요지
사업자 단위 과세 사업자가 면세농산물 등 의제매입세액공제를 받을 경우 사업자 단위 과세사업자 전체의 과세표준을 한도로 세액공제를 받는 것임
답변내용
「부가가치세법」 제8조에 따른 사업자 단위 과세 사업자는 같은 법 제6조에 따라 본점(법인)을 납세지로 하여 같은 법 제48조 및 제49조에 따른 부가가치세 예정․확정신고를 하는 것으로, 이 경우 「부가가치세법 시행령」 제84조 제2항을 적용할 때 의제매입세액으로 공제할 수 있는 금액의 한도는 사업자 단위 과세사업자 전체의 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준을 한도로 하는 것임
○ ㈜○○○○○○(이하 “신청법인”)는 수삼을 구매하여 홍삼제품을 제조․판매하는 회사로 「부가가치세법」 제8조 제4항에 따라 사업장 단위 등록 사업자에서 사업자 단위 과세 사업자로 변경 등록하여 2016.1.1.자로 부가가치세 사업자 단위 과세 사업자로 변경 되었으며
- 두 개의 제조공장(☆☆시․△△군 소재)에서 홍삼제품을 제조 후 판매장으로 반출하여 제품을 판매를 하고 있음
○ 2015.2.기 부가가치세 확정 신고시 「부가가치세법」 제51조에 따른 주사업장 총괄납부를 적용받았으며
- 의제매입세액 공제를 적용할 때 각각의 제조공장별로 공급된 과세표준을 한도를 계산하여 세액공제를 적용하였음
2. 질의내용
○ 사업자 단위 과세 사업자가 면세농산물 등 의제매입세액공제를 받을 경우 사업자 단위 과세 사업자 전체의 과세표준을 한도로 세액공제를 적용하는지 여부
3. 관련법령 및 관련사례
○ 부가가치세법 제6조 【납세지】
① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.
④ 제1항에도 불구하고 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자는 각 사업장을 대신하여 그 사업자의 본점 또는 주사무소의 소재지를 부가가치세 납세지로 한다.
○ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】
③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다.
④ 제1항에 따라 사업장 단위로 등록한 사업자가 제3항에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 변경하려면 사업자 단위 과세 사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청하여야 한다. 사업자 단위 과세 사업자가 사업장 단위로 등록을 하려는 경우에도 또한 같다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 신청을 받은 사업장 관할 세무서장(제3항 및 제4항의 경우는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 사업자등록을 하고, 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증"이라 한다)을 발급하여야 한다.
○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것
○ 부가가치세법 제27조 【재화의 수입에 대한 면세】
다음 각 호에 해당하는 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1. 가공되지 아니한 식료품(식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 및 임산물을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 부가가치세법 제42조 【면세농산물등의제매입세액 공제특례】
① 사업자가 제26조제1항제1호 또는 제27조제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.
② 제1항은 사업자가 제48조 및 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다.
○ 부가가치세법 시행령 제12조 【등록번호】
① 법 제8조제5항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조제3항 및 제4항에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다.
○ 부가가치세법 시행령 제11조 【사업자등록 신청과 사업자등록증 발급】
① 법 제8조제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.(중략)
② 제1항에도 불구하고 법 제8조제3항 및 제4항에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 등록을 신청하려는 사업자는 본점 또는 주사무소(이하 "사업자 단위 과세 적용 사업장"이라 한다)에 대하여 제1항 각 호의 사항을 적은 사업자 등록신청서를 사업자 단위 과세 적용 사업장 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
○ 부가가치세법 시행령 제84조 【의제매입세액 계산】
① 법 제42조제1항에 따라 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(제34조제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함하며, 이하 "면세농산물등"이라 한다)의 가액에 다음 표의 구분에 따른 율(이하 이 조에서 "공제율"이라 한다)을 곱한 금액으로 한다.
② 제1항에 따라 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도는 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(이하 이 항에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 30(개인사업자에 대해서는 과세표준이 2억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준이 2억원 초과인 경우에는 100분의 40)을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 2016년 12월 31일까지는 법인사업자와 음식점업을 경영하는 개인사업자가 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 법인사업자: 과세표준에 100분의 35를 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액
2. 음식점업을 경영하는 개인사업자는 다음 각 목의 구분에 따라 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액
가. 과세표준이 1억원 이하인 경우: 과세표준에 100분의 60을 곱하여 계산한 금액
나. 과세표준이 1억원 초과 2억원 이하인 경우: 과세표준에 100분의 55를 곱하여 계산한 금액
다. 과세표준이 2억원 초과인 경우: 과세표준에 100분의 45를 곱하여 계산한 금액
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 요건을 모두 총족하는 사업자는 제2기 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때, 1역년(歷年)에 공급받은 면세농산물등의 가액에 공제율을 곱한 금액에서 제1기 과세기간에 제1항 및 제2항에 따라 매입세액으로 공제받은 금액을 차감한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다. 이 경우 1역년의 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도는 1역년에 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준 합계액(이하 "과세표준 합계액"이라 한다)에 100분의 30(개인사업자에 대해서는 과세표준 합계액이 4억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준 합계액이 4억원 초과인 경우에는 100분의 40, 법인사업자에 대해서는 2016년 12월 31일까지 100분의 35)을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액으로 한다.
1. 제1기 과세기간에 공급받은 면세농산물등의 가액을 1역년에 공급받은 면세농산물등의 가액으로 나누어 계산한 비율이 100분의 75 이상이거나 100분의 25 미만일 것
2. 해당 과세기간이 속하는 1역년 동안 계속하여 제조업을 영위하였을 것
○ 부가가치세법 시행령 제90조 【예정신고와 납부】
② 법 제48조제1항 및 제4항에 따른 부가가치세의 예정신고를 할 때에는 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 예정신고서를 각 납세지 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제107조 제4항에 따른 신고를 할 때 이미 신고한 내용은 예정신고 대상에서 제외한다.
1. 사업자의 인적사항
2. 납부세액 및 그 계산 근거
3. 공제세액 및 그 계산 근거
4. 법 제54조제1항에 따른 매출·매입처별 세금계산서합계표(이하 "매출·매입처별 세금계산서합계표"라 한다)의 제출 내용
5. 그 밖의 참고 사항
③ 제2항에 따라 부가가치세 예정신고서를 제출할 때에는 기획재정부령으로 정하는 다음 표의 구분에 따른 서류를 함께 제출하여야 한다.
8. 사업자단위과세사업자인 경우에는 사업자단위과세의 사업장별 부가가치세과세표준 및 납부세액(환급세액)신고명세서
○ 부가가치세법 시행령 제91조 【확정신고와 납부】
① 법 제49조제1항에 따른 부가가치세의 확정신고를 할 때에는 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 확정신고서를 각 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 사업자의 인적사항
2. 납부세액 및 그 계산근거
3. 가산세액·공제세액 및 그 계산근거
4. 매출·매입처별 세금계산서합계표의 제출 내용
5. 그 밖의 참고 사항
② 제1항에 따라 부가가치세 확정신고서를 제출하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 다음 표의 구분에 따른 서류를 함께 제출하여야 한다.
11. 사업자단위과세사업자인 경우에는 사업자단위과세의 사업장별 부가가치세과세표준 및 납부세액(환급세액)신고명세서
출처 :
국세청 2016. 03. 15. 사전-2016-법령해석부가-0086[법령해석과-797] | 국세법령정보시스템
