법인세부과처분취소

 ⁠[서울행정법원 2016. 6. 8. 선고 2014구합75292 판결]

【전문】

【원 고】

주식회사 장미트레이딩 ⁠(소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 2인)

【피 고】

역삼세무서장 ⁠(소송대리인 법무법인 디카이온 담당변호사 서정호 외 1인)

【변론종결】

2016. 4. 27.

【주 문】

 
1.  피고가 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 귀속 법인세 11,500,239,690원(일반과소신고가산세 734,842,898원, 납부불성실가산세 3,392,847,286원 포함)의 부과처분 중 10,021,168,431원(일반과소신고가산세 640,088,021원, 납부불성실가산세 2,956,562,940원 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.
 
2.  원고의 나머지 청구를 기각한다.
 
3.  소송비용 중 87%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】

피고가 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 귀속 법인세 11,500,239,690원(일반과소신고가산세 734,842,898원, 납부불성실가산세 3,392,847,286원 포함)의 부과처분을 취소한다.

【이 유】

1. 처분의 경위
 
가.  주식회사 용명기업(이하 ⁠‘용명기업’이라 한다)은 1973. 5. 21. 설립되어 서울 ⁠(주소 2 생략) 외 4필지 및 그 지상 5층 건물(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 소유하면서 이 사건 부동산에 대한 임대업 등을 영위해 오다가, 2004. 4. 2. 서울 중구청에 대부업 등록을 마치고 대부업 등도 함께 영위하여 왔다. 2008년 8월경 용명기업의 주식 40만주는 소외인과 그 자녀들인 소외 2, 소외 3, 소외 4(소외인은 개명 전 ○○○, 이하 ⁠‘소외인 외 3인’이라 한다)이 각 30%, 30%, 20%, 20%의 비율(이하 ⁠‘기존 비율’이라 한다)로 나누어 보유하고 있었고, 소외인과 소외 2는 용명기업의 대표이사였다.
 
나.  용명기업은 2008. 8. 19. 주식회사 벽진씨앤디(이하 ⁠‘벽진씨앤디’라 한다)와 이 사건 부동산을 390억 원에 매도하기로 하는 내용의 계약(이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하고, 그 무렵 벽진씨앤디로부터 계약금과 중도금 합계 269억 원을 지급받았다.
 
다.  용명기업은 2008. 8. 28. 그 사업부문 중 대부업을 인적분할방식에 따라 분할하여 행복파트너스 주식회사(이하 ⁠‘행복파트너스’라 한다)를 설립한 다음, 용명기업의 총자산 332억 4,900만 원 중 50억 9,400만 원은 용명기업이 보유하고, 나머지 281억 5,500만 원은 행복파트너스에 이전하며, 용명기업의 총부채 341억 7,700만 원(벽진씨앤디로부터 지급받은 269억 원을 유동부채로 계상)은 모두 용명기업이 보유하는 내용의 회사분할을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 분할’이라 하고, 용명기업을 ⁠‘분할 전·후 용명기업’으로 구분하여 칭한다). 이 사건 분할에 따라 분할 후 용명기업은 발행주식수 1만주, 부채 341억 7,700만 원, 자산 50억 9,400만 원으로 290억 8,300만 원 상당으로 자본잠식 상태에 빠지게 되었으나, 행복파트너스는 발행주식수 39만주, 자산만 281억 5,500만 원을 보유하게 되었다. 한편 행복파트너스 주식은 소외인 외 3인이 기존 비율대로 나누어 보유하였다.
 
라.  한편 소외인 외 3인은 2008. 8. 26. 공인회계사인 소외 5로부터 경영컨설팅업을 영위하던 원고(당시 상호는 주식회사 이레파트너스였으나 2008. 12. 12. 현재의 상호로 변경, 이하 상호변경 전·후, 아래에서 보는 합병 전·후를 불문하고 ⁠‘원고’라 한다)의 발행 주식 총수 10,000주를 기존 비율대로 합계 4,000만 원에 인수하고(주주에 대한 가수금 채권 6,308만 8,205원을 역시 기존 비율대로 1,000만 원에 인수함), 소외인과 소외 2는 같은 날 원고의 공동대표이사로 취임하였다.
 
마.  소외인과 소외 2는 2008. 8. 29. 분할 후 용명기업과 원고의 쌍방을 각 공동으로 대표하여 원고가 분할 후 용명기업을 흡수합병하는 계약을 체결하였고, 2008. 10. 8. 합병등기를 마쳤다(이하 ⁠‘이 사건 합병’이라 한다). 원고는 이 사건 합병 당시 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항 제3호에 따라 이 사건 부동산을 대일에셋감정평가법인의 2008. 8. 27.자 감정결과인 339억 447만 3,200원(이하 ⁠‘평가금액’이라 한다)으로 평가하여 승계하였고, 그 결과 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에 따라 평가금액에서 장부가액 43억 7,125만 9,150원을 공제한 295억 3,321만 4,050원의 합병평가차익이 발생하게 되었다. 그런데 이 사건 분할에 따라 분할 후 용명기업이 이미 부채 290억 8,300만 원의 자본잠식 상태에 빠져 있었기 때문에 합병차익은 1억 680만 737원에 불과하였다.
 
바.  원고는 2008. 10. 28. 이 사건 합병에 따라 분할 후 용명기업으로부터 승계한 매도인 지위에서 벽진씨앤디에 이 사건 부동산을 이전함과 동시에 잔금 121억 원을 지급받았다. 이후 원고는 이 사건 부동산 양도에 따른 유형자산처분이익 50억 7,569만 6,811원과 구 법인세법 제17조 제1항 제3호에 따라 합병평가차익 중 합병차익의 범위 내에 있는 1억 680만 737원 합계 51억 8,249만 7,548원을 익금에 산입하여 2008 사업연도 귀속 법인세를 신고, 납부하였다.
 
사.  그런데 서울지방국세청장은 용명기업의 2008 사업연도 법인제세통합조사를 실시한 후 그 결과를 피고에게 통보하였고, 피고는 그 조사결과에 따라 이 사건 분할·합병을 분할 전 용명기업이 벽진씨앤디에 이 사건 부동산을 바로 양도할 경우 납부하여야 할 거액의 법인세를 회피하고자 이루어진 조세회피행위라고 보고, 분할 전 용명기업이 벽진씨앤디에 이 사건 부동산을 바로 양도할 경우 예상되는 유형자산처분이익에서 이미 원고가 입금에 산입한 금액을 공제한 나머지 294억 2,641만 3,313원[(매매대금 390억 원 - 장부가액 43억 7,125만 9,150원 - {합병평가차익 익금산입액 1억 680만 737원 + 유형자산처분이익 익금산입액 50억 9,552만 6,800원(= 매매대금 390억 원 - 평가금액 339억 447만 3,200원)}]을 익금에 산입하는 한편, 잡급, 복리후생비, 여비교통비, 접대비, 기타경비 합계 5,766만 8,674원을 손금에 불산입하여 2013. 8. 1. 원고에 대하여 별지 정당세액계산표 중 이 사건 처분란 기재와 같이 2008 사업연도 귀속 법인세 115억 23만 9,690원(일반과소신고가산세 7억 3,484만 2,898원, 납부불성실가산세 33억 9,284만 7,286원 포함)을 경정·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
 
아.  원고는 2013. 11. 8. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 2014. 9. 25. 기각결정을 받았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제4, 5, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장
 
가.  이 사건 처분의 근거 부존재
피고는 이 사건 처분의 근거로 실질과세원칙의 근거규정인 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제3항 또는 부당행위계산부인의 근거규정인 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 또는 제8호의2를 선택적으로 주장하나, 부당행위계산부인의 해당 근거규정은 손익거래 또는 법인과 주주 사이의 자본거래에서 적용되는 규정이고, 구 국세기본법 제14조 제3항은 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있지 않은 이상 이를 직접 적용하여 과세처분을 할 수 없으므로 위 각 규정을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
 
나.  이 사건 처분의 적법 여부
1) 조세회피 목적의 부존재
구 국세기본법 제14조 제3항을 이 사건 처분의 근거로 볼 수 있다고 하더라도 이 사건 분할·합병은 경영상의 필요에 따라 이루어진 일련의 행위로서 조세회피 목적이 없으므로 구 국세기본법 제14조 제3항을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.
2) 납세의무자의 오인
설령 그렇지 않더라도, 납세의무자는 분할 후 용명기업일 뿐 원고가 될 수 없다.
3) 관할위반 및 납세고지의 하자
납세의무자가 분할 후 용명기업이라면, 과세권은 분할 후 용명기업의 본점 소재지를 관할하는 남대문 세무서장에게 있으므로, 피고의 이 사건 처분은 권한 없는 행정청에 의하여 이루어진 것으로서 위법하고, 이 사건 처분의 납세고지서에도 피합병법인인 용명기업의 2008 의제사업연도에 대한 납세의무 승계분이라는 점이 명시되었어야 하므로 이 점에서도 이 사건 처분은 위법하다.
3. 관계 규정
별지1 기재와 같다.
4. 판단
가. 부당행위계산부인 규정의 적용 가능 여부에 대한 판단
1) 구 법인세법 제52조 제1항 따르면 법인이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 ⁠‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’ 그 행위 또는 소득금액의 계산을 부인할 수 있고, 같은 조 제4항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 제6호에서 ⁠‘금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’를, 제8호의2에서 ⁠‘합병·분할 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 규정하고 있다.
2) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 자산의 특정승계가 이루어지는 손익거래에만 적용되는 규정으로서 자산의 포괄승계가 이루어지는 자본거래인 이 사건 분할과 합병에는 적용될 여지가 없음이 명백하다.
3) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는, 그 규정의 내용 및 문언의 형식과 구 법인세법 시행령 제89조 제5항에 따라 준용되는 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것) 제42조 제1항 제3호, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제31조의9 제2항 제5호 역시 증여이익을 ⁠‘소유지분 또는 그 가액변동에 따른 평가차액’으로 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 법인과 주주 사이의 자본거래를 규율하는 제8호를 보완하는 규정으로서 법인의 이익을 주주에게 분여하는 경우에 적용되는 규정이라 봄이 상당하다. 그러므로 이 사건 분할을 통해 용명기업의 이익이 행복파트너스에게 이전되었다고 하더라도 여기에 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2를 적용하여 이 사건 분할이 부당이득계산부인의 대상이 된다고 볼 수 없다. 또한 이 사건 분할은 인적분할의 방식에 따라 이루어졌고, 이 사건 합병 역시 원고와 분할 후 용명기업의 주주 구성 및 그 주식 지분비율이 동일한 상태에서 이루어진 후 합병 전후 주주들 사이의 지분비율에 아무런 변동이 없으므로 이 사건 분할 및 합병을 통하여 그 주주들에게 어떠한 이익이 분여되었다고 볼 여지도 없다.
 
나.  구 국세기본법 제14조 제3항의 적용에 따른 이 사건 처분의 적법 여부
1) 인정사실
가) 분할 전 용명기업은 벽진씨앤디와 사이에 2007. 2. 15. 이 사건 부동산을 매매대금 390억 원에 매도하기로 하는 계약을 체결하였고 같은 해 3.경 매매대금 외에 추가로 80억 원을 지급받기로 하는 합의를 하였다. 이후 분할 전 용명기업은 2007. 5.경 벽진씨앤디에 이 사건 부동산을 직접 이전하는 경우 예상 법인세를 173억 2,000만 원으로 예상하고, 분할 전 용명기업의 지분을 이전하는 방안 등 절세방안을 검토하였다.
나) 그런데 분할 전 용명기업은 2007. 5. 14. 주식회사 킴앤코(이하 ⁠‘킴앤코’라 한다) 사이에 벽진씨앤디와의 종전 계약이 무효로 되는 경우 이 사건 부동산을 550억 원에 매도하기로 하는 내용의 계약을 체결하고, 같은 달 31. 벽진씨앤디에 ⁠‘잔금수령 거절통지’라는 제목의 내용증명을 발송하였는데, 그 내용증명에는 ⁠‘당사자 부담하여야 할 세금규모가 지나치게 과다하여 ⁠(중략) 귀사와 절세방안에 대한 협상을 수차례 진행한 바 있습니다. ⁠(중략) 양자간 만족할 만한 결론이 도출되지 못하였고 또한 당사 주주들의 반발 역시 비등하여 부득이 계약 유효에 필요한 법적 절차를 밟지 못하게 되었음’이라고 기재되어 있었다. 분할 전 용명기업은 2007. 7. 20.에 이르러 주식회사 킴앤코와 사이에 이 사건 부동산 일대 도시환경정비사업을 공동으로 하는 취지의 합의를 하고, 그 무렵부터 법무법인에 사업 타당성 등에 대한 검토를 의뢰하였다.
다) 그런데 벽진씨앤디가 2008. 6. 25. 서울특별시 중구청장으로부터 이 사건 부동산 일대 도시환경정비사업의 사업시행인가를 받게 되자, 분할 전 용명기업은 2008. 8. 19. 벽진씨앤디와 이 사건 계약을 체결하였기에 이르렀다.
라) 킴앤코는 분할 전 용명기업이 벽진씨앤디와 당초 이 사건 부동산 매매에 따른 절세방안 관하여 협의에 이르지 못하자 자신을 찾아와 공동개발사업을 제안하면서 계약 등을 체결하였음에도 자신과는 아무런 협의 없이 벽진씨앤디와 이 사건 계약을 체결함으로써 공동개발사업의 준비과정에서 막대한 손해를 입게 되었다고 주장하면서 원고와 소외 2를 상대로 50억 원의 지급을 구하는 소(서울중앙지방법원 2010가합19292호)를 제기하였고, 2011. 5. 19. 당사자들 사이에 원고와 소외 2가 연대하여 킴앤코에 5억 5,000만 원을 지급하는 내용의 조정이 이루어짐으로써 분쟁이 종료되었다.
마) 원고는 2009 사업연도부터 2014 사업연도 귀속 법인세 신고서상 수입금액은 0원이고, 2010년 제2기 부가가치세 신고시 매출액 5,000만 원을 신고한 바 있으나, 이는 행복파트너스에 대한 매출이었다.
바) 반면 행복파트너스의 영업수익은 2008년 1억 3,840만 4,843원, 2009년 3억 4,012만 8,607원, 2010년은 16억 6,719만 52원, 2011년은 17억 3,645만 2,292원, 2012년은 29억 1,275만 2,212원, 2013년은 33억 759만 2,395원, 2014년은 20억 8,039만 7,484원으로 변동하여 왔다.
사) 한편 분할 후 용명기업의 2008 사업연도 개시 전 5개 사업연도의 이월결손금은 15억 6,041만 6,745원, 2008 의제사업연도(2008. 1. 1.부터 같은 해 10. 8.까지) 결손금은 22억 3,171만 1,435원이다.
[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제5 내지 17호증, 을 제12, 24, 25호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지.
2) 구 국세기본법 제14조 제3항의 규범력
가) 구 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두11948 판결 등 참조). 그리고 위 규정이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조).
나) 구 국세기본법 제14조 제3항은 2007. 12. 31. 법률 제8830호로 신설된 것으로서 ⁠‘제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다’고 규정하고 있다. 납세의무자가 선택한 거래형식은 원칙적으로 세법상 존중되어야 하고, 실질과세의 원칙만을 내세워 납세의무자가 선택한 거래형식을 부인하는 경우 납세의무자의 예측가능성 법적 안정성이 침해되고, 나아가 조세법률주의에 반하는 결과를 가져오게 된다. 그와 같은 이유로 구 국세기본법 제1항의 규정만으로 납세의무자가 선택한 거래형식을 부인할 수 있는지 여부에 대하여 견해의 대립이 있었다. 그러나 오로지 세법상 혜택을 받을 목적으로 거래형식 선택의 자유를 남용하는 납세의무자의 조세회피행위를 모두 허용한다면 조세형평에 반하는 결과가 될 뿐만 아니라 나아가 조세법률주의의 형해화를 가져오게 된다. 구 국세기본법 제14조 제3항은 실질과세의 원칙을 적용하여 제한적으로나마 경제적 실질에 의한 거래의 재구성을 인정하는 근거를 마련함으로써 점차 고도화·전문화되는 조세회피행위에 대응하기 위하여 마련된 규정이다. 따라서 구 국세기본법 제14조 제3항을 단순한 선언적 의미의 규정에 불과하여 그 자체로 규범력을 가지지 못하고 개별적, 구체적인 부인규정이 마련되어야만 비로소 적용될 수 있다는 해석은 받아들일 수 없고, 개별 세법을 적용함에 있어 일정한 요건을 갖춘 경우 납세의무자가 선택한 거래형식을 부인하고 그 거래를 재구성할 수 있는 근거 규정으로서 규범력을 가진다고 봄이 상당하다(원고가 원용하는 대법원 판결은 구 국세기본법 제14조 제3항이 신설되기 전의 사안에 대한 것으로서 이 사건에 적용하기에 적절하지 않다).
3) 구 국세기본법 제14조 제3항의 요건 및 효과
구 국세기본법 제14조 제3항이 적용되려면, 먼저 우회행위 또는 다단계 행위가 있어야 하고, 다음으로 부당한 조세회피 목적이 있어야 한다. 여기서 우회행위는 사전적으로는 둘 이상의 당사자 사이의 거래에서 중간에 제3자를 끼워 넣음으로써 두 당사자의 거래가 직접적인 것이 아니라 간접적인 것이 되도록 하는 행위를 의미한다고 해석되지만, 구 국세기본법 제14조 제3항이 점차 고도화·전문화되는 조세회피행위를 방지하기 위해 신설된 규정이라는 측면을 감안하면, 납세의무자가 제3자를 통한 우회적 행위로 과세요건을 벗어나는 상태를 의미하는 것으로 널리 이해함이 상당하다. 다음으로 부당한 조세회피 목적은 통상적인 거래 형식을 취하였더라면 받을 수 없는 세법상의 혜택을 비합리적인 다른 거래 형식을 취함으로써 받으려는 의사를 의미한다. 그리고 이와 같은 조세회피 목적이 있는지 여부는, 우회거래 또는 다단계거래의 경위와 목적, 그와 같은 거래가 통상적인 것인지, 사업목적상 합리성이 있는지 여부 등을 두루 고려하여 종합적으로 판단하여야 한다.
구 국세기본법 제14조 제3항이 적용된 결과 어떤 행위가 조세회피행위라고 인정되면, 그가 취한 거래의 형식이 세법상 부인되고 일반적으로 취할 수 있는 통상의 거래형식에 따라 거래가 재구성되며 재구성된 거래에 따라 세법이 적용된다. 다만 거래의 재구성은 세법의 적용에 필요한 한도 내에서의 재구성을 의미하며 거래가 재구성된다고 하여 그 행위의 사법상 효과까지 부인되는 것은 아니다.
4) 조세회피행위에 해당하는지 여부
가) 앞서 본 인정사실에 의하면, 분할 전 용명기업은 최초 벽진씨앤디와 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결한 후 양도소득에 따른 거액의 법인세 부담을 예상하고 절세방안을 강구하여 왔다. 먼저 그 절세방안으로 벽진씨앤디가 분할 전 용명기업의 지분을 인수하는 방안이 먼저 논의되었으나 벽진씨엔디의 협조가 이루어지지 않자 분할 전 용명기업은 최초 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 해제한 다음 킴앤코와 이 사건 부동산 일대의 도시환경정비사업을 공동으로 진행하려 하기도 하였다. 그러던 중 벽진씨앤디가 먼저 사업시행인가를 받자 분할 전 용명기업은 부득이 이 사건 계약을 체결할 수밖에 없었던 것으로 보인다. 그런데 이 사건 계약 체결 후 1주일이 지나 분할 전 용명기업의 주주였던 소외인 외 3인은 용명기업과는 사업목적이 상이한 경영컨설팅업을 영위하는 원고를 인수하였고, 이 사건 분할은 그로부터 2일 후, 이 사건 합병은 또 그 다음 날 순차로 이루어졌다. 당시 구 법인세법령이 합병에 관하여 청산소득·합병평가차익 과세방식을 취하면서 익금산입대상인 합병평가차익을 합병차익을 한도로 제한하는 입장을 취하고 있었기 때문에 결국 이러한 과정을 통해 이 사건 부동산 매매로 인하여 납부해야 하는 법인세액은 1/6이상 감소될 수 있었다.
나) 먼저 이 사건 분할에 관하여 살피건대, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 분할이 이 사건 합병의 전단계 행위로서 결국 조세회피행위를 이루는 다단계 행위 중 하나로 볼 여지가 없는 것은 아니지만, 앞서 본 바와 같이 행복파트너스는 이 사건 분할 후 정상적인 사업을 영위하면서 매년 상당한 영업수익을 내고 있는 것으로 보이는 점 등을 감안하여 보면, 행복파트너스의 주주인 소외인 외 3인에게 당시 분할 전 용명기업의 일부 사업부문을 분리하여 우량회사를 만들어 사업을 영위하고자 하는 정당한 사업목적이 있었다고 볼 여지 또한 있다고 보이므로, 이 사건 분할을 조세회피행위라고 단정하기는 어렵다.
다) 다음으로 이 사건 합병에 관하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 분할 전 용명기업은 원고와 영위하는 사업이 전혀 달랐던 점, 소외인 외 3인이 원고를 인수한 후 불과 3일 만에 이 사건 합병이 이루어졌던 점, 이 사건 합병 이후 원고는 이 사건 부동산을 이전함으로써 부동산 임대업을 할 대상 부동산을 보유하지 못하였고 특별히 경영컨설팅업을 할 만한 인적·물적 시설도 갖추지 못하였던 것으로 보이는 점, 실제로 원고의 법인세 및 부가가치세 신고 내역을 살펴 볼 때 원고가 이 사건 합병 이후 정상적인 사업활동을 하였다고는 보이지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 결국 분할 후 용명기업은 벽산씨앤디에 이 사건 부동산을 바로 이전할 수 있었음에도 제3자인 원고(엄밀히 말하면 합병 전 주식회사 이레파트너스)를 통하여 우회적으로 과세요건을 벗어나는 행위를 하였고, 당시 이 사건 합병을 통하여 정상적인 사업을 영위하려는 목적이나 다른 합리적인 이유도 찾기 어렵다. 결국 이 사건 합병은 거래형식 선택의 자유를 남용하여 오로지 조세회피의 목적으로 이루어진 것으로서 구 국세기본법 제14조 제3항이 정한 우회행위에 의한 조세회피행위라고 판단된다.
5) 납세의무자가 원고인지 여부
이 사건 합병을 조세회피행위라고 보는 이상, 이 사건 합병의 효력은 세법상 부인되고 결국 세법의 적용에 있어 필요한 한도 내에서 이 사건 부동산의 이전은 일응 분할 후 용명기업과 벽산씨앤디와의 직접 거래로 재구성할 수 있다 할 것이다. 다만, 앞서 본 바와 같이 분할 후 용명기업은 현재 이 사건 합병의 사법적 효과로 인하여 원고에게 흡수합병되어 소멸된 상태로서 원고만이 존속하고 있는 점, 분할 후 용명기업과 원고의 주주구성 및 임원구성은 합병 전후에 걸쳐 동일한 점, 분할 후 용명기업에서 원고에게 이전된 자산은 실질적으로 이 사건 부동산뿐이었고 결국 이 사건 부동산은 원고에 의해 벽산씨앤디에게 이전되었던 점, 원고는 분할 후 용명기업과는 다른 어떤 사업을 영위하고 있지 아니한 점 등을 감안하여 보면, 원고(엄밀히 말하면 합병 후 주식회사 이레파트너스 또는 상호변경 후 주식회사 장미트레이딩)는 분할 후 용명기업이 법인세를 절감하기 위해 이 사건 합병의 형식을 갖추기 위해 생겨난 법인으로서 결국 분할 후 용명기업과는 상호와 본점 소재지만을 바꾼 동일 법인으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 부동산의 이전은 원고와 벽산씨앤디와의 직접 거래로 재구성함이 타당하므로 결국 납세의무자는 원고가 된다.
6) 관할 및 납세고지의 하자가 있는지 여부
앞서 본 바와 같이 납세의무자를 원고로 보는 이상 과세권은 피고에게 있을 뿐만 아니라, 이 사건 처분의 과세기간은 분할 후 용명기업의 의제사업연도가 아니라 분할 후 용명기업과 동일시되는 원고의 2008 사업연도이므로, 납세고지서에 별도로 용명기업의 납세의무 승계분이라고 명시하지 않았다거나 과세연도를 의제사업연도로 기재하지 않았다고 하여 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.
 
다.  소결론
이 사건 분할은 조세회피행위로 볼 수 없지만 이 사건 합병은 조세회피행위로 봄이 상당하고, 납세의무자는 분할 후 용명기업과 동일시되는 원고이다. 다만, 앞서 본 바와 같이 분할 후 용명기업의 제무제표상 2008년 사업연도 개시 전 5개 년도에 걸쳐 발생한 이월결손금은 15억 6,041만 6,745원, 2008 의제사업연도 결손금은 22억 3,171만 1,435원이므로, 분할 후 용명기업이 벽산디앤씨에게 바로 이 사건 부동산을 이전하였을 경우 각 이월결손금 및 결손금을 감안하여 원고가 납부하여야 할 정당세액을 계산하면 별지2 정당세액계산표 중 정당세액란 기재와 같이 100억 2,116만 8,431원(과소신고가산세 6억 4,008만 8,021원, 납부불성실가산세 29억 5,656만 2,940원)이 된다. 결국 이 사건 처분은 위 정당세액을 초과하는 부분만큼은 위법하다고 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 부분은 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김병수(재판장) 유성욱 장인혜

출처 : 서울행정법원 2016. 06. 08. 선고 2014구합75292 판결 | 사법정보공개포털 판례