연구개발 재위탁비용 세액공제 대상 인정 기준

요지

내국법인이 연구개발 전담부서를 보유하고 있지 않은 업체에 연구개발 용역을 위탁한 경우에도 동 연구개발용역비는 연구인력개발비세액공제 대상에 해당하는 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2011. 12. 26. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원 및 2008년도 농어촌특별세 0000원과 2009 사업연도 귀속 법인세 00000원 및 2009년도 농어촌특별세 0000원에 대한 각 경정청구 거부 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지 

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 액정평판 디스플레이 제조업을 영위하는 법인으로서 2008 사업연도 및 2009 사업연도에 연구개발 전담부서를 보유한 주식회사 AAAA씨엔에스(이하 ’이 사건 수탁업체‘라고 한다)에게 효과적인 시스템 구축 및 운영의 효율화를 통하여 기업의 유연성을 제고하고 프로세스 혁신을 통한 경영목표를 달성하기 위하여 전사적 자원관리 시스템의 구축 등 용역을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고(이하 ’이 사건 위탁계약‘이 라 한다)， 연구개발비로 0000원을 지급하였다.

나. 원고는 해당 사업연도의 법인세 신고시 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제 9921호로 개정되기 전의 것) 제10조 소정의 연구 · 인력개발비에 대한 세액공제를 적용 하지 아니하고 구 조세특례제한법 제24조 소정의 생산성향상시설투자에 대한 세액공제를 적용하여 연구개발비 지출액 0000원의 3%인 0000원을 산출세 액에서 공제하여 법인세를 신고 · 납부하였다.

다. 그 후 원고는 2011. 11. 15. 원고가 이 사건 수탁업체에 지급한 연구개발비 0000원 중 개발인건비 0000원(2008 사업연도 0000원 및 2009 사업연도 0000원) 등이 구 조세특례제한법(2008 사업연도 법인세는 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것， 2009 사업연도 법인세는 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것， 이하 ’구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조 소 정의 연구 · 인력개발비에 해당한다고 보아 2008 사업연도 법인세 000원， 2008년도 농어촌특별세 0000원， 2009 사업연도 법인세 0000원， 2009년도 농어촌특별세 0000원을 공제감면세액에 가산하여 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2011. 12. 26. 원고가 위와 같이 지출한 돈이 연구개발을 위한 것이라는 전제하에， 다만 그 중 수탁자가 제3자에게 재위탁한 비용은 세액공제 대상이 아니라는 이유로， 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원， 2008년도 농어촌특별세 0000원， 2009 사업연도 귀속 법인세 00000원， 2009년도 농어촌특별세 00000원을 해당 사업연도의 공제감면세액에 가산하여 환급하고， 원고의 나머지 경정청구 부분을 거부하였다.

마. 이에 원고는 2012. 3. 22. 심판청구를 제기하였고， 조세심판원은 2012. 6. 28. 원 고가 위와 같이 지출한 돈이 연구개발을 위한 것이라는 전제하에， ⁠‘수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에게 재위닥한 비용은 연구개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다’는 이유로，"1. 피고가 2011. 12. 26. 원고에게 한 법인세 2008 사업연도 000원， 2009 사업연도 0000원， 농어촌특별세 2008년도 000원， 2009년도00000원의 경정청구 거부처분은 AAAAOOO주식회사가 다른 업체에 재위탁하여 지급한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에서 지급한 비용만을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 그 세액을 경정한다. 2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다"는 결정을 하였다.

바. 피고는 위 심판결정의 취지에 따라 2012. 7. 27. 전담부서가 있는 업체에 재위탁 한 연구개발비에 대하여 세액공제를 인정하여 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원 및 농어촌특별세 000원과 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원 및 농어촌특별세 0000원을 추가로 환급하였다(경정청구에 대한 환급 내역은 아래 표 와 같고，원고의 당초 경정청구액에서 경정 · 환급되지 않고 여전히 남아 있는 부분에 관한 거부처분을 ’이 사건 처분’이라 한다).

(아래표 생략)

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2호증의 1， 2， 갑 제3호증， 갑 제4호증의 1， 2， 3， 갑 제6호증의 1 내지 4， 갑 제7호증， 갑 제8호증의 1 내지 12의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부

피고는 원고가 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날인 2012. 7. 2.로부터 90일이 지난 2012. 10. 29. 이 사건 소를 제기하였으므로，이 사건 소는 제소기간을 도과하여 제기된 것으로서 부적법하다고 주장한다. 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있고，재조사결정은 처분청의 후속 처분 에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 심판청구 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다 고 할 것이므로， 재조사결정에 따른 행정소송의 제소기간은 심판청구인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 타당하다(대법원 2010. 6. 25. 션고 2007두 12514 전원합의체 판결 참조). 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대， 비록 이 사건 조세심판원 결정에 ’재조사’라는 문구가 명시적으로 사용되지는 않았지만， 조세심판원은 피고에게 이 사건 수탁업체가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용을 조사하여 그러한 비용은 연구개발비 세액공제 대상으로 인정하라는 취지로 명하였고， 피고는 그 결정의 취지에 따라 실제로 재조사를 거쳐 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 연구개발비에 대하여 세액공제를 인정하여 세액을 경정하였으므로， 조세심판원의 이 사건 결정은 재조사결정이라고 봄이 상당하다. 따라서 이 사 건의 소의 제소기간은 원고가 피고로부터 재조사에 따른 감액경정통지를 받은 2012. 7. 30.부터 기산된다고 보아야 하고， 그로부터 90일 이내인 2012. 10. 29.(원래 기간의 말일은 2012. 10. 28.이나 그 날이 일요일이므로 행정소송법 제8조 제2항， 민사소송법 제170조， 민법 제161조에 따라 그 다음날인 2012. 10. 29.이 말일이 된다)에 이 사건 소가 제기되었으므로， 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면，재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고， 위탁에 따른 비용은 구 조세특례제한법 제10조 제1항 소정의 세액공제 대상이다.

(2) 피고

(가) 우선， 원고가 주장하는 연구개발용역 위탁에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀지지 않았다. 나아가 조세특례제한법 제9조 제5항의 해석상 연구개 발에 해당하기 위해서는 특허의 요건인 ;신규성’과 ;진보성’이 인정되어야 하는데， 전산 시스템을 구축하는 것이 이러한 요건을 갖추었다고 볼 수도 없다.

(나) 다음으로， 조세특례제한법이 위탁과 재위탁을 구분하고 있는데 이 사건에 적용되는 법령， 즉 2008 사업연도 법인세의 경우 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항， 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 ⁠[별표6] 제1호 나목과 2009 사업연도 법인세의 경우 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전 의 것) 제9조 제2항 제1호， 구 조세특례쩨한법 시행령(2009. 8. 6. 대통령령 제21676호 로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 ⁠[별표6] 제1호 나목에서는 세액공제대상에 ’위탁’이 라고만 규정하고 있고 ’재위탁‘이라고는 규정하고 있지 않았으며， 이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목이 세액공제대상에 비로소 ’재위탁’을 포함하는 것으로 개정된 점 등에 비추어 보면，재위탁된 연구개발비용 은 세액공제대상이 아니라고 보아야 한다. 나아가 전담부서 제도를 둔 취지， 자체개발의 경우 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용된다는 서울고등법원 2010누25635 판결 등을 고려해 보면，적어도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) ’연구개발’에 해당하는지 여부

조세특례제한법 제9조 제5항은 ’앤구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’이라고 규정하고 있는바， 위 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 위탁한 용역은 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고，정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축하는 것이므로， 이를 연구개발이라고 보는 데 어려움이 없다. 한편， 위 조항에 ’진전’이나 ’새로품’이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만， 여기서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로， 피고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 ’신규성’과 ’진보성’까지 갖추어야 한다고 해석할 수는 없다.

(2) 재위탁된 경우 세액공제대상이 아닌지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없논 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002 두6781 판결 참조)， 이 사건에 적용되는 법령， 즉 2008 사업연도 법인세의 경우 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항， 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 ⁠[별표6] 제1호 나목 ①과 2009 사업연도 법인세의 경우 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 쩨9조 제2항 제1호， 구 조세특례제한법 시행령 (2009. 8. 6. 대통령령 제21676호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 ⁠[별표6] 제1호 나 목 ①은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 ’위탁’함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 규정하고 있을 뿐， 위 법령 어디에도 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 유무에 따라 납세의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정이 없다. 특히 위 문언대로라면， 이후 세액공제 대상에 재위탁이 명시적으로 포함되는 것 으로 개정되고， 또 전담부서에서 직접 수행한 경우에만 세액공제 대상이라는 취지로 개정된 법령을 해석하는 때와는 달리， 이 사건 적용 법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 원고와 같은 수범자에게는 재위탁 내지 재 수탁자의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있음을 예측한다는 것을 기대하기는 어렵다. 여기에 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있고 ⁠(대법원 2002. 1. 22. 션고 2000두3115 판결 참조)，대규모 전산개발용역은 융합기술개 발로서 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것이 불가피하다는 점，이 사건 법령의 개정 경위가 논리필연적으로 피고 주장의 해석을 뒷받침한다고 볼 수도 없는 점 등까지 더하여 보면，결국 원고가 이 사건 적용 법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구 개발용역을 위탁한 이상， 설사 재위탁이 이루어졌다고 하더라도， 재수탁업체의 전담부 서 유무를 불문하고 그에 따른 비용도 여전히 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당 하다(한편， 피고가 들고 있는 서울고등법원 2010누25635 판결은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서 앞서의 해석에 영향을 미친다고 볼 수 없다).

(3) 소결론

따라서 이 사건 수탁업체가 전담부서를 보유하고 있지 않은 재수탁업체에게 재위탁한 연구개발비가 구 조세특례제한법 제10조 소정의 연구 · 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2013. 06. 14. 선고 서울행정법원 2012구합36088 판결 | 국세법령정보시스템