요지

과세사업(건물 공급)과 면세사업(토지 공급)이 혼합된 사업 시행을 위하여 공급 받은 용역의 대가에 대한 매입세액은 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액에 해당하고, 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우 공통매입세액에 해당한다고 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

1. 청구취지

  피고가 2019. xx. xx. 원고에 대하여 한 2018년 2기분 부가가치세 x,xxx,xxx,xxx원의 환급거부처분 및 그 초과환급신고가산세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

  주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 부동산 개발 및 공급업 등을 영위하는 법인이다.

  나. 브◌◌◌◌◌◌◌ 주식회사는 2016. xx. xx. ◌◌시 ◌◌구 ◌◌동 ◌◌번지 소재 ◌◌◌◌호텔의 토지 및 건물(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 하고, 토지만을 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)을 매도인 주식회사 ◌◌◌신탁 및 ◌◌◌◌신탁 주식회사로부터 매입하는 매매계약을 체결하였는데, 원고가 2016. xx.경 브◌◌◌◌◌◌◌ 주식회사의 이 사건 부동산에 대한 매수인 지위 일체를 승계하여(갑 제7호증) 2016. xx. xx. 이 사건 부동산 매입한 후 이를 재건축하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)을 진행하였다.

  다. 원고는 2016. xx.경 주식회사 에◌◌◌◌(이하 ⁠‘에◌◌◌◌’라 한다)와 이 사건 사업을 위한 자산관리위탁계약(이하, ⁠‘이 사건 자산관리위탁계약’이라 한다, 갑 제1호증)을 체결하였다. 이 사건 자산관리위탁계약의 주요 내용은 다음과 같다.

  라. 원고는 이 사건 사업을 진행하던 중 2018. xx. xx. 이◌◌◌◌◌◌◌◌◌◌◌◌◌◌부동산투자회사(이하 ⁠‘이◌◌’라 한다)에 이 사건 부동산을 총 x,xxx,xxx,xxx,xxx원에 매각하였는데 그에 따라 건물(건설 중인 자산)의 공급가액을 xxx,xxx,xxx,xxx원, 부가가치세액을 xx,xxx,xxx,xxx원으로 한 세금계산서를 발급하고, 토지는 부가가치세 면세대상이므로 부가가치세법상의 세금계산서 대신에 토지의 공급가액을 xxx,xxx,xxx,xxx원으로 한 법인세법상의 계산서를 발급하였다.

  마. 원고는 이 사건 부동산의 매각에 따라 이 사건 자산관리위탁계약 제15조 ⁠(3)항에서 정한 성과보수 xx,xxx,xxx,xxx원(부가가치세 별도, 이하 ⁠‘이 사건 성과보수’라 한다)을 에◌◌◌◌에 지급하고, 2018년 2기 부가가치세 확정신고를 하면서 그에 대한 매입세액 x,xxx,xxx,xxx원(이하 ⁠‘이 사건 매입세액’이라 한다) 전액을 공제․환급되어야 할 매입세액으로 신고하였다.

  바. 그러나 피고는, 이 사건 성과보수를 이 사건 부동산 매각(공급)을 위한 비용으로 보고, 이 사건 매입세액은 부가가치세법 제40조에서 정한 공통매입세액으로서 면세사업인 토지 공급에 관련된 매입세액이 포함되어 있다는 전제 아래, 2019. xx. xx. 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 따라 이 사건 매입세액에 2018년 제2기 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율(xx.xx%)을 적용하여 계산한 매입세액 x,xxx,xxx,xxx원(= 이 사건 매입세액 x,xxx,xxx,xxx원 × xx.xx%)을 불공제하고, 여기에 초과환급신고가산세 xxx,xxx,xxx원을 더한 x,xxx,xxx,xxx원의 환급을 거부한다는 고지를 하였다(위 매입세액 상당액의 환급거부처분을 이하 ⁠‘이 사건 환급거부처분’이라 하고, 위 가산세액 상당의 가산세 부과처분을 ⁠‘이 사건 가산세 부과처분’이라 하며, 이 사건 환급거부처분 및 가산세 부과처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

  사. 원고는 2019. xx. xx. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 피고는 2019. xx. xx. 이를 기각하였다. 원고는 2019. xx. xx. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. xx. xx. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7호증, 을 제1 내지 8, 10호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    1) 이 사건 환급거부처분에 대하여

       아래와 같은 이유에서 이 사건 매입세액 중 토지에 관련된 부분은 부가가치세 법 제39조 제1항 제7호 전단이나 후단 그 어디에도 해당하지 않으므로, 이 사건 매입세액 전부가 매출세액에서 공제되어야 한다. 그런데도 이 사건 매입세액을 공통매입세액으로 보아 이 사건 토지와 관련된 매입세액을 불공제한 것은 위법하다.

      가) 이 사건 매입세액은 원고의 ⁠‘재고자산’인 이 사건 부동산 ⁠‘처분’에 관련된 매입세액이므로 부가가치세법 시행령 제80조에서 정한 ⁠‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’에 해당하지 않는다. 따라서 고정자산인 토지에 대하여 적용되는 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단의 ⁠‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’에 해당하지 않는다.

      나) 대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판결의 취지에 비추어 볼 때, 토지의 취득원가를 구성하는 매입세액이 아니라면 이를 토지와 관련하여 지출한 것이라 쉽게 단정해서는 아니 된다. 이 사건 성과보수에 대한 매입세액은 토지 등의 ⁠‘취득’과 관련된 것이 아니라 ⁠‘처분’과 관련된 것이므로, 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단의 ⁠‘면세사업등에 관련된 매입세액’에 해당한다고 볼 수도 없다.

    2) 이 사건 가산세 부과처분에 대하여

      설령 이 사건 매입세액이 부가가치세법 제40조에서 정한 공통매입세액에 해당하여 원고가 이 사건 매입세액 전부를 환급 신고한 것이 초과환급가산세 부과사유에 해당한다 하더라도 원고로서는 이 사건 매입세액이 공통매입세액에 해당함을 알기 어려웠고 알지 못하는 것이 무리도 아니었으므로, 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다.

  나. 관계 법령

    별지 기재와 같다.

  다. 이 사건 환급거부처분의 적법 여부

    1) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단은 ⁠‘면̇세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함)’은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 제2조 제7호, 제26조 제1항 제14호에 의하면, 토지 공급사업은 면세사업에 해당한다. 부가가치세법 제40조는 ⁠“사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ⁠‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 ⁠‘공통매입세액 안분기준’이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.”라고 규정하고 있다.

    2) 이러한 관련 규정에 따르면, 과세재화인 건물과 면세재화인 토지를 함께 공급하는 사업을 하는 경우에 건물과 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 부가가치세법 제38조 제1항 제1호에 따라 매출세액에서 공제될 수 있는 반면, 토지와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액으로서 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단에 따라 매출세액에서 공제될 수 없다. 그리고 과세재화인 건물과 면세재화인 토지를 함께 공급하는 사업을 하는 경우에 부가가치세법 제40조에 따라 과세사업인 건물 공급과 관련된 매입세액과 면세사업인 토지 공급에 관련된 매입세액의 실직귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 부가가치세법 제40조 및 같은 법시행령 제81조 제1항에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하게 된다.

    3) 이 사건 사업은 과세대상인 건물과 면세대상인 토지를 함께 공급하는 사업이다. 원고는 이 사건 사업을 위해 에◌◌◌◌와 사이에 이 사건 자산관리위탁계약을 체결하고, 이 사건 부동산이 공급가액 기준 x,xxx,xxx,xxx,xxx원(= 건물 xxx,xxx,xxx,xxx원 + 이 사건 토지 xxx,xxx,xxx,xxx원)에 매각됨에 따라 에◌◌◌◌에 이 사건 자산관리위탁 계약에 따른 이 사건 성과보수 xx,xxx,xxx,xxx원을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같다. 이러한 사실관계를 관련 규정에 비추어 보면, 이 사건 성과보수는 과세사업(건물 공급)과 면세사업(토지 공급)이 혼합된 이 사건 사업 시행을 위하여 에◌◌◌◌로부터 공급 받은 용역에 대한 대가이므로, 이 사건 성과보수에 대한 매입세액(이 사건 매입세액)은 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액에 해당하고, 그 실지귀속을 구분할 수 없으므로 부가가치세법 제40조가 정한 공통매입세액에 해당한다고 봄이 타당하다. 피고는 이 사건 매입세액에는 면세사업인 토지 공급에 관련된 매입세액이 포함되어 있다고 보고, 이 사건 매입세액이 부가가치세법 제40조에서 정한 공통매입세액이라는 전제 아래 부가가치세법 제81조 제1항에서 정한 방식에 따라 이 사건 매입세액에 2018년 제2기 총 공급가액 대비 면세공급가액의 비율(xx.xx%)을 적용하여 면세사업인 토지 공급에 관련된 매입세액 x,xxx,xxx,xxx원을 불공제하고 그 환급을 거부하는 이 사건 환급거부처분을 하였는바, 이 사건 환급거부처분이 위법하다는 원고의 주장은 이 사건 매입세액이 공통매입세액에 해당하지 않는다는 전제에서 한 것이어서 받아들일 수 없다.

    4) 원고는 대법원 2015. 11. 12. 선고 2012두28056 판결이 ⁠‘면세재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인토지를̇ 취득하면서 지출한 취득가액이나 그 취득부대 비용에 대한 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액이므로 이를 매출세액에서 공제하여서는 안 된다’고 판시한 점을 들어, 위 판시의 반대해석상 원고가 재고자산인 이 사건 토지를 처분하면서 지출한 비용에 해당하는 이 사건 성과보수에 대한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단이 정한 ⁠‘면세사업에 관련된 매입세액’이 아니라는 취지로 주장하는 듯하다. 그러나 위 대법원 판결의 판시에 ⁠‘토지 취득’과 관련된 매입세액만 토지를 공급하는 면세사업에 관련된 매입세액으로 보아야 한다거나 토지를 매각 내지 처분하면서 지출한 비용은 토지를 공급하는 면세사업에 관련된 매입세액으로 볼 수 없다는 취지가 포함되어 있다고 볼 수 없다. 토지를 공급하는 면세사업자(과세사업과 면세사업등을 겸영하는 사업자 포함)가 재고자산인 토지 공급(매각)을 위해 사용한 재화나 용역의 대가에 대한 매입세액이 면세사업(토지 공급)에 관련된 매입세액임은 부인하기 어렵다. 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

    5) 한편 부가가치세법 제39조 제1항 제7호는 후단에서 ⁠‘대통령령이 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 부가가치세 시행령 제80조는 ⁠“법 제39조 제1항 제7호에서 ⁠‘대통령령이 정하는 토지에 관련된 매입세액’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”고 규정하면서, ⁠‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호), ⁠‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’(제2호), ⁠‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 각각 들고 있다. 이 사건 성과보수가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이라고 보기는 어려우므로, 이 사건 매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단이 정한 ⁠‘토지에 관련된 매입세액’이라고 볼 수는 없다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호는 전단의 ⁠‘면세사업등에 관련된 매입세액’에 해당하는 토지 공급사업에 관련된 매입세액이 포함된 공통매입세액에 해당하고, 피고는 이를 전제로 이 사건 환급거부처분을 한 것인 이상, 이 사건 매입세액이 같은 조항 후단에서 정한 ⁠‘토지에 관련된 매입세액’에 해당하지 않는다고 하여 이 사건 처분의 위법성 판단에 영향이 있다고 볼 수 없다. 원고가 들고 있는 대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판결은 쟁점 비용이 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단의 ⁠‘토지에 관련된 매입세액’에 해당하는지가 문제된 사안에 관한 것으로, 이 사건과 사안이 달라 이 사건에 그대로 적용하는 것은 적절하지 않다.

  라. 이 사건 가산세 부과처분 적법 여부

    1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지․착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810 판결 등 참조). 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없으나, 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 등 참조).

    2) 이 사건 초과환급신고가산세는, 원고가 이 사건 매입세액과 관련한 환급신고를 할 때 그중 면세사업인 토지 공급과 관련된 매입세액은 매입세액 불공제 대상으로 위 환급신고에서 제외하였어야 함에도 이 사건 매입세액 전부를 환급신고의 대상으로 삼아 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 행위를 원인으로 부과된 것이다. 앞서 인정한 사실과 을 제10 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 매입세액 중 면세사업인 토지 공급에 관련된 매입세액을 안분 계산하여 환급신고하지 않고 전부 공제하는 매입세액으로 신고한 것에 대해 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. ① 원고는 2016. xx.경 브◌◌◌◌◌◌◌로부터 매수인의 지위를 승계하여 이 사건 부동산을 매수하거나 2018. xx. xx. 이◌◌에게 이 사건 부동산을 매도함에 있어서 이 사건 토지에 대하여는 부가가치세법상의 세금계산서가 아닌 법인세법상의 계산서만을 수수한 사실에서 볼 때, 토지는 면세재화로서 그 공급은 면세사업에 해당함을 충분히 알고 있었던 것으로 보인다. ② 원고는 2018. xx. ◌◌투자증권 주식회사에 이 사건 부동산 매각과 관련하여 지급한 매각금융구조자문료 xx억 원에 대한 세금계산서를 수취하였는데, 2018년 제2기 부가가치세 신고 당시 이에대한 매입세액 x억 원 중 면세공급가액의 비율인 xx.xx%를 적용한 xxx,xxx,xxx원을 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다. 따라서 원고가 이 사건 매입세액 중 토지 공급과 관련한 부분은 공제받지 못할 매입세액임을 알기 어려웠다거나, 이 사건 매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하여 환급신고할 것을 기대하기 어려웠다고 보기 어렵

다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2022. 09. 07. 선고 서울고등법원 2021누74831 판결 | 국세법령정보시스템