요지

지정기부금 단체 지정·고시받은 기존 법인이 관련법률 개정에 의해 해산 간주되고, 모든 소관업무와 권리·의무 및 재산이 설립된 신설 법인에게 승계되는 경우 지정기부금단체 지위도 신설 법인에게 승계되는 것임

회신

귀 질의와 같이「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호 각목에 의하여 지정기부금 단체에 해당하는 비영리법인(이하 ⁠‘해산법인’이라 함)이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산법인의 모든 소관업무, 권리·의무 및 재산, 행위 등이 동 법률의 규정에 따라 신설된 비영리법인(이하 ⁠‘신설법인’이라 함)에게 승계되는 경우
신설법인은 기획재정부장관이 해산법인에 대해 지정기부금단체로 지정·고시한 지정기간의 종료일까지 해산법인의 지정기부금단체 지위를 승계하는 것입니다

1. 사실관계

○(舊 ㅇㅇㅇㅇㅇ) ’08.12.24. ⁠「민법」제32조에 따라 설립된 사단법인으로, 정부의 ㅇㅇ정책수행 전담기관으로 창업관련 사업을 ㅇㅇㅇㅇ부로부터 위탁받아 수행하며

- ’19.2.11. 기획재정부 장관으로부터 위탁집행형 준정부기관으로 지정됨

○ (ㅇㅇㅇㅇ) ㅇㅇ지원 정책의 안정적 수행을 위해 정부는「ㅇㅇㅇㅇㅇ 지원법」(이하 ⁠‘ㅇㅇㅇㅇ법’이라 한다) 제ㅇㅇ조를 개정(’19.4.23)하여 舊 ㅇㅇㅇㅇㅇ(이하 ⁠‘구 법인’ 이라 함)은 해산 간주하고 ㅇㅇㅇㅇ(이하 ⁠‘신 법인’이라 함)을 ’19.10.24 설립함

- 구 법인은 재산과 권리·의무를 질의법인에게 승계할 수 있도록 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ장관에게 요청(’19.10.23)하여 승인(’19.10.24)받음으로써

-구 법인에 속하였던 모든 소관업무, 권리·의무 및 재산은 신 법인에게 승계되고 ⁠(ㅇㅇㅇㅇ법 부칙 2019.04.23. 법률 제ㅇㅇㅇㅇㅇ호 제2조 제1항 및 제2항)

- ’19.4.23. 개정된 창업지원법 부칙 제2조 제6항에 의해 신 법인의 설립 이전에 구 법인이 행한 행위 또는 구 법인에 대하여 행하여진 행위는 신 법인이 행한 행위 또는 신 법인에 대하여 행하여진 행위로 봄

2. 질의내용

○창업지원 정책의 안정적 수행을 위하여 관련 업무를 수행하던 구 법인을 해산간주하고 관련 법률에 의해 설립된 신 법인에게

- 기존 법인이 기획재정부장관으로부터 지정·고시 받은 지정기부금단체 지위^*가 승계되는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제78조【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】

내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

1. ⁠「상법」의 규정에 따라 조직변경하는 경우

2. 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 ⁠「상법」에 따른 회사로 조직변경하는 경우

3. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○법인세법 시행령 제39조 【지정기부금의 범위 등】

① 법 제24조제4항에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.

바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제3항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.

⑧ 국세청장은 제1항제1호바목에 따른 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 지정의 취소를 기획재정부장관에게 요청하여야 한다.

5. 지정기부금단체등이 해산한 경우

4. 관련예규

○법인세법 기본통칙 6-0…1【법인의 조직을 변경한 경우의 사업연도】

「상법」･기타 법령에 따라 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다.

○ 법인세과-576, 2010.6.23

「법인세법 시행령」 제36조제1항제1호각목 및 같은 법 시행규칙 제18조제1항각호에 의하여 지정기부금 단체에 해당하는 비영리법인(이하 ⁠‘해산법인’임)이 설립근거 법률의 개정에 따라 해산하고 동 법률에 따라 이미 설립된 기존의 다른 비영리법인(이하 ⁠‘통합법인’임)에 통합되면서 법률의 규정에 따라 해산법인의 모든 재산과 권리ㆍ의무가 통합법인에게 포괄 승계되고 다른 법령에서 해산법인을 인용한 것이 통합법인을 인용한 것으로 보는 경우

해산법인에 대한 법인세법상 지정기부금 단체의 규정은 통합법인에게 그대로 적용되는 것이므로 내국법인이 해산법인에 대한 고유목적사업비로 통합법인에게 지출하는 기부금은 지정기부금에 해당하는 것입니다.

○ 법규법인2012-189, 2012.5.14.

한국AA공사법에 따라 설립된 한국AA공사가 해당 법률의 폐지와 이의 대체법률로 제정된 방송광고판매대행 등에 관한 법률에 따라 한국AA진흥공사에 모든 재산과 법률상의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하는 경우에는 이를 조직변경으로 보는 것으로, 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임

○ 법인세과-477, 2010.5.25.

비영리내국법인으로 ｢한국환경공사법｣과 ｢환경관리공단법｣에 의해 각각 설립된 ⁠‘○○○공사’와 ⁠‘△△△공단’이 해당 법률의 폐지로 인하여 해산하고 신설된 ｢한국환경공단법｣에 따라 설립된 ⁠‘○○○공단’으로 통합되면서 재산과 권리･의무를 포괄적으로 승계하는 경우에는 조직변경으로 보는 것이며, 이 경우 해산하는 비영리내국법인의 세무상 유보금액은 새로이 설립된 ⁠‘○○○공단’에 그대로 승계되는 것임

○ 법인세과-548, 2009.5.11.

법인이 ｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로,

비영리내국법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무가 신설된 비영리법인으로 포괄 승계되어 조직 변경되는 경우, 해산된 비영리법인이 계상한 수입이자로서 손익 귀속사업연도의 미 도래로 세무상 익금불산입한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 신설된 비영리법인에게 승계되는 것입니다

출처 : 국세청 2020. 04. 09. 서면-2020-법인-1284[법인세과-1250] | 국세법령정보시스템