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지방이전 중소기업 감면 후 중소기업 제외 시 감면 지속 여부

서면-2017-법인-2323[법인세과-3219]  ·  2017. 11. 22.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 조세특례제한법 제63조에 따라 지방이전 감면을 적용받던 중소기업이 유예기간 종료 후 중소기업이 아니게 된 경우에도 잔여 감면기간 동안 세액감면을 계속 적용받을 수 있는지 여부

S요약

지방이전 중소기업이 조세특례제한법 제63조 감면을 적용받던 중 규모 확대 등으로 더 이상 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에도, 유예기간이 경과한 후 잔여 감면기간에 대해 기존 감면 혜택을 계속 적용받을 수 있다고 판단됩니다.
#지방이전 감면 #중소기업 제외 #조세특례제한법 #시행령 제2조 #세액감면 #규모확대
핵심 정리

R회신 내용 서면-2017-법인-2323[법인세과-3219]  ·  2017. 11. 22.

  • 회신 주체·출처: 국세청 서면-2017-법인-2323[법인세과-3219](2017.11.22) 및 기획재정부 조세특례제도과-20(2016.1.6.)
  • 지방이전 중소기업이 조세특례제한법 제63조 제1항에 따라 감면을 적용받던 중 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에도, 잔여 감면기간에 대한 세액감면을 계속 적용받을 수 있다고 회신하였습니다.
  • 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항의 유예기간이 종료되어 중소기업에서 제외된 경우에도, 감면기간이 경과하지 않았다면 잔여 기간동안 감면 대상임을 명시하였습니다.
  • 관련 유권해석(기획재정부 2016.1.6.)에서도 동일하게 지방이전 감면을 적용받던 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업 제외 시에도 감면을 유지할 수 있다고 판시하고 있습니다.
  • 다만, 감면세액 추징 사유(사업폐지, 수도권 재이전 등)가 발생한 경우에는 감면이 취소될 수 있음을 유의해야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제63조: 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면 규정, 일정 요건 충족 시 감면기간·감면율(100%, 50%) 명시
  • 조세특례제한법 시행령 제2조: 중소기업의 범위, 규모확대 등으로 중소기업에서 제외되는 경우 유예기간(최대 4년) 인정
  • 조세특례제한법 제63조 제2항: 일정 사유(사업폐지 등) 발생 시 감면세액 소급추징 규정
  • 기획재정부 유권해석(2016.1.6., 조세특례제도과-20): 감면적용 중 중소기업에서 제외되어도 잔여 감면기간 감면 인정
사례 Q&A
1. 지방이전 후 중소기업에서 제외된 경우 감면 기간은 어떻게 되나요?
답변
중소기업에서 제외되더라도 유예기간이 종료된 뒤에도 잔여 감면기간이 남아 있다면 감면 혜택을 계속 적용받을 수 있습니다.
근거
국세청 및 기획재정부 유권해석에서 규모 확대 등으로 중소기업 제외 시에도 잔존 감면기간 세액감면이 가능하다고 명확히 하였습니다.
2. 지방이전 감면받던 기업이 중소기업 요건을 상실하면 감면이 취소되나요?
답변
중소기업 요건 상실만으로는 기존에 승인된 감면이 취소되지 않습니다.
근거
조세특례제한법 및 시행령상 감면취소는 별도의 요건(사업폐지·재이전 등)에 한정한다는 점을 들고 있습니다.
3. 지방이전 지방감면 유예기간 종료 후 남은 기간에도 세액감면이 가능한가요?
답변
네, 유예기간 종료 후에도 잔존 감면기간까지는 감면 적용이 가능합니다.
근거
관련 회신 및 조문에서 유예기간 경과와 관계없이 감면기간이 남아 있으면 감면 인정이 확실히 명시되어 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

지방이전 법인으로 조세특례제한법 제63조 제1항에 따라 감면을 받고 있는 법인이 규모의 확대로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 같은 법 제63조 제1항에 따른 감면을 적용받을 수 있는 것임

회신

귀 질의의 경우 아래의 기존 해석사례를 참고하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 조세특례제도과-20, 2016.1.6.
 ⁠「조세특례제한법(2008.12.26., 법률 제9272호로 일부개정된 것을 말함)」제63조 제1항에 따라 감면을 적용받던 중소기업이 같은 법 시행령 ⁠(2008.2.22., 대통령령 제20620호로 일부개정된 것을 말함) 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 규모의 확대로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 같은 법 제63조 제1항에 따른 감면을 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

2011년

2012년

2013년

2014년

2015년

2016년

2017년

본사 및 1공장 이전

매출액 1천억 초과

중소기업

유예종료

감면가능

감면 100%

감면 50%

 ○질의법인은 2013사업연도 매출액이 1천억원을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제2항에 따라 유예기간인 2016사업연도까지만 중소기업에 해당되며 2017사업연도부터는 중소기업에서 제외됨

 ○질의법인은 2011년 수도권과밀억제권역(○○)에 있던 본사 및 제1공장을 ○○(성장관리권역)으로 이전하였으며

  -이에 따라 「조세특례제한법」 제63조에 따른 지방이전 감면을 2011~2016사업연도에 적용함

 ○2017사업연도에는 중소기업 유예기간이 종료되는데 적용받던 「조세특례제한법」 제63조에 따른 지방이전 감면을 계속하여 적용받을 수 있는지에 대해 질의함

2. 질의내용

 ○조세특례제한법 제63조에 따른【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】을 적용받던 중소기업이 이전 후에 중소기업에 해당하지 않게 된 경우, 중소기업 유예기간 경과 후에도 잔존기간에 대한 세액감면을 계속 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제63조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

 ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2017년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일 이후 해당 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 ②~⑤ ⁠(생 략)

조세특례제한법 제63조【수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것)

 ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 ② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병․분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

  3. 제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

 ① 「조세특례제한법」(이하 ⁠“법”이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업 ⁠(중략) 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 ⁠“중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 ⁠“매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 ⁠“중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 ⁠“평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업”은 ⁠“매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업”으로 본다.

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 ⁠“유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

4. 관련사례

○ 기획재정부 조세특례제도과-20, 2016.1.6.

  「조세특례제한법(2008.12.26., 법률 제9272호로 일부개정된 것을 말함)」제63조 제1항에 따라 감면을 적용받던 중소기업이 같은 법 시행령 ⁠(2008.2.22., 대통령령 제20620호로 일부개정된 것을 말함) 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 규모의 확대로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 같은 법 제63조 제1항에 따른 감면을 적용받을 수 있는 것입니다

출처 : 국세청 2017. 11. 22. 서면-2017-법인-2323[법인세과-3219] | 국세법령정보시스템