요지

특수관계법인은 원고의 특허권을 실시하였으나 원고는 그 대가를 수취하지 않았고, 특수관계법인에 지급한 방화문 매입가격에서 이를 고려하지 않아 특수관계법인은 다른 제조업체보다 높은 영업이익을 얻을 수 있었으므로 원고의 특허권 실시료 미수취는 부당행위계산 부인규정 적용대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한 별지 2 표의 ⁠‘잔존 처분세액’란 기재 각 법인세 부과처분 중에서 ⁠‘정당세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분과 별지 2 표의 ⁠‘잔존 처분세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분 중에서 ⁠‘정당세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 별지 1 표의 ⁠‘잔존 처분세액’란 기재 각 법인세 부과처분 중에서 ⁠‘정당세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분과 별지 1 표의 ⁠‘잔존 처분세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분 중에서 ⁠‘정당세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고의 제조사업부 분리 경위

   원고는 19OO. O. OO. 설립된 법인으로 창호 공사업 등을 목적으로 하여, 아파트 현관에 설치되는 방화문 등을 제작하여 대형 건설사의 아파트 건설현장에 납품·시공하여 온 방화문 전문 제조건설업체이다.

   원고는 방화문 제조사업 부분을 별도의 사업체로 분리하기로 하고 원고의 제조공장 소재지에 20OO. O. OO. 주식회사 AA(이하 ⁠‘이 사건 회사’라 한다)을 설립하였고, 2016. 1. 6. 이 사건 회사에 방화문 등 제작에 사용하던 모든 기계장치 일체를 장부가액 OOO원에 양도하였다. 이 사건 회사 설립 이전과 이후 원고와 이 사건 회사의 영업이익률을 비교하면 다음 표와 같다.

  나. 원고가 보유한 특허권 등

   원고는 제조사업부를 분리하기 전부터 제조사업 관련 특허권, 실용신안권, 디자인권 등을 보유하고 있었고(이하 ⁠‘이 사건 특허권’이라 한다), 그 목록을 정리하면 다음과 같다.

 다. 피고의 법인세 및 부가가치세 부과처분

   1) BB지방국세청은 20OO. O. OO부터 20OO. O. OO까지 원고와 이 사건 회사에 대한 2015∼2018 사업연도 법인세 통합조사를 실시하였고, 그 결과 원고에게 아래 3가지 쟁점사항에 대하여 법인세 및 부가가치세를 과세할 것을 피고에게 통보하였다.

    ① 원고가 2016. 1. 6. 이 사건 회사에 기계장치를 양도하여, 방화문 제작은 이 사건 회사가, 건설사에 대한 납품·시공은 원고가 담당하는 것으로 사업구조를 변경한 것은 원고가 이 사건 회사에 방화문 제조부분 전체를 ⁠‘사업양도’한 것이고, 원고가 이 사건 회사로부터 영업권 대가를 미수취하였으므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 영업권 대가를 익금 산입해야 한다.

    ② 원고가 이 사건 회사에 방화문을 제작하는 기계장치를 양도하였으나 이 사건 특허권 등은 그대로 보유하고 있어 원고가 2016∼2018 사업연도 기간 중 이 사건 회사로부터 특허권 실시료를 수취하여야 함에도 불구하고 수취하지 아니하였으므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 미수취 금액을 익금 산입해야 한다.

    ③ 원고가 2016∼2018 사업연도 기간 중 계상한 경상연구개발비 중 제품시험비용 OOO원(이하 ⁠‘이 사건 제품시험비용’이라 한다)은 제조법인인 이 사건 회사가 부담해야 할 비용이고 원고의 업무와 무관한 비용이므로 손금불산입해야 한다.

   2) 피고는 2019. 12. 9. 원고에게 2015∼2018 사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2016년 1기분부터 2018년 2기분까지의 부가가치세 합계 OOO원을 부과하는 처분을 하였다(그중 과세기간 2016년부터 2018년까지 위 쟁점 ②, ③에 관한 처분을 이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

  라. 전심절차 경료 및 심판청구 일부 인용

   원고는 위 3가지 쟁점에 대해 불복하여 2020. 3. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2021. 12. 7. 앞서본 쟁점 ①에 대하여는 인용결정을 받았고, 나머지 쟁점 ②, ③에 대하여는 기각결정을 받았다. 이에 따른 잔존 처분세액은 아래 표와 같다[실제 납부고지서에는 10원 미만을 버렸다(별지 1, 2 참조)].

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장 요지

   1) 이 사건 특허권 등 실시료 미수취에 대한 법인세 부과처분의 위법성

    피고는 원고가 이 사건 회사에 이 사건 특허권 등을 사용하도록 하였음에도 그 대가를 받지 않았음을 전제로 원고에게 법인세를 부과하였다. 그러나 피고는 먼저 이 사건 회사가 원고가 보유한 이 사건 특허권 등을 구체적으로 어떠한 방식으로 사용하였다는 것인지, 원고가 이 사건 회사로부터 받아야 한다고 본 특허권 등의 실시료는 객관적으로 산정된 시가에 해당하는지 구체적인 주장·입증을 하여야 한다. 이 사건 회사는 위탁자인 원고의 구체적인 지시하에 단순 생산 활동을 한 것이고, 수탁자는 제품을 만들어 제3자에게 공급하는 것이 아니라 위탁자에게 공급하는 것이므로, 이 사건 회사가 위탁자인 원고가 보유한 이 사건 특허권을 바로 그 위탁자를 상대로 ⁠‘사용’하였다고 볼 수 없다(이하 ⁠‘원고의 주장 ①’이라 한다).

   2) 원고의 제품시험비용에 관한 법인세 및 부가가치세 부과처분의 위법성

    피고는 이 사건 회사가 제품시험비용을 부담하여야 함에도 원고가 이를 납부하였음을 전제로 원고에게 법인세 및 부가가치세를 부과하였다. 그러나 방화문을 납품하기 위한 제품의 성능 검증과 시험성적서 발급에 소요된 제품시험비용은 국토교통부 고시에 정한 바에 따라 방화문의 생산·제조업자가 부담하여야 하는데, 방화문 완제품의 공급 주체는 원고이므로 방화문 완제품에 대한 제품시험비용은 당연히 원고가 부담하여야 하고, 원고가 위탁생산방식으로 방화문을 제조하였다고 하더라도 건설회사에 방화문 완제품을 공급한 주체는 여전히 원고이므로 원고가 위 제품시험비용을 부담하여야 하고 해당 비용은 손금에 산입할 수 있다(이하 ⁠‘원고의 주장 ②’라 한다).

 나. 관계 법령

   별지 3 기재와 같다.

  다. 인정사실

   1) 원고와 이 사건 회사의 주주 현황은 아래와 같다.

  2) 원고와 이 사건 회사가 체결한 납품계약서의 내용은 아래와 같다(이하 ⁠‘이 사건 납품계약서’라 한다).

  3) 원고가 세무조사 당시 이 사건 회사 설립 전·후의 영업이익률을 비교하는 서류로 제출한 내용은 아래와 같다(다만 원고는 피고가 가정한 ⁠‘기술사용료’에 맞추어 위 서류를 제출한 것이라고 주장한다).

    가) 이 사건 회사 설립 전 원고의 시공 및 제조부문 영업이익률 비교

    나) 이 사건 회사 설립 후 원고 및 이 사건 회사의 영업이익률 비교

  라. 판단

   1) 원고의 주장 ①에 관한 판단

    가) 관련 법리

     구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항은 ⁠‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고, 제2항은 ⁠‘제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다’고 규정하고 있으며, 제4항은 ⁠‘부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항은 제6호에서 ⁠‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’를 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제1항은 ⁠‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 시가’로 규정하고 있으며, 제2항은 ⁠‘시가가 불분명한 경우 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우’ 이를 적용하도록 규정하고 있다.

     구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조).¹⁾

     조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누4173 판결, 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조).

    나) 특허권의 실시

     특허권은 설정등록에 의해 그 권리가 ⁠‘발생’하고(특허법 제87조 제1항), 특허권자는 업으로서 특허발명을 ⁠‘실시할 권리’를 ⁠‘독점’한다(특허법 제94조 제1항). 특허법은 등록된 특허에 관하여 독점적 ⁠‘실시권’과 배타적 ⁠‘금지권’을 부여하고 있는데, 독점적 ⁠‘실시권’은 특허권자가 타인의 방해를 받음이 없이 스스로 특허발명을 실시하거나 제3자에게 전용실시권 또는 통상실시권을 부여할 수 있는 권능으로 구체화되고, 배타적 ⁠‘금지권’은 제3자가 특허권자의 허락 없이 특허를 실시하였을 경우 이를 금지하거나 그로 인한 손해배상을 청구할 수 있는 등의 권능으로 구체화된다. 여기에서의 ⁠‘실시’라 함은 ① 물건의 발명인 경우에는 그 물건을 생산․사용․양도․대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다)을 하는 행위, ② 방법의 발명인 경우에는 그 방법을 사용하는 행위, ③ 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우에는 그 방법을 사용하는 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용․양도․대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위를 의미한다(특허법 제2조 제3호).

   다) 구체적 판단

     앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 을 제6 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 회사가 원고가 보유하고 있는 이 사건 특허권을 ⁠‘실시’²⁾하였다고 볼 수 있는데, 원고는 해당 회사로부터 그 대가로서 실시료를 수취하지 않았고, 그럼에도 이 사건 회사에 지급한 방화문 매입가격에서 이를 고려하지 않아 이 사건 회사는 다른 금속 문 등의 제조업체와 비교하여 높은 영업이익을 얻을 수 있었으므로, 원고의 위와 같은 이 사건 특허권 실시료 미수취는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 ⁠‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’에 해당하고, 이는 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 것으로서 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 거래에 해당하므로 구 법인세법 제52조 부당행위계산 부인규정을 적용하여 해당 미수취 금액에 대하여 익금 산입할 수 있다. 원고의 주장 ①은 받아들이지 아니한다.

      (1) 앞에서 본 바와 같이 원고는 제조사업 부문을 분리하기 전부터 공동대표이사 CCC, DDD 및 감사 EEE가 발명한 20가지의 특허, 실용신안, 디자인을 원고 명의로 등록하여 방화문 제조방법 등에 관한 이 사건 특허권을 보유하고 있다. 또한 사업구조를 변경한 이후에도 원고 소속 기업부설연구소에서 방화문 등에 관한 기술을 지속적으로 연구․개발하고 있는 것으로 보인다. 그중 ⁠‘FFF가 마련된 GGG 및 이의 제조방법’에 관한 특허권의 평가금액은 2011. 12. 27.을 기준시점으로 하면 OOO원으로 평가되고, 2016년경을 기준으로 하면 OOO원으로 평가되는 것으로 보이는 등 원고가 보유하고 있는 이 사건 특허권은 상당한 경제적 가치가 있는 것으로 보인다.

          그런데 원고의 주주 겸 공동대표이사 CCC, DDD 및 주주 겸 감사 EEE는 이 사건 회사의 주주 겸 대표이사 내지 주주 겸 사내이사로 재직 중이다. 이 사건 회사는 원고로부터 방화문 제작에 사용하던 기계장치를 OOO원에 매입하고, 원고의 방화문 제조부문에서 일하던 직원은 전부 퇴직 처리되어 이 사건 회사가 해당 인력중에서 직원을 고용하였으며, 원고로부터 방화문 원자재를 구입하는 매입거래처를 승계하였다. 또한 DDD, EEE는 위 제조와 관련된 공장부지 및 건물을 원고로부터 매수한 뒤 위 공장부지 및 건물을 이 사건 회사에 임대하여 해당 회사가 사용할 수 있게 하였다. 이 사건 회사는 원고가 방화문 제작을 주문하면 원고의 지시에 따라 방화문을 제조하여 원고에게 공급하였다. 이와 같은 이 사건 회사의 방화문 제조 및 공급 경위를 볼 때 이 사건 회사는 이 사건 특허권에 기초한 방화문 제조방법을 사용하고, 그러한 제조방법에 의하여 생산한 방화문을 원고에게 양도한 것으로 봄이 타당하며, 이는 앞서 본 특허법 제2조 제3호의 ⁠‘물건을 생산하는 방법에 의하여 생산한 물건을 양도하는 행위’에 해당하여 ⁠‘특허권의 실시’로 평가된다.

      (2) 원고는 주주들인 CCC, DDD, EEE와 그 친족을 통하여 이 사건 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있어 구 법인세법 제52조 제1항 및 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제4호에 따라 이 사건 회사는 원고의 ⁠‘특수관계인’에 해당한다.

          어느 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 경제적 합리성이 있는지 여부는 특수관계인이 아닌 자들과 사이에 이루어진 정상적인 거래를 기준으로 판단할 수 있다. 원고는 이 사건 특허권자로서 특허를 실시할 독점적․배타적 권리를 가지고 있고, 위 특허권은 경제적으로 가치가 있는 특허권이므로, 다른 업체가 이 사건 특허권을 사용하는 경우 원고는 그 대가를 수취하는 것이 상당한데, 이 사건 회사의 경우 이 사건 특허권을 사용함에도 원고는 해당 회사로부터 아무런 대가를 수취하지 않았다[원고와 이 사건 회사 사이에서는 아무런 특허 관련 라이선스 계약을 체결하지 않은 것으로 보인다. 원고는 이에 대하여 이 사건 회사가 제조위탁을 받은 것에 불과하므로 이 사건 회사가 이 사건 특허권을 사용한 것이 아니라고 주장하나 이에 대하여는 아래 ⁠(4)항에서 구체적으로 살펴본다].

          이 사건 특허권을 보유한 원고는 이를 양도하지 않은 이상 위 특허권을 사용하는 이 사건 회사보다 영업이익률이 통상 더 높거나 적어도 이 사건 회사의 영업이익률보다는 떨어지지 않을 것이라 기대할 수 있음에도, 원고와 이 사건 회사의 2016∼2018 사업연도 영업이익률을 비교해 보면, 원고의 영업이익률이 10% 내외 수준임에도 이 사건 회사의 영업이익률이 원고의 영업이익률보다 약 2∼3배나 높다는 사실을 확인할 수 있다.

          그리고 이 사건 회사의 영업이익률을 다른 금속 문 등의 제조업체들의 영업이익률과 비교해 보더라도, 앞서 본 표와 같이 원고의 2016∼2018 사업연도 평균 영업이익률은 약 27%로 위 관련 제조업체들의 영업이익률 중위값 6%보다 4배 이상 높았다.

          이 사건 회사가 20OO. OO. OO. 설립된 이후 특별한 연구개발 없이 원고의 이 사건 특허권을 실시하여 준수한 성능의 방화문을 생산하고 이를 기반으로 원고나 다른 금속 문 등의 제조업체들과 비교하여 높은 영업이익을 거두었는데, 이 사건 회사가 원고가 보유한 이 사건 특허권을 실시함에도 그에 대한 대가를 원고에게 지급하지 않았고, 적어도 원고로서는 이 사건 회사에 이 사건 특허권 실시료를 면제해줌으로써 이 사건 회사로부터 구매하는 방화문 납품가격을 낮추는 것과 같은 조치를 취하는 것이 경제적 합리성을 기하는 것인데도, 이와 같은 조치를 취했다는 사정에 대하여 아무런 주장·증명을 하지 않고 있다.

          따라서 원고가 이 사건 회사로부터 이 사건 특허권 실시의 대가를 별도로 수취하거나 그 대가를 고려하여 납품받는 방화문 가격을 합리적으로 조정하는 것이 원고와 이 사건 회사 사이의 정상적인 거래를 도모하는 것으로 보임에도, 이 사건 특허권 실시의 대가를 전혀 고려하지 않고 만연히 높은 수준의 방화문 납품가격을 부담한 것에는 경제적 합리성이 있다고 평가하기 어렵다.

      (3) 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령 제89조는 제1항에서 ⁠‘특수관계인 외의 불특정다수인 또는 제3자 간에 거래된 가격이 있는 경우에는 그 실제 거래가격을 시가로 인정할 수 있는 경우’를 규정하고 있고, 제2항에서 ⁠‘시가가 불분명한 경우 감정평가액 또는 상속세 및 증여세법에서 규정한 보충적 평가방법에 의한 가격을 시가로 인정할 수 있는 경우’도 규정하고 있다.

          피고는 원고가 보유한 이 사건 특허권에 대하여 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치가 있다거나 특수관계인 외의 제3자들이 일반적으로 거래한 가격이 있다고 볼 자료가 없고 혹은 그러한 가격의 존재 여부가 불분명하다고 보아 감정평가기관의 감정평가액을 시가로 보았고, 이에 따라 원고가 보유한 이 사건 특허권에 대한 감정을 의뢰하여 그 감정 결과에 따라 매출액의 1.11%에 해당하는 1,476,572,051원을 특허권 실시료로 보았다.

          위 감정결과는 ⁠(i) 기술적 속성 및 시장·사업적 속성을 고려하여 합리적 로열티율과 ⁠(ii) 권리성과 지식재산거래시장성을 반영하여 산정한 지식재산의 유효성 비율을 각 산출하고, 위 각 비율을 곱한 것을 최종로열티율로 하고 있으며, 이와 같은 산정방식의 위법·부당함을 인정할 만한 자료는 확인되지 않고, 앞서 본 이 사건 특허권 실시료에 해당하는 금액은 앞서 본 금속 문 등의 제조업체들의 영업이익률 중위값 6%를 초과하는 원고의 영업이익 부분인 약 284억 원의 일부에 불과한 점 등을 고려하면 앞서 본 감정 결과를 기초로 계산한 특허권 실시료를 전제로 미수취한 실시료를 산정한 것이 위법하다고 보기 어렵다.

      (4) 원고는, 원고의 기술 및 노하우에 기하여 작성한 설계도면과 작업지시서에 따라 이 사건 회사는 단순히 생산 활동만을 수행하여 방화문을 생산, 납품한 것이고 이 사건 특허권자인 원고 이외의 제3자에게 납품하지는 않으므로, 이러한 주문자상표부착생산(Original Equipment Manufacturing, 이하 ⁠‘OEM’이라 한다) 방식에서 원고로서는 이 사건 회사로부터 별도의 특허권 실시료를 수취할 이유가 없다는 취지의 주장을 한다.

          살피건대, ① 앞에서 본 바와 같이 물품 생산에 관한 특정한 기술과 노하우를 보유한 업체가 단순히 해당 물품의 제조만을 위탁하는 경우, 위탁업체의 영업이익률이 위탁을 받은 업체의 영업이익률보다 높은 것이 통상적으로 보임에도, 2016∼2018 사업연도 이 사건 회사의 평균 영업이익률은 26.67%로 원고의 평균 영업이익률 9.17% 대비 약 3배 높은 점, ② 이 사건 회사의 비교대상인 금속 문 등 제조업체들의 영업이익률 약 6%와 비교하였을 때도 4배 이상 높은 점을 고려하였을 때 원고로서는 이 사건 특허권을 실시하는 이 사건 회사에 실시료를 면제할 것이 아니라 일정한 수준의 대가를 받거나 방화문 납품가격을 합리적으로 조정하는 것이 경제적인 합리성을 기하는 것으로 보이는 점, ③ 특허법 제2조 제3호 (다)목에 의하면 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우에는 그 방법을 사용하는 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 ⁠‘양도’하면, 특허를 실시한 것으로 규정하고 있지 그 방법에 의하여 생산한 물건을 ⁠‘특허권자가 아닌 제3자에게 양도’한 것으로 규정하고 있지 않고 이와 같은 요건까지 갖추어야 부당행위계산부인이 가능하다고 해석하는 것은 조세법규의 엄격해석원칙에 반하는 점, ④ 앞에서 보았듯이 원고가 세무조사 당시 제출한 비교표에 의하면 이 사건 회사가 설립되기 전 원고의 2013~2015 사업연도 시공부문 평균 영업이익률과 제조부문의 평균 영업이익률 비율은 43:57이고(소수점 이하 반올림), 제조부문을 분리하여 이 사건 회사가 설립된 후 2016~2018 사업연도 원고의 평균 영업이익률과 이 이 사건 회사의 평균 영업이익률 비율은 44:57(소수점 이하 반올림)로 위 비율에 상응하는 수준인데, 원고와 이 사건 회사 사이의 관계가 통상적인 단순 OEM 관계로 바뀌었다면 이 사건 회사 설립 전·후의 위 각 비율이 거의 동일한 수준으로 유지되기는 어려워 보이고 이 사건 회사의 영업이익을 낮추는 식의 조정이 이루어졌을 것으로 보이는 점, ⑤ 일반적으로 OEM 계약서에서는 수탁자는 상표를 부착한 제품을 위탁자 이외의 제3자에게 판매를 금지하는 조항, 업무상의 비밀유지 조항 등이 포함되어 있는데, 이 사건 납품계약서에는 위와 같은 규정이 있지는 않아 앞서 본 사정에 보태어 보면 원고와 이 사건 회사 사이의 법률관계가 OEM 계약관계라고 단정할 수도 없고, 만약 OEM 계약관계라고 보더라도 해당 관계에서 특허실시에 관한 계약을 별도로 체결하여 특허권 사용료를 정하는 것이 불가능하다고 볼 수는 없는 점 등을 고려하면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

      (5) 원고는 이 사건 회사로부터 이 사건 특허권 사용료를 지급받지 않았을 경우의 법인세 납부액과 해당 사용료를 지급받았을 경우의 법인세 납부액을 비교하면 결과적으로 원고와 이 사건 회사가 신고·납부하여야 할 법인세 합계 금액은 차이가 없다는 취지로 주장한다. 그러나 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니고, 더욱이 원고를 기준으로 할 경우 조세부담이 경감되었다고 볼 수밖에 없으므로(대법원 2000. 2. 11. 선고 97누13184 판결 등 참조), 이 사건 특허권 사용료를 수취하지 않음으로써 원고의 특수관계인 전체의 조세 부담이 감소되지 않아 부당행위계산 부인 대상이 아니라는 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

   2) 원고의 주장 ②에 관한 판단

    가) 관련 법리

     구 법인세법 제19조 제1항은 원칙적으로 ⁠‘손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’라고, 제2항은 원칙적으로 ⁠‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 각 규정하고 있다.

     여기서 말하는 ⁠‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2009. 11. 22. 선고 2007두12422 판결, 대법원 2015. 1. 29. 선고 2014두4306 판결 등 참조)

    나) 관련 고시의 개정 전·후 내용

     (1) 구 건축법(2019. 4. 23. 법률 제16380호로 개정되기 전의 것) 제49조, 구 건축법 시행령(2019. 8. 6. 대통령령 제30030호로 개정되기 전의 것) 제46조, 제64조, 구 건축물의 피난·방화구조 등의 기준에 관한 규칙(2019. 8. 6. 국토교통부령 제641호로 개정되기 전의 것) 제26조 등에 따라 제정된 자동방화셔터 및 방화문의 기준(국토교통부고시 제2016-193호, 이하 ⁠‘개정 전 고시’라 한다)은 방화문의 시험방법 등에 관한 기준을 제시하고 있다.

     (2) 개정 전 고시 제5조 제2항에서는 방화문이 확보해야 할 성능기준을 아래와 같이 규정하고 있다.

       개정 전 고시 제7조에서는 성능시험 신청자는 성능확인 제품의 생산․제조업자이어야 한다고 규정하고 있다.

     (3) 한편, 방화문 및 자동방화셔터의 인정 및 관리기준(국토교통부고시 제2021-1009호, 이하 ⁠‘개정 후 고시’라 한다) 제2조는 ⁠‘방화문’과 ⁠‘제조업자’에 대하여 아래와 같이 정의하고 있고, 제4조에서 방화문이 갖추어야 할 성능기준을 정하고 있다.

    다) 구체적 판단

     앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 을 제13, 14, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 제품시험비용은 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 평가할 수 있다. 원고의 주장 ②는 이유 있다.

      (1) 개정 전 고시 제5조 제2항에 의하면, 방화문은 비틀림강도, 연직하중강도, 개폐력, 개폐반복성 및 내충격성을 갖추어야 하고, 그 밖에도 도어클로저가 부착된 상태에서 방화문을 작동하는데 필요한 힘이 일정한 기준 이하여야 한다. 개폐력, 개폐반복성과 같은 성능은 건축물에 방화문이 설치된 상태에서 시험할 수 있는 성능이고, 도어클로저가 부착된 상태에서 방화문을 작동하는데 필요한 힘도 건축물에 방화문이 설치된 상태에서 시험할 수 있는 성능이다. 이러한 성능기준에 비추어 보면, 성능검사의 기준이 되는 방화문은 건축물에 설치된 상태에 있는 완제품인 방화문을 의미하는 것이지 아직 완제품이 되기 이전 상태의 방화문의 원자재(즉, 완제품인 방화문을 구성하는 문짝)만을 의미하지는 않는 것으로 보인다.

         원고의 지시에 따라 이 사건 회사가 방화문에 들어가는 문짝을 제조한다고 하더라도, 완성품인 방화문에 들어가야 하는 손잡이와 도어클로저 등의 부속품은 원고가 이 사건 회사 이외의 다른 업체로부터 매입하여 건설현장에서 원고의 직원이 직접 설치·시공하고 있다. 위에서 보듯이 원고가 건설현장에 설치, 시공한 부분도 개정 전 고시에 따른 성능시험의 대상이 되므로, 국토교통부 고시에 의할 때 성능시험의 신청자가 되는 생산·제조업자가 원고가 아니고 이 사건 회사라고 단정할 수 없다.

      (2) 피고는 건축자재 성능에 관한 시험성적서가 적법함에도 성능미달 자재 등이 여전히 유통․시공되고 있으므로 더 촘촘한 제조․유통․건축공사현장의 관리․감독 필요성에 따라 개정 후 고시가 시행되었는데, 해당 고시에서는 ⁠‘제조업자’의 의미를 ⁠‘방화문을 구성하는 주요 재료․제품의 생산 및 제조를 업으로 하는 자’라고 정의하고 있고, 제조공장에 대한 불시점검을 통하여 건축자재에 대한 제조 및 품질관리를 강화하는 차원에서 시행된 개정 후 고시 내용에 비추어 볼 때, 이 사건에서 ⁠‘생산·제조업자’는 이 사건 회사이므로, 관련 고시상 원고가 이 사건 제품시험비용을 부담할 의무가 없다는 취지로 주장한다.

         살피건대, 이 사건에 적용되는 개정 전 고시에서는 ⁠‘생산·제조업자’의 의미를 별도로 규정하고 있지 않은 점, 앞서 본 바와 같이 개정 전 고시에는 방화문 성능시험의 대상이 되는 것에는 원고가 건설현장에 설치·시공하는 부분도 있고, 해당 부분이 갖추어진 완성된 형태의 방화문이 일정한 성능 기준을 통과해야 한다는 취지로 규정하고 있으며, 개정 후 고시에서도 동일한 취지의 규정이 존재하는 점, 피고는 도어클로저 등의 부속품이 방화문에서 차지하는 비중이 극히 미미하다고 주장하지만, 문틀은 위 부속품과 기능적으로 결합하여 방화문으로서의 역할을 다 하게 되는 것을 미루어 보면 그 비중이 현저히 낮다고 단정하기도 어려운 점, 이 사건에 적용된 개정 전 고시에서 ⁠‘생산·제조업자’의 의미는 위에서 본 바와 같이 구체적으로 규정하고 있지 아니하므로 주요 재료·제품을 생산하는 자 이외에 재료·제품을 부속품과 결합시켜 최종적인 형태의 재료·제품을 생산 및 제조하는 자를 의미하는 것으로 볼 여지도 있는 점 등을 종합적으로 고려하면 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

      (3) 이 사건 납품계약서 특기사항에는 제품에 대한 하자는 100% 제조법인인 이 사건 회사가 책임져야 한다는 점과 제품에 대한 하자 발생시(현장설치에 대한 시험에 관한) 모든 책임은 이 사건 회사에 있다는 점을 명시하고 있는 것을 들어 ⁠‘생산·제조업자’가 이 사건 회사이므로, 위 계약서상으로도 원고가 이 사건 제품시험비용을 부담할 의무가 없다는 취지로 주장한다.

         그러나 원고가 이 사건 회사와의 납품계약에 따른 하자담보책임이나 손해배상책임을 이 사건 회사에 구할 수 있다고 하더라도 이는 원고와 이 사건 회사 사이의 구상권 내지 손해 전보에 관한 내용에 불과하고, 원고는 건설회사 사이의 계약에 따라 해당 건설회사에게 성능시험을 거친 방화문 완제품을 공급할 책임이 있어 방화문 완제품에 대한 하자담보책임을 지는 자는 어디까지나 원고이며, 원고가 그동안 이 사건 제품시험비용을 부담해 온 점 등을 고려하면, 위 계약서의 기재 내용만으로 이 사건 회사가 이 사건 제품시험비용을 부담할 의무가 있다고 단정하기 어려워, 피고의 위 주장 역시 받아들이기 어렵다.

      (4) 원고는 세무조사 당시 이 사건 제품시험비용을 대신 부담한 사실이 있다는 내용의 사실확인서에 서명한 사실이 있으나, 해당 확인서의 문언만으로는 원고가 이 사건 제품시험비용의 부담의무자가 자신임을 인정하는 전제에서 해당 확인서를 작성하였다고 단정하기 어렵고(예를 들어, 위 문언을 볼 때 방화문의 문틀을 제조·생산하는 이 사건 회사가 해당 부분에 대한 제품시험비용은 부담할 여지가 있지만, 완제품의 형태로 공급하는 것은 원고이니 원고가 이 사건 회사와의 합의에 따라 원고가 이 사건 제품시험비용을 부담한다는 의미로도 이해될 수 있다), 위 확인서에는 원고와 이 사건 회사 사이에 이 사건 제품시험비용 부담의무자를 누구로 정하였는지 등에 대한 기재가 없고 그 기재 내용을 뒷받침하는 구체적인 증빙자료도 없으므로, 위 확인서만을 근거로 이 사건 제품시험비용의 부담의무자가 이 사건 회사임을 전제로 한 이 사건 처분의 정당성이 증명된다고 보기 어렵다(대법원 2003. 6. 24. 선고 2001두7770 판결의 취지 참조).

      (5) 공급자(매도인)가 제품시험비용을 부담할 경우 그 제품시험비용은 구조상 공급받는 자(매수인)가 지급하는 대금 중에서 지급되는 것이 일반적이고, 이 사건에서도 피고는 이 사건 회사가 원고로부터 제품시험비용에 해당하는 대금을 지급받았음에도 이 사건 회사가 아닌 원고가 이를 추가로 부담하였고 그렇기 때문에 이 사건 회사의 영업이익률이 높다고 보는 것 같다. 그러나 원고와 이 사건 회사 사이에 작성된 이 사건 납품계약서의 첨부서류인 내역서에 의하면 ⁠‘시험비 별도’라는 기재가 있고, 위 기재에 따르면 시험비는 방화문 공급가액에 포함되어 있지 않다는 것이 되며, 위 계약 내용에 따르면 이 사건 회사가 시험비, 즉 이 사건 제품시험비용을 부담하면 원고가 이를 이 사건 회사에 지급하여야 하는 관계이다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 제품시험비용에 이 사건 회사가 제작한 방화문 문짝 외에 여러 부속품이 결합된 상태에서의 제품시험이 이루어지는 점 등을 고려하여 원고가 이 사건 제품시험비용을 일괄하여 부담한 것으로 보이고, 이를 원고가 이 사건 회사에 이 사건 제품시험비용에 해당하는 금원을 지급하였음에도 추가로 부담하였다고 보기는 어려워 보인다. 결국 이 사건 납품계약서의 문언을 보더라도 이 사건 제품시험비용을 실질적으로 부담하는 주체는 원고로 봄이 자연스럽다.

    라) 소결론

     따라서 이 사건 처분 중 이 사건 제품시험비용의 부담주체가 이 사건 회사임을 전제로 이를 손금에 불산입하고 매입세액 공제를 하지 않은 법인세 및 부가가치세 부과처분 부분은 위법하다 할 것이고, 이를 취소할 경우 정당세액은 별지 2 표의 ⁠‘정당세액’란 기재와 같다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 이와 같은 대법원 해석은 이 사건에 적용되는 구 법인세법 및 같은 법 시행령에도 적용된다.

2) 원피고는 특허권 ⁠‘사용’이라고 표현하고 있으나, 특허법에 따른 명칭인 ⁠‘실시’로 기재한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 04. 25. 선고 서울행정법원 2022구합59073 판결 | 국세법령정보시스템