요지

수익자 지정일이 사업인정고시일로부터 2년 이전인 신탁재산(토지)이 수용된 경우 실질적 통제권을 이전받은 수익자는 토지등 양도소득에 대한 법인세 납세의무 없음

답변내용

부동산 매매 및 임대업 등을 영위하는 법인(이하 ⁠‘갑법인’)이 2014.10.10. 신탁재산(토지)에 대한 실질적 통제권을 이전받고 수익자로 지정된 경우로서 2016.12.8. ｢법인세법 시행령(2021.5.4. 대통령령 제31660호로 개정되기 전)｣ 제92조의11 제3항 제2호에 따른 사업인정고시가 있은 후 2024.6.1. 지방자치단체에 해당 신탁재산을 양도한 경우
해당 신탁재산(토지)은 같은호에 따라 비사업용 토지로 보지 않으므로 갑법인은 해당 신탁재산(토지)의 양도에 대해 ｢법인세법｣ 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 납부하지 않는 것임. 다만, 신탁재산(토지)에 대한 실질적 통제권을 이전받았는지 여부는 사실판단할 사항임

1. 사실관계

 ○질의법인은 19**.*.*. 설립되어 각종시설의 설계 및 설치, 부동산의 매매 및 임대업 등을 목적사업으로 영위하고 있음

 ○시행사인 **은 2008년 서울 강남구 **동 ***-* 외 426필지 일대에서 개포지구 **마을 도시개발사업(이하 ⁠“본건 사업”)을 추진하기 위해 우리****피에프브이제일차 주식회사(이하 ⁠“대주”)로부터 자금을 차입함

 ○**은 대주에 대한 원리금 상환을 담보하기 위하여 2008.6.17. **을 위탁자 겸 수익자, 대주를 우선수익자, **토지신탁 주식회사(이하 ⁠“수탁자”)를 수탁자로 하여

  -서울 강남구 **동 ***-*번지 외 115필지(이하 ⁠“본건 사업부지”)에 대한 담보신탁계약을 체결하였음

 ○질의법인은 본건 사업에 시공사로 참여할 목적을 가지고 있었으며 이에따라 질의법인은 ** 및 대주와 사이에 매매예약완결권설정계약을 체결하였음

  -구체적으로 20**.*.**.자에 합의된 매매예약완결권설정계약(이하 ⁠“본건 계약”)의 주요내용은 다음과 같음

   ･ **과 대주가 체결한 대출약정서상 채무불이행사유 또는 기한이익 상실 사유가 발생하면, 대주는 매매예약완결권을 행사할 수 있음(제3조 제1항)

   ･ 대주가 매매예약완결권행사통지를 발송하면 원칙적으로 수탁자와 질의법인 사이에 본건 사업부지에 대한 매매계약이 체결된 것으로 봄. 다만 매매계약체결일에 관계 법령에 따른 법률상 장애사유에 의하여 질의법인 명의로 본건 사업부지에 대한 소유권이전등기를 경료하지 못하는 경우, 매매계약체결일에 대주, **과 질의법인 사이에 본건 신탁계약상 **이 보유한 수익권을 질의법인에게 양도하는 수익권 양도계약이 체결된 것으로 봄(제4조 제1항)

   ･ 본건 신탁계약상 수익권에 대한 매매계약이 체결된 것으로 보는 경우 질의법인은 매매계약체결일로부터 5 영업일 이내에 매매대금 *,***억원을 대주가 지정하는 계정에 입금해야 함(제4조 제2항 제2호)

   ･ 대주는 이와 같이 수령한 매매대금을 대출약정서에 정한 순서에 따라 채무변제에 충당하고 잔액이 있으면 **에게 지급함(제4조 제3항 제2호)

   ･ **과 수탁자는 매매예약의 대가로서 본건 신탁계약서상에 질의법인을 1순위 우선수익자(우선수익권 증서금액 : 203,060,000,000원)로 지정하고, 제4조 제2항 제2호에 의하여 대주에게 매매대금이 전부 지급되는 경우 본건 신탁계약상 수익자는 질의법인으로 변경됨

 ○본건 계약에 따라 질의법인은 20**.**.*. 본건 신탁계약의 우선수익자로 지정되었고, 수탁자는 주식회사 **토지신탁으로 변경되었음

 ○그런데, **과 대주가 체결한 대출약정서상 채무불이행사유 또는 기한이익 상실 사유가 발생하였고, 이에 대주는 20**.**.**. 매매예약완결권을 행사하였음

  -본건 사업부지는 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 토지거래허가구역으로 지정되어 있었고 대부분 농지, 임야였음

  -질의법인은 농업이나 임업을 주된 목적사업으로 하는 법인이 아니었기 때문에 주무관청으로부터 토지거래허가를 받을 수 없어 질의법인 명의로 소유권 이전등기를 마칠 수 없었음

  -이에 본건 계약 제4조 제1항에 따라 본건 신탁계약상 수익권에 대한 매매계약이 체결되었음

 ○질의법인은 20**.**.**. 대주에게 매매대금 *,***억원을 지급하였고 이를 통해 본건 신탁계약상 수익원을 매수하여 같은 날 본건 신탁계약상 수익자가 되었음

 ○한편, 서울시는 2016.12.8. 서울 강남구 **동 ***-*번지 일원에 대하여 도시개발법에 따라 도시개발사업 도시개발구역지정 등을 고시하였으며

  -위 **동 ***-*번지 일원 토지 중에는 본건 사업부지 중 일부 토지가 포함되어 있었음

 ○서울시는 2024.6월경 수탁자에게 쟁점토지에 대한 수용 및 보상절차를 진행하였음. 이에 따라 수탁자는 20**.*.*. 서울시로부터 총 약 *,***억원의 보상금을 받고 쟁점토지를 매도하였음

2. 질의요지

 ○수익자 지정일이 사업인정고시일로부터 2년 이전인 신탁재산(토지)이 수용된 경우 실질적 통제권을 이전받은 수익자가 토지등 양도소득에 대한 법인세 납세의무가 있는지 여부

3. 관련 법령

○법인세법 제5조 【신탁소득】

①신탁재산에 귀속되는 소득에 대해서는 그 신탁의 이익을 받을 수익자가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 이 법을 적용한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신탁으로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 신탁(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제1호에 따른 투자신탁은 제외한다)의 경우에는 신탁재산에 귀속되는 소득에 대하여 그 신탁의 수탁자[내국법인 또는 ⁠「소득세법」에 따른 거주자(이하 "거주자"라 한다)인 경우에 한정한다]가 법인세를 납부할 의무가 있다. 이 경우 신탁재산별로 각각을 하나의 내국법인으로 본다.

 1. 「신탁법」 제3조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 목적신탁

 2. 「신탁법」 제78조제2항에 따른 수익증권발행신탁

 3. 「신탁법」 제114조제1항에 따른 유한책임신탁

 4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 신탁과 유사한 신탁으로서 대통령령으로 정하는 신탁

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 통제하는 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 신탁의 경우에는 신탁재산에 귀속되는 소득에 대하여 그 신탁의 위탁자가 법인세를 납부할 의무가 있다.

   (이하 생략)

○법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다

   (중략)

 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

   (중략)

③제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

   (이하생략)

○법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】(2021.5.4. 대통령령 제31660호로 개정된 것)

   (중략)

③법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

 1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  가. 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지

  나. 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

 3. 법 제55조의2제2항제1호나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

 4. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

 5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○법인세법 시행령 부칙

제1조(시행일) 이 영은 2021년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제92조의11제3항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등에 관한 적용례) 제92조의11제3항제2호나목의 개정규정은 부칙 제1조 단서의 시행일 이후 사업인정고시되는 사업에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지부터 적용한다.

○법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】(2021.5.4. 대통령령 제31660호로 개정되기 전)

   (중략)

③법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

 1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지

   (이하생략)

○법인세법 제55조 【세율】

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

   (이하생략)

출처 : 국세청 2024. 12. 27. 사전-2024-법규법인-0829 | 국세법령정보시스템