점, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제7항이 토지관련 매입세액으로서 ⁠‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호) 외에 이보다 포괄적으로 ⁠‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 토지 관련 매입세액에는 토지의 형질변경 등 토지의 물리적 이용 가능성을 높여 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 비용에 관련된 매입세액뿐만 아니라, 토지에 관한 법적 규제의 내용을 변경시켜 토지의 법적 이용 가능성을 높임으로써 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 비용에 관련된 매입세액도 포함된다고 봄이 타당하다. 후자의 매입세액에 해당하는지 여부는 토지에 관한 법적 규제의 내용, 비용 지출의 목적이나 경위, 비용의 정도 등을 종합적으로 고려하여 토지에 관한 법적 규제의 내용을 변경시키는 데 지출한 비용으로서 상당성이 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.

   (2) 이 사건의 경우

    (가) 사실인정

     1) 이 사건 사업의 부지는 00시 00동 산0 등 41필지 441,082㎡(이하 ⁠‘이 사건 사업부지’라 한다)이고, 원고 및 원고의 대표자가 그 중 31필지 413,055㎡(전체 사업부지의 93.6%)를 소유하고 있다. 원고 등이 소유한 31필지는 대부분 지목이 잡종지, 임야, 전으로 구성되어 있고 4필지 1,534㎡(전체 사업부지의 0.35%이고 원고 등 소유 토지의 0.37%이다)만이 대지이다. 그 일대는 대부분 국토의 계획 및 이용에 관한 법(이하 ⁠‘국토계획법’이라 한다)상 용도지역이 보전관리지역이거나 농림지역에 해당한다.

     2) 이 사건 사업은 구 지역균형개발법 제9조 등에 따라 지정된 개발촉진지구에서 시행되는 지역개발사업(이하 ⁠‘지구개발사업’이라 한다)으로서 그 구체적인 내용은 이 사건 사업부지에 휴양시설, 초화원, 야생화단지, 썰매장 등을 조성하는 것이다. 원고는 이 사건 지구개발사업을 제안하여 이 사건 사업부지가 개발촉진지구로 지정되도록 하였다.

     3) 이 사건 ① 용역계약은 원고가 민간사업자로서 구 지역균형개발법 제16조 제1항에 따라 지구개발사업의 시행자로 지정받기 위하여 관할 관청에 제출할 도서나 서류의 준비 등에 관한 것으로서, 소외 회사가 원고에게 ⁠‘탄광지역의 개발촉진지구 개발계획안, 사업시행자 지정신청서 등 서류 작성, 사전환경성 및 경관성 검토, 진입로 검토 등의 용역’을 제공하고, 원고는 이에 대한 대가로 2억 3,000만원(부가가치세 별도)을 지급하는 것을 내용으로 하고 있다.

     4) 00시장은 2012. 2. 10. 00시 고시 제2012-11호로 원고를 이 사건 지구 개발사업의 시행자로 지정․고시하였다.

     5) 그 후 체결한 이 사건 ② 용역계약은 이 사건 지구개발사업의 실시계획을 승인 받기 위하여 관할 관청에 제출할 서류의 준비 등에 관한 것으로서, 소외 회사가 원고에게 ⁠‘이 사건 지구개발사업에 관한 실시설계 및 실시계획의 수립과 지구단위계획 및 각종 인허가에 필요한 기술적인 용역’을 제공하고, 원고는 이에 대한 대가로 7억 8,000만원(부가가치세 별도)을 지급하는 것을 내용으로 하는데, 소외 회사가 원고에게 제공하는 용역의 주요 내용은 다음과 같다.

     - 지형현황측량 : 사업구역면적의 120% 측량

     - 환경영향평가 : 환경영향평가법에 따라 시행

     - 자연경관영향심의 : 자연환경보전법에 따라 시행

     - 교통영향분석 개선대책 : 도시교통정비촉진법에 따라 시행

     - 사전재해영향성검토 : 자연재해대책법에 따라 시행, 개발사업

     - 문화재지표조사 : 문화재보호법에 따라 시행, 문화재시굴조사는 제외

     - 토목 기본 및 실시설계

     - 조경계획 및 설계 : 건축시설의 조경설계는 제외

     - 가로등 및 전기설계

     - 지구단위계획 : 국토계획법에 따라 시행, 용도지역변경 포함

     - 건축기획설계 : 토목설계와 실시계획승인신청도서에 필요한 자료제공에 한함. 건축설계는 제외

     - 인허가 도서작성

     6) 00시장은 2013. 4. 26. 원고가 제출한 이 사건 지구개발사업에 관한 실시계획을 승인하고 00시 제2013-31호로 이를 고시하였다.

     7) 위와 같이 실시계획이 승인됨에 따라 이 사건 사업부지 전부는 구 지역균형개발법 제18조 제1항에 의하여 국토계획법 제30조에 따른 도시․군관리계획이 보전 관리지역이거나 농림지역에서 계획관리지역으로 변경되는 것으로, 이 사건 사업부지 내 공사유림 151,296㎡가 산지관리법 제14조에 따른 산지전용허가를 받은 것으로, 이 사건 사업부지 내 농지 28,444㎡가 농지법 제34조에 따른 농지전용의 허가 또는 협의를 받은 것으로, 이 사건 사업부지 내 초지 58,191㎡가 초지법 제23조에 따른 초지전용의 허가를 받은 것으로 각 의제되었다.

     8) 원고는 2013. 7. 11. 이 사건 지구개발사업의 개발행위 허가를 받고 2013. 7. 16. 그 공사를 착공하였으며, 2015. 5. 29. 관광휴게시설(DD우체국)에 관하여, 2015. 6. 24. 도로, 주차장 등 일부 시설에 관하여 각 준공 전 임시사용승인을 받는 등 이 사건 사업을 구체적으로 시행하는 공사를 원만히 진행하고 있다.

【인정근거】

갑 제1, 2, 5, 6, 8 ~ 11호증, 을 제2, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    (나) 법리의 적용

     1) 먼저, 이 사건 ① 용역대금에 관하여 본다.

      ㉮ 구 지역균형개발법 제16조 제1항, 제2항, 제3항에 따르면, 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공사 외의 자가 지구개발사업을 시행하기 위하여는 관할 관청으로부터 시행자로 지정받아야 하는데, 이때 고려하는 사항은 ⁠‘개발계획에 따른 사업 내용 및 규모, 재원의 조달능력, 지역개발사업의 시행 능력 및 경험, 다른 지역개발사업과의 연계성 등’이고, 개발촉진지구 지정의 제안에 따라 시행되는 지구개발사업에 대하여는 그 지정을 제안한 자를 우선적으로 지정할 수 있는 점, ㉯ 이 사건 ① 용역대금의 품목은 ⁠‘00시 00동 관광지 조성계획을 위한 민간사업자 지정용역’이므로 이 사건 ① 용역계약에 따라 원고가 지출한 용역대금에 관한 것으로 보이는 점, ㉰ 이 사건 ① 용역계약은 민간사업자인 원고가 탄광지역의 개발촉진지구 개발계획을 제시하여 이 사건 개발촉진지구 지정을 제안하면서 이 사건 지구개발사업의 시행자로 지정받는 데 필요한 사항에 관하여 용역을 제공받기 위한 것인 점, ㉱ 이 사건 ① 용역계약의 내용 중 사전환경성 및 경관성 검토, 진입로 검토 등은 위 개발촉진지구 개발계획의 타당성 등에 관한 것이고, 토지에 관한 법적 규제의 변경을 목적으로 하는 것으로 보기 어려운 점 등을 고려하면, 이 사건 ① 용역대금은 원고가 이 사건 지구개발사업의 시행자로 지정받기 위하여 지출한 비용에 해당할 뿐 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출로서 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용으로 보기 어렵다.

     2) 다음, 이 사건 ② ~ ⑥ 용역대금에 관하여 본다.

      ㉮ 구 지역균형개발법 제18조 제1항, 제2항에 따르면, 지구개발사업의 시행자가 작성한 실시계획에 대한 관할 관청의 승인처분으로 그 실시계획에 관하여 국토계획법 제30조에 따른 도시․군 관리계획의 결정, 문화재보호법 제35조 제1항 제1호 등에서 규정한 국가지정문화재에 대한 소정의 행위 허가, 산지관리법 제14조 및 제15조에 따른 산지전용허가 및 산지전용신고, 농지법 제34조에 따른 농지전용의 허가 또는 협의, 도로법 제34조에 따른 도로공사 시행허가 등, 초지법 제23조에 따른 초지전용의 허가, 국유재산법 제30조에 따른 사용허가 등이 각 의제되고, 그 의제를 받으려는 시행자는 실시계획의 승인을 신청할 때 해당 법률에서 정하는 관련 서류를 함께 제출하여야 하는 점, ㉯ 이 사건 ② ~ ⑥ 용역대금은 이 사건 ② 용역계약에 의한 것인 점, ㉰ 이 사건 ② 용역계약은 실시계획을 승인 받기 위하여 필요한 서류의 작성 등의 용역제공에 관한 것으로서 그 구체적인 내용은 앞서 보았듯이 이 사건 지구개발사업 실시계획의 승인에 관한 인허가 도서의 작성, 토목 기본 및 실시설계, 지형현황측량, 토목설계와 실시계획승인신청도서에 필요한 건축기획설계, 환경영향평가, 자연경관영향심의, 사전재해영향성검토, 문화재지표조사, 국토계획법에 따른 지구단위계획의 검토, 건축시설의 조경을 제외한 조경계획 및 설계 등인데, 그 용역의 대부분은 이 사건 사업부지에 관한 것으로서 구 지역균형개발법 제18조 제2항에서 규정한 실시계획승인신청시 첨부할 관련 서류 작성 또는 이에 필요한 사항에 관한 것인 점, ㉱ 원고는 소외 회사가 위 용역계약에 따른 업무를 수행한 결과를 토대로 00시장으로부터 이 사건 사업계획의 승인을 받은 점, ㉲ 이에 따라 이 사건 사업부지 전체가 국토계획법상 보전관리지역 및 농림지역에서 계획관리지역으로 용도지역에 관한 도시관리계획이 변경되었고, 지구단위계획구역도 관광휴양형 지구단위계획구역으로 결정되었으며, 이 사건 사업부지의 54%[(산지전용허가 면적 151,296㎡ + 농지전용허가 면적 28,444㎡ + 초지전용허가 면적 58,191㎡) / 이 사건 사업부지 면적 441,082㎡ × 100]가 산지전용, 농지전용 또는 초지전용의 허가가 의제되어 개발행위 등 사업의 시행이 가능하게 된 점, ㉳ 원고는 이를 토대로 2013. 7. 11. 00시장으로부터 개발행위 허가를 받아 그 무렵 공사에 착공한 점 등을 종합해 보면, 원고가 이 사건 ② 용역계약에 따라 지출한 비용은 이 사건 사업부지에 관한 법적 규제의 내용을 변경시켜 이 사건 사업을 위한 개발행위가 가능하도록 그 토지의 법적 이용 가능성을 높임으로써 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 비용에 해당한다고 봄이 타당하다.

    (다) 소결론

    그러므로 피고가 한 이 사건 처분 중 이 사건 ① 용역대금에 관한 매입세액이 토지 관련 매입세액에 해당한다고 보고 이를 매출세액에서 공제하지 아니한 부분은 위법하고, 이 사건 ② ~ ⑥ 용역대금에 관한 매입세액이 토지 관련 매입세액에 해당한다고 보고 이를 매출세액에서 공제하지 아니한 부분은 적법하다. 이 사건 ① 용역대금에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 별지 2012년 1기분 부가가치세 경정 내역 기재와 같이 산정한 2012년 1기분의 정당한 부가가치세 및 가산세 합계액은 30,085,820원[= 부가가치세 21,930,000원(36,930,000원 - 15,000,000원) + 가산세 8,155,824원, 10원 미만 버림]이므로, 이 사건 처분 중 위 금액을 초과한 2012년 1기분 부가가치세 및 가산세 부과처분 부분은 취소하여야 하고, 나머지는 유지되어야 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대법원 2015. 10. 08. 선고 강릉지원 2015구합128 판결 | 국세법령정보시스템