요지

벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 주식의 취득은 증여세 면제대상이 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 9. 13. 원고에게 한 증여세 209,250,000원의 경정거부처분 및 증여세 79,050,000원의 경정거부처분을 각 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1987. 3. 3. PPPPPP 주식회사가 전액 출연하여 설립한 연구기관으로, 민법 제32조 및 공익법인의 설립·운영에 관한 법률(이하 ⁠‘공익법인법’이라 한다) 제4조 등의 규정에 따른 공익법인이다.

나. 원고의 주식회사 QQQQQ 설립과 주식 취득

1) 원고는 2007. 12. 20. 보유하고 있는 기술의 사업화를 위하여 벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 ⁠‘벤처기업법’이라 한다) 제11조의2 제1항에 따라 자본금 50,000,000원(1주당 액면가액 5,000원, 발행주식 10,000주)을 출자하여 주식회사 QQQQQ(이하 ⁠‘QQQQQ’라 한다)를 설립하고, 2008. 1. 29. 중소기업청에 QQQQQ를 신기술창업전문회사(이하 ’전문회사‘라 한다)로 등록하였으며, 2008. 2. 19. 주무관청인 과학기술부에 신고하였다.

2) 원고는 2017. 4. 27. QQQQQ가 실시하는 유상증자에 참여하여 신주 200,000주(지분율 100%, 주당 발행가액 5,000원)를 취득하고, 2017. 7. 26. 구 상속세 및 증여세법(2017. 12. 19. 법률 제15224호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ’구 상증세법‘이라 한다) 제48조 제2항 제2호에 따라 QQQQQ 주식 총수의 100분의 5(공익법인의 주식보유 한도)를 초과하는 주식가액을 증여재산가액으로 하여 증여세 209,250,000원을 신고·납부하였다.

3) 원고는 2021. 7. 13. 당초 신고 납부한 증여세의 증여재산이 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서 조항에 따라 과세대상에 해당하지 아니한다는 이유로 위 증여세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 9. 13. 위 경정청구를 거부하는 통지(이하 ’이 사건 제1처분‘이라 한다)를 하였다.

다. 원고의 주식회사 RRRRR 설립과 주식 취득

1) 원고는 2017. 12. 8. 보유하고 있는 기술의 사업화를 위하여 벤처기업법 제11조의2 제1항에 따라 자본금 500,000,000원(1주당 액면가액 5,000원, 발행주식 100,000주)을 출자하여 주식회사 RRRRR(이하 ’RRRRR‘라 한다)를 설립하고, 2017. 12. 27. 중소벤처기업부에 전문회사로 등록하였으며, 2017. 12. 28. 주무관청인 과학기술정보통신부에 신고하였다.

2) 원고는 2018. 3. 8. 출자 취득한 RRRRR 주식 100,000주 중 구 상증세법 제48조 제2항 제2호에 따라 공익법인의 주식보유 한도인 RRRRR 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 95,000주(475,000,000원, 지분율 95%)에 대하여 증여세 79,050,000원을 신고·납부하였다.

3) 원고는 2021. 7. 13. 당초 신고 납부한 증여세의 증여재산이 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서 조항에 따라 과세대상에 해당하지 아니한다는 이유로 위 증여세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 9. 13. 위 경정청구를 거부하는 통지(이하 ’이 사건 제2처분‘이라 하고, 이하 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분을 합하여 ’이 사건 처분‘이라 한다)를 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 12. 13. 이의신청을 거쳐 2022. 3. 31. 이 사건 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2022. 7. 6. 위 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5 내지 13호증(가지 번호 있는 것은 각 가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고의 QQQQQ, RRRRR 주식 취득은 전문회사를 설립한 연구기관이 해당 전문회사의 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유하여야 한다는 벤처기업법 제11조의3 제1항의 규정에 따른 것으로, 공익법인의 내국법인 주식 취득 증여세 부과의 예외사유인 구 상증세법 제16조 제3항 제3호의 공익법인법 및 ’그 밖의 법령‘에 따라 내국법인의 주식을 취득한 경우에 해당하거나, 원고가 공익법인법상 재산 취득에 관한 엄격한 절차를 준수하여 QQQQQ, RRRRR의 주식을 취득하였으므로 그 자체로 ’공익법인법‘에 따라 주식을 취득한 경우에 해당하므로, 증여세의 환급을 거부한 이 사건 처분은 위법하다(주위적 주장).

2) 가사 이 사건 처분이 전부 위법한 것으로 보기 어렵더라도, 원고가 취득한 QQQQQ, RRRRR의 주식 중 적어도 10% 부분은 벤처기업법 제11조의3 제1항 규정에 따라 취득이 강제되는 것이므로, 이 사건 처분 중 원고의 통제권 내지 결정권이 미치지 않는 10% 주식 취득에 관하여 증여세를 부과하는 것은 자기책임의 원칙에 반하여 위법하다(예비적 주장).

나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 규정의 취지

구 상증세법 제48조 제1항 본문은 ⁠‘공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다’고 규정하고, 제2항은 ⁠‘세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다’고 규정하면서, 제2호 본문에서 ⁠‘출연받은 재산을 내국법인의 주식을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식과 다음 각 목의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수등의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우’를 들고 있으며, 그 단서에서 ⁠‘다만, 제16조 제3항 제1호 또는 제3호에 해당하는 경우와 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률(이하 ’산학협력법‘이라 한다)에 따른 산학협력단이 주식을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다’고 규정하고 있다. 그리고 구 상증세법 제16조 제3항 제3호는 ⁠‘공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식을 취득한 경우’라고 규정하고 있다.

이처럼 구 상증세법은 공익법인 등이 국가 또는 지방자치단체의 임무 일부를 대신 수행하는 기능을 하고 있다는 점을 고려하여 그 목적사업의 원활한 수행을 뒷받침하기 위하여 제48조 제1항에서 공익법인 등에 출연된 재산에 대하여는 증여세를 부과하지 아니하도록 규정하는 한편(대법원 2017. 4. 20. 선고 2011두21447 판결 참조), 공익법인 등을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하면서도 증여세를 회피하는 것을 막기 위하여 제48조 제2항 제2호 본문에서 출연받은 재산을 내국법인의 주식을 취득하는데 사용하는 경우에는 당초 부과하지 아니하였던 증여세를 즉시 추징하도록 규정하면서, 다만 공익사업을 위한 안정적 재원조달을 위한 주식보유마저 제한하는 것은 불합리하므로 제48조 제2항 제2호 단서에서는 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 출연받은 재산으로 주식을 취득하는 경우를 증여세 추징의 대상에서 제외하고 있다.

2) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다.

그렇지만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 QQQQQ, RRRRR 주식 취득은 구 상증세법 제16조 제3항 제3호의 ⁠‘공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식등을 취득하는 경우‘에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 취득한 QQQQQ, RRRRR의 주식에 대하여 증여세 추징의 예외로 인정하지 않은 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주위적 및 예비적 주장은 모두 이유 없다.

가) 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서는 공익법인의 주식 취득시 증여세 추징 예외에 해당하는 경우를 ① 제16조 제3항 제1호에 해당하는 경우, ② 제16조 제3항 제3호에 해당하는 경우(이하 ⁠‘이 사건 조항’이라 한다), ③ 산학협력법에 따른 산학협력단이 주식을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우로 제한적으로 열거하는 방식으로 규정하고 있다. 이 사건 조항의 해석을 위하여는 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서의 취지와 병렬적으로 열거된 다른 사유에서 정한 내용, 이 사건 조항 본래의 규정 취지를 통해 구 상증세법이 공익법인의 내국법인 주식 취득에 대하여 어느 정도의 엄격한 조건 및 범위를 정하고 있는지 종합적으로 살펴볼 필요가 있다.

나)　 병렬규정된 예외사유 중 구 상증세법 제16조 제3항 제1호는 2000. 12. 29. 법률 제6301호로 상증세법 일부 개정 시 최초로 제48조 제2항 제2호 단서가 생기면서 유일한 예외 요건으로 규정된 이래 다소 개정을 거쳐 현재에 이르게 된 부분인데, ’ⅰ) 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인등 즉, 제48조 제11항 각 호의 요건을 충족하는 공익법인등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이, ⅱ) 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식을 취득하고, ⅲ) 주무부장관이 공익법인등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정한 경우‘에만 예외를 인정한다.

이는 특수관계인을 포함한 공익법인의 출연자가 공익법인이 보유한 주식을발행한 내국법인의 주주가 아닌 경우에는 출연자가 공익법인을 통하여 계열회사를 간접지배할 우려가 없으므로 주식보유한도의 예외를 인정하되, 위 요건이 충족되더라도 공익법인의 설립·정관변경·기본재산 처분 등 중대한 사항에 대한 인·허가권을 가지고 공익법인을 관리하고 있는 주무부장관이 공익법인의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우라는 엄격한 조건 하에 주식 취득시 예외적으로 증여세가 부과되지 않도록 하고자 하는 취지이다.

다)　 병렬규정된 예외사유 중 ⁠‘산학협력단이 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우’는 2007. 12. 31. 법률 제8828호로 상증세법이 개정되면서 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서에 추가된 부분인데, 산학협력단의 경우 ⁠‘ⅰ) 산학협력법에 따른 산학협력단이 보유한 기술을 출자하여 벤처기업법에 따른 전문회사를 설립할 것, ⅱ) 산학협력단이 출자하여 취득한 주식이 전문회사인 경우에는 발행주식총수의 100분의 30 이상일 것, ⅲ) 전문회사는 자회사 외의 주식을 보유하지 않을 것[구 상증세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28638호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제37조 제6항]‘이라는 추가적인 요건을 충족하는 경우에 한하여 내국법인의 의결권 있는 주식을 취득하는 경우 증여세를 추징하지 않도록 하고 있다.

산학협력단은 산학협력법에 따라 대학이 중심이 되어 교육과 연구의 연계를 통하여 산업인력을 양성하며, 산업발전에 필요한 새로운 지식·기술을 개발·보급·확산·사업화함으로써 지역사회와 국가의 발전에 이바지하는 것을 목적으로 하는 단체로, 그 본질상 일반적인 공익법인에 비하여 연구의 사업화를 위한 내국법인의 설립 및 경영에 관여할 여지가 크다는 점에서 공익법인을 통한 내국법인 지배의 우려를 최대한 제거하기 위한 조건을 부가하여 주식 취득시 증여세 부과의 예외를 인정한 것으로 보인다.

라) 이 사건에서 문제되는 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서 중 이 사건 조항 부분은 2016. 12. 20. 법률 제8828호로 상증세법이 개정되면서 추가되었고, 이 사건 조항 자체도 같은 개정시에 공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입요건 중 하나로 신설된 것이다. 본래 이 사건 조항은 기업의 공익법인에 대한 주식 기부 활성화를 위하여 변칙상속이나 경영권 우회 지배목적이 없는 것이 명백한 주식기부에 대해서는 동일기업 주식출연한도를 초과하더라도 상속세 또는 증여세의 부담을 경감할 필요가 있다는 취지에서 마련된 규정이고, 2016. 12. 20. 법률 제14388호 상증세법 개정이유에 의하면 이 사건 조항은 ⁠‘공익법인의 설립허가에 관한 법령 등에 따라 출연하는 경우’를 말한다고 기재되어 있다.

마) 벤처기업법 제11조의2는 원고와 같은 ⁠‘그 밖에 과학이나 산업기술 분야의 연구기관으로서 대통령령으로 정하는 기관(제4호)’과 병렬적으로 ⁠‘산학협력단을 포함한 대학(제1호)’을 전문회사를 설립할 수 있는 주체로 명시하고 있다. 이 사건 조항 부분은 산학협력단에 관한 규정에 뒤이어 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서에 추가되었는데, 원고의 해석과 같이 만일 입법자가 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서 중 이 사건 조항 부분을 도입함으로서 벤처기업법상 전문회사 설립에 따른 주식 취득의 경우에도 별도의 조건을 부과하지 않고 증여세 추징의 예외로 삼으려는 의사였다면, 이 사건 조항 도입시 제48조 제2항 제2호 단서의 산학협력단이 주식 등을 취득하는 경우 부분을 삭제하지 않을 이유가 없다. 또한 앞서 살펴 본 바와 같은 산학협력단의 특성에 비추어 보면, 산학협력단의 내국법인 주식 취득의 경우를 다른 공익법인에 비하여 엄격하게 볼 필요가 있다고 보기 어려우므로, 입법자가 이 사건 조항 삽입 시 보통의 공익법인보다 예외를 좁게 인정하기 위하여 산학협력단 부분을 남겨두었다고 해석하기도 어렵다.

바) 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서의 입법 취지 및 목적에 더하여, 이 사건 조항의 도입 취지, 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 단서 중 제16조 제3항 제1호가 공익법인의 출연자의 성격, 출연자와 주식 취득대상인 내국법인의 관계에 대한 제한을 두고 주무부장관이 개별 사안에서 공익법인 등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한지에 대하여 인정할 것까지 요건으로 하여 규정하고 있는 점, 산학협력단의 본질상 내국법인 주식 취득 가능성과 필요성이 높음에도 산학협력단의 주식 취득대상인 내국법인의 설립근거와 주식 취득 비율 기준, 내국법인이 자회사 외의 주식 등을 보유하지 않을 것을 추가 요건으로 하여 증여세 추징의 예외로 정한 점 등을 고려하여 보면, 이 사건 조항, 즉 ⁠‘공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식을 취득하는 경우’란 공익법인법 및 그에 준하는 공익법인의 설립 허가에 관한 법령 등에 따라 공익법인이 부득이하게 내국법인의 주식을 취득하는 경우에 국한하는 것으로 보는 것이 입법자의 의사에 부합하는 해석이고, 이것이 법문의 의미를 벗어나 합리적 이유 없이 축소해석하는 것이라고 할 수 없다.

사) 원고가 QQQQQ, RRRRR의 주식을 취득한 근거 규정으로 들고 있는 벤처기업법 제11조의3 제1항은 ⁠‘연구기관은 해당 기관이 설립한 전문회사의 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유하여야 한다’고 규정하고 있다. 벤처기업법상 전문회사는 연구기관으로 하여금 인적 자원 및 보유기술을 사업화하여 활용할 수 있도록 하기 위한 것으로 연구기관의 필요에 따라 임의로 설립할 수 있는 것이고, 영위하는 업무의 내용이 주로 사업상 이익을 추구하는 것인 점(벤처기업법 제11조의2 제4항), 이에 더하여 감면 요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점, 공익법인이 일반 법률에 따라 주식회사를 설립하여 내국법인 주식을 취득하는 경우까지도 모두 포함하는 것으로 해석한다면 원칙적으로 공익법인 등이 출연받은 재산으로 내국법인의 주식을 취득하는 것을 규제하고 있음에도 그 예외를 인정하는 범위가 너무 광범위해 질 수 있다는 점을 고려하면, 벤처기업법상 전문회사 설립에 따른 주식 취득을 이 사건 조항의 ⁠‘그 밖의 법령’에 따른 내국법인의 주식 취득에 포함된다고 해석하기 어렵다.

아) 또한 원고는, 원고의 QQQQQ 및 RRRRR 주식 취득은 공익법인법이 정하는 재산취득 절차에 따라 한 것이므로 이 사건 조항의 ⁠‘공익법인법에 따라’ 내국법인의 주식을 취득한 경우에 해당한다고도 주장한다. 그러나 공익법인법상 절차에 따라 내국법인의 주식을 취득한 경우를 이 사건 조항에 포함된다고 본다면, 공인법인이 그 지출을 위한 절차를 준수하여 내국법인의 주식을 취득하는 모든 경우에 증여세 추징을 할 수 없다는 결론에 이르게 되며, 공익법인의 재산으로 내국법인의 주식 취득에 대하여 원칙적으로 증여세를 부과하고 예외적으로 증여세 추징을 하지 않는 구 상증세법 제48조 제2항 제2호 규정이 형해화되므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

자) 원고는 예비적으로, 적어도 벤처기업법 제11조의3 제1항 규정에 의하여 주식취득이 강제되는 10% 부분에 대하여 증여세 추징을 하는 것은 원고의 통제권 내지 결정권이 미치지 않는 부분에 대하여 원고로 하여금 증여세를 부담하게 하는 것으로 자기책임원칙에 반하여 위법하다고 주장한다. 그러나 앞서 살펴본 바와 같이 공익법인이 출연받은 재산으로 내국법인의 의결권있는 주식을 취득하는 경우 증여세를 추징하는 것이 원칙이고 그 예외는 엄격한 요건을 규정한 열거적 규정에 의하여 인정되며, 공익법인의 전문회사 설립은 공익법인의 자율에 맡겨지는 것으로 그 설립에 관한 법률에 의하여 의무적으로 주식 취득을 하여야 하는 부분이 있더라도 이를 두고 원고의 결정권이 미치지 않는 부분이라고 보기는 어렵다. 결국 원고가 취득한 주식 중 벤처기업법에 따라 의무적으로 취득한 10% 부분에 대하여 증여세 추징의 예외로 인정하지 않은 이 사건 처분이 자기책임 원칙에 위반되어 위법하다고 할 수 없으므로 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

■ 구 상속세 및 증여세법(2017. 12. 19. 법률 제15224호로 일부개정되기 전의 것)

제16조(공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입)

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 ⁠“발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 5[제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성?비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 ⁠“성실공익법인등”이라 한다)으로서 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제9조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 ⁠“상호출자제한기업집단”이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 상속인 및 그의 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 내국법인의 발행주식 총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 출연하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우에도 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

1. 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인등으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등에 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 주무관청이 공익법인등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우

3. ⁠「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식등을 출연하는 경우

제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등)

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 ⁠“발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 5(상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제16조제3항제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 "출연"은 "취득"으로 본다)와 ⁠「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.

가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

다. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

⑪ 공익법인등의 주식등의 출연·취득 및 보유와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조제2항 또는 제48조제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 성실공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 성실공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우

2. 제16조제3항 각 호 또는 제48조제2항제2호 단서에 따른 공익법인등이 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인등에 해당하지 아니하게 되거나 해당 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 경우

■ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28638호로 일부개정되기 전의 것)

제37조(내국법인 주식등의 초과보유 계산방법등)

⑥ 법 제48조제2항제2호 각 목 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1. ⁠「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단(이하 "산학협력단"이라 한다)이 보유한 기술을 출자하여 같은 법에 따른 기술지주회사(이하 이 조에서 "기술지주회사"라 한다) 또는 ⁠「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사(이하 이 조에서 "신기술창업전문회사"라 한다)를 설립할 것

2. 산학협력단이 출자하여 취득한 주식등이 기술지주회사인 경우에는 발행주식총수의 100분의 50 이상, 신기술창업전문회사인 경우에는 발행주식총수의 100분의 30 이상일 것

3. 기술지주회사 또는 신기술창업전문회사는 자회사 외의 주식등을 보유하지 아니할 것

■ 벤처기업육성에 관한 특별조치법

제11조의2(신기술창업전문회사의 설립 등)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학이나 연구기관은 신기술창업전문회사(이하 ⁠“전문회사”라 한다)를 설립할 수 있다.

1. 대학(「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따른 산학협력단을 포함한다)

2. 국공립연구기관

3. 정부출연연구기관

4. 그 밖에 과학이나 산업기술 분야의 연구기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

④ 전문회사는 다음 각 호의 업무를 영위한다.

1. 대학·연구기관 또는 전문회사가 보유한 기술의 사업화

2. 제1호에 따른 기술의 사업화를 위한 자회사의 설립. 다만, 제1항제1호의 대학은 자회사를 설립할 수 없다.

3.「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따른 창업보육센터의 설립·운영

4. 벤처투자조합·신기술사업투자조합 또는 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합(이하 ⁠“개인투자조합”이라 한다)에 대한 출자

4의2. 개인투자조합 재산의 운용

5. 전문회사가 보유한 기술의 산업체 등으로의 이전

6. 대학·연구기관이 보유한 기술의 산업체 등으로의 이전 알선

7. 대학·연구기관의 교원·연구원 등이 설립한 회사에 대한 경영·기술 지원

8. 제1호부터 제7호까지의 규정에 부수되는 사업으로 중소벤처기업부장관이 정하는 사업

제11조의3(전문회사의 운영 등)

① 대학이나 연구기관은 해당 기관이 설립한 전문회사의 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유하여야 한다.

■ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령

제4조의2(신기술창업전문회사의 설립 등)

① 법 제11조의2제1항제4호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호의 기관을 말한다.

1. 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소(이하 ⁠“전문생산기술연구소”라 한다)

2. 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인으로서 과학 또는 산업기술 분야 연구기관. 끝.

출처 : 대구지방법원 2023. 07. 05. 선고 대구지방법원 2022구합24437 판결 | 국세법령정보시스템