요지

연구과제 참여자가 관련 법령을 준수하지 못하여 규정에 따라 반납한 급여상당액은 반납이 확정된 날이 속하는 과세기간의 근로소득에서 차감하는 것이며, 국세 등의 경정청구는 국세기본법 제45조의2의 규정에 따라 진행함

회신

질의인의 사례가 ⁠“근로자의 의무 불이행으로 인한 반납”에 해당하는지는 사실판단할 사항이며, ⁠“근로자”란 근로기준법 제2조 제1항 제1호에 따라 ⁠“직업의 종류와 관계없이 임금을 목적으로 사업이나 사업장에 근로를 제공하는 사람”을 말하는 것으로 과제참여자가 이에 해당한다면 ⁠“근로자”의 범위에 포함되는 것입니다. 연구과제 참여자가 관련 법령을 준수하지 못하여 규정에 따라 반납한 급여상당액은 반납이 확정된 날이 속하는 과세기간의 근로소득에서 차감하는 것이며, 국세 등의 경정청구는 국세기본법 제45조의2의 규정에 따라 진행하는 것입니다.
귀 질의는 아래 해석사례를 참고하시기 바랍니다.
○원천세과-682(2009.8.12.)
○서이46013-10829(2003.4.21.)
○법인46013-439(1999.2.2.)

1.사실관계

○민원인은 국가연구개발혁신법의 적용을 받는 정부출연연구기관인 한국전자통신연구원 입체통신연구소 연구지원실에 근무하고 있음을 밝히며, 아래와 같이 사실관계에 대해 설명드림

○국토부 주관 국가연구개발사업 과제(총 연구기간 ’21.4.1.~’27.12.31.) 관련, 해당 과제를 혁신법에 따른 ⁠“단계 정산”과제로 파악하여 ’23년 연구수당 지급 당시 본과제의 직접비 집행비율이 약 71%로 연구수당 재원 감액 대상이었지만 연구책임자와 연구지원부서가 협의를 통해 당해연도 재원 조정이 아닌 단계 최종 종료 시 조정하는 것으로 결정하였음

    *연차 종료시 감액 없이 지급 후 최종 종료 시에도 집행비율 미달이면 환수

○그러나 해당 과제가 연차별 정산이 원칙인 7단계로 구성된 과제임이 확인되었으며, 이에 최종 직접비 집행비율이 80% 미만으로 미달되는 부분만큼 연구수당 환수가 불가피하게 되었음

○최종 연구수당 초과 지급비율에 해당하는 금액 환수 절차 진행 중 일부 인원에게 환수 관련 변경된 소득에 대한 세금 재정산시 문제가 발생함

-초과 지급된 금액으로 인해 2023년 소득세 과표 구간이 과도하게 책정되고, 환수된 금액이 2024년에 귀속 및 반영된다고 해도 정상적으로 연구수당이 지급되는 경우보다 세금을 과다하게 납부하게 됨

2.질의내용

○연구수당 환수 시 기존에 지급되었던 근로소득이 변경되는 상황에서 세금 재정산 관련 문제가 발생한 해당 과제 참여 연구자 본인이 국세청 상담센터에 질의한 결과 ⁠“근로자의 의무 불이행으로 인한 반납 사유가 아닌 원천징수의무자가 근로소득세를 재정산하여 급여를 회수한 것으로 보아 2023년 귀속에 해당하는 것으로 사료된다”는 답변을 받았는데

    ①위 사례가 ⁠“근로자의 의무 불이행으로 인한 반납”에 해당되는지?

    ②위 내용에서 말하는 ⁠“근로자”의 범위 관련, 연구책임자가 아닌 과제참여자가 의무 불이행의 주체인 ⁠“근로자”에 포함된다고 볼 수 있는지?

    ③최종적으로 근로소득 변경 내용이 2023년과 2024년 중 어느 연도 귀속의 소득에 해당되는지?

○근로소득 변경에 따른 소득세 등 수정신고 관련

    ①위 사례와 같은 경우 2023년도 소득세 과표구간을 낮추기 위해 개인별로 2023년도 연말정산 경정청구를 진행할 수 있는지?

    ②경정청구가 가능하다면 이를 위해 원천징수의무자(한국전자통신연구원)가 진행하여야 하는 부분은 어떤 것들이 있는지?

    ③위 언급한 질의 내용 외에도 추가로 검토가 필요한 부분이 있는지 확인 요청

3.관련법령

○소득세법 제20조【근로소득】

 ①근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  1.근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

  2.법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

  3.｢법인세법｣에 따라 상여로 처분된 금액

  4.퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

  5.종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

○소득세법 시행령 제49조【근로소득의 수입시기】

 ①근로소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

  1.급여
근로를 제공한 날

  2. 잉여금처분에 의한 상여
당해 법인의 잉여금처분결의일

  3.해당 사업연도의 소득금액을 법인이 신고하거나 세무서장이 결정·경정함에 따라 발생한 그 법인의 임원 또는 주주·사원, 그 밖의 출자자에 대한 상여
해당 사업연도 중의 근로를 제공한 날. 이 경우 월평균금액을 계산한 것이 2년도에 걸친 때에는 각각 해당 사업연도 중 근로를 제공한 날로 한다.

  4.법 제22조 제3항 계산식 외의 부분 단서에 따른 초과금액
지급받거나 지급받기로 한 날

  ②도급 기타 이와 유사한 계약에 의하여 급여를 받는 경우에 당해 과세기간의 과세표준확정신고기간 개시일전에 당해 급여가 확정되지 아니한 때에는 제1항 제1호의 규정에 불구하고 그 확정된 날에 수입한 것으로 본다. 다만, 그 확정된 날 전에 실제로 받은 금액은 그 받은 날로 한다.

○국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

 ①과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

  1.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

  2.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

4.관련예규

 ○원천세과-682(2009.8.12.)

   귀 질의의 경우, 연구집중교수제도 또는 교원연구년제도에 따라 선발된 교수가 각 제도에 따른 의무사항을 미 이행하여 당해 제도에 관한 규정에 따라 반납한 급여상당액은 반납이 확정된 날이 속한 과세기간의 근로소득에서 차감하는 것입니다.

 ○서이46013-10829(2003.4.21.)

   귀 질의의 경우, 우리청 법인46013-439(1999.02.02) 및 법인22601-1573(1990.07.28)의 질의회신을 붙임과 같이 보내드리니 이를 참고하시기 바랍니다.

   ※ 법인46013-439, 1999.02.02

   1. 원천징수의무자가 근로소득에 관한 연말정산을 한 후 급여를 추가지급 또는 회수함으로써 최근 5년간의 근로소득세를 재정산하는 경우에는 추가지급 또는 회수하는 때에 근로소득세액 연말정산을 다시 하여야 하는 것임.

   2. 근로소득세를 재정산하는 경우에는 근로소득원천징수 영수증(근로소득지급조서)을 수정하여 1매는 근로자에게 교부하고 1매는 관할세무서장에게 제출해야 하는 것임.

 ○법인46013-439(1999.2.2.)

   원천징수의무자가 근로소득에 관한 연말정산을 한 후 급여를 추가지급 또는 회수함으로써 최근 5년간의 근로소득세를 재정산하는 경우에는 추가지급 또는 회수하는 때에 근로소득세액 연말정산을 다시 하여야 하는 것입니다.

   근로소득세를 재정산하는 경우에는 근로소득원천징수영수증(근로소득지급조서)을 수정하여 1매는 근로자에게 교부하고 1매는 관할세무서장에게 제출해야 하는 것입니다.

출처 : 국세청 2024. 09. 25. 서면-2024-원천-3113 | 국세법령정보시스템