부가가치세 환급 후 법인세 후속 과세 가능성 판단

요지

대법원 판결에 따라 부가가치세를 환급한 후에 판결이 확정된 날로부터 1년 이내에 환급에 따른 후속처분으로 법인세를 과세할 수 있음

회신

대법원 판결에 따라 부가가치세를 환급한 후에 법인세를 과세하는 것은 부가가치세 환급에 따른 후속처분으로 ⁠「국세기본법」제26조의2 제2항에서 규정하고 있는‘경정결정이나 그 밖에 필요한 처분’에 해당하므로 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 법인세를 부과할 수 있는 것임

1. 사실관계

 ○주식회사 ☆☆☆(이하 “자문대상법인”이라 함)는 인터넷상의 재화 및 용역의 거래공간인 ○○○을 운영하는 회사로

  -자문대상법인은 거래를 활성화하기 위한 마케팅 프로모션의 일환으로  ⁠‘아이템쿠폰’ 및 ⁠‘바이어쿠폰’ 제도를 시행하여

  - 이를 통하여 상품 거래가 이루어지면 그 할인액만큼의 금액을 판매회원으로부터 지급받아야 할 수수료(매출액)에서 공제하고 부가세 신고시 매출에누리액으로 보아 과세표준에서 차감하였음

 ○이후 □□세무서(이하 “자문신청관서”라 함)는 감사원의 시정요구에 따라 아이템쿠폰 등을 통한 할인분을 매출에누리가 아닌 판매수수료에 해당하는 것으로 보아 부가세 과세표준에 포함하여

  - 2005.1기〜2010.1기 귀속 부가세 ○○○백만원을 고지하였으며 판매수수료 손금추인 등에 따른 법인세 ○○○백만원은 자문대상법인의 경정청구를 통하여 환급하였음

○ 자문대상법인은 이에 불복하여 심판청구를 진행하였으며, 이에 대하여 조세심판원은 일부인용 결정(아이템쿠폰을 통한 할인분만 인용)하였으며

  - 이에 따라 자문신청관서는 2006.1기〜2010.1기 부가세 ○○○백만원을 환급하고, 법인세 ○○○백만원을 고지하였음

 ○ 이후 자문대상법인은 인용되지 않은 나머지 부분(바이어쿠폰분)에 대하여 소송을 진행하여. 대법원으로부터 최종 승소 판결을 받아 자문신청관서는 2005.1기〜2010.1기 부가가치세 ○○○백만원을 환급하였음

2. 질의내용

○ 대법원 판결에 따른 부가가치세 환급 후 ⁠「국세기본법」제26조의2 제2항의 국세 부과제척기간의 특례 규정을 적용하여 이와 관련된 법인세 부과처분이 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】

 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

  1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 ⁠「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

   가. 「소득세법」 제81조제3항제4호

   나. 「법인세법」 제76조제9항제4호

   다. 「부가가치세법」 제60조제2항제2호·제3항 및 제4항

 2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

 3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

 4.〜5. ⁠(생략)

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

 1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, ⁠「감사원법」에 따른 심사청구 또는 ⁠「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

 2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우

 3. 제45조의2제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제10조의2제1항 및 제19조제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3제1항에 따른 조정권고가 있는 경우

③～⑤ ⁠(생략)

  ○재조세-1629, 2004.12.21.

   당초 양도소득세 과세에 대해 ⁠‘양도소득’이 아니라, ⁠‘사업소득’이라는 법원의 확정판결이 있는 경우 국세기본법 제26조의 2 제2항의 규정에 따라 그 판결에 따라 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당초 양도소득세를 취소하고 당초 양도소득세의 부과세액을 한도로 하여 다시 종합소득세로 과세할 수 있는 것임.

  ○대법원2000두6237, 2002.7.23.

   종전의 과세처분이 위법하다는 이유로 이를 취소하는 판결이 선고·확정된 후 1년 내에 과세관청이 그 잘못을 바로 잡아 다시 과세처분을 한 경우에는「국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것)」제26조의2 제1항이 정한 제척기간의 적용이 없다.(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결, 2002. 1. 5. 선고 2001두9059 판결 등 참조) 원심이 같은 취지에서, 이 사건 처분은 종전처분 취소소송에 대한 판결이 확정된 날로부터 1년 내에 확정판결에 나온 위법사유를 보완하여 한 과세처분이므로 제척기간을 도과한 위법이 없다고 판단한 것은 옳고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 법리오해 등의 잘못이 없으며, 또 과세관청은 납세자에게 유리한 재처분만 할 수 있을 뿐 납세자에게 불리한 재처분을 할 수 없다는 국세행정관행이 존재한다고 볼 수도 없다.

  ○대법원2004두11459, 2005.2.25.

   구 국세기본법(1989. 12. 30. 법률 제4177호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항에 의하면, 소득세, 방위세 등은 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하는 한편, 같은 조 제2항은 행정소송법에 의한 소송의 제기 등이 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고, 그 판결 등이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 등에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있는바, 위 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과 과세처분에 대한 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 판결 등이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 판결 등에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 제2항이 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니라고 할 것이고(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결 등 참조), 또한 위 법조항 소정의 ⁠‘판결’이란 그 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 행하지 않으면 안 되는 판결, 즉 조세부과처분이나 경정거부처분에 대한 취소판결 등을 의미하는 것이고, 원고의 청구를 기각하는 판결이나 소를 각하하는 판결은 여기에 해당하지 않는다고 할 것이다.

○조심2013중4761, 2014.3.12.

  「국세기본법」 제26조의2 제2항의 규정은 결정 또는 판결이 있은 후 그에 따라 다시 부과처분을 하는 시점에서 이미 부과제척기간이 지났다하여 그 결정이나 판결에 따른 부과처분조차 할 수 없게 된다면 그 결정이나 판결은 무의미하게 되는 점 등을 고려하여 부과제척기간에 대한 일정기간의 예외를 두자는 취지로서 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 수는 없다 할 것이고, 이 건의 경우는 처분청이 우리 원의 결정이 있자 그 결정이 확정된 날로부터 1년 이내에 심판결정의 취지에 따라 그 잘못을 바로 잡아 청구인에게 부과한 양도소득세를 취소하고, 이에 부수되는 처분으로 부가가치세 과세사업자인 청구인에게 부가가치세를 부과한 것이어서 이는 「국세기본법」 제26조의2 제2항에 따른 적법한 처분이라 할 수 있음,

○서울행정법원 2015구합69959, 2016.07.01.

   특례제척기간은 통상제척기간이 지났음에도 불구하고 그로부터 다시 일정 기간 과세관청에게 부과권을 행사할 기회를 부여하는 것인바, 납세자의 침해되는 권익보다 납세자에게 정당한 세액을 부담시켜야 한다는 공평과세의 요청이 강한 경우에는 과세관청의 이익을 위한 재처분이 정당화될 수 있음.

   과세처분이 과세단위에 의하여 구분되고 특례제척기간에 의한 재처분은 부과제척기간이 지났음에도 불구하고 과세관청에게 다시 처분의 기회를 부여하는 것이므로 원칙적으로 동일한 과세단위 내에서 재처분을 허용하는 것이 합당하다. 그러나 당초처분과 재처분이 동일한 과세단위가 아니더라도 상당히 밀접한 관련이 있어 재결이나 판결에서 후속처분을 예정하고 있는 것으로 볼 수 있고 납세자의 법적 안정성보다 공평과세의 요청이 더 강한 경우에는 예외적으로 재처분을 허용할 필요가 있음.

출처 : 국세청 2016. 09. 06. 기준-2016-법령해석기본-0163[법령해석과-2850] | 국세법령정보시스템