요지

중소기업기본법 시행령 제3조 제2호에 ⁠‘최다출자자’라 함은 주식 등을 간접 소유한 기업도 포함되며, 중소기업 판단 기준 시점은 직전 사업연도를 기준으로 판단하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 4. 1. 원고에게 한 2013년 귀속 양도소득세 1원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거들과 이 법원에서의 변론 내용을 종합하여 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.

이에 이 법원이 설시할 이유는 아래와 같이 고치고 원고가 이 법원에서 한 새로운 주장에 대한 판단을 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고치는 부분

○ 제1심판결 제2면 제8행의 ⁠“피고에 대한”을 ⁠“원고에 대한”으로, 제6면 아래에서 제2행 ⁠“보유하다고”를 ⁠“보유한다고”로 고친다.

○ 제1심판결 제8면 아래에서 제7행 ⁠“아무런 자료가 없는 점,” 뒤에 ⁠“납부불성실 가산세는”을 추가하고, 제8면 아래에서 제4행 ⁠“입법”을 삭제한다.

3. 추가판단

가. 원고의 주장

1) 최상급의 단수를 의미하는 ⁠‘최다출자자’의 개념상 최다출자자가 둘 이상 존재할 수는 없다. 그런데 주식을 간접적으로 소유한 법인까지 고려하면 bbb 이외에 bbb가 순차적으로 지분 100%를 보유한 6개의 외국법인이 모두 이 사건 회사의 주식 44.44%를 소유한 최다출자자에 해당하여 최다출자자가 둘 이상 존재하는 결과가 되므로, 이 사건 회사는 최다출자자가 존재하지 않거나 최다출자자를 확정할 수 없다고 보아야 한다. 따라서 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 ⁠(나)목의 ⁠‘최다출자자’의 해석에 있어서, ⁠‘해당 기업의 주식등을 소유한 법인’에 ⁠‘해당 기업의 주식등을 간접소유한 법인’이 포함된다고 해석할 수는 없다.

2) 구 소득세법 및 같은 법 시행령은 양도소득세율 10%가 적용되는 중소기업은 ⁠‘주식 등의 양도일 현재’ 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 말한다고 규정하고 있고, 구 중소기업기본법 및 같은 법 시행령은 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다고 규정하고 있다. 그에 따른 구「중소기업 범위 관련 운영요령」제3조 제2항 제2호는 자산총액 5,000억 원 이상인 법인이 기업의 주식 등의 30/100 이상을 소유하는 최다출자자가 된 경우 그 기업은 ⁠‘해당 사유가 발생한 날’부터 중소기업에 해당하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 위 규정의 반대해석에 따르면 자산총액 5,000억 원 이상인 법인이 기업의 주식 등의 30/100 이상을 소유하는 최다출자자였다가 그렇지 않게 된 경우에는, 그러한 사유가 발생한 날부터 해당 기업은 중소기업에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 회사는 그 최다출자자가 자산총액이 5,000억 원 미만인 IHQ로 변경된 2013. 9. 27.부터 중소기업에 해당하므로, 이 사건 회사 주식의 양도에 대하여는 양도소득세율 10%가 적용된다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. ⁠‘최다출자자’에 주식 등을 간접소유한 기업도 포함되는지 여부

1) 구 중소기업기본법 시행령(2013. 12. 30. 대통령령 제25050호로 개정되기 전의 것, 이하 별도로 개정일을 명시하지 않으면 같다) 제3조 제1항 제2호 나목의 문언에 더하여 다음과 같은 개정경과와 입법 취지를 고려하면, 최다출자자를 판단함에 있어 ⁠‘해당 기업의 주식등을 소유한 법인’에는 ⁠‘해당 기업의 주식등을 간접소유한 법인’도 포함된다고 해석함이 타당하다.

가) 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 ⁠[별표 2] 제1호는 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 ⁠‘제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것’을 요건으로 규정하여, 간접소유하는 경우는 포함하지 않을 뿐만 아니라 최다출자자 요건도 요구하지 않고 있었다.

나) 이후 개정된 구 중소기업기본법 시행령(2009. 11. 19. 대통령령 제21831호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 나목은 ⁠‘제1호 나목에 따른 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 직접 또는 간접적으로 소유하고 있는 기업이 아닐 것’이라고 규정함으로써 간접소유의 경우까지 그 적용대상을 확대하였는데, 이는 규모가 큰 기업들이 중소기업에 대하여 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하고 있음에도 간접소유라는 이유로 해당 중소기업이 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준을 충족하게 되는 문제점을 보완하기 위한 것이다.

다) 이후 다시 개정된 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 나목은 ⁠‘제1호 나목에 따른 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주인 기업이 아닐 것’이라고 규정하여, ⁠‘최대주주’를 추가하였는데(이후 ⁠‘최대주주’ 부분이 ⁠‘최다출자자’로 개정되었다), 이는 자산이 5,000억 원 이상인 국·내외 대기업이 해당 중소기업 주식의 30퍼센트 이상을 보유한 경우라도 그 대기업이 최대주주가 아닌 경우에는 그 기업을 중소기업으로 인정함으로써 중소기업에 대한 투자유치를 원활히 하기 위한 것이다.

2) 원고는 위와 같이 해석할 경우 이 사건에서 최다출자자가 둘 이상이 되어 최다출자자가 존재하지 않거나 최다출자자를 확정할 수 없다고 주장하나, 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목 소정의 최다출자자 해당 여부는 특정 ⁠‘중소기업’이 소유와 경영의 실질적 독립성 기준을 충족하는지 여부에 관한 판단기준 중 하나에 불과할 뿐 최다출자자의 특정을 위하여 최다출자자 요건을 추가하고 그 기준을 규정한 것은 아닌 점, 위 규정에서 정한 ⁠‘최다출자자’에 해당한다고 하여 그 최다출자자에게 직접 어떠한 법적 효과가 발생하는 것은 아닌 점 등을 고려하면, 최다출자자가 반드시 하나의 기업 또는 한 사람으로 확정되어야 할 필요는 없다. 따라서 이 사건과 같이 특수한 지배구조로 인하여 어느 중소기업에 대하여 최다출자자 기준을 충족하는 기업이 복수로 존재하게 된 경우, 과세관청이 그 기업 중 어느 하나를 최다출자자로 보아 문제가 된 기업이 중소기업법상 중소기업에 해당하지 않는 것으로 판단하여 이를 전제로 과세처분을 하더라도 위법하다고 할 수 없다.

라. 중소기업 판단 기준 시점

구 소득세법 및 같은 법 시행령은 양도소득세율 감면의 혜택을 받는 중소기업 해당 여부를 구 중소기업기본법 제2조에 따라 정하도록 규정하고 있고, 구 중소기업기본법 제2조 제1항 제1호는 중소기업 요건에 관한 구체적인 기준을 대통령령에 위임하고 있으며, 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제1항은 중소기업 여부의 판단 및 적용기간에 관하여 ⁠‘제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다.’고 하여, 직전 사업연도를 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하도록 규정한다.

한편, 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제2항은 ⁠‘제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다.’고 규정하고, 그 위임에 따른 구「중소기업 범위 관련 운영요령」(2015. 1. 1. 중소기업청고시 제2015-1호 ⁠「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」의 제정으로 폐지되기 전의 것) 제3조 제2항 제2호는 ⁠‘중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 해당하는 기업은 해당 사유가 발생한 날부터 중소기업에 해당하지 아니한다’라고 규정하고 있다. 이는 중소기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 해당하게 되어 소유와 경영의 실질적인 독립성을 상실한 기업에 대하여 즉시 중소기업으로서의 지위를 박탈하는 특별규정이므로, 위 규정을 반대로 해석하여 중소기업 아닌 기업이 지배구조 변동 등으로 중소기업 기준에 해당하게 된 경우까지 즉시 중소기업으로 인정할 수는 없다.

그렇다면 이 사건 회사 주식의 양도일인 2013. 11. 4. 당시 이 사건 회사가 중소기업에 해당하는지 여부는 여전히 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제1항에 따라 위 양도일의 직전 사업연도를 기준으로 판단하여야 하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각한다.

별지

관계 법령

■ 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것)

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20

■ 구 소득세법 시행령(2013. 11. 5. 대통령령 제24823호로 개정되기 전의 것)

제167조의8(중소기업의 범위)

법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 주식등의 양도일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

■ 구 중소기업기본법(2013. 8. 6. 법률 제12007호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업자의 범위)

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

■ 구 중소기업기본법 시행령(2013. 12. 30. 대통령령 제25050호로 개정되기 전의 것)

제3조(중소기업의 범위)

① ⁠「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제3조의3(중소기업 여부의 판단 및 적용기간)

① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다.

② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다.

■ 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것)

제3조(중소기업의 범위)

「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

나. 제1호나목에 따른 법인(「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사와 이에 준하는 자로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자는 제외한다)이 발행주식(「상법」 제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 본인 및 그와 특수관계자가 소유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 본인을 말한다. 이 경우 특수관계자는 본인이 개인인 경우 사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한 배우자, 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말하며, 본인이 법인인 경우 그 법인의 임원을 말한다)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

■ 구 중소기업기본법 시행령(2009. 11. 19. 대통령령 제21831호로 개정되기 전의 것)

제3조(중소기업의 범위)

「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

나. 제1호나목에 따른 법인이 발행주식(「상법」 제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접 또는 간접적으로 소유하고 있는 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

■ 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것)

제3조(중소기업의 범위)

「중소기업기본법」(이하 ⁠“법”이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업

[별표 2]

중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조제2호 관련)

1. 제3조제1호나목에 따른 법인이 발행주식(「상법」 제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

■ 구 중소기업 범위 관련 운영요령(2015. 1. 1. 중소기업청고시 제2015-1호 ⁠「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」의 제정으로 폐지되기 전의 것)

제3조(중소기업 여부의 판단 및 적용기간)

① 영 제3조의3제2항에 따른 세부적인 중소기업 여부의 판단 및 적용기간은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 직전 사업연도의 사업기간이 12개월 이상인 기업 : 직전 사업연도의 상시근로자수등이 영 제3조의 기준을 모두 갖춘 경우 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간 중소기업에 해당한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업의 경우 중소기업의 여부의 판단 등은 각각의 구분에 따른다.

2. 영 제3조제1항제2호 가목 또는 나목에 해당하는 기업 : 해당 사유가 발생한 날부터 중소기업에 해당하지 아니한다.

■ 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25200호로 개정되기 전의 것)

제2조(특수관계의 세부기준)

② 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제5호에서 규정하는 주식의 간접소유비율은 다음 각 호의 방법으로 계산한다.

1. 어느 한 쪽 법인이 다른 쪽 법인의 주주인 법인(이하 "주주법인"이라 한다)의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 소유하고 있는 경우에는 주주법인이 소유하고 있는 다른 쪽 법인의 의결권 있는 주식이 그 다른 쪽 법인의 의결권 있는 주식에서 차지하는 비율(이하 "주주 법인의 주식소유비율"이라 한다)을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘 이상인 경우에는 주주법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 어느 한쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다.

2. 어느 한 쪽 법인이 다른 쪽 법인의 주주법인의 의결권 있는 주식의 100분의 50 미만을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율에 주주법인의 주식소유비율을 곱한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘 이상인 경우에는 주주 법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다.

3. 다른 쪽 법인의 주주법인과 어느 한 쪽 법인 사이에 하나 이상의 법인이 개재되어 있고 이들 법인이 주식소유관계를 통하여 연결되어 있는 경우에도 제1호와 제2호의 계산방법을 준용한다

출처 : 서울고등법원 2022. 07. 05. 선고 서울고등법원 2021누68225 판결 | 국세법령정보시스템