요지

양도일 현재 휴업중인 장기어린이집을 보유한 1세대가 양도하는 거주주택에 대하여 거주주택특례(소득령§155⑳)가 적용되지 아니함

답변내용

｢소득세법 시행령｣ 제155조제20항 제3호에 따른 장기어린이집과 거주주택을 소유하는 1세대가 ｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 농어촌주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 ｢소득세법 시행령｣ 제154조제1항을 적용할 수 있는 것이며
「조세특례제한법｣제99조의4제1항제1호의 농어촌주택 해당여부는 주택과 그 부수토지의 소유자가 다른 경우에도 주택과 그 부수토지 전체를 기준으로「조세특례제한법｣ 제99조의4제1항제1호의 요건에 해당하는지를 판정하는 것입니다.
다만, ｢소득세법 시행령｣ 제155조제20항 제3호에 따른 장기어린이집은 양도일 현재 ｢소득세법」제168조에 따라 고유번호를 부여받고 운영하고 있어야 하며, 양도일 현재 휴업중인 장기어린이집은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조제20항 제3호에 따른 장기어린이집에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○’14.5월 서울 소재 A 아파트 매수 후 계속 거주

 ○’14.6월 서울 소재 B 아파트 매수, ’14.8월부터 B아파트 장기어린이집 운영

  - ’22.3.1부터 어린이집은 휴업중임

 ○’19.7월 경북 김천시 면지역 C 농어촌주택 매수, 현재 보유중

  - 주택부수토지는 신청인 등 3인이 지분 공유 등기, 주택은 신청인 단독등기

  ＊ 김천 C주택은 조특법§99의 농어촌주택 요건을 충족한 것으로 전제

2. 질의내용

 ○ 김천 C주택과 그 부수토지의 소유자가 다른 경우에도 조특법§99의4에 따른 농어촌 주택에 해당하는지 여부

 ○ 휴업중인 장기어린이집을 보유한 1세대가 보유한 거주주택을 양도하는 경우에도 소득령§155⑳의 특례를 적용받을 수 있는지 여부

 ○ 소득령§155⑳의 장기임대주택과 거주주택을 보유한 1세대가 조특법§99의4의 농어촌주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우, 소득령§155⑳과 조특법§99의4를 중첩 적용하여 1세대1주택 비과세 가능여부

3. 관련법령 및 관련 사례

□ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. ⁠(각호 생략)

□소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

① ∼ ⑲ ⁠(생략)

󰊊󰊒 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.(하단 생략)

 1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

 3. 장기어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 고유번호를 부여받고, 장기어린이집을 운영하고 있을 것

 ㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 어린이집을 장기임대주택 또는 장기어린이집으로 보아 제20항을 적용한다.

 ㉒ 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. ⁠(중간생략)

 2. 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례

 가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 않게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하거나 해당 어린이집을 계속 운영하는 것으로 본다.

 나. 재건축사업, 재개발사업 또는 소규모재건축사업등의 사유가 있는 경우에는 어린이집을 운영하지 않은 기간 또는 임대의무호수를 임대하지 않은 기간을 계산할 때 해당 주택의 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획(소규모재건축사업등의 경우에는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획을 말한다. 이하 "관리처분계획등"이라 한다) 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 않는다.

 다. 「주택법」 제2조에 따른 리모델링 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 않은 기간을 계산할 때 해당 주택이 같은 법 제15조에 따른 사업계획의 승인일 또는 같은 법 제66조에 따른 리모델링의 허가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 않는다.

 (이하 생략)

□소득세법 시행규칙 제74조의2【계속 임대로 보는 부득이한 사유】

 영 제155조제22항제2호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 따라 수용(협의매수를 포함한다)된 경우

 2. 사망으로 상속되는 경우

□ 소득세법 시행령 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

 ① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

 1. ⁠(생략)

 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). ⁠(단서 생략)

 3. ∼ 8. ⁠(생략)

 8의2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 1세대의 구성원이 해당 목에 규정된 인가 또는 위탁을 받고 법 제168조에 따른 고유번호를 부여받은 후 5년 이상(이하 이 조에서 "의무사용기간"이라 한다) 어린이집으로 사용하고 어린이집으로 사용하지 않게 된 날부터 6개월이 경과하지 않은 주택. 이 경우 해당 주택이 가목에서 나목으로 또는 나목에서 가목으로 전환된 경우에는 의무사용기간을 적용할 때 각각의 사용기간을 합산한다.

 가. 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 운영하는 어린이집

 나. 「영유아보육법」 제24조제2항에 따라 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받아 운영하는 어린이집

(이하생략)

□조세특례제한법 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

 가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

  1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

  2)「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역. 다만, ⁠「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

  3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

  4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

  5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

  나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

□ 영유아보육법 제43조 【어린이집의 폐지ㆍ휴지 및 재개 등의 신고】

① 제13조제1항에 따라 인가된 어린이집을 폐지하거나 일정기간 운영을 중단하거나 운영을 재개하려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 미리 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다.

② 어린이집의 원장은 어린이집이 폐지되거나 일정기간 운영이 중단되는 경우에는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 그 어린이집에서 보육 중인 영유아가 다른 어린이집으로 옮길 수 있도록 하는 등 영유아의 권익을 보호하기 위한 조치를 취하여야 한다.

□ 영유아보육법 제36조 【어린이집의 폐지ㆍ휴지】

① 법 제43조제1항에 따라 어린이집을 폐지하거나 일정기간 운영을 중단(중단하는 기간은 1년 이내로 하되, 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장이 불가피하다고 인정하는 경우에는 그 기간을 1년의 범위에서 한 차례만 연장할 수 있다)하려는 자는 폐지 또는 운영 중단 2개월 전까지 그 사실을 보육교직원 및 부모 등 보호자에게 알리고 별지 제18호서식의 어린이집 폐지ㆍ휴지ㆍ재개 신고서(전자문서로 된 신고서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부해 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출해야 한다.

  1. 보육 영유아에 대한 전원조치(轉園措置) 계획서

  2. 어린이집의 재산에 관한 사용ㆍ처분계획서(부동산을 임차한 경우는 제외한다)

  3. 어린이집 인가증 또는 신고증(어린이집을 폐지하는 경우만 해당한다)

  4. 보육교직원의 인사기록카드(어린이집을 폐지하는 경우만 해당한다)

  5. 폐지ㆍ휴지 사실을 보육교직원 및 부모 등 보호자에게 알린 사실을 증명할 수 있는 자료

② 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따른 폐지 또는 휴지 신고를 받은 경우에는 법 제43조제2항에 따라 보육 영유아에 대한 전원조치가 이루어지는지를 확인해야 한다

□ 부동산거래관리과-1274, 2010.10.21.

  1주택을 수인이 공유로 취득한 경우 ⁠「조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것)」 제99조의4제1항에 따른 농어촌주택 해당여부는 소유지분에 관계없이 해당 주택을 기준으로 판정하는 것입니다.

〔사실관계〕

 - 2007. 충남 아산 영인면 소재 주택(토지 1,148㎡, 주택 188.43㎡)을 별도 세대인 세자녀가 증여 받음

〔질의내용〕

 - 농어촌주택 주택 해당여부를 판정함에 있어 토지∙건물의 총면적 기준을 적용하면 기준을 초과하나, 수증자별 면적 기준을 적용하면 기준에 적합한데 어느 기준을 적용하는지

□ 서면-2015-부동산-2228, 2015.12.01.

  「조세특례제한법」제99조의4 제1항 제1호에 따른 농어촌주택 해당여부는 주택과 그 부수토지의 소유자가 다른 경우에도 주택과 그 부수토지 전체의 면적과 가액을 기준으로 판정하는 것입니다. 따라서 타인이 소유하는 대지의 면적이 660㎡를 초과하는 귀 질의의 B주택은 동 규정에 따른 농어촌주택으로 볼 수 없는 것입니다.

〔사실관계〕

- 2003.12.05. 갑은 대구 동구 효목동 소재 A아파트 취득

 - 2010.05.06. 갑은 별도세대인 부친으로부터 경북 영천시 화남면 선천리 소재 B주택(82.64㎡)을 증여받음(B농어촌주택의 부수토지는 970㎡로서 타인이 소유하고 있음)

□ 서면4팀-1499, 2008.6.23.

1세대가「조세특례제한법」제99조의4에 의한 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하고, 당해 농어촌주택을 취득하기 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조 제1항 제3호를 적용하는 것이며, 농어촌주택 해당여부를 판정함에 있어 주택과 그 부수토지의 소유자가 다른 경우에는 주택과 그 부수토지 전체의 면적과 가액을 기준으로 판단하는 것입니다. 끝.

출처 : 국세청 2023. 10. 17. 사전-2023-법규재산-0319[법규과-2615] | 국세법령정보시스템