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농어촌주택·일반주택 비과세 및 양도세 특례 중복 적용 가능성

사전-2020-법령해석재산-0062[법령해석과-3843]  ·  2020. 11. 24.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 농어촌주택과 일반주택이 연접 읍·면에 속하지 않을 시 조세특례제한법상의 농어촌주택 양도소득세 과세특례와 소득세법 1세대 1주택 비과세를 중복 적용받을 수 있는지 궁금합니다.

S요약

국세청 유권해석에 따르면 농어촌주택과 일반주택이 행정구역상 연접 읍·면에 있지 않으면 조세특례제한법의 양도세 특례를 적용할 수 있고, 소득세법상 1세대 1주택 비과세 특례와 중복하여 적용하는 것도 가능하다고 보았습니다. 단, 농어촌주택을 3년 미만 보유 후 양도할 경우에는 당초 감면받은 세액을 다시 납부해야 합니다.
#농어촌주택 #양도소득세 #조세특례제한법 #1세대 1주택 #비과세 #연접 읍면
핵심 정리

R회신 내용 사전-2020-법령해석재산-0062[법령해석과-3843]  ·  2020. 11. 24.

  • 회신 주체·출처: 국세청 사전-2020-법령해석재산-0062[법령해석과-3843], 2020-11-24
  • 농어촌주택과 일반주택이 '행정구역상 같은 읍·면 또는 연접한 읍·면에 있지 아니한 것'이면 조세특례제한법 제99조의4의 과세특례를 적용할 수 있음을 명확히 밝혔습니다.
  • 농어촌주택(조특법상)과 일반주택(종전 주택)을 각각 1채씩 보유한 상태에서 추가 주택을 취득한 일시적 3주택 사례에 대해, 농어촌주택은 해당 1세대 소유주택에 포함되지 않는다고 해석하였습니다.
  • 따라서, 종전의 주택 취득일로부터 1년 이상 지난 뒤에 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택 취득일로부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하면 소득세법 시행령 제154조 1항에 따라 1세대 1주택 비과세가 인정 가능합니다.
  • 이와 같이 농어촌주택 과세특례와 소득세법상 1세대 1주택 비과세 특례의 중복 적용이 가능하다고 회신하였습니다.
  • 다만, 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 않고 양도하면 특례 적용분에 대해 당초 납부했어야 할 세액(양도소득세)을 해당 농어촌주택 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 납부해야 함을 명확히 밝혔습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제99조의4: 농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정. 농어촌주택과 일반주택이 행정구역상 같은 읍·면 또는 연접 읍·면에 있지 않아야 특례를 적용함.
  • 조세특례제한법 시행령 제99조의4: 농어촌주택 및 일반주택 간 행정구역 요건, 면적·가액 산정, 보유기간 계산 등 구체적 기준 규정.
  • 소득세법 제89조: 1세대 1주택 등 일정 양도소득 비과세 기본 규정.
  • 소득세법 시행령 제154조: 1세대 1주택의 범위 및 비과세 요건(2년 이상 보유 등).
  • 소득세법 시행령 제155조: 1세대 1주택 특례 적용, 일시적 2주택 소유 등 세부 적용 요건.
사례 Q&A
1. 농어촌주택과 일반주택이 다른 읍·면에 있으면 양도세 특례와 1세대1주택 비과세를 둘 다 받을 수 있나요?
답변
네, 행정구역상 연접 읍·면에 있지 않다면 두 제도의 특례를 중복 적용받을 수 있다고 판단됩니다.
근거
국세청 유권해석(사전-2020-법령해석재산-0062)에 따르면 두 주택이 연접 읍·면에 없으면 조세특례제한법 제99조의4와 소득세법상 1세대 1주택 비과세 규정이 모두 적용됩니다.
2. 농어촌주택을 3년 미만 보유 후 양도하면 감면받은 세금을 내야 하나요?
답변
네, 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 않고 양도할 경우 당초 감면받은 양도소득세를 2개월 이내에 모두 납부해야 합니다.
근거
조세특례제한법 제99조의4 제6항과 국세청 유권해석에 따라 미보유 시 기납부세액 상당액을 다시 납부해야 함이 명확히 규정되어 있습니다.
3. 일시적으로 3주택이 되어도 농어촌주택을 뺀 2주택 상태로 보면 1세대 1주택 비과세가 가능한가요?
답변
농어촌주택의 경우 소유주택 수에서 제외되어 일시적 2주택으로 인정받으므로 비과세 요건 충족이 가능합니다.
근거
국세청은 조특법상 농어촌주택을 1세대 소유주택에서 제외한다는 해석을 하였으며, 관련 시행령(소득령 제155조) 적용도 인정하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

(질의1) A주택과 B주택은 행정구역상 연접한 읍·면에 있지 아니함

(질의2) 조특법§99의4의 과세특례와 소득령§155①의 비과세 특례는 중복하여 적용 가능함

(질의3) 당초 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우의 세액 상당액을 미충족 사유가 발생한 달 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부함

답변내용

1. 「조세특례제한법」 제99조의4 제3항은 농어촌주택과 해당 농어촌주택 취득 전에 보유하던 일반주택이 행정구역상 같은 읍・면 또는 연접한 읍・면에 있는 경우를 말하는 것으로 귀 질의의 A주택과 B주택은 행정구역상 같은 읍・면 또는 연접한 읍・면에 있지 아니하는 것입니다.
2. 조정대상지역 외의 지역에 1채의 주택(이하 ⁠“종전의 주택”이라 함)을 소유한 1세대가 ⁠「조세특례제한법」제99조의 4에 해당하는 농어촌주택(이하 ⁠“농어촌주택”이라 함)을 취득하여 종전의 주택과 농어촌주택을 각각 1채씩 보유한 상태에서 다른 주택을 취득하여 일시적으로 3주택을 보유하게 된 경우, 농어촌주택은 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것입니다. 따라서, 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 ⁠「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것입니다.
3. 「조세특례제한법」 제99조의4 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 아니하고 양도한 경우에는 당초 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액을 해당 농어촌주택을 양도한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 하는 것입니다.

 ○2011.3. 대전광역시 서구 월평동 소재 A주택 취득

 ○2018.10. 충남 금산군 진산면 두지리 소재 B주택* 취득

  * 조특법 §99의4③의 요건 외에는 농어촌주택의 요건을 갖춘 것으로 전제

 ○2018.11. 대전광역시 중구 선화동 소재 C주택 취득

 ○2019.11. A주택 양도

2. 질의내용

 ○(질의1) A주택과 B주택이 조특법 §99의4③의 ⁠“연접하는 읍·면에 있지 아니할 것”을 충족하는지 여부

 ○(질의2) ⁠(B주택이 농어촌주택에 해당할 경우) A주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 적용 가능여부

 ○(질의3) ⁠(질의2에서 A주택 양도소득세 비과세 적용 시) B주택을 3년 미만 보유하고 양도할 경우, 당초 A주택의 양도차익에 대한 양도소득세를 납부하여야 하는지 여부

3. 관련법령

 ○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 ○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

  ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

 ○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

  ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

 ○ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

  ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2020년 12월 31일까지의 기간(이하 "농어촌주택등취득기간") 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 "농어촌주택등")을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 "일반주택")을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조제1항제3호를 적용한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택")

  가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

  1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

  2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역

  3) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

  4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

  5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

  나. 대지면적이 660제곱미터 이내일 것

  다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

  2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택")

  가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

  나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 ⁠(다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

  1) 수도권지역

  2) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

  3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

  다. 대지면적이 660제곱미터 이내일 것

  라. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

  ② 삭제

  ③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

  ④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

  ⑤ 1세대가 수도권 내「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 소재하는 2주택(양도하는 시점의「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격을 합산한 금액이 6억원 이하인 경우에 한정한다)만을 소유하는 경우로서 2020년 12월 31일까지 그 중 1주택을 양도하고「소득세법」제105조제1항제1호 본문에 따른 기간 내에 농어촌주택등을 취득하는 경우에는 같은 법 제104조제7항을 적용하지 아니하고,「소득세법」제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 있다.

  ⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우 또는 제5항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하거나 최초 보유한 기간 3년 중 농어촌주택등에 2년 이상 거주하지 아니한 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유 또는 거주하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  ⑦ 제1항, 제4항 및 제5항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

  ⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

  ② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동을 말한다.

 ○ 지방자치법 제3조【지방자치단체의 법인격과 관할】

  ③ 특별시ㆍ광역시 및 특별자치시가 아닌 인구 50만 이상의 시에는 자치구가 아닌 구를 둘 수 있고, 군에는 읍ㆍ면을 두며, 시와 구(자치구를 포함한다)에는 동을, 읍ㆍ면에는 리를 둔다.

출처 : 국세청 2020. 11. 24. 사전-2020-법령해석재산-0062[법령해석과-3843] | 국세법령정보시스템