구조조정대상 부동산 아닌 경우 양도소득세 감면 계산에 시행령 제40조 적용 가능 여부

요지

시행령 제40조 제1항은 원래 구조조정대상 부동산에 대한 양도소득세 감면을 위한 규정으로서 구조조정대상 부동산 취득 전의 양도소득 계산은 전혀 염두에 두지 않은 것이므로, 이 사건 양도소득을 산정할 때에 사용하기에는 적합하지 않은 계산식임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2013. 4. 1. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 23,384,720원의 부과

처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 5. 17. XX 266-1962 토지 22㎡(이하 ⁠‘이 사건 구주택’이라고 한다)를 취득하고, 2002. 9. 26. 재개발조합을 통하여 같은 동 1013 OO아파트 520동 1903호(이하 ⁠‘이 사건 신축주택’이라고 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2007. 9. 20. 이 사건 신축주택을 양도하고, 2007. 11. 30. 구 조세특례제

한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에

따라 양도소득세 산출세액 32,848,700원의 100% 감면으로 계산하여 양도소득세를 0원 으로 신고하였다.

다. 피고는 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은 위 법률 규정에 따

른 감면대상에 해당하지 않는다고 보고, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령

령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항에 따라 아래 계산식과 같 이 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방식으로 감면세액을

13,733,541원으로 산정하고 농어촌특별세 과다납부액 2,746,700원을 양도소득세액에서

차감하여 2013. 4. 1. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 23,384,720원(납부불성실 가산

세 8,092,596원 포함)을 부과·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

○ 감면대상 소득금액(A)

양도소득금액 × ⁠(신축주택 양도당시 기준시가 - 신축주택 취득당시 기준시가) /

(신축주택 양도당시 기준시가 - 구주택 취득당시 기준시가) = A

○ 감면세액

산출세액(합산대상소득을 포함한 과세표준에 세율 적용) × 감면대상 소득금액 A /

양도소득세 과세표준 = 13,733,541원

라. 원고가 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 3. 24. 기각되었

다.

[인정근거] 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서 양도소득세를 감면하는 ⁠‘취득일로부터

5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’은 신축주택 양도로 인하여 실현된 양도차익

전부를 의미하는 것으로 해석해야 하고, 과세관청도 위 감면 규정이 신설된 이후 2009

년 관련 국세청 예규 제정 전까지는 그와 같은 견해에서 실무를 운용하여 왔는바, 피

고의 이 사건 처분은 새로운 예규를 소급 적용하는 것으로서 납세자의 신뢰이익 보호

원칙에 반하여 위법하다.

(2) 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항은 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된

후에 양도하는 경우 적용되는 규정으로서, 원고와 같이 신축주택의 취득일로부터 5년

이내에 양도하는 경우에는 위 규정을 적용할 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 신축주택 취득일전까지의 양도소득이 감면대상에 해당하는지 여부

원칙적으로, 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합

원은 해당 조합에 구주택(부수토지 포함)을 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신

축주택(부수토지 포함)을 양도하는 경우에, 신축주택의 취득일부터 그 양도일까지의 양

도차익뿐만 아니라 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도차익에 대해서 도 양도소득세를 납부하여야 한다(소득세법 제100조, 소득세법 시행령 제166조).

구 조세특례제한법 제99조의3 제1항의 규정은 세금을 감면하는 명백한 특혜규정에

해당하는 것으로서, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙에 따라 해당 법문을 엄격하게

해석하여야 하는바, 위 규정에 의하여 면제되는 소득은 ⁠‘신축주택을 취득하여 그 취득

일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’으로서 신축주택의 취득일부터 양도일

까지의 양도소득에 대한 부분에 한정된다고 보는 것이 엄밀한 해석이 될 것이다. 만일,

위 규정을 재개발·재건축이 이루어진 구주택 멸실 전까지 발생한 양도소득이나 구주택

멸실 후 신축주택 취득 전까지 부수토지에 발생한 양도소득까지 포함하여 신축주택을

취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 실현되는 양도소득 전부에 대하여 양도소득세를

면제하는 취지로 해석한다면, 같은 문장의 뒷부분에서 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년이

경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금

액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다’고 규정하고 있는 것과 균형이 맞지

않게 된다.

입법취지를 살펴보아도, 위 법 규정의 취지는 미분양주택의 분양촉진에 있었던 것

이지, 특별히 재개발·재건축 조합원에게 추가적인 혜택을 부여하고자 한 것은 아니므 로, 기존 주택을 보유하던 일반인이 이를 처분하고 주택건설사업자로부터 신축주택을

분양받아 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로, 구주택의 양도소득에 대해서는 통

상의 과세를 유지하는 취지로 봄이 상당할 것이다.

그러나, 아래에서 보는 바와 같이 감면되는 세액을 산정하는 방법에 관하여 법령상

아무런 규정이 없고, 피고가 이 사건 처분 당시 택한 계산 방법은 적법한 것으로 볼

수 없다.

(2) 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 준용의 적법 여부

(가) 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내 에 양도하는 경우에는 세액을 감면하는 방식에 의하여 과세특례를 부여하는 반면, 신

축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에는 양도소득금액을 과세대상 소득

금액에서 차감하는 방식에 의하도록 규정하고 있다. 그러므로 신축주택을 취득한 날로

부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한

경우에 적용되는 양도소득금액을 차감하는 방식으로 과세표준 및 세액을 산정할 수 없

다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두3725 판결 참조).

(나) 또한, 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항을 준용하는 근거가 되는 시행령

제99조의3 제2항에 대한 위임규정인 구 조세특례제한법 제99조의3 제4항은 ⁠“제1항의

규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기

타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 하여 같은 조 제1항 후문, 즉 신축주택의

취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차

감되는 양도소득금액의 계산에 관하여 대통령령에 위임하고 있음이 명백하다. 따라서

신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면되는 세액을 계산함에 있어

서는 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용할 아무런 법령상 근거가 없다.

(다) 게다가, 신축주택 취득일부터 5년 이후에 양도하는 경우에 구 조세특례제한법

시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하는 것은 취득일부터 5년이 되는 날의 실제 양

도가액이 존재하지 않는 까닭에 취득일부터 양도일까지 기준시가 상승분 중 취득일부

터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분이 차지하는 비율로 안분 계산하기 위한 것으 로 보인다. 그런데, 시행령 제40조 제1항은 원래 구조조정대상 부동산에 대한 양도소

득세 감면을 위한 규정으로서 구조조정대상 부동산 취득 전의 양도소득 계산은 전혀

염두에 두지 않은 것이므로, 주택재개발·재건축을 통하여 취득한 신축주택의 취득일 이

전에 구주택 등에 발생한 양도소득을 산정할 때에 사용하기에는 적합하지 않은 계산식

이다. 이를 사용하려면 피고가 한 것처럼 분모와 분자에서 차감하는 ⁠‘취득당시 기준시 가’라는 동일한 문구를 놓고서 분모에는 ⁠‘구주택 취득당시 기준시가’를, 분자에는 ⁠‘신축

주택 취득당시 기준시가’를 각 대입해야 하는데, 이는 법령상의 근거 없이 자의적으로

계산식을 변형한 것으로서 허용될 수 없을 뿐만 아니라, 구주택을 철거하고 나대지 상

태에서 새로 신축주택을 건축하는 주택재개발·재건축 과정에서의 양도소득의 발생을

제대로 반영하지 못하고 단순히 구주택과 신축주택을 동일한 것으로 취급하는 난점을

가지게 된다.

(라) 따라서, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 법령의 근거 없이 구 조세특례제한

법 시행령 제40조 제1항을 준용한 위법을 저질렀다 할 것이고, 법령에 달리 정당한 세

액을 계산할 아무런 근거 규정이 없으므로, 이 사건 처분은 전부 취소되지 않을 수 없

다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2014. 10. 14. 선고 인천지방법원 2014구단103 판결 | 국세법령정보시스템