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노동 · 근로시간·휴가·포괄임금제 2026.04.10 조회 1

선택적 근로시간제 정산 기간, 도입부터 운영까지 절차 총정리

얼마 전 한 IT 스타트업 인사담당자로부터 이런 이야기를 들었습니다. 개발팀의 업무 특성상 새벽까지 집중 작업을 하는 날이 있는 반면, 업데이트 직후에는 한가한 시기가 반복된다는 것이었습니다. 매달 똑같이 9시 출근, 6시 퇴근을 강제하기보다 업무 밀도에 맞춰 근무시간을 유연하게 조절하고 싶은데, 선택적 근로시간제를 도입하려니 정산 기간이라는 개념이 복잡하게 느껴진다고 했습니다.

이처럼 선택적 근로시간제의 핵심은 '정산 기간'에 있습니다. 정산 기간을 어떻게 설정하느냐에 따라 연장근로수당 발생 여부가 달라지고, 근로자의 자율성 범위도 크게 변합니다. 이 글에서는 선택적 근로시간제 정산 기간의 도입 절차를 단계별로 안내해 드리겠습니다.

선택적 근로시간제와 정산 기간, 기본 개념 이해

선택적 근로시간제란 근로기준법 제52조에 따라 근로자가 일정한 정산 기간 내에서 총 근로시간의 범위 안에서 업무의 시작 및 종료 시각을 스스로 결정할 수 있는 제도입니다. 핵심 용어인 '정산 기간(settlement period)'은 총 근로시간을 평균적으로 계산하는 단위 기간을 의미합니다.

정산 기간별 구분

1개월 이내 정산 기간 : 서면 합의(노사협정)만으로 도입 가능합니다. 별도의 신고 절차가 필요 없습니다.
1개월 초과 ~ 3개월 이내 정산 기간 : 2021년 개정 근로기준법으로 신설되었습니다. 서면 합의에 더하여 근로일 간 11시간 연속 휴식 보장, 임금 보전 방안 등 추가 요건을 충족해야 합니다.

정산 기간이 길수록 업무 유연성이 높아지지만, 그만큼 근로자 보호 요건도 강화된다는 점을 기억해야 합니다.

Step 1. 대상 업무 및 정산 기간 결정

적용 대상 부서와 직무 범위 확정

모든 직무에 선택적 근로시간제가 적합한 것은 아닙니다. 고객 대면 업무가 많은 부서보다는 연구개발, 디자인, 콘텐츠 제작 등 자율적 시간 배분이 가능한 직무에 효과적입니다. 실무에서는 이 단계에서 적용 부서를 명확히 특정하지 않아 이후 분쟁이 생기는 경우가 잦습니다.

소요기간 : 1~2주 | 필요사항 : 직무분석 자료, 부서별 업무 특성 검토

정산 기간 설정

1개월 이내로 할지, 최대 3개월까지로 할지 결정합니다. 실무적으로는 급여 정산 주기와 맞추는 것이 편리하여 1개월 단위가 가장 많이 활용됩니다. 3개월 정산 기간은 계절적 업무 변동이 뚜렷한 업종(예: 회계법인의 결산 시즌)에서 유리합니다.

소요기간 : 1주 | 필요사항 : 업무량 변동 데이터, 급여 주기 확인

Step 2. 서면 합의(노사협정) 체결

근로자대표와의 서면 합의 진행

근로기준법 제52조는 선택적 근로시간제 도입 시 반드시 근로자대표와 서면으로 합의할 것을 요구합니다. 서면 합의에 포함되어야 할 법정 기재사항은 다음과 같습니다.

서면 합의 필수 기재사항

대상 근로자의 범위
정산 기간 (1개월 이내 또는 1개월 초과 ~ 3개월 이내)
정산 기간의 총 근로시간
반드시 근로해야 할 시간대(의무근로시간, core time) 설정 여부와 그 시작 및 종료 시각
근로자가 자유롭게 선택할 수 있는 시간대(선택근로시간, flexible time)의 시작 및 종료 시각
표준근로시간 (유급휴가 등을 산정하기 위한 1일 기준 근로시간)

소요기간 : 2~4주 (협의 과정 포함) | 필요서류 : 서면 합의서, 근로자대표 선임 증빙 | 비용 : 자체 작성 시 별도 비용 없음, 노무사 자문 시 30만~80만 원 내외

1개월 초과 정산 기간인 경우 추가 요건 확인

정산 기간이 1개월을 초과하면 다음 두 가지 요건을 반드시 충족해야 합니다.

근로일 간 연속 11시간 휴식 보장 : 종업 시각부터 다음 날 시업 시각까지 최소 11시간의 연속 휴식을 부여해야 합니다.
임금 보전 방안 마련 : 정산 기간 내 특정 주 또는 월의 근로시간이 적어 임금이 줄어드는 것을 방지하기 위한 보전 방안을 서면 합의에 명시해야 합니다.

소요기간 : Step 3과 동시 진행 | 필요서류 : 임금보전 방안 명시 서면 합의서

Step 3. 취업규칙 변경 및 근로계약서 정비

취업규칙 반영

서면 합의 내용을 취업규칙(또는 인사규정)에 반영해야 합니다. 기존 취업규칙에 고정된 근로시간만 규정되어 있다면, 선택적 근로시간제 관련 조항을 신설하거나 변경해야 합니다. 상시 근로자 10인 이상 사업장은 변경된 취업규칙을 관할 노동청에 신고해야 합니다.

소요기간 : 1~2주 | 필요서류 : 변경 취업규칙, 근로자 의견 청취서(불이익 변경 시 동의서) | 비용 : 노동청 신고는 무료

개별 근로계약서 갱신

대상 근로자 개개인과 근로계약서를 갱신하여 선택적 근로시간제 적용 사실, 정산 기간, 의무근로시간대 등을 명시합니다. 구두 합의만으로는 분쟁 시 입증이 어려우므로 반드시 서면으로 작성해야 합니다.

소요기간 : 1주 | 필요서류 : 변경 근로계약서(근로자 서명 필수)

Step 4. 정산 기간 종료 후 연장근로수당 정산

총 근로시간 대비 실근로시간 비교

정산 기간이 종료되면 해당 기간의 법정 총 근로시간과 실제 근로시간을 비교합니다. 예를 들어 정산 기간이 1개월(4주)이라면 법정 총 근로시간은 주 40시간 x 4주 = 160시간입니다. 실제 근로시간이 이를 초과한 부분에 대해 통상임금의 50%를 가산한 연장근로수당을 지급해야 합니다.

정산 기간별 총 근로시간 산정 공식

정산 기간 총 근로시간 = (정산 기간의 총 일수 / 7) x 40시간

예시 : 정산 기간 1개월(30일)인 경우 = (30 / 7) x 40 = 약 171.4시간
정산 기간 3개월(91일)인 경우 = (91 / 7) x 40 = 520시간

급여 반영 및 기록 보관

정산 결과를 해당 월 급여에 반영하고, 근로시간 기록은 최소 3년간 보존해야 합니다. 근로기준법 제66조에 따라 사용자는 근로자의 근로일별 근로시간을 기록한 서류를 작성, 보관할 의무가 있습니다.

소요기간 : 정산 기간 종료 후 당월 급여일까지 | 필요사항 : 근태관리 시스템(출퇴근 기록), 급여대장

실무에서 놓치기 쉬운 3가지 주의사항

1. 의무근로시간(core time) 미설정 시 리스크

의무근로시간대를 아예 두지 않으면 팀 간 협업이 어려워지고, 반대로 너무 넓게 설정하면 선택적 근로시간제의 취지가 퇴색됩니다. 실무에서는 오전 10시~오후 3시 등 4~5시간 정도를 의무근로시간대로 설정하는 경우가 가장 많습니다.

2. 근로자대표의 적법한 선임

과반수 노동조합이 없는 사업장에서 근로자대표를 형식적으로 지명하는 경우가 있습니다. 근로자 과반수의 동의를 받아 민주적으로 선출해야 하며, 이 절차가 미비하면 서면 합의 전체가 무효가 될 수 있습니다.

3. 포괄임금제와의 중복 적용 문제

선택적 근로시간제를 도입하면서 동시에 포괄임금제를 적용하는 사업장이 있습니다. 그러나 선택적 근로시간제는 정산 기간 종료 후 실제 초과 근로시간을 정확히 산정하여 수당을 지급하는 것이 원칙입니다. 포괄임금 약정이 실제 근로시간 산정을 사실상 불가능하게 만들지 않는지 면밀히 검토해야 합니다.

전체 도입 일정 요약

1단계 대상 업무 및 정산 기간 결정 : 약 2~3주
2단계 서면 합의(노사협정) 체결 : 약 2~4주
3단계 취업규칙 변경 및 근로계약서 정비 : 약 1~2주
4단계 시행 및 정산 기간 종료 후 수당 정산 : 정산 기간 종료 시
총 소요기간 : 최초 도입까지 약 5~9주

선택적 근로시간제는 근로자에게는 일과 생활의 균형을, 사업주에게는 인건비 효율화를 가져다줄 수 있는 제도입니다. 다만 정산 기간 설정, 서면 합의 요건, 연장근로수당 정산까지 각 단계의 법적 요건을 빠짐없이 충족해야 나중에 노동청 근로감독이나 분쟁 상황에서 불이익을 피할 수 있습니다.

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박경수 변호사의 코멘트

선택적 근로시간제는 유연근무의 대표적 수단이지만, 실무에서 정산 기간 설정과 서면 합의 요건을 제대로 갖추지 못해 연장근로수당 분쟁으로 이어지는 경우를 자주 봅니다. 도입 전 반드시 서면 합의의 법정 기재사항을 빠짐없이 점검하시고, 정산 기간 유형별 추가 요건 충족 여부를 확인하시길 권합니다.

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