요지

원고들 공동사업자등록이 이루어진 시기에 토지가 공동사업에 현물출자되었으므로, 그때를 기준으로 그 취득가액을 산정하여야 하고, 피고가 산정한 토지 취득가액이 감정가액보다 낮은 금액이라고 하더라도 실질과세의 원칙을 위반하여 위법하다고 단정할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 청구를 각 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 8. 3.,

가. 원고 양xx에 대하여 한 2018년 귀속종합소득세 294,201,220원의 부과처분 중 100,000,000원을 초과하는 부분 및 2019년 귀속종합소득세 239,017,170원의 부과처분 중 100,000,000원을 초과하는 부분,

나. 원고 양yy에 대하여 한 2018년 귀속종합소득세 97,499,230원의 부과처분 중 50,000,000원을 초과하는 부분,

다. 원고 양zz에 대하여 한 2018년 귀속종합소득세 104,889,670원의 부과처분 중 50,000,000원을 초과하는 부분을

모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위 및 내용

가. 원고 양xx는 2011. 12. 10. 아들인 원고 양yy, 양zz과 자신의 소유이던 BB CC구 DD동 OOOO-OO 대 716.7㎡(당초 340.8㎡이었으나 2013. 7. 2. DD동 OOOO-O 대 152.4㎡ 및 DD동 OOOO-OOO 대 223.5㎡가 합병되었다) 및 원고 양yy, 양zz 소유의 같은 동 OOOO-OOOO 대 340.8㎡(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 제1종 근린생활시설 지하 2층, 지상 10층 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 분양하는 내용의 동업계약을 체결하고, 2012. 9. 1. 공동사업자등록을 마쳤다.

나. 원고들은 2013. 10. 17. 착공신고를 거쳐 2015. 2. 13. 이 사건 건물을 준공하고 원고 양xx가 지분 6/10, 원고 양yy, 양zz이 지분 각 2/10에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고들은 2016년과 2018년에 이 사건 건물 및 이 사건 토지 일부를 분양한 후 2016년 및 2018년 과세연도 종합소득세 신고를 하면서 이 사건 토지 취득가액을 2015. 11. 27. 주식회사 EE감정평가법인으로부터 토지감정평가를 통해 산정한 금액인 5,460,000,000원으로 장부가액으로 계상하여 분양원가를 산정하였다.

라. BBB세무서는 2021. 4. 27.부터 2021. 6. 10.까지 원고들에 대하여 비정기 개인통합조사를 실시한 후 이 사건 토지 취득가액을 원고들의 공동사업자등록일이 속한 해당 연도인 2012년 개별공시지가 등을 적용한 1,875,934,000원으로 산정하여 원고들의 2016년 및 2018년 귀속 종합소득세를 경정할 것을 피고에게 통보하였고, 피고는 이에 따라 2021. 8. 3. 원고 양xx에 대하여 2018년 종합소득세 344,201,990원, 2019년 종합소득세 239,017,180원, 원고 양yy에 대하여 2018년 종합소득세 112,578,830원, 원고 양zz에 대하여 2018년 종합소득세 119,981,530원을 각 부과하는 처분(이하 ⁠‘당초 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고들은 당초 처분에 불복하여 2021. 10. 28. 이의신청을 하였고, BB지방국세청장은 2022. 1. 6. 이 사건 토지 중 일부에 대하여는 매매사례가액이 적용되어야 한다고 보아 원고들의 이의신청을 일부 인용하였으며, 이에 따라 피고는 매매사례가액이 확인되는 DD동 OOOO-OOOO 대 340.8㎡ 토지에 대하여 매매사례가액을 적용하고, 이 사건 토지 취득가액을 2,171,504,000원으로 재산정하였으며, 원고 양xx에 대하여 2018년 종합소득세 294,201,220원, 2019년 종합소득세 239,017,170원, 원고 양yy에 대하여 2018년 종합소득세 97,499,230원, 원고 양zz에 대하여 2018년 종합소득세 104,889,670원으로 경정·고지(이하 이와 같이 경정된 처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2022. 4. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2022. 9. 30. 조세심판원은 원고들의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

3. 원고들의 주장

가. 취득가액 산정 시점에 관하여 이 사건 토지 취득가액은 원고들의 공동사업자등록이 이루어진 2012. 9. 1.이 아니라 이 사건 토지 지상에 건축행위가 개시된 2013. 7월경을 기준으로 산정하여아 한다.

나. 취득가액 평가방법에 관하여

1) 설령 이 사건 토지 취득가액의 산정 시점을 공동사업자등록일로 보더라도, 이 사건 토지는 개발 등으로 인하여 개별공시지가와 실제 매매가액 사이에는 상당한 차이가 있으므로, 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제1호에 따른 개별공시지가에 의한 토지 평가방법을 적용할 경우 취득가액이 과소평가되는 문제가 있다. 따라서 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 원고들이 2군데 감정평가법인에 의뢰하여 도출한 2021. 9. 30.자 기준 감정평가액의 산술평균액인 3,291,216,000원이 적용되어야 한다.

2) 피고는 이 사건 토지 중 일부에 대하여는 매매사례가액을 적용하면서도 나머지 토지에 대하여는 2012년 개별공시지가를 적용하여 취득가액을 2,171,504,000원으로 산정함으로써 양도차익이 과대평가되었으므로, 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위반되어 위법하다.

4. 판단

가. 취득가액 산정 시점

1) 관련 법리

소득세법 제27조 제1항, 같은 법 시행령 제55조 제1항 제1호는 사업소득의 각 연도 총수입금액에 대응하는 필요경비의 하나로서 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격과 부대비용을 들고 있는 바, 연립주택의 신축 및 분양사업을 공동으로 경영할 것을 약정하고 대지를 출자한 경우 그 공동사업의 소득에 대한 필요경비로서 위 대지의 가액을 산정함에 있어서는 위 시행령에 규정된 원료의 매입가격과 그 부대비용에 준하여 공동사업체가 사업을 위하여 위 대지를 취득할 당시 즉, 위 공동사업에 출자할 당시의 가액을 기준으로 계산하여야 할 것이다(대법원 1990. 2. 23. 선고 89누7238 판결 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거와 을 제6호증의 기재에 의하여 인정되는 다음의 사정, 즉 이 사건 건물에 대한 건축허가가 2013. 6. 12. 이루어졌고, 착공신고는 2013. 10. 17.에 이루어졌으나, 원고들의 동업계약 목적은 이 사건 토지 지상에 이 사건 건물을 신축하고 이를 분양하는 것으로, 동업계약기간은 계약체결일인 2011. 12. 10.부터 사업 종료시까지이고, 위 동업계약을 통하여 출자 및 이익분배에 관한 구체적인 사항을 확정하였으며, 2012. 1. 15. 이 사건 건물 신축사업 건축비에 대한 약정을 체결하였고, 2012. 9. 1. 사업자등록을 마친 점, 원고들은 사업자등록을 마친 직후 곧바로 이 사건 토지에 지질조사를 실시하고, 같은 해 12월경 이 사건 토지 지상 기존 건축의 철거 공사를 하는 등 신축 건물 공사에 앞선 사전작업을 하였던 점에 비추어 보면, 이 사건 토지는 원고들 사이에 공동사업자등록이 이루어진 2012. 9. 1. 공동사업에 현물출자되었다고 봄이 타당하므로, 그 때를 기준으로 이 사건 토지 취득가액을 산정하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 취득가액 평가방법

1) 관련 법리

소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행규칙 제48조에 의하여 준용되는 법인세법 시행령 제89조 제2항에 의하면, ⁠“시가가 불분명한 경우에는 1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액), 2. 상속세 및 증여세법 제61조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다”고 규정하고 있고, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제1호는 ⁠“토지에 대한 평가는 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가에 의하고, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 한다”고 규정하고 있다.

여기서 ⁠‘시가'라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만, 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 ⁠‘시가'로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지는 않는다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8751 판결 참조).

다만, 사업소득의 필요경비로서 취득한 자산의 가액을 산정함에 있어서 평가기간을 벗어나서 한 소급감정에 의한 가액을 취득가액으로 인정할지 여부는 개별 사건마다 구체적인 사정을 고려하여 판단하여야 하고, 그 감정가액이 취득일 당시의 시가를 객관적이고 합리적으로 평가한 것이라는 점에 대한 충분한 근거가 있어야 할 것이다.

2) 구체적 판단

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정, 즉 ① 원고들은 공동사업자등록 당시 이 사건 토지에 관하여 감정평가를 받은 바 없고, 2022. 3. 2. 비로소 이 사건 토지에 관한 시가 감정을 실시하였는데, 이는 현물출자 시점인 공동사업자등록일로부터 무려 9년 6개월 지난 시점인 점, ② 위 감정 평가액의 산출근거를 살펴보면, 2012. 9월경 당시 이 사건 토지에 대한 토지이용계획확인서는 발급이 불가능하였다는 것으로, 2012. 9월경 당시 이 사건 토지의 실제 용도, 이용현황이나 접면도로 등 주변 환경에 관한 자료가 반영되었다고 볼 만한 자료는 없는 점, ③ 원고들은 공동사업자등록 이후 이 사건 토지 지상에 있던 기존 건축물을 철거한 후 지하 2층, 지상 10층 규모의 이 사건 건물을 신축하였는바, 공동사업자등록 당시와 비교하여 해당 토지의 상태나 이용현황이 달라졌고, 위 감정신청일 기준으로 약 9년 가까이 지난 기간 동안 주변 환경에도 상당한 변화가 있었을 것으로 추단되므로, 현물출자 당시 현황대로 감정을 하여 이 사건 토지의 객관적인 가치를 제대로 반영하기는 쉽지 않을 것으로 판단되는 점 등에 비추어 보면, 원고들이 이 사건 토지의 취득가액으로 적용되어야 한다고 주장하는 감정평가가액은 현물출자 당시의 시가를 객관적이고 합리적으로 평가하였다고 보기 어려워 이 사건 토지의 취득가액으로 인정할 수 없다.

또한, 앞서 보았듯이 이 사건 토지는 애초부터 한 필지의 토지가 아니라, 그 중 DD동 대 152.4㎡ 부분은 원고 양xx가 2013. 3. 21. 매매를 원인으로 취득하여 2013. 7. 2. 합병한 것으로서 나머지 DD동 대 564.3㎡ 부분과 별개로 취득한 것이고, DD동 대 340.8㎡ 부분은 원고 양yy, 양zz이 2011. 2. 17. 매매를 원인으로 각 1/2 지분씩을 취득하였다가 원고들의 공동사업에 제공된 것으로서 DD동 1094-18 토지와 취득경위가 다른 점, 피고는 이와 같은 이유로 이 사건 토지 중 매매사례가액이 확인되는 DD동 대 152.4㎡ 부분 및 DD동 대 340.8㎡ 부분에 대하여는 실제 매매가액을, 매매사례가액이 확인되지 아니하는 나머지 부분에 대하여 개별공시지가를 적용하여 이 사건 토지 전체의 취득가액을 산정하였는바, 이는 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행규칙 제48조, 법인세법 시행령 제89조 제2항, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제1호에서 정한 시가산정방식에 따른 것인 점, 앞서 보았듯이 원고들 주장의 감정가액은 이 사건 토지의 적정한 취득가액으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 산정한 이 사건 토지의 취득가액이 위 감정가액보다 낮은 금액이라고 하더라도 실질과세의 원칙을 위반하여 위법하다고 단정할 수 없다.

따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

별지

관련 법령

▣ 소득세법

제27조(사업소득의 필요경비의 계산)

① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제39조(총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등)

① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

② 거주자가 매입ㆍ제작 등으로 취득한 자산의 취득가액은 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 한다.

⑤ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 대하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 ⁠「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우 외에는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

⑥ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항에 따른 취득가액의 계산, 제3항 및 제4항에 따른 자산ㆍ부채의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 소득세법 시행령

제55조(사업소득의 필요경비의 계산)

① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

2. 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다.

제89조(자산의 취득가액등)

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 ⁠「자산재평가법」에 의하여 재평가를 한 때에는 그 재평가액을, 자본적지출에 상당하는 금액이 있는 때에는 그 금액을 가산한 금액을 취득가액으로 한다.

▣ 소득세법 시행규칙

제48조(시가의 계산)

영 제89조제1항제3호에서 ⁠“기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 「법인세법 시행령」 제89조를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

▣ 법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등)

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종 시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 ⁠“직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 ⁠“직전 6개월”로 본다.

▣ 상속세 및 증여세법

제61조(부동산 등의 평가)

① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 ⁠“개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

② 제1항제1호 단서에서 ⁠“배율방법”이란 개별공시지가에 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액에 의하여 계산하는 방법을 말한다.

끝.

출처 : 대구지방법원 2023. 10. 26. 선고 대구지방법원 2022구합25652 판결 | 국세법령정보시스템