요지
종교단체가 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해 단체에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 선교사에게 사택으로 제공한 부동산을 처분하는 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것임
답변내용
｢국세기본법｣ 제13조 제2항 및 제4항에 따른 법인으로 보는 단체에 해당하는 종교단체가 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해 단체에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 선교사에게 사택으로 제공한 부동산을 처분하는 경우 ｢법인세법｣ 제3조 제3항 제5호와 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것이나, 귀 사전답변 신청의 경우 주택을 당해 단체의 정관에 규정된 사업을 전업으로 하는 선교사만이 이용하였는지는 여부는 사실 판단할 사항이며,
위와 별도로 해당 주택(부수토지 포함)의 양도소득에 대해 같은 법 제55조의 2 제1항 제2호에 따라 양도소득에 100분의 10(미등기 양도의 경우 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 납부하여야 합니다.
1. 질의내용
○ @@@@@@@@ 세계선교회(이하 “선교회”)가 소속 선교사들의 숙소로 약 9년간 사용 후 양도한 주택 및 그 부수토지(이하 “쟁점부동산”)와 관련하여
- (질의1) 쟁점부동산 처분으로 인하여 생기는 수입 대해 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보아「법인세법」제3조제3항5호에 따라 법인세 과세소득에서 제외 되는지 여부
- (질의2) 쟁점부동산이 「법인세법」제55조의2에 해당되어 토지 등의 양도소득에 대해 10% 세액을 추가 납부하여야 하는지 여부
2. 사실관계
○ 선교회는 비영리법인인 @@@@@@@@ 유지재단에 소속된 종교단체로
- 1999년 선교사업에 목적을 두고 선교사의 선발, 훈련, 파송 및 관리, 효율적인 선교활동을 위한 행정적 지원 등을 목표로 설립된 비영리법인(「국세기본법」제13조에 따른 ‘법인으로 보는 단체’)에 해당함
○ 선교회는 선교사들이 해외 선교를 하다가 잠시 귀국하여 선교를 위한 교육 및 추가 파송을 위한 준비를 할 경우, 국내에 거주할 주택이 필요하여
- 선교회는 적립된 선교사 퇴직기금으로 2007년에 쟁점부동산을 매입하여 계속 선교사들의 숙소로 계속 사용하다가 2016년 양도함
3. 관련 법령
○ 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】
① 법인(「법인세법」 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 「소득세법」에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.
⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.
⑦ 법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 국세기본법 시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청․승인 등】
① 법 제13조제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(｢법인세법｣ 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 단체의 명칭
2. 주사무소의 소재지
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
4. 고유사업
5. 재산상황
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
7. 그 밖에 필요한 사항
② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 ｢부가가치세법시행령｣ 제8조제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 ｢법인세법｣ 제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.
○ 법인세법 제1조【정 의】
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “내국법인”(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.
2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
가. ｢민법｣ 제32조에 따라 설립된 법인
나. ｢사립학교법｣이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 ｢민법｣ 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)․사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)
다. ｢국세기본법｣ 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)
○ 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】
학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.
○ 법인세법 제2조【납세의무】
① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.
1. 내국법인
2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인
○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
4. 제56조에 따른 미환류소득
② (생략)
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】
① (생략)
② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
○ 법인세법 제62조【과세표준 등의 신고】
① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
○ 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
1. (생략)
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. ～ 4. (생략)
5. 「지방세법」 제106조제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지
6. ～ 7. (생략)
③ ～ ⑧ (생략)
○ 법인세법 시행령 제92조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】
① 삭제
② 법 제55조의2제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
2. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택
출처 :
국세청 2016. 12. 23. 사전-2016-법령해석법인-0589[법령해석과-4191] | 국세법령정보시스템
