양도소득세 토지 자본적 지출 공제범위와 판정기준

요지

원고가 주장하는 지출내역인 목공사 가지급금, 판넬임대료 계약금, 설비공사 가지급금, 전기공사 가지급금, 미장방수공사 가지급금, 경량철골공사 가지급금, 전기안전관리 수수료는 모두 이 사건 건물의 부지 조성만을 위하여 지출된 것이 아니라 이 사건 건물지하층의 신축공사 비용의 일환으로 지출된 것으로 토지에 대한 자본적 지출에 해당하지 않음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2012. 5. 1. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 112,261,900원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 10. 15. 양주시 **면 **리 482 전 653㎡, 같은 리 495-2 공장용지 1,323㎡, 같은 리 495-5 공장용지 989㎡, 같은 리 495-6 공장용지 162㎡, 같은리 495-9 공장용지 480㎡, 같은 리 495-12 공장용지 808㎡ 등 총 6필지 토지 합계4,415㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 공장건물 2동을 취득하였다.

나. 원고는 2004. 8. 28. 이 사건 토지 상에 지하 1층, 지상 4층의 의료시설(이하‘이 사건 건물’이라 한다)의 신축허가를 받은 다음, 2004. 10.경 □□□건설 주식회사(이하 ⁠‘□□□건설’이라 한다)와 도급금액 51억 원에 이 사건 건물의 신축공사계약을 체결하여 공사를 진행하였으나, 2005. 2.경 기성중도금 지급과 관련된 분쟁이 발생하여 공사를 중단하였다.

다. □□□건설은 2005. 3. 4. 이 사건 토지에 관하여 채무자를 원고, 채권최고액을 9억 9,000만 원으로 하여 근저당권설정등기를 경료하였는데, 원고는 2006. 4. 24. ☆☆☆은행으로부터 이 사건 토지를 담보로 25억 원을 대출받은 다음 ☆☆☆은행에게 채무자를 원고, 채권최고액을 37억 5,000만 원으로 하는 근저당권설정등기를 경료하여 주었으며, □□□건설은 2006. 4. 27. 위 근저당권설정등기를 말소하였다.

라. 이후 원고는 □□□건설과 체결한 이 사건 건물의 신축공사계약을 해지한 다음, 2006. 4. 17. △△△ 주식회사(이하 ⁠‘△△△’이라 한다)와 도급금액 50억 1,120만 원에 이 사건 건물의 신축공사계약을 새로 체결하였고, 2006. 5. 29.경 건축주 명의를 △△△으로 변경하였으며, △△△에게 공사비를 담보하기 위하여 이 사건 토지에 관한 소유권이전청구권가등기를 설정하여 주었다. △△△은 이 사건 건물을 완공한 다음 2007. 2. 9. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료하였다.

마. 한편 이 사건 토지 및 건물에 관하여 각 강제경매절차가 개시되어 주식회사 ☆☆☆은행이 2009. 1. 28. 이 사건 토지의 소유권을 취득하였고, AAA이 2009. 4. 2. 이 사건 건물의 소유권을 취득하였는데, 원고는 이 사건 토지의 양도와 관련하여 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

바. 피고는 2012. 5. 1. 원고에게 이 사건 토지의 취득가액을 환산가액인 8억 736만원으로, 양도가액을 경락가액인 23억 2,533만 원으로 보아 2009년 귀속 양도소득세 629,263,760원을 결정.고지하였다가, 원고의 2012. 7. 3.자 이의신청을 일부 받아들여 2012. 8. 6. 이 사건 토지의 취득가액을 환산가액이 아닌 실거래가액인 14억 9,000만원으로 보고, 취득세 등 기타 필요경비로 3,948만 원을 인정하여 원고에게 고지된 2009년 귀속 양도소득세 중 304,743,700원을 감액.경정하여 324,520,067원을 부과하였다.

사. 원고는 피고의 위 양도소득세 부과처분에 불복하여 2012. 9. 28. 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였고, 조세심판원장은 2013. 9. 9. 재조사결정을 하였으며, 피고는 2012. 11. 30. 아래 기재와 같이 이 사건 토지에 대한 자본적 지출에 따른 필요경비를 추가로 인정하여 원고에게 고지된 2009년 귀속 양도소득세 중 233,546,106원을 감액.경정하여 90,973,961원을 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 원고의 주장

  원고는 병원을 신축.운영하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였는바, 이 사건 토지 상에 있던 공장을 철거하고 이 사건 건물을 신축하기 위하여 □□□건설과 이사건 건물의 신축공사계약을 체결한 다음, 공장 철거 및 부지조성공사를 진행하던 중 기성중도금 지급과 관련된 분쟁이 발생하여 공사가 중단되었고, □□□건설에게 공사가 진행된 부분에 대한 공사비 9억 9,000만 원을 담보하기 위하여 이 사건 토지에관한 근저당권을 설정하여 주었으며, 이후 □□□건설과의 계약을 해지한 다음 △△△과 새로 이 사건 건물의 신축공사계약을 체결하여 건물신축공사를 진행하였는바, 원고가 □□□건설에게 지급한 공사비 9억 9,000만 원은 전액 이 사건 건물이 아닌 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로서 필요경비로 인정되어야 한다. 그런데 피고는 그 중 위 기재 부분만을 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로 인정하고, 아래 기재 부분은 이 사건 건물에 대한 자본적 지출로 보아 이 사건 처분을 하였는바, 이는 처분의 전제가 되는 사실관계를 잘못 적용한 것으로서 위법하다.

나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제2호, 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항에 따르면, 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 자본적 지출액 등으로서 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용등과 이에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것이고, 위 시행령의 위임을 받은 구 소득세법 시행규칙(2009. 4. 14. 기획재정부령 제71호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항은 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용(제2호), 토지이용의 편의를위하여 당해 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비(제3호), 이와 유사한 비용(제6호)등을 필요경비로 규정하고 있다.

   한편 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담한다. 그러나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 우선 원고가 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로서 지출하였다고 주장하는 위 의 지출내역 중 원고가 이 사건 토지를 매입하기 위하여 □□□건설로부터 차용한 금원에 대한 이자나 □□□건설에 대한 공사비를 담보하기 위하여 설정한 근저당권의 설정비용은 이 사건 토지의 용도변경.개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용 내지 이에 준하는 비용이라고 볼 수 없으므로 이 사건토지에 대한 자본적 지출이라고 볼 수 없다. 또한 앞서 본 바와 같이 이 사건 건물은 지하 1층, 지상 4층으로 구성되어있고, 원고가 □□□건설에게 공사비로 지급한 9억 9,000만 원 중 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로 인정될 수 있는 기존 공장 철거 공사비, 토공사대금 등은 이미 피고가 위 기재와 같이 이 사건 토지에 대한 자본적 지출로 인정하였는바, 그 외의 나머지 지출내역인 목공사 가지급금, 판넬임대료 계약금, 설비공사 가지급금, 전기공사 가지급금, 미장방수공사 가지급금, 경량철골공사 가지급금, 전기안전관리 수수료는 모두 이 사건 건물의 부지 조성만을 위하여 지출된 것이 아니라 이 사건 건물지하층의 신축공사 비용의 일환으로 지출된 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거만으로는 위 각 공사의 구체적인 내용이 그 내역에 불구하고 이 사건 건물의 부지 조성만을위하여 지출된 것으로서 토지의 용도변경.개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용내지 이에 준하는 비용으로 지출된 것이라고 보기 어렵다.

   따라서 피고가 위 기재 각 지출내역이 이 사건 토지에 대한 자본적 지출에 해당하지 아니한다고 보아 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 청주지방법원 2014. 08. 14. 선고 청주지방법원 2014구합125 판결 | 국세법령정보시스템