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연구개발특구 지정 후 감면대상소득 및 감면기간 기준

서면-2019-법인-3733[법인세과-2804]  ·  2020. 08. 12.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 연구개발특구 지정일 이후 해당 사업장에서 발생한 소득이 법인세 감면대상에 해당하며, 감면기간의 기준일은 언제로 보는 것이 맞습니까?

S요약

연구개발특구로 지정된 사업장에서 발생한 소득에 대해 조세특례제한법 제12조의2에 따라 법인세 등의 감면이 적용될 수 있으며, 감면기간은 모든 감면요건을 갖춘 기업의 최초 감면대상소득이 발생한 과세연도 개시일부터 산정되는 것으로 보입니다.
#연구개발특구 #첨단기술기업 #법인세 감면 #조세특례제한법 #감면기간 #감면대상소득
핵심 정리

R회신 내용 서면-2019-법인-3733[법인세과-2804]  ·  2020. 08. 12.

  • 국세청 서면-2019-법인-3733[법인세과-2804] 회신에 따르면 회신 주체는 국세청입니다.
  • 연구개발특구로 지정된 사업장에서 발생한 소득이 해당 특구 지정일 이후의 경우에만 감면대상에 포함될 수 있음을 안내하였습니다.
  • 감면기간의 기산일은 조세특례제한법 제12조의2 제1항의 요건을 모두 갖춘 기업의 감면대상소득이 최초로 발생한 날이 속한 과세연도의 개시일임을 명시하였습니다.
  • 개별 기업이 요건을 갖추었는지 여부는 사실관계에 따라 판단할 사항임을 밝혔습니다.
  • 과거 사례 및 타 유권해석(법인세과-1339 등)을 통해 특구 내 사업장, 감면대상사업, 실제로 발생한 소득의 범위까지 구체적으로 구분함이 중요하다고 설명되었습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제12조의2: 연구개발특구에 입주한 첨단기술기업이 대통령령으로 정하는 사업에서 발생한 소득에 대해 법인세 등을 감면
  • 조세특례제한법 제12조의2 제2항: 모든 감면요건을 갖춘 기업의 감면대상 소득이 최초로 발생한 날이 속하는 과세연도의 개시일부터 감면기간 기산 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제11조의2: 감면대상 사업 범위 및 첨단기술기업 요건의 구체적 정의
  • 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제4조 및 제9조: 특구 및 첨단기술기업 지정 절차와 요건
사례 Q&A
1. 연구개발특구 지정 이후 매출분부터 법인세 감면이 적용되나요?
답변
연구개발특구 지정일 이후 그 사업장에서 발생한 소득만 법인세 감면대상소득으로 인정될 수 있습니다.
근거
국세청 유권해석에서는 특구 지정일 이후의 해당 사업장 소득에 감면 규정 적용을 명확히 안내하였습니다.
2. 법인세 감면기간의 산정 기준일은 어떻게 되나요?
답변
감면기간은 모든 감면요건 충족 후 최초 감면대상 소득 발생 과세연도 개시일부터 적용됩니다.
근거
조세특례제한법 제12조의2 제2항에 따라 감면기간은 최초 감면대상소득 발생 연도 개시일부터 산정합니다.
3. 첨단기술기업 지정 전 매출이나 특구외 매출도 감면이 되나요?
답변
첨단기술기업 지정일 전 발생한 매출이나 특구 외 사업장 매출은 감면대상에 포함되지 않는 것으로 판단됩니다.
근거
유권해석과 관련예규에서는 특구 내 사업장에서 발생한 감면대상사업 소득만 감면대상임을 명확히 하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

「조세특례제한법」 제12조의2 제2항을 적용함에 있어 사업장 소재지가 연구개발특구로 지정된 경우, 특구 지정일 이후의 해당 사업장에서 발생한 소득에 대해 감면대상소득으로 적용할 것이며, 감면기간은 같은법 제12조의2 제1항의 요건을 모두 갖춘 기업의 감면대상소득이 최초로 발생한 날이 속하는 과세연도의 개시일부터 적용하는 것임

회신

「조세특례제한법」 제12조의2 제2항을 적용함에 있어 사업장 소재지가 연구개발특구로 지정된 경우, 특구 지정일 이후의 해당 사업장에서 발생한 소득에 대해 감면대상소득으로 적용할 것이며, 이 경우 감면기간은 같은법 제12조의2 제1항의 요건을 모두 갖춘 기업의 감면대상소득이 최초로 발생한 날이 속하는 과세연도의 개시일부터 적용하는 것입니다.
다만, 귀사가 감면요건을 갖추었는지 여부 등에 대해서는 사실판단 할 사항입니다.

1. 사실관계

○ ㈜OOO(이하 ⁠“질의법인”이라 함)은 충북 △△에 위치하고 있는 업체로 해당 지역이 20XX년 O월 강소연구개발특구로 지정되어, 이에 첨단기술기업으로 지정(승인)받기 위해 신청 진행중임

2. 질의내용

「조세특례제한법」 제12조의2 제2항에 따른 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업에 대한 법인세 등의 감면을 적용함에 있어 감면대상사업에서 발생한 감면소득의 범위가,

 - ①첨단기술기업 지정일 이후 매출 발생분 부터인지, ②사업장 소재지가 특구로 지정된 20XX년 O월 이후의 매출 발생분 부터인지, ③첨단기술기업 지정 해당연도의 1월 1일 이후 매출 발생분 부터인지 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제12조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

①「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제2조제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 ⁠“감면대상사업장”이라 한다)에서 생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.

  1.「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제9조제1항에 따라 2021년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업

  2.「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제9조의3제2항에 따라 2021년 12월 31일까지 등록한 연구소기업

② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

조세특례제한법 시행령 제11조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

① 법 제12조의2제1항에서 "생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.

  1.「생명공학육성법」 제2조에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)

  2.「정보통신산업 진흥법」제2조제2호에 따른 정보통신산업

  3.「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」제2조제1항제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업

  4.「산업발전법」제5조제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업

연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "연구개발특구"(이하 "특구"라 한다)란 연구개발을 통한 신기술의 창출 및 연구개발 성과의 확산과 사업화 촉진을 위하여 조성된 지역으로서 제4조에 따른 지역을 말한다.

  3. "첨단기술기업"이란 특구에 입주한 기업 가운데 정보통신기술, 생명공학기술, 나노기술 등 기술집약도가 높고 기술혁신 속도가 빠른 기술분야의 제품을 생산·판매하는 기업으로서 제9조에 따라 지정을 받은 기업을 말한다.

연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제4조【특구의 지정 등】

① 과학기술정보통신부장관은 필요한 경우에는 다음 각 호의 절차를 거쳐 특구를 지정할 수 있다.

  1. 관할 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)의 의견청취

  2. 관계 중앙행정기관의 장과의 협의

  3. 제7조에 따른 연구개발특구위원회의 심의ㆍ의결

연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조【첨단기술기업의 지정 등】

① 과학기술정보통신부장관은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 첨단기술기업으로 지정할 수 있다.

  1. 대통령령으로 정하는 기술분야의 국내외 특허권(「특허법」 제100조에 따른 전용실시권을 포함한다)을 보유할 것

  2. 제1호에 따른 특허권을 활용하여 제품을 생산ㆍ판매할 것

  3. 특구에 입주하고 있을 것

  4. 연간 총매출액에서 연구개발비 및 제2호에 따른 생산ㆍ판매의 매출액이 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 기준에 적합할 것

4. 관련예규

○ 법인세과-1339, 2009.11.30.(감면소득)

  대덕연구개발특구에 입주하여「산업발전법」제5조 제1항에 따라 지식경제부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 사업을 영위하는 기업이 동 사업에서 발생한 소득은 「조세특례제한법」 제12조의2 【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 감면】규정을 적용받을 수 있는 것입니다.

  이 경우 동 사업에서 발생한 소득은 당해 기업이 첨단기술제품을 직접 판매하거나 임대방식으로 수익을 창출하는지에 불구하고 상기 감면대상소득에 포함하는 것입니다.

○ 기획재정부 조세특례제도과-266, 2012.3.30.(조특법§121의8 제주첨단과학기술단지 입주기업)

1. 제주첨단과학기술단지에 입주한 내국법인이 영위하는 감면대상사업(정보통신서비스 사업)에서 발생한 소득에 대한「조세특례제한법」제121조의 8에 따른 법인세 감면은 해당 단지 내에 입주한 사업장에서 발생한 소득에 대해서만 적용하는 것입니다.

2. 따라서, 1) 해당 단지 내의 사업장에서 감면대상사업의 활동이 모두 이루어져 발생한 소득, 2) 해당 단지 내의 사업장에서 감면대상사업의 활동이 대부분 이루어지고 해당 단지 외의 장소는 사업장으로 볼 수 없는 경우에 발생한 소득, 3) 해당 단지 내의 사업장에서 감면대상사업의 활동이 일부 이루어지고 해당 단지 외의 사업장에서도 일부 사업활동이 이루어지는 경우 해당 단지 내 사업장의 사업활동에 따라 발생한 것으로 구분되는 소득분 등이 감면대상이 되는 것입니다.

○ 재정경제부 조세지출예산과-10, 2008.01.03.

  「조세특례제한법」제121의 8의‘제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등 감면’을 적용함에 있어, ⁠「정보화촉진기본법」 제2조 제3호의 규정에 의한 정보통신산업을 영위하는 기업이 광고주 또는 타 기업으로부터 서비스 제공의 대가로 받는 수수료는 감면대상소득에 해당합니다. 또한 동 감면은 제주첨단과학기술단지 내에 입주한 사업장에서 발생한 소득에 대해서만 적용합니다.

○ 서면2팀-788, 2008.04.28.

 「조세특례제한법」 제12조의2 감면은 연구개발특구에 입주한 기업으로서 해당 구역 안 사업장의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해 적용하는 것으로, 합병법인 기존 사업장의 소득이 감면대상사업에서 발생한 소득에 해당되지 않는 경우에는 상기의 감면규정을 적용할 수 없는 것임

○ 법인46012-3460, 1999.09.07.

  조세특례제한법 제6조 제1항의 규정에 의한 창업중소기업 등이 ⁠『당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도』라 함은 감면대상 사업에서 소득이 최초로 발생한 날이 속하는 과세연도를 말하는 것이며, 이에는 이자소득ㆍ유가증권 처분이익 등은 포함되지 아니하는 것임

출처 : 국세청 2020. 08. 12. 서면-2019-법인-3733[법인세과-2804] | 국세법령정보시스템