요지

「조세특례제한법」제99의2에 따른 감면대상 양도소득금액을 계산할 때, 공동주택가격이 공시되기 전에 당해 감면주택을 취득한 경우에 취득 당시 기준시가는 ⁠「소득세법 시행령」 제164조제7항에 따라 계산한 가액으로 하는 것임

답변내용

귀 질의(1)의 경우, ⁠「조세특례제한법 시행령」제99의2제7항 및 같은 영 제40조제1항(이하 ⁠“해당 규정”)에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산할 때, ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공동주택가격이 공시되기 전에 당해 감면주택을 취득한 경우에는 해당 규정의 계산식의 취득 당시 기준시가는 ⁠「소득세법 시행령」 제164조제7항에 따라 계산한 가액으로 하는 것이며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 양도하는 경우에는 해당 규정의 계산식의 양도 당시 기준시가는 직전의 기준시가를 적용하는 것입니다.
귀 질의(2),(3)의 경우 ｢서면-2016-부동산-5398(2016.12.30.)｣을 참고하시기 바랍니다.

1. 사실관계

○ ⁠‘13.9월 용인시 수지구 A아파트 분양계약 체결

-‘15.11월 잔금 지급

○ ⁠‘15.3월 용인시 수지구 B아파트 취득

○‘20.2.20. B아파트 양도

-1세대 1주택 비과세

○‘21.2.26. A아파트 양도(매매가 960백만원)

※ A아파트는 조특법§99의2 요건을 갖춘 신축감면주택으로 전제하고 A아파트의 공동주택 공시가격은 2016년부터 고시되었음

2. 질의내용

1) 조특법§99의2에 따른 신축감면주택의 감면되는 양도소득금액 계산 시 최초 기준시가 고시되기 전인 경우 당해 주택의 ⁠‘취득 당시 기준시가’ 산정 방법 및 양도당시 해당 연도 기준시가 고시되기 전에 직전 기준시가 적용 여부

2)조특법§99의2②에 따라 신축감면주택 외 일반주택을 1세대 1주택 비과세로 양도한 후, 신축감면주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 요건 판정 시 보유기간 기산일

3)질의2)에서 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못하였을 때 농어촌특별세를 부담하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

᥵조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

 ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.

 ⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

᥵조세특례제한법 시행령 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

⑦ 법 제99조의2제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

᥵조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액 또는 「법인세법」 제55조의2제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

᥵소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다

1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

가. 토지

　　「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

　　건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

다. ⁠(생략)

라. 주택

　　「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

③ 다음 각 호의 기준시가 산정에 필요한 사항은 건물의 종류, 거래상황, 기준시가 고시여부 등을 고려하여 대통령령으로 정한다.

2.「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 개별공시지가, 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시 또는 고시되기 전에 취득한 토지 및 주택의 취득 당시의 기준시가

᥵소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】

③ 법 제99조제1항제1호가목부터 라목까지의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

⑥ 법 제99조제1항제1호다목 또는 같은 호 라목 단서에 따른 기준시가가 고시되기 전에 취득한 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다), 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다) 또는 공동주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 따라 계산한 가액으로 한다. 이 경우 해당 자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가 고시당시 또는 취득당시의 법 제99조제1항제1호나목의 가액이 없는 경우에는 제5항을 준용하여 계산한 가액에 따른다.

⑦ ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 주택에 대하여 국토교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시 또는 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다.

᥵소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

᥵소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

᥵농어촌특별세법 제2조 【정의】

① 이 법에서 "감면"이란 ⁠「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 ⁠「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

2. 「조세특례제한법」 제72조제1항에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 같은 법 제89조제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용

3. 「지방세법」 제15조제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용

② 이 법에서 "본세"란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제5조제1항제1호에 따른 농어촌특별세의 경우에는 감면을 받는 해당 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세

᥵농어촌특별세법 제3조 【납세의무자】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자

᥵농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

᥵ 농어촌특별세법 제4조 【비과세】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

3. 「조세특례제한법」 제6조ㆍ제7조에 따른 중소기업에 대한 세액감면ㆍ특별세액감면 및 「지방세특례제한법」 제58조의3제1항ㆍ제3항에 따른 세액감면

3의2. 「조세특례제한법」 제40조에 따른 양도소득세의 감면

3의3. 「조세특례제한법」 제16조의 소득공제에 따른 감면

4. 「조세특례제한법」 제86조의3ㆍ제86조의4ㆍ제87조ㆍ제87조의2ㆍ제87조의5ㆍ제88조의2ㆍ제88조의4ㆍ제88조의5ㆍ제91조의14ㆍ제91조의16ㆍ제91조의17ㆍ제91조의18 및 제91조의19에 따른 저축이나 배당에 대한 감면

4의2. 삭제

5. 「조세특례제한법」 제21조에 따른 이자소득 등에 대한 감면 중 비거주자 또는 외국법인에 대한 감면

᥵ 서면-2016-부동산-5398, 2016.12.30.

1. 귀 질의 1)의 경우, ⁠「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때「조세특례제한법」제99조의2 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.

2. 귀 질의 2)의 경우, ⁠「조세특례제한법」제99조의2제1항에 해당하는 감면대상 주택을 취득하고 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100%를 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제하는 것입니다.

3. 귀 질의 3)의 경우, 「조세특례제한법」 제99조의 제1항의 규정을 적용받는 감면대상 주택임을 전제로 일반주택을 양도할 때 1세대1주택 비과세를 적용받은 이후, 해당 감면대상 주택을 양도함으로써 「소득세법」 제89조제1항제3호의 1세대1주택 비과세를 적용하는 경우 같은 법 시행령 제154조제1항에서 정한 보유기간의 계산은 ⁠「조세특례제한법」제99조의2 제2항에서 규정하는 소유주택으로 변경된 날부터 기산하는 것입니다.

4. 「조세특례제한법」 제99조의2 제1항에 해당하는 감면대상 주택의 양도당시 「소득세법 시행령」제154조제1항의 요건에 해당하는 경우에는 ⁠「소득세법」제89조제1항제3호에 따라 비과세를 적용하는 것이고, 양도하는 감면대상 주택이 1세대1주택이면서 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 법 제95조제3항 및 같은 법 시행령 제160조를 적용한 후 ⁠「조세특례제한법」제99조의2 규정을 적용하는 것입니다.

5. 위2 또는 4에 따라 양도소득세가 감면되거나 과세대상소득금액에서 공제되는 경우에는 ⁠「농어촌특별세법」제3조 및 제5조에 따라 해당 감면세액의 100분의 20을 곱하여 계산한 금액을 농어촌특별세로 납부하는 것입니다.

출처 : 국세청 2021. 12. 14. 사전-2021-법령해석재산-0561[법령해석과-4353] | 국세법령정보시스템