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농업회사법인 출자요건 미충족 시 법인세 감면 배제 여부

서면-2016-법령해석법인-4977[법령해석과-1077]  ·  2017. 04. 20.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 농업회사법인이 사업연도 중 농업인 등에 대한 출자한도 요건을 충족하지 못하는 경우에도 해당 연도의 법인세 감면 혜택을 유지할 수 있는지요?

S요약

농업회사법인이 사업연도 중 농업인 등에 대한 출자한도 요건을 충족하지 못하게 되면, 요건 불충족 사실이 발생한 그 사업연도부터 조세특례제한법상 법인세 감면 혜택이 적용되지 않는 것으로 판단됩니다. 이에 따라 출자한도 보완기간 동안에도 세제상 농업회사법인 요건 충족으로 간주되지 않습니다.
#농업회사법인 #출자한도 #조세특례제한법 #법인세 감면 #농업인 출자 #비농업인 출자비율
핵심 정리

R회신 내용 서면-2016-법령해석법인-4977[법령해석과-1077]  ·  2017. 04. 20.

  • 회신 주체·출처: 국세청 서면-2016-법령해석법인-4977[법령해석과-1077] (2017-04-20)
  • 농업회사법인이 비농업인 출자한도 요건을 충족하지 못하게 된 날이 속하는 사업연도부터 조세특례제한법 제68조에 따른 법인세 감면 대상에서 제외된다고 해석하였습니다.
  • 농어업경영체법 제20조의3에서 정한 보완기간 내에 요건을 갖추지 못하면 법원의 해산청구 사유가 되나, 세법상 감면자격은 요건 상실 시점부터 배제됨을 분명히 하였습니다.
  • 즉, 법령상 허용된 보완기간이더라도 조세특례제한법상 세제혜택 요건 유지로 간주되지 아니하며, 해당 사업연도부터 감면 대상에서 제외됨을 명확히 밝혔습니다.
  • 감면신청 시에는 농어업경영체 등록확인서 등 관련 증빙서류 제출이 요구되고, 불충족 시 세법상 법인세 감면은 허용되지 않음을 강조하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제68조: 농업회사법인에 대해 일정 소득에 대한 법인세 면제·감면 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제65조: 농업회사법인 소득 구체적 범위 및 감면 관련 절차 규정
  • 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조: 농업회사법인 설립 및 출자한도 관련 기준 명시
  • 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제18조: 비농업인 출자한도 구체적 산정 방식 명시
  • 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3: 출자한도 초과에 따른 해산명령 및 보완기간 규정
사례 Q&A
1. 농업회사법인이 출자한도 요건 미충족 시 언제부터 법인세 감면이 배제되나요?
답변
요건 미충족이 발생한 그 사업연도부터 법인세 감면이 배제됩니다.
근거
국세청 유권해석에 따라, 출자요건 불충족이 확인된 사업연도부터 조세특례제한법상 감면대상이 아님을 명확히 하였습니다.
2. 출자한도 보완기간에는 농업회사법인 세제혜택이 유지되나요?
답변
보완기간 중에도 세법상 감면자격은 상실된 것으로 봅니다.
근거
농어업경영체법상 보완기한과 세법상 감면요건 적용 시점은 별개임을 국세청에서 안내하였습니다.
3. 법인세 감면을 받으려면 어느 시점까지 농업회사법인 요건을 갖추어야 하나요?
답변
각 사업연도 종료일까지 관련 요건을 충족한 경우에만 감면이 가능합니다.
근거
감면신청은 과세표준신고와 동시에 요건 충족 및 관련 증빙 제출이 필요함을 명시하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

농업회사법인이 사업연도 중 농업인 등에 대한 출자한도 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 그 요건을 충족하지 아니하게 된 날이 속하는 사업연도부터 감면 배제

회신

귀 서면질의의 경우, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인이 사업연도 중 같은 법 시행령 제18조 제1항에 따른 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자에 대한 출자한도 요건을 충족하지 아니하게 되는 경우에는 그 한도요건을 충족하지 아니하게 된 날이 속하는 사업연도부터 「조세특례제한법」 제68조 제1항에 따른 법인세 감면을 적용하지 아니하는 것임

1. 질의내용

 ○ 농업회사법인이 ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제20조의 3(해산명령) 제2항 제2호에 따라 1년 이내에 농업회사법인 요건 중 ⁠‘비농업인의 출자한도 위배’에 대해 요건을 보완할 수 있는데

  - ⁠‘보완하는 기간 동안’에 해당 법인을 조특법 제68조 제1항에 따른 농업회사법인으로 볼 수 있는지 여부 및 농업회사법인으로 볼 경우 감면소득 범위

2. 사실관계

 ○질의법인은 201×.×.×. ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 ⁠“농어업경영체법”)에 의해 설립되었으며

  - 201×.×월 국립농산물품질관리원에 농어업경영체 등록을 하였음

 ○질의법인은 201×.8월 경영권을 이전하는 과정에서 주주가 농업인 5인과 비농업법인 2인에서 비농업인 2인으로 변경됨

  - 질의법인은 농어업경영체법 제20조의3 제2항 제2호에 의하여 201×. 8월까지 농업인의 출자한도 요건을 보완하는 기간 중에 있음

3. 관련 법령

조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것)

 ① ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항을 준용하여 감면한다.

조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)

 ① 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위"란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다.

 ② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다)을 말한다. 2014.2.21>

  1. ⁠「농어업・농어촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

  2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

  3. 농산물 유통・가공・판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

 ⑤ 법 제68조제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 ⁠「중소기업창업 지원법」 제6조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 ⑦ 제1항, 제2항 및 제4항에 따라 감면을 적용받은 기업이 ⁠「중소기업기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다.

농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "농업인"이란 ⁠「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」제3조제2호가목에 따른 농업인을 말한다.

  2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

  3. "농업경영체"란 농업인과 농업법인을 말한다.

  7. "농어업경영체"란 농업경영체와 어업경영체를 말한다.

농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등】

 ① 농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

 ② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

 ⑥ 농업회사법인 및 어업회사법인의 설립·출자, 부대사업의 범위 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑦ 농업회사법인의 농업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조제4항을 준용하고 어업회사법인의 어업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조제5항과 제6항을 준용한다.

 ⑧ 농업회사법인 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「상법」 중 회사에 관한 규정을 준용한다.

농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의2【실태조사】

 ① 주된 사무소 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 농업법인 또는 어업법인의 적법한 운영과 효율적 관리를 위하여 3년마다 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항에 대하여 농업법인 또는 어업법인의 운영실태 등에 대한 조사를 실시하여야 한다.

  1. 조합원(준조합원을 포함한다)의 인적 사항, 주소 및 출자 현황

  2. 사업범위와 관련된 사항

  3. 소유한 농지의 규모 및 경작유무 등 현황

 ⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따른 실태조사를 실시한 후 다음 각 호의 사항에 대하여 대통령령으로 정하는 기간 내에 시정하도록 명할 수 있다.

  1. 조합원 5명 미만인 영농조합법인 또는 영어조합법인

  2. 비농업인 또는 비어업인이 보유한 출자지분이 제19조제2항 또는 제4항에서 정한 출자한도를 초과한 농업회사법인 또는 어업회사법인

농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3【해산명령】

 ① 농업법인 또는 어업법인의 해산명령에 관하여는「상법」제176조에 따른 회사의 해산명령에 관한 규정을 준용한다. 이 경우 ⁠“회사”는 ⁠“농업법인 또는 어업법인”으로 본다.

 ② 시장·군수·구청장은 다음 각 호에 해당하는 농업법인 및 어업법인에 대하여 법원에 해산을 청구할 수 있다.

  1. 조합원이 5명 미만이 된 후 1년 이내에 5명 이상이 되지 아니한 영농조합법인 또는 영어조합법인

  2. 총 출자액 중 비농업인 또는 비어업인이 보유한 출자지분이 제19조제2항 또는 제4항에서 정한 출자한도를 초과한 후 1년 이상 경과한 농업회사법인 또는 어업회사법인

  3. 제16조제6항에 따른 사업범위에서 벗어난 사업을 하는 영농조합법인 또는 영어조합법인

  4. 제19조제6항에 따른 부대사업의 범위에서 벗어난 사업을 하는 농업회사법인 또는 어업회사법인

  5. 제1항에 따라 준용되는 「상법」 제176조제1항 각 호에 해당하는 농업법인 또는 어업법인

  6. 제20조의2제5항에 따른 시장·군수·구청장의 시정명령에 3회 이상 불응한 농업법인 또는 어업법인 ⁠(본조 신설 2015.1.6.)

농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제13조【조합법인의 해산】

  조합법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 해산한다. ⁠(2015.7.6. 개정)

  1. 총회에서 의결한 경우

  2. 조합법인이 합병된 경우

  3. 조합법인이 파산한 경우

  4. 법 제20조의3 제1항에 따라 준용되는 「상법」 제176조에 따른 법원의 해산명령을 받은 경우

  5. 조합원이 5명 미만이 된 후 1년 이내에 5명 이상이 되지 아니한 경우(협동양식어업면허를 취득한 영어조합법인은 제외한다)

  6. 그 밖에 정관에서 정한 해산 사유가 발생한 경우

농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제20조의2【시정기간】

시장ㆍ군수ㆍ구청장은 법 제20조의2제5항 각 호에 대하여 6개월 이내에 시정하도록 명할 수 있다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우에는 한 차례만 3개월의 범위에서 그 기간을 연장할 수 있다. ⁠(본조 신설 2015.7.6.)

농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제18조【농어업인 등이 아닌 자의 출자한도】

 ① 법 제19조제2항에 따라 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다.

  1. 농업회사법인의 총출자액이 80억원 이하인 경우: 총출자액의 100분의 90

  2. 농업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우: 총출자액에서 8억원을 제외한 금액

출처 : 국세청 2017. 04. 20. 서면-2016-법령해석법인-4977[법령해석과-1077] | 국세법령정보시스템