요지

기업 내부의 사정으로 인해 공장이전 계획이 중단되어 기존공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신규공장을 취득하여 사업을 개시해야하는 요건을 충족하지 못하게 되는 경우에는 공장이전 계획 중단을 결정한 사업연도의 소득금액을 계산할 때 당초 익금에 산입하지 아니한 금액 전액을 익금에 산입함

회신

｢조세특례제한법｣ 제85조의8에 따라 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례를 적용함에 있어 신규공장을 취득하기 전 기존공장을 양도한 경우에는
기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 신규공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우에 과세특례를 적용받을 수 있습니다.
다만, 기업 내부의 사정으로 인해 공장이전 계획이 중단되어 기존공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신규공장을 취득하여 사업을 개시해야하는 요건을 충족하지 못하게 되는 경우에는
공장이전 계획 중단을 결정한 사업연도의 소득금액을 계산할 때 ｢조세특례제한법｣ 제85조의8 제2항에 따라 당초 익금에 산입하지 아니한 금액 전액을 익금에 산입하고, 당초 익금불산입한 사업연도 종료일의 다음날부터 익금산입하는 사업연도 종료일까지 계산한 이자상당가산액을 법인세에 추가하여 납부할 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

○질의법인은 ’98.11월 개업하여 구조용금속판제품 제조업을 영위하는 기업으로 ’21.10월 공장(지점)을 이전할 목적으로 기존 공장토지 매각

   -’21사업연도 법인세 신고 시 중소기업 공장이전 과세특례 적용받아 양도차익 114억원을 익금에 산입하지 않고 과세유예 신청함

 ○당초 이전하려는 공장부지의 매입이 어려워지고, 다른 대체 부지를 구하지 못해 ’23년 공장 이전을 포기하기로 결정함

2. 질의내용

 ○ 중소기업 공장이전에 대한 과세특례 적용 후 사후관리 위반 사유가 발생한 사업연도를 언제로 보는지

   -(1안) 공장이전 계획을 백지화한 ’23사업연도

   -(2안) 공장부지 양도일로부터 3년이 지난 ’24사업연도

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제85조의8【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

 ① 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역으로 공장을 이전하거나 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 동일한 산업단지 내 다른 공장으로 이전하는 경우 해당 공장의 대지와 건물을 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

 1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도가 끝나는 날 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

 2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한이 끝나는 날 이후 5년이 되는 날부터 5년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

 ② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 해당 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 관하여는 제33조제3항 후단을 준용한다.

 ③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제33조【사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례】

 ③ 제1항 및 제2항을 적용받은 내국인이 사업전환을 하지 아니하거나 전환사업 개시일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나, 감면 또는 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 다음 각 호의 구분에 따른 때에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 법인세 또는 양도소득세로 납부하여야 하며, 그 세액은 「법인세법」 제64조 또는 「소득세법」 제111조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

 1. 법인의 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때

 2. 거주자의 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내

○ 조세특례제한법 시행령 제79조의9【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

 ① 법 제85조의8제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 수도권과밀억제권역(「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다)을 말한다.

 ② 법 제85조의8제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 1. 이전하기 직전 지역에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액

 2. 기존공장의 양도가액 중 새로운 공장(이하 이 조에서 "신규공장"이라 한다)의 취득(공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

 ③ 법 제85조의8제1항제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세"란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다.

 1. 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도차익

 2. 기존공장 양도가액 중 신규 공장 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

 ④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 신규공장을 취득하지 아니한 경우 신규공장의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

 ⑤ 법 제85조의8제1항이 적용되는 공장이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 신규공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의8제1항을 적용하지 아니한다.

 1. 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우

 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 신규공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

 ⑥ 법 제85조의8제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

 1. 법 제85조의8제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

 2. 법 제85조의8제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

 ⑦ 법 제85조의8제1항을 적용할 때 제4항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 때에는 실제 취득가액을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 신규 공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

 ⑧ 법 제85조의8제1항제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존공장의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑨ 법 제85조의8제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받으려는 거주자는 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령으로 정하는 분할납부신청서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑩ 제4항을 적용받은 후 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 이전완료보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑪ 법 제85조의8에서 "공장"이란 제54조제1항의 공장을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제54조【공장의 범위등】

① 법 제60조 및 제63조에서 "공장"이란 각각 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제32조의2【행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례 등】

 영 제79조의3제5항제2호, 제79조의8제5항제2호, 제79조의9제5항제2호 및 제79조의10제6항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 공사의 허가 또는 인가 등이 지연되는 경우

 2. 용지의 보상 등에 관한 소송이 진행되는 경우

 3. 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제19조제4항에 따라 국토교통부장관이 고시하는 행정중심복합도시 건설기본계획에서 기존공장을 이전할 장소의 미확정 등으로 인하여 같은 장소에서 일정기간 영업이 가능하도록 한 경우

 4. ⁠「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제11조제5항에 따라 국토교통부장관이 고시하는 혁신도시 개발계획에서 기존공장을 이전할 장소의 미확정 등으로 인하여 같은 장소에서 일정기간 영업이 가능하도록 한 경우

 5. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제78조의2에 따라 사업시행자가 수립한 공장에 대한 이주대책에서 기존공장을 이전할 장소의 미확정 등으로 인하여 같은 장소에서 일정기간 영업이 가능하도록 한 경우

 6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지에 준하는 사유가 발생한 경우

출처 : 국세청 2024. 01. 30. 서면-2023-법인-4011 | 국세법령정보시스템