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영농조합법인 농지 수용시 양도세 감면 특례 적용 제한

서면-2015-법령해석법인-2457[법령해석과-2830]  ·  2016. 09. 08.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 의한 영농조합법인이 소유하던 농지가 공공주택사업 수용될 경우, 조세특례제한법 제77조 제1항의 양도소득세 감면이 적용되는지 궁금합니다.

S요약

「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 설립된 영농조합법인은 「조세특례제한법」 제77조 제1항의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용받을 수 없는 것으로 판단됩니다. 공공주택사업으로 농지가 수용되어 보상금을 받더라도, 이 법률상의 감면 특례는 영농조합법인에는 해당하지 않습니다.
#영농조합법인 #농지수용 #양도소득세 #조세특례제한법 #제77조 #공익사업
핵심 정리

R회신 내용 서면-2015-법령해석법인-2457[법령해석과-2830]  ·  2016. 09. 08.

  • 국세청 서면-2015-법령해석법인-2457[법령해석과-2830]에 따르면, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의하여 설립된 영농조합법인은 조세특례제한법 제77조 제1항을 적용받을 수 없다고 회신하였습니다.
  • 질의한 법인은 영농조합법인이며, 2년 이상 소유한 농지가 SH공사 공공주택사업으로 수용되어 보상금을 수령한 경우가 대상입니다.
  • 조세특례제한법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면)는 특정한 공익사업 시행자 및 개인 또는 일부 법인을 대상으로 감면 요건을 정하고 있으나, 영농조합법인은 해당 특례 조항에 포함되지 않습니다.
  • 따라서, 영농조합법인이 소유하던 농지가 공익사업(공공주택사업 등)으로 수용되어도 조세특례제한법 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 없습니다.
  • 영농조합법인에 대한 세액 감면은 조세특례제한법 제66조 등 별도의 규정에 따라 현물출자 등 제한적 요건에서만 허용됩니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제77조: 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면을 규정하며, 일정 요건의 토지 양도에 대해 양도소득세 감면 대상 및 조건 명시
  • 조세특례제한법 제66조: 영농조합법인 등에 대한 법인세 면제 등 특례를 두고, 농지를 영농조합법인에 현물출자 시 양도소득세 감면 목적
  • 조세특례제한법 시행령 제63조: 이자상당액 등 감면세액 정산 및 계산 방법에 관한 규정 포함
  • 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률: 영농조합법인의 설립 및 운영 근거
사례 Q&A
1. 영농조합법인 농지 수용시 양도소득세 감면 특례가 있나요?
답변
「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 설립된 영농조합법인은 조세특례제한법 제77조 제1항의 양도소득세 감면 특례를 적용받을 수 없습니다.
근거
국세청 서면-2015-법령해석법인-2457 및 조세특례제한법 제77조 적용 제외에 대한 공식 회신입니다.
2. 영농조합법인이 공공주택사업 시행자에 농지를 양도해도 세제 감면이 되나요?
답변
공익사업용 수용으로 농지를 양도하더라도, 영농조합법인은 해당 법률상 감면 대상에 포함되지 않아 혜택을 받기 어렵습니다.
근거
조세특례제한법 제77조 감면대상에서 영농조합법인은 제외된다는 유권해석이 있습니다.
3. 영농조합법인도 조세특례제한법상 공익토지 양도세 감면을 신청할 수 있나요?
답변
영농조합법인은 농지 현물출자 등 일부 특수한 경우를 제외하면, 일반적인 공익사업 토지 수용에 따라 양도소득세 감면을 적용받기는 어렵다고 보입니다.
근거
조세특례제한법상 공익사업용 토지 양도세 감면 규정의 적용대상에 영농조합법인이 명시적으로 포함되어 있지 않습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의하여 설립된 영농조합법인은 ⁠「조세특례제한법」 제77조 제1항을 적용받을 수 없는 것임

회신

「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의하여 설립된 영농조합법인은 ⁠「조세특례제한법」 제77조 제1항을 적용받을 수 없는 것임

 ○질의법인은 ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의하여 설립된 영농조합법인임

 ○질의법인이 2년 이상 소유하고 있는 모든 농지가 SH공사에서 시행하는 공공주택사업으로 수용되어 보상금을 수령함

2. 질의내용

 ○영농조합법인이 소유하던 농지가 수용되어 발생하는 양도소득에 대하여 조세특례제한법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면)제1항이 적용되는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2018년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, ⁠「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

 1. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 2. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 3. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

④제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 10(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 20)에 상당하는 금액을 징수한다.

⑤ 제1항제1호ㆍ제2호 또는 제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조제6항을 준용한다.

조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농지 또는 ⁠「초지법」에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

⑥ 제4항에 따라 감면받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다.

조세특례제한법시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

⑨ 법 제66조제6항 및 제10항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 각각 법 제66조제5항 또는 제9항에 따라 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

 1. 당초 현물출자한 농지등에 대한 양도소득세 예정신고 납부기한의 다음 날부터 법 제66조제5항 또는 제9항에 따른 세액의 납부일까지의 기간

 2. 1일 1만분의 3

조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

   (2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년이전에 취득한 토지등을 2003년 12월 31일이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다.

출처 : 국세청 2016. 09. 08. 서면-2015-법령해석법인-2457[법령해석과-2830] | 국세법령정보시스템