요지
비영리법인의 주식처분대금을 국가에 반납함으로써 처분이익이 국가에 귀속되는 경우에는 법인세법 제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니함
답변내용
「한국연구재단법」에 따라 설립된 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 기술료 관리업무를 수행하면서 국가가 기술료 명목으로 수취한 주식의 명의를 이전 받은 후 처분하고, 해당 주식 매각금액 전액을 국가에 반납함으로써 주식 처분에 따른 이익이 전부 국가에 귀속되는 경우, 해당 주식 처분이익에 대해서는「법인세법」제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임
1. 질의내용
○비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 업무를 수행하는 과정에서매각한 주식 처분이익이 법인세 과세대상에 해당하는지 여부
2. 사실관계
○ 재단법인 A법인은 한국연구재단법에 따라 2009.6.26. 설립된 비영리법인으로 과학기술정보통신부(이하 “과기부”)로부터 국가연구개발사업을 위탁 받아 관리하고 있음
○ 과기부는 2003년 12월 설립된 **연구소(이하 “연구소”)에 2004년부터 국가연구개발사업비를 지원하였으며,
- 2007년 12월경 연구소 외 2인과 ‘영리법인 자회사 설립을 위한 기본협약’을 체결하여 연구소로 하여금 자회사 B법인을 설립하도록 하고
- 연구소로부터 지원금에 대한 기술료 명목으로 B법인 주식 8,155주(B법인 발행주식 총수의 14.68%)를 무상으로 이전받기로 하였음
○ 2009.10.6. 과기부는 과기부의 기술료를 통합관리하고 있는 A법인에 B법인 주식을 연구소로부터 이전받아 관리할 것을 요청하였고, 이에 따라 A법인은 B법인 주식을 보유하게 되었음
○ A법인은 2017.11월 B법인 주식을 전량 매각하였으며, 해당 주식 매각금액 전액(6,130백만원)은 기술료로 국가재정법에 따라 과기부에 2018년 반납할 예정임
3. 관련법령
○ 법인세법 제2조【납세의무】
① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.
1. 내국법인
2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인
③ 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.
○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (개정 2013.1.1.)
1.제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7.제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 법인세법 제4조【실질과세】
① 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
○ 한국연구재단법 제1조【목적】
이 법은 한국연구재단을 설립하여 학술 및 연구개발 활동과 관련 인력의 양성 및 활용 등을 보다 효율적이고 공정하게 지원하는 것을 목적으로 한다.
○ 한국연구재단법 제5조【사업】
① 재단은 다음 각 호의 사업을 한다.
1. 학술 및 연구개발 활동의 지원
2. 학술 및 연구개발 인력의 양성과 활용의 지원
3. 학술 및 연구개발 활동의 국제협력 촉진 지원
4. 제1호부터 제3호까지의 사업 수행에 필요한 자료 및 정보의 조사ㆍ수집ㆍ분석ㆍ평가ㆍ관리ㆍ활용과 정책개발 지원
5. 학술 및 연구개발 관련 기관ㆍ단체의 연구ㆍ운영 지원
6. 국내외 학술 및 연구개발 관련 기관ㆍ단체 간의 교류협력 지원
7. 그 밖에 학술 및 연구개발에 필요한 사항
② 재단은 교육부장관과 과학기술정보통신부장관의 승인을 받아 제1항에 따른 사업 외에 제1조의 목적을 달성하기 위하여 필요한 수익사업을 할 수 있다.
○ 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제18조【기술료의 징수】
① 주관연구기관의 장 또는 전문기관의 장은 연구개발결과를 실시하고자 하는 자와 기술실시계약을 체결하는 때에는 기술료를 징수하여야 한다
○ 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제19조【기술료의 사용】
① 중앙행정기관의 장은 제18조 제1항의 규정에 의하여 주관연구기관의 장이 징수한 기술료 중 정부출연금 지분의 20퍼센트(주관연구기관이 영리법인인 경우에는 30퍼센터)이상을 전문기관에 납부하도록 하여야 한다
○ 과학기술분야 연구개발사업처리 규정 제2조【정의】
이 규정에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
7. “전문기관”이란 장관이 연구개발사업에 대한 기획․관리․평가 및 활용 등의 업무를 수행하도록 하기 위하여 설립하거나 행정권한의 위탁절차에 따라 업무를 위탁한 기관을 말한다.
○ 과학기술분야 연구개발사업처리 규정 제10조【전문기관】
① 장관은 연구개발사업의 효율적 연구기획․관리․평가를 위하여 「한국연구재단법」에 따라 설립된 한국연구재단, 「민법」제32조에 따라 설립된 한국산업기술진흥협회 등을 전문기관으로 지정하고, 다음 각 호의 업무를 수행하도록 한다.
1. 연구개발사업계획의 수립과 관련된 기술동향 등의 조사․분석, 기술기획 및 미래기술수요의 예측 등 연구개발사업의 기획 및 정책개발 지원에 관한 사항
2～7. (생략)
8. 기술료의 징수 및 관리
출처 :
국세청 2018. 04. 02. 사전-2017-법령해석법인-0881[법령해석과-854] | 국세법령정보시스템
