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특수관계자 특허권 양수 거래의 실질귀속 여부 및 법인세 부당행위 계산 부인

부산지방법원 2022구합20106
판결 요약
회사 직원(특수관계자) 명의 특허를 회사가 매입했으나, 특허 실질 귀속이 회사로 인정되어 법인세 부당행위계산 부인이 적용되었습니다. 회사 설비·연구소·자금 투입 및 발명과정 기여 등을 근거로 하였고, 특허권 이전거래는 인정되지 않아 세무서의 과세처분이 적법하다고 판단하였습니다.
#특허권 귀속 #특수관계자 거래 #부당행위계산 부인 #법인세 #회사 특허
질의 응답
1. 직원의 명의로 된 특허권을 회사가 매입했을 때 세무상 처리 기준은 무엇인가요?
답변
특허의 실질 권리귀속이 누구에게 있는지가 세무상 핵심 판단 기준입니다. 설비·인력·자금 등이 실질적으로 회사로부터 지원되어 발명된 경우, 특허권은 처음부터 회사에 귀속된 것으로 인정되어, 매입거래는 인정되지 않고 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있습니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106 판결은 금형개발 특허가 회사의 설비와 연구소, 인력, 연구개발비 등 실질적 기여로 완성되었고, 직원은 명의만 가졌을 뿐 실질권리자는 회사임을 이유로, 특허권 양수거래를 부인하고 과세관청의 세금부과를 적법하다고 판시하였습니다.
2. 직원이 회사 발명 특허를 명의로 등록했다가 회사에 양도할 때, 법인은 양수지급액을 비용으로 인정받을 수 있나요?
답변
실질적으로 회사가 발명자의 역할 및 발명과정에 실질 기여를 했고, 연구소 및 연구비 투입이 인정되는 경우, 정상 거래로 볼 수 없어 비용처리가 인정되지 않을 가능성이 높습니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106 판결은 직원(특수관계자) 명의 특허권이 회사의 설비·인력·연구개발비 등으로 완성된 것임을 들어, 회사가 지급한 특허 양수대금 및 감가상각비의 손금산입을 부인하였습니다.
3. 특허권 귀속의 실질 판단에 어떤 요소들이 고려되나요?
답변
설비·인력·연구비의 지원, 발명목적과 기업연구소 기능, 특허 개발과정에서 회사의 실제 기여, 발명자의 직무 내용 등이 모두 고려됩니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106 판결은 기업부설연구소 운영, 연구비 지출, 발명과정 기여여부, 발명자 직무 및 주주·이사 여부 등을 구체적으로 묘사하며 실질 권리귀속 판단의 기준을 설시하였습니다.
4. 부당행위계산부인 제도는 어떤 경우 적용되는지요?
답변
특수관계자 거래에서 경제적 합리성 없는 행위로 조세회피 목적이 인정될 때 적용됩니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106 판결은 법인세법 제52조를 근거로, 비정상적인 특수관계자 거래에 경제적 합리성이 없고 조세경감 목적이 있다고 인정될 경우 부당행위계산부인 제도를 적용한다고 판시하였습니다.
5. 기업부설연구소에서 연구개발비를 지출한 경우 특허의 귀속은 어떻게 판단하나요?
답변
기업부설연구소 설립/운영 및 연구개발비 지출 등 회사의 연구활동이 특허 개발과정과 관련된다면 특허는 회사 귀속으로 보는 것이 타당합니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106은 회사 명의 연구소가 특허와 관련된 연구 지출, 특허 개발목적과 연구기능이 중복, 실제 특허 활용 경위 등을 실질귀속의 근거로 채택하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 실질적인 권리자라고 보기 어려우며, 이 사건 특허권은 당초부터 원고에게 귀속된 것으로 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2022구합20106 법인세등부과처분취소

원 고

AAAA주식회사

피 고

BBB세무서장

변 론 종 결

2022. 12. 15.

판 결 선 고

2023. 2. 2.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 1. 4. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 법인세 2,118,410원(가산세 포함) 부과처분과 소득자를 CCC, DDD으로 한 별지1 목록 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자들의 관계

1) 원고 대표이사 EEE은 그 명의로 사업자등록 한 사업체(AAAA공업사)로 금형제조업 등을 영위하던 중 2012. 5. 18. 원고를 설립하여 위 사업체를 법인으로 전환하였다.

2) CCC과 DDD은 EEE의 아들들로, 원고 소속 직원이자 원고의 이사로 각 등재된 사람이다.

나. CCC과 DDD의 특허출원·등록, 원고의 특허권 양수

1) CCC과 DDD은 아래 표와 같이 금형을 가공할 금속블록을 손쉽게 위치설정할 수 있는 새로운 구조의 금형가공용 MCT와 관련된 발명에 관하여 특허권자, 발명인을 모두 자신들로 한 특허를 출원·등록하였다(이하 ⁠‘이 사건 특허권’이라 한다).

2) 원고는 감정평가법인 주식회사 FFFF에 이 사건 특허권에 관한 감정평가를 의뢰하였고, 위 감정평가법인은 2019. 8. 19. 이 사건 특허의 감정평가액을 18억 원으로 산정하였다.

3) 원고는 2019. 9. 2.자 이사회 결의와 2019. 9. 18.자 주주총회결의를 거쳐 CCC, DDD으로부터 이 사건 특허권을 9억 원에 매입하기로 하고, 2019. 9. 18. CCC, DDD으로부터 위 특허권을 9억 원에 양수하였다.

4) 이후 원고는 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상하고 위 특허권에 대한 감가상각비를 손금산입하여 2019 사업연도 법인세 과세표준을 신고하였다.

다. 피고의 이 사건 각 처분

1) 피고는 이 사건 특허권이 당초부터 원고에게 귀속되는 것으로 보아, 이 사건 특허권 거래와 그에 따라 계산된 감가상각비를 부인하여 2021. 1. 4. 원고에게 2019년 사업연도 귀속 법인세 2,118,410원(가산세 포함)을 경정·고지하고, 별지1 목록 기재와 같이 소득자를 CCC, DDD으로, 소득의 종류를 상여로, 소득금액을 CCC은 7억 2,000만 원, DDD은 1억 8,000만 원으로 하는 각 소득금액변동통지를 하였다(이하 이를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2) 원고는 2021. 3. 31. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 10. 20. 원고의 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 8, 10, 11, 14호증, 을 제2호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고 이 사건 특허권은 CCC, DDD이 10년 이상 금형 제조와 관련된 실무를 경험하면서 자신들의 노력을 실제로 투입하여 취득한 것으로 CCC, DDD 개인의 소유이다. CCC, DDD은 이 사건 특허의 발명 과정에서 원고의 인적·물적 지원에 따른 기여도를 50%로 인정하여 이 사건 특허권을 가치평가액의 50%인 9억 원에 양도한 것이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 피고 이 사건 특허권은 원고의 설비와 인력을 통하여 발명한 것으로 그 실질적 귀속자는 원고이다. 설령 이 사건 특허권의 발명자가 CCC, DDD이라고 하더라도 위 특허권은 원고의 업무범위에 속하므로 직무발명에 해당하는데, 원고가 위 특허권의 양도대가 명목으로 CCC, DDD에게 지급한 돈을 직무발명보상금으로 지급한 것으로 볼 수도 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 참조).

2) 구체적 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거, 갑 제6호증, 을 제5 내지 9호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 실질적인 권리자라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 각 처분은 적법하고 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다(CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 실질적인 권리자가 아니라고 판단하는 이상, 피고의 나머지 주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 않는다).

① 앞서 본 바와 같이 이 사건 특허권은 금형을 가공할 금속블록을 손쉽게 위치 설정할 수 있도록 된 새로운 구조의 금형가공용 MCT에 관한 것이다. 그런데 별지3 기재와 같은 이 사건 특허권의 청구항 내용을 살펴보면, 이는 단순한 구상만으로는 개발이 어렵고, 기술의 실현 가능성·효율성·안전성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 또는 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 설비나 비용이 필요할 것으로 보이는 바, 개인이 이를 모두 고안해 내는 것은 상당히 어려울 것으로 보인다.

② 원고는 2016. 2. 19. 기업부설연구소를 설립한 이래 현재까지 연구전담요원을 배치하여 이를 운영하고 있다. 원고가 사단법인 GGGGGGGGGG에 제출한 부설 연구소 신고서에 따르면, 위 부설연구소가 관장할 기능에 ⁠‘주조품 품질안정화를 위해 금형에 적용할 수 있는 기술개발’이 포함되어 있고, 전문연구분야는 ⁠‘다이캐스팅 금형구조와 주조 프로세스를 이해하여 주조품 품질 안정화를 할 수 있는 금형 개발’로, 이 사건 특허권의 목적인 주조품 품질의 안정화(이 사건 특허권의 발명 목적 역시 금속블록을 더욱 정확히 가공할 수 있는 것에 있다)와 중복된다.

나아가 원고는 위와 같이 설립한 기업부설연구소에 2019년까지 합계 2,689,383,490원(2016년 481,373,224원, 2017년 674,911,573원, 2018년 636,404,463원, 2019년 896,694,230원)에 달하는 연구개발비를 지출하는 등 연구개발을 지속해서 하여 온 점 등에 비추어 보면, 이 사건 특허권을 원고 기업부설연구소와 무관하게 CCC과 DDD 개인이 발명한 것으로 보기는 어렵다.

③ 이에 관하여 원고는, 원고의 기업부설연구소는 초정밀 주조 금형 연구를 진행하여 이 사건 특허권과는 전혀 다른 업무를 수행한다고 주장한다. 그러나 ㉠ 위 기업부설연구소가 위와 같은 원고의 개발비용 투입에 따라 원고 주장과 같은 연구를 수행하였음을 인정할만한 객관적 증거는 찾아볼 수 없는 점(원고는 위 기업부설연구소가 고진공 다이캐스팅 공법 등을 연구하고 있다고 주장하나, 이는 위 기업부설연구소 신고 당시 원고가 예정한 연구개발활동에 관한 것이고, 실제로 위 기업부설연구소가 원고 주장과 같은 연구활동을 하였음을 인정할만한 자료는 찾아볼 수 없다), ㉡ 원고에 따르면 위 기업부설연구소는 설립 이후로 특허권 등을 개발하여 출원 또는 등록한 사실이 전혀 없다는 것인데, 이는 위에서 본 바와 같은 원고의 연구개발비 지출 등에 비추어 볼 때 납득하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

④ 원고는 이 사건 특허권은 ⁠‘아이디어 착상’만으로 발명이 가능하여 실무 경험만으로도 충분히 발명할 수 있는 성질의 특허권이라고도 주장한다. 그러나 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금․설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다[대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320(병합) 판결 등 참조].

원고는 CCC과 DDD이 이 사건 특허를 개발하였음을 입증할 주요 증거로 연구노트 등 연구자료(갑 제15, 17호증)와 원고 기업부설연구소 소장 또는 이 사건 특허출원을 대리한 변리사의 사실확인서(갑 제13, 16호증) 등을 제출하였다. 그러나 ㉠ 원고에 따르더라도 CCC은 구매 거래처를 관리하는 업무를 주된 직무로, DDD은 기술영업 총괄 업무를 주된 직무로 하여 개발업무를 직접 담당하지는 않는 것으로 보이는 점, ㉡ 원고가 심판청구 당시 CCC, DDD이 작성하였다고 주장하며 제출한 연구노트는 그 내용이 특허출원서의 내용과 유사하여 사후에 작성되었을 가능성을 배제할 수 없고, 이 법원에 추가로 제출한 연구노트에 의하더라도 CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 발명에 구체적으로 어떠한 기여를 하였는지 파악하기 어려우며, 그 외 CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 발명 과정에 어떠한 역할을 하였는지 인정할만한 객관적 자료도 없는 점, ㉢ 이에 반하여 원고는 위에서 본 바와 같이 기업부설연구소를 통하여 상당한 규모의 연구비를 지출한 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 CCC과 DDD이 이 사건 특허권을 실제 발명하였음을 인정하기에 부족하다.

설령 CCC과 DDD이 ⁠‘기술적 사상의 창작행위’에 일부 관여하였다고 하더라도, 앞서 든 사정들, CCC과 DDD이 원고의 주주(CCC과 DDD은 원고 발행주식 중 각 45%의 지분을 보유하고 있다)이자 사내이사인 점 등을 감안하면, CCC과 DDD이 원고와 별개의 지위에서 독자적으로 이 사건 특허권을 발명하였다고 인정하기도 어렵다.

⑤ 원고는 이 사건 특허권이 CCC과 DDD의 독자적 발명이라고 주장하면서도 위 특허권의 평가액 중 절반인 9억 원에 이를 취득하였다. 원고는 CCC과 DDD의 요청에 따라 이 사건 특허권의 내용을 구체화하기 위한 설비나 인력 등을 지원하였고, 이에 CCC과 DDD이 위 특허권에 관한 원고의 기여를 50%로 인정하여 취득가격을 결정하였다고 주장하나, 앞서 본 사정들에 비추어 보면 위와 같은 원고의 주장은 역시 쉽게 받아들이기 어렵다.

오히려 ㉠ 원고는 이 사건 특허권을 양수하였음에도 이를 실제 활용하고 있는 것으로는 보이지는 않는 점, ㉡ 원고가 이 사건 특허권을 양수한 근거가 된 감정평가서는 원고의 향후 매출추정액을 원고로부터 받은 매출실적, 수주실적, 매출계획 등 자료만으로 산출한 것으로 보이고, 나아가 위 특허권의 개별기술강도 역시 별다른 근거를 제시하지 아니한 채 20개 평가지표 중 14개 지표에 3점 이상(각 평가지표의 만점은 5점이다)을 부여하여 개별기술강도를 58%로 결정하고 이를 근거로 위 특허권의 가치를 평가하는 등 그 신뢰성에 다소 의문이 있는 점 등을 고려하면, 원고는 위 특허권의 양수가 법인자금의 부당유출에 해당할 가능성이 있음을 인식하고 그 평가액 중 50%에 해당하는 금액만 매매대금으로 산정하여 이를 취득한 것으로 봄이 상당하다. 즉, 이 사건 특허권의 이전 경위에 비추어 보더라도 이 사건 특허권은 당초부터 원고에게 귀속된 것으로 봄이 타당하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2023. 02. 02. 선고 부산지방법원 2022구합20106 판결 | 국세법령정보시스템

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특수관계자 특허권 양수 거래의 실질귀속 여부 및 법인세 부당행위 계산 부인

부산지방법원 2022구합20106
판결 요약
회사 직원(특수관계자) 명의 특허를 회사가 매입했으나, 특허 실질 귀속이 회사로 인정되어 법인세 부당행위계산 부인이 적용되었습니다. 회사 설비·연구소·자금 투입 및 발명과정 기여 등을 근거로 하였고, 특허권 이전거래는 인정되지 않아 세무서의 과세처분이 적법하다고 판단하였습니다.
#특허권 귀속 #특수관계자 거래 #부당행위계산 부인 #법인세 #회사 특허
질의 응답
1. 직원의 명의로 된 특허권을 회사가 매입했을 때 세무상 처리 기준은 무엇인가요?
답변
특허의 실질 권리귀속이 누구에게 있는지가 세무상 핵심 판단 기준입니다. 설비·인력·자금 등이 실질적으로 회사로부터 지원되어 발명된 경우, 특허권은 처음부터 회사에 귀속된 것으로 인정되어, 매입거래는 인정되지 않고 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있습니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106 판결은 금형개발 특허가 회사의 설비와 연구소, 인력, 연구개발비 등 실질적 기여로 완성되었고, 직원은 명의만 가졌을 뿐 실질권리자는 회사임을 이유로, 특허권 양수거래를 부인하고 과세관청의 세금부과를 적법하다고 판시하였습니다.
2. 직원이 회사 발명 특허를 명의로 등록했다가 회사에 양도할 때, 법인은 양수지급액을 비용으로 인정받을 수 있나요?
답변
실질적으로 회사가 발명자의 역할 및 발명과정에 실질 기여를 했고, 연구소 및 연구비 투입이 인정되는 경우, 정상 거래로 볼 수 없어 비용처리가 인정되지 않을 가능성이 높습니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106 판결은 직원(특수관계자) 명의 특허권이 회사의 설비·인력·연구개발비 등으로 완성된 것임을 들어, 회사가 지급한 특허 양수대금 및 감가상각비의 손금산입을 부인하였습니다.
3. 특허권 귀속의 실질 판단에 어떤 요소들이 고려되나요?
답변
설비·인력·연구비의 지원, 발명목적과 기업연구소 기능, 특허 개발과정에서 회사의 실제 기여, 발명자의 직무 내용 등이 모두 고려됩니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106 판결은 기업부설연구소 운영, 연구비 지출, 발명과정 기여여부, 발명자 직무 및 주주·이사 여부 등을 구체적으로 묘사하며 실질 권리귀속 판단의 기준을 설시하였습니다.
4. 부당행위계산부인 제도는 어떤 경우 적용되는지요?
답변
특수관계자 거래에서 경제적 합리성 없는 행위로 조세회피 목적이 인정될 때 적용됩니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106 판결은 법인세법 제52조를 근거로, 비정상적인 특수관계자 거래에 경제적 합리성이 없고 조세경감 목적이 있다고 인정될 경우 부당행위계산부인 제도를 적용한다고 판시하였습니다.
5. 기업부설연구소에서 연구개발비를 지출한 경우 특허의 귀속은 어떻게 판단하나요?
답변
기업부설연구소 설립/운영 및 연구개발비 지출 등 회사의 연구활동이 특허 개발과정과 관련된다면 특허는 회사 귀속으로 보는 것이 타당합니다.
근거
부산지방법원 2022-구합-20106은 회사 명의 연구소가 특허와 관련된 연구 지출, 특허 개발목적과 연구기능이 중복, 실제 특허 활용 경위 등을 실질귀속의 근거로 채택하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 실질적인 권리자라고 보기 어려우며, 이 사건 특허권은 당초부터 원고에게 귀속된 것으로 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2022구합20106 법인세등부과처분취소

원 고

AAAA주식회사

피 고

BBB세무서장

변 론 종 결

2022. 12. 15.

판 결 선 고

2023. 2. 2.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 1. 4. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 법인세 2,118,410원(가산세 포함) 부과처분과 소득자를 CCC, DDD으로 한 별지1 목록 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자들의 관계

1) 원고 대표이사 EEE은 그 명의로 사업자등록 한 사업체(AAAA공업사)로 금형제조업 등을 영위하던 중 2012. 5. 18. 원고를 설립하여 위 사업체를 법인으로 전환하였다.

2) CCC과 DDD은 EEE의 아들들로, 원고 소속 직원이자 원고의 이사로 각 등재된 사람이다.

나. CCC과 DDD의 특허출원·등록, 원고의 특허권 양수

1) CCC과 DDD은 아래 표와 같이 금형을 가공할 금속블록을 손쉽게 위치설정할 수 있는 새로운 구조의 금형가공용 MCT와 관련된 발명에 관하여 특허권자, 발명인을 모두 자신들로 한 특허를 출원·등록하였다(이하 ⁠‘이 사건 특허권’이라 한다).

2) 원고는 감정평가법인 주식회사 FFFF에 이 사건 특허권에 관한 감정평가를 의뢰하였고, 위 감정평가법인은 2019. 8. 19. 이 사건 특허의 감정평가액을 18억 원으로 산정하였다.

3) 원고는 2019. 9. 2.자 이사회 결의와 2019. 9. 18.자 주주총회결의를 거쳐 CCC, DDD으로부터 이 사건 특허권을 9억 원에 매입하기로 하고, 2019. 9. 18. CCC, DDD으로부터 위 특허권을 9억 원에 양수하였다.

4) 이후 원고는 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상하고 위 특허권에 대한 감가상각비를 손금산입하여 2019 사업연도 법인세 과세표준을 신고하였다.

다. 피고의 이 사건 각 처분

1) 피고는 이 사건 특허권이 당초부터 원고에게 귀속되는 것으로 보아, 이 사건 특허권 거래와 그에 따라 계산된 감가상각비를 부인하여 2021. 1. 4. 원고에게 2019년 사업연도 귀속 법인세 2,118,410원(가산세 포함)을 경정·고지하고, 별지1 목록 기재와 같이 소득자를 CCC, DDD으로, 소득의 종류를 상여로, 소득금액을 CCC은 7억 2,000만 원, DDD은 1억 8,000만 원으로 하는 각 소득금액변동통지를 하였다(이하 이를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2) 원고는 2021. 3. 31. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 10. 20. 원고의 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 8, 10, 11, 14호증, 을 제2호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고 이 사건 특허권은 CCC, DDD이 10년 이상 금형 제조와 관련된 실무를 경험하면서 자신들의 노력을 실제로 투입하여 취득한 것으로 CCC, DDD 개인의 소유이다. CCC, DDD은 이 사건 특허의 발명 과정에서 원고의 인적·물적 지원에 따른 기여도를 50%로 인정하여 이 사건 특허권을 가치평가액의 50%인 9억 원에 양도한 것이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 피고 이 사건 특허권은 원고의 설비와 인력을 통하여 발명한 것으로 그 실질적 귀속자는 원고이다. 설령 이 사건 특허권의 발명자가 CCC, DDD이라고 하더라도 위 특허권은 원고의 업무범위에 속하므로 직무발명에 해당하는데, 원고가 위 특허권의 양도대가 명목으로 CCC, DDD에게 지급한 돈을 직무발명보상금으로 지급한 것으로 볼 수도 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 참조).

2) 구체적 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거, 갑 제6호증, 을 제5 내지 9호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 실질적인 권리자라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 각 처분은 적법하고 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다(CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 실질적인 권리자가 아니라고 판단하는 이상, 피고의 나머지 주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 않는다).

① 앞서 본 바와 같이 이 사건 특허권은 금형을 가공할 금속블록을 손쉽게 위치 설정할 수 있도록 된 새로운 구조의 금형가공용 MCT에 관한 것이다. 그런데 별지3 기재와 같은 이 사건 특허권의 청구항 내용을 살펴보면, 이는 단순한 구상만으로는 개발이 어렵고, 기술의 실현 가능성·효율성·안전성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 또는 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 설비나 비용이 필요할 것으로 보이는 바, 개인이 이를 모두 고안해 내는 것은 상당히 어려울 것으로 보인다.

② 원고는 2016. 2. 19. 기업부설연구소를 설립한 이래 현재까지 연구전담요원을 배치하여 이를 운영하고 있다. 원고가 사단법인 GGGGGGGGGG에 제출한 부설 연구소 신고서에 따르면, 위 부설연구소가 관장할 기능에 ⁠‘주조품 품질안정화를 위해 금형에 적용할 수 있는 기술개발’이 포함되어 있고, 전문연구분야는 ⁠‘다이캐스팅 금형구조와 주조 프로세스를 이해하여 주조품 품질 안정화를 할 수 있는 금형 개발’로, 이 사건 특허권의 목적인 주조품 품질의 안정화(이 사건 특허권의 발명 목적 역시 금속블록을 더욱 정확히 가공할 수 있는 것에 있다)와 중복된다.

나아가 원고는 위와 같이 설립한 기업부설연구소에 2019년까지 합계 2,689,383,490원(2016년 481,373,224원, 2017년 674,911,573원, 2018년 636,404,463원, 2019년 896,694,230원)에 달하는 연구개발비를 지출하는 등 연구개발을 지속해서 하여 온 점 등에 비추어 보면, 이 사건 특허권을 원고 기업부설연구소와 무관하게 CCC과 DDD 개인이 발명한 것으로 보기는 어렵다.

③ 이에 관하여 원고는, 원고의 기업부설연구소는 초정밀 주조 금형 연구를 진행하여 이 사건 특허권과는 전혀 다른 업무를 수행한다고 주장한다. 그러나 ㉠ 위 기업부설연구소가 위와 같은 원고의 개발비용 투입에 따라 원고 주장과 같은 연구를 수행하였음을 인정할만한 객관적 증거는 찾아볼 수 없는 점(원고는 위 기업부설연구소가 고진공 다이캐스팅 공법 등을 연구하고 있다고 주장하나, 이는 위 기업부설연구소 신고 당시 원고가 예정한 연구개발활동에 관한 것이고, 실제로 위 기업부설연구소가 원고 주장과 같은 연구활동을 하였음을 인정할만한 자료는 찾아볼 수 없다), ㉡ 원고에 따르면 위 기업부설연구소는 설립 이후로 특허권 등을 개발하여 출원 또는 등록한 사실이 전혀 없다는 것인데, 이는 위에서 본 바와 같은 원고의 연구개발비 지출 등에 비추어 볼 때 납득하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

④ 원고는 이 사건 특허권은 ⁠‘아이디어 착상’만으로 발명이 가능하여 실무 경험만으로도 충분히 발명할 수 있는 성질의 특허권이라고도 주장한다. 그러나 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금․설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다[대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320(병합) 판결 등 참조].

원고는 CCC과 DDD이 이 사건 특허를 개발하였음을 입증할 주요 증거로 연구노트 등 연구자료(갑 제15, 17호증)와 원고 기업부설연구소 소장 또는 이 사건 특허출원을 대리한 변리사의 사실확인서(갑 제13, 16호증) 등을 제출하였다. 그러나 ㉠ 원고에 따르더라도 CCC은 구매 거래처를 관리하는 업무를 주된 직무로, DDD은 기술영업 총괄 업무를 주된 직무로 하여 개발업무를 직접 담당하지는 않는 것으로 보이는 점, ㉡ 원고가 심판청구 당시 CCC, DDD이 작성하였다고 주장하며 제출한 연구노트는 그 내용이 특허출원서의 내용과 유사하여 사후에 작성되었을 가능성을 배제할 수 없고, 이 법원에 추가로 제출한 연구노트에 의하더라도 CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 발명에 구체적으로 어떠한 기여를 하였는지 파악하기 어려우며, 그 외 CCC과 DDD이 이 사건 특허권의 발명 과정에 어떠한 역할을 하였는지 인정할만한 객관적 자료도 없는 점, ㉢ 이에 반하여 원고는 위에서 본 바와 같이 기업부설연구소를 통하여 상당한 규모의 연구비를 지출한 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 CCC과 DDD이 이 사건 특허권을 실제 발명하였음을 인정하기에 부족하다.

설령 CCC과 DDD이 ⁠‘기술적 사상의 창작행위’에 일부 관여하였다고 하더라도, 앞서 든 사정들, CCC과 DDD이 원고의 주주(CCC과 DDD은 원고 발행주식 중 각 45%의 지분을 보유하고 있다)이자 사내이사인 점 등을 감안하면, CCC과 DDD이 원고와 별개의 지위에서 독자적으로 이 사건 특허권을 발명하였다고 인정하기도 어렵다.

⑤ 원고는 이 사건 특허권이 CCC과 DDD의 독자적 발명이라고 주장하면서도 위 특허권의 평가액 중 절반인 9억 원에 이를 취득하였다. 원고는 CCC과 DDD의 요청에 따라 이 사건 특허권의 내용을 구체화하기 위한 설비나 인력 등을 지원하였고, 이에 CCC과 DDD이 위 특허권에 관한 원고의 기여를 50%로 인정하여 취득가격을 결정하였다고 주장하나, 앞서 본 사정들에 비추어 보면 위와 같은 원고의 주장은 역시 쉽게 받아들이기 어렵다.

오히려 ㉠ 원고는 이 사건 특허권을 양수하였음에도 이를 실제 활용하고 있는 것으로는 보이지는 않는 점, ㉡ 원고가 이 사건 특허권을 양수한 근거가 된 감정평가서는 원고의 향후 매출추정액을 원고로부터 받은 매출실적, 수주실적, 매출계획 등 자료만으로 산출한 것으로 보이고, 나아가 위 특허권의 개별기술강도 역시 별다른 근거를 제시하지 아니한 채 20개 평가지표 중 14개 지표에 3점 이상(각 평가지표의 만점은 5점이다)을 부여하여 개별기술강도를 58%로 결정하고 이를 근거로 위 특허권의 가치를 평가하는 등 그 신뢰성에 다소 의문이 있는 점 등을 고려하면, 원고는 위 특허권의 양수가 법인자금의 부당유출에 해당할 가능성이 있음을 인식하고 그 평가액 중 50%에 해당하는 금액만 매매대금으로 산정하여 이를 취득한 것으로 봄이 상당하다. 즉, 이 사건 특허권의 이전 경위에 비추어 보더라도 이 사건 특허권은 당초부터 원고에게 귀속된 것으로 봄이 타당하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2023. 02. 02. 선고 부산지방법원 2022구합20106 판결 | 국세법령정보시스템