세무조사 중복조사 금지 원칙과 조사세목 포함범위 판단

요지

세무조사의 대상 세목 중에 종전 세무조사의 대상 세목인 부가가치세 외에 다른 세목도 포함되어 있다는 사정만으로 이 사건 부가가치세에 대한 이 사건 세무조사가 중복조사에 해당되지 않는다고 볼 수 없다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고의 원고들에 대한 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2009. 10. 9. 원고들에 대하여 한, △ 2008년 제2기 부가가치세 OOOO원의 환급거부처분, △ 2008년 제2기 부가가치세 OOOO원의 부과처분, △ 2008년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 OOOO원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 인용하는 부분

 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래 2.항과 같이 추가하는 외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 「행정소송법」 제8조 제2항, 「민사소송법」 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가하는 부분

제1심 판결문 제18면 제12행과 제13행 사이에 아래 부분을 추가한다.

 라. 피고의 주장에 대한 판단

 (1) 피고의 주장

 (가) LL농산 주식회사가 OO시 OO읍 OO리 610-2 토지 지상의 단층 기존건물을 4층으로 증축한 다음 위 증축 건물에 대한 20년의 건물사용권을 2008. 11. 19. PP농산(원고들)에게 공급하였음을 이유로 위 증축부분의 공사비 상당액 OOOO원을 공급가액으로 하는 세금계산서를 발행·교부하여 원고들이 2009. 2. 27.경 피고의 부가가치세 환급처분에 따라 2008년 제2기 부가가치세 환급금으로 OOOO원을 환급받았는바, 피고가 2009. 3. 4.부터 같은 해 3. 17.까지 실시한 세무조사(이하 ⁠‘종전 세무조사’라 한다)의 조사대상세목은 부가가치세였고, 서울지방국세청이 2009. 5. 14.부터 같은 해 7. 8.까지 실시한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)는 조사대상세목이 ⁠‘개인제세 통합조사(소득세, 부가가치세, 원천세 등 포함)’이었으므로, 종전 세무조사와 이 사건 세무조사는 조사대상 세목이 달라 중복조사에 해당 하지 않는다.

 (나) 설령 이 사건 세무조사가 중복조사에 해당한다 하더라도 이 사건 조사는 「국세기본법 시행령」(2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정된 것, 이하 같다) 제63조의2 제1호에서 정한 ⁠‘부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우’에 해당되므로 중복조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당한다.

 (2) 판단

 (가) 우선 세목이 달라 중복조사에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 본다.

「국세기본법」 (2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항은 ⁠‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 명시하고 있다.

 국세청훈령인 조사사무처리규정 제12조(중복조사의 금지 및 방지)에서도, △ 조사공무원은 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」 제81조의4(세무조사권남용 금지) 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의2에서 정한 바에 따라 재조사를 실시할 수 있는 예외적인 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 해서는 아니 되고, △ 조사시작 후에도 중복조사사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사철회 및 조사반(팀) 철수 등 필요한 조치를 하여야 하며, △ 중복조사를 방지하기 위하여 지방국세청 및 세무서의 조사국·과장 또는 세원분석국장·소득세과장·법인세과장 등은 조사 이력 및 조사대상자 선정명세 등을 전산에 입력하여 관리하여야 하고, △ 부분조사를 실시한 납세자에 대하여 전부조사를 실시하는 경우 부분조사를 받은 부분에 대해서는 조사한 것으로 보도록 되어 있다.

 따라서 이 사건 세무조사의 대상 세목 중에 종전 세무조사의 대상 세목인 부가가치세 외에 다른 세목도 포함되어 있다는 사정만으로 이 사건 부가가치세에 대한 이 사건 세무조사가 중복조사에 해당되지 않는다고 볼 수 없다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두 12070 판결 등 참조). 피고의 위 주장은 이유 없다.

 (나) 다음으로 「국세기본법 시행령」 제63조의2 제1호의 중복조사금지의 예외사유에 해당된다는 주장에 관하여 본다.

 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제63조의2 제1호는 ⁠‘부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우’를 중복조사금지의 예외사유로 규정하고 있다.

 갑 제45호증, 을 제12 내지 15, 17호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, △ 국세청이 2009. 5. 14. 민생침해 사업자들에 대한 일제조사로 세무 조사를 실시하면서 박MM이 대표이사로 있는 주식회사 NN유통을 주된 세무조사 대상자로, LL농산 주식회사와 PP농산(원고들)을 종된 세무조사대상자로 각 선정하여 조사를 개시한 사실, △ 국세청은 2009. 5. 14. 일제조사를 실시할 당시 보도자료를 통하여, 위 일제조사의 조사대상자를 ⁠‘경제적으로 고통받고 있는 서민 등 경제적 약자를 대상으로 불법적·탈법적 행위로 부당이득을 취하면서 세금을 회피한 혐의가 있는 서민들의 극심한 피해를 초래하는 고리 사채업자, 청소년 등 국민건강을 위협하는 학교 급식 및 식품 관련 사업자, 수입 원산지 표시를 위반하고 국산으로 둔갑·유통시킴으로써 농·어민 및 국내 중소기업에 피해를 끼치는 농·수·축산물·공산품 수입업자, 고인에 대한 예우를 갖추는 장례문화를 악용, 장례식장 이용료 등을 비싸게 받는 장례관련 사업자, 기타 안마시술소 등’이라고 밝힌 사실, △ 국세청은 여러 법인을 통해 농산물도매를 하고 있는 박MM을 농·수·축산물·공산품 수입 관련 탈세혐의 사업자로 선정한 다음 박MM이 주주로 있는 LL농산 주식회사와 박MM의 처인 원고 조DD가 지분을 보유하고 있는 PP농산도 조사대상에 포함시킨 사실, △ 서울지방국세청장은 원고들에 대한 이 사건 세무조사를 함에 있어 조사사유를 ⁠‘귀하의 2007년부터 2008년까지의 선고내용에 대한 분석 결과 불성실한 것으로 분석되어, 신고내용의 적정여부를 검증하기 위해 조사대상자로 선정되었다’라고만 기재한 사실이 인정된다.

 위와 같은 사정에 의하면 국세청의 위 일제조사 당시, 농산물 수입도매업체를 운영하는 박MM이 처인 원고 조DD가 지분을 보유한 PP농산과의 내부거래를 통해 탈세 등을 한다는 것은, LL농산 주식회사와 PP농산(원고들) 사이에서 이 사건 건물사용권이 문제되는 이 사건 부가가치세와 상호 관련이 있다고 보기 어렵다.

 또한 조사사무처리규정 제21조(세무조사의 사전통지)는, △ 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」 제81조의7(세무조사의 사전통지와 연기신청) 제1항에서 정하는 바에 따라 세무조사 사전통지를 작성하여 조사개시 10일 전에 납세자 또는 납세관리인에게 송달하고 송달을 확인할 수 있는 근거서류를 보관하여야 하고, 다만, 조세범칙조사 또는 「국세기본법」 제81조의7(세무조사의 사전통지와 연기신청) 제1항 단서에 따라 사전통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 조사관서장의 승인을 받아 사전통지를 생략하고 조사를 시작할 수 있으며(제1항), 6 제1항 단서에 따라 세무조사를 시작한 경우에는 세무조사 시작 시 세무조사 사전통지를 생략한 뜻이 기재된 세무조사 통지를 교부하여야 하고(제2항), △ 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 하는 경우에는 ⁠‘조사사유’란에 「국세기본법」 제81조의 6(세무조사 대상자 선정)에서 규정한 조사사유와 법적근거를 기재하여야 하며, 조사대상 과세기간에 대하여 이미 세목별 조사 또는 부분조사를 실시한 경우에는 ⁠‘조사제외 대상’ 란에 조사제외 대상 세목, 과세기간 및 범위 등을 명확히 기재하여 중복조사를 방지하여야 한다(제5항)고 규정하고 있다.

 그렇다면 이 사건 세무조사가 「국세기본법 시행령」 제63조의2 제1호의 일제조사에 해당하여 중복조사가 허용되는 경우라고 볼 수 없다고 할 것이므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

 따라서 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고들의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 원고들에 대한 항소를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2013. 07. 05. 선고 서울고등법원 2012누18600 판결 | 국세법령정보시스템