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비영리내국법인 통합 시 세무처리 및 사업연도 연속성

서면-2016-법인-3772[법인세과-1541]  ·  2016. 06. 20.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 비영리내국법인이 관련 법률 개정으로 통합되어 조직변경이 이루어질 때, 사업연도는 어떻게 적용되며 법인세 신고 및 사업자등록은 어떻게 처리해야 하는지요?

S요약

비영리내국법인이 법률 개정에 따라 통합되어 새 법인으로 조직변경 되는 경우, 해산등기나 설립등기 시점과 무관하게 사업연도는 통합 전 법인의 사업연도가 계속되며, 신설법인은 해산되는 법인의 수익사업을 합산하여 법인세를 신고해야 합니다. 이 과정에서 해산 법인의 사업자등록증은 반납, 존속 법인은 변경사항을 정정신고할 수 있습니다.
#비영리내국법인 #조직변경 #사업연도 #법인세 #사업자등록 반납 #정정신고
핵심 정리

R회신 내용 서면-2016-법인-3772[법인세과-1541]  ·  2016. 06. 20.

  • 국세청 서면-2016-법인-3772[법인세과-1541](2016.06.20) 회신에 따르면 본 사항을 조직변경으로 해석하였습니다.
  • 비영리내국법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 그 재산과 권리·의무 전부가 신설 비영리내국법인에 포괄 승계되면, 조직변경으로 보아 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 판단하였습니다.
  • 통합일이 사업연도 중간일지라도 신설법인은 해산되는 법인의 수익사업을 통합하여 법인세를 신고해야 한다고 보았습니다.
  • 해산 법인의 사업자등록증은 반납하고, 존속하거나 신설된 법인은 법인명, 대표자 등 변경된 사항에 대해 정정신고가 가능함을 명확히 하였습니다.
  • 이 때 합병에 관한 법인세법 규정 대신, 조직변경 관련 특례 규정 및 통칙에 따라 처리함을 분명히 하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제3조: 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득(수익사업 등)에 대해 법인세 부과
  • 법인세법 제7조: 법령 개정에 따라 사업연도 변경 가능, 별도 신고 없을 시에도 적용
  • 법인세법 제78조: 법인의 조직변경 시 청산소득에 대한 과세특례 규정(일정 경우 과세 제외)
  • 법인세법시행령 제120조의26: 조직변경의 범위 및 구체적 적용 예시 명시
  • 법인세법기본통칙 6-0…1: 조직변경 전 해산등기·조직변경 후 설립등기에 무관하게 사업연도 연속
사례 Q&A
1. 비영리내국법인 통합 시 사업연도는 어떻게 이어집니까?
답변
조직변경 전의 사업연도가 계속 적용되는 것으로 판단됩니다.
근거
국세청 회신 및 법인세법기본통칙 6-0…1에서 조직변경 시 사업연도 연속을 명확히 규정하고 있습니다.
2. 비영리내국법인 조직변경 시 수익사업 법인세 처리는 어떻게 하나요?
답변
신설되는 법인은 해산 법인의 수익사업까지 합산하여 법인세 신고해야 합니다.
근거
서면-2016-법인-3772 회신과 유사 사례에서 통합 시 수익사업 소득 합산 신고 원칙이 강조되었습니다.
3. 법인 통합 후 사업자등록증과 관련 신고의무는 무엇인가요?
답변
해산 법인은 등록증 반납, 신설·존속 법인은 변경사항 정정신고가 가능합니다.
근거
국세청 유권해석 및 선례(법인세과-491 등)에서 등록증 반납 및 정정신고가 근거로 제시되었습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

비영리내국법인이 관련 법률의 개정으로 통합되는 경우에는 조직변경으로 보는 것이므로 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임

회신

비영리내국법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산되는 비영리내국법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무를 신설되는 비영리내국법인에게 포괄 승계하는 경우에는 조직변경으로 보는 것이므로 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것이며,
이 경우 비영리법인이 사업연도 중 통합되는 경우에는 통합 신설법인이 해산되는 비영리법인의 수익사업을 통합하여 법인세를 신고하여야 하는 것입니다.
또한, 해산되는 비영리법인의 사업자등록증은 반납하고 존속하는 비영리법인의 경우 사업자등록 신고사항 중 법인명ㆍ대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 할 수 있는 것임

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 「승강기시설 안전관리법」(이하 ⁠“승강기법”이라 함)이 규율하고 국민안전처가 감독하는 준정부기관으로

  - 승강기 안전에 관한 조사연구, 안전관리에 대한 홍보, 승강기에 대한 진단, 관리자문을 함

 ○ 질의법인은 승강기법의 개정으로 재단법인 ○○기술원과 통합하여

  - ’16.7.1.부터 모든 권리와 의무를 새로이 설립될 ○○안전관리공단(이하 ⁠“공단”이라 함)에 승계하도록 되어 있음

  - 이 때, 두 통합 주체는 일반적인 합병과 달리 통합의 대가를 주고받지 않고 공단으로 모든 소관업무, 권리․의무 및 재산, 소속직원을 승계함

 ○ 통합 시 질의법인과 ○○기술원은 ’16사업연도를 ’16.1.1.부터 6.30.까지로 공단은 ’16.7.1.부터 ’16.12.31.까지를 1기 사업연도로 할 예정임

2. 질의내용

 ○(질의1) 당사와 기술원의 통합에도 합병에 관한 「법인세법」 규정*등을 적용할 수 있는지 여부

    * 「법인세법」 제44조 내지 제45조, 같은법 제60조 제4항, 같은법 제63조 제2항 내지 제3항

  - 만약 두 비영리법인의 통합 시 합병에 대한 「법인세법」 규정을 적용할 수 없다면 동 통합의 세무상 처리는 어떻게 하여야 하는지

 ○ ⁠(질의2) 쟁점 통합에 「법인세법」 상 합병 규정을 적용할 수 없다면(예를 들어 조직변경으로 본다면) 당사와 기술원은 통합일 전일(’16.6.30.)까지의 수익사업에 대하여 각자 법인세 신고․납부를 하여야 하는지 여부

 ○ ⁠(질의3) ’16.7.1. 통합 당시 당사와 기술원은 사업자등록번호를 반납하고 공단은 새로이 사업자등록번호를 부여받아야 하는지 여부

3. 관련 법령

법인세법 제3조【과세소득의 범위】

법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

법인세법 제7조【사업연도의 변경】

② 법인이 제1항에 따른 신고를 기한까지 하지 아니한 경우에는 그 법인의 사업연도는 변경되지 아니한 것으로 본다. 다만, 법령에 따라 사업연도가 정하여지는 법인의 경우 관련 법령의 개정에 따라 사업연도가 변경된 경우에는 제1항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에도 그 법령의 개정 내용과 같이 사업연도가 변경된 것으로 본다.

□ 제3장 내국법인의 청산소득에 대한 법인세

 ▶ 제1절 과세표준과 그 계산

법인세법 제78조【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】

내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

1. ⁠「상법」의 규정에 따라 조직변경하는 경우

2. 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 ⁠「상법」에 따른 회사로 조직변경하는 경우

3. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

법인세법시행령 제120조의26【법인의 조직변경의 범위】

법 제78조제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다.

1. 「변호사법」에 따라 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우

2. 「관세사법」에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우

3. 「변리사법」에 따라 특허법인이 특허법인(유한)으로 조직변경하는 경우

4. ⁠「협동조합 기본법」 제60조의2제1항에 따라 법인등이 협동조합으로 조직변경하는 경우

○ 법인세법기본통칙 3-0…2【해산한 비영리내국법인의 납세의무】

비영리내국법인이 해산한 경우에도 그 청산기간 중 수익사업 또는 수입(이하 ⁠“수익사업”이라 한다.)에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있다.

○ 법인세법기본통칙 6-0…1【법인의 조직을 변경한 경우의 사업연도】

상법・기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다.

4. 관련 사례

○ 서면-2015-법인-0102(2015.6.12.)

(제목) 비영리법인의 조직변경에 따른 사업연도 변경 여부

귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.

 ※ 법규법인2012-189, 2012.5.14.

한국AA공사법에 따라 설립된 한국AA공사가 해당 법률의 폐지와 이의 대체법률로 제정된 방송광고판매대행 등에 관한 법률에 따라 한국AA진흥공사에 모든 재산과 법률상의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하는 경우에는 이를 조직변경으로 보는 것으로, 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임

 ※ 법인세과-803, 2009.7.14.

비영리내국법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 신설된 비영리법인으로 포괄 승계되어 조직 변경되는 경우, 해산된 비영리법인이 계상한 수입이자로서 손익 귀속사업연도의 미도래로 세무상 익금불산입한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 신설된 비영리법인에게 승계되는 것임

○ 법인세과-491(2009.4.24.)

(제목) 공공기관 통합에 따른 사업연도 계속 여부

법인이 「상법」ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로, 「dd법률」에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하는 ⁠“00진흥원”과 「ee법률」에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하지 않는 ⁠“aa진흥원”이 「dd법률」의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무가 포괄 승계되어 ⁠“cc기술원”으로 조직변경되는 경우 ⁠“aa진흥원”의 고유번호증을 반납하고 ⁠“00진흥원”의 사업자등록증은 기존의 신고사항 중 법인명․대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 할 수 있는 것임

출처 : 국세청 2016. 06. 20. 서면-2016-법인-3772[법인세과-1541] | 국세법령정보시스템