요지

벤처투자조합 또는 신기술투자조합이 벤처기업 등에 직접 출자함으로써 취득한 주권을 양도하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제117조 제1항에 따라 증권거래세가 면제되는 것이나, 해당 조합의 해산에 따라 출자비율대로 보유주식을 배분받은 조합원이 당해 주권을 타인에게 양도하는 경우 증권거래세가 면제되지 아니함

회신

▪｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제2조 제11호의 규정에 의한 벤처투자조합 및 ｢여신전문금융업법｣ 제2조 제14호의5의 규정에 의한 신기술사업투자조합이 창업기업 또는 벤처기업, 신기술사업자에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제117조 제1항에 따라 증권거래세가 면제되는 것입니다.
▪｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제2조 제11호의 규정에 의한 벤처투자조합 및 ｢여신전문금융업법｣ 제2조 제14호의5의 규정에 의한 신기술사업투자조합의 해산에 따라 출자비율대로 보유주식을 배분받은 조합원이 당해 주권을 타인에게 양도하는 경우 증권거래세가 면제되지 않습니다.
▪귀 질의는 기해석사례(서면-2022-법규재산-0614, 2024.11.15., 서면-2022-자본거래-1438, 2022.11.16. 등)를 참고하시기 바랍니다.

【관련 참고자료】

1. 사실관계

 ○신청인은 ｢증권거래세법｣ 제3조에 따른 증권거래세의 납세의무자이며, 증권거래세 면제 요청을 확인하기 위해 담세자가 거래하는 증권회사로부터 서류를 제출받아 심사를 진행하고 있음

 ○담세자는 ｢여신전문금융업법｣ 제3조에 따라 등록된 신기술사업금융업자이며, 공동 업무집행조합원으로서 신기술사업투자조합을 결성하였음

 ○동 투자조합은 직접 출자방식으로 신기술사업자의 보통주 주식을 최초 취득하고, 신기술사업자의 무상증자에 따라 주식을 추가 취득하여 보유중이었으나, 조합이 해산됨에 따라 담세자는 조합의 출자지분에 따라 해당 주식을 현물 분배받았으며 이를 제3자에게 양도하고자 함

2. 질의내용

 ○(조합원양도분)신기술사업투자조합･벤처투자조합(중소기업창업투자조합)의 해산으로 해당 조합이 신기술사업자, 창업기업(창업자) 또는 벤처기업에게 직접 출자하여 취득한 주식을 조합원이 조합 출자지분에 따라 현물로 분배받고, 이를 제3자에게 양도하는 경우 증권거래세 면제 여부(질의1~질의3)

 ○(조합양도분)신기술사업투자조합･벤처투자조합(중소기업창업투자조합)이 해산 또는 존속기간 만료에 따라 신기술사업자, 창업기업(창업자) 또는 벤처기업에게 직접 출자하여 취득한 주식을 제3자에게 양도하는 경우 증권거래세 면제 여부(질의4~질의6)

3. 관련법령

■｢증권거래세법｣

제1조【목적】 이 법은 주권(株券) 또는 지분(持分)의 양도에 대하여 적정하게 과세함으로써 재정 수입의 원활한 조달에 이바지함을 목적으로 한다.

제1조의2【정의】

①이 법에서 "주권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1.｢상법｣ 또는 특별한 법률에 따라 설립된 법인의 주권

2.외국법인이 발행한 주권으로서 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에 상장된 것

②이 법에서 "지분"이란 ｢상법｣에 따라 설립된 합명회사･합자회사･유한책임회사 및 유한회사의 사원 지분을 말한다.

③이 법에서 "양도"(讓渡)란 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상(有償)으로 소유권이 이전되는 것을 말한다.

제2조【과세대상】

주권 또는 지분(이하 "주권등"이라 한다)의 양도에 대해서는 이 법에 따라 증권거래세를 부과한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 양도에 대해서는 증권거래세를 부과하지 아니한다.

제3조【납세의무자】

증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.

1.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주권을 계좌 간 대체(對替)로 매매결제하는 경우에는 ｢주식･사채 등의 전자등록에 관한 법률｣ 제2조제6호에 따른 전자등록기관(이하 "전자등록기관"이라 한다) 또는 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원

가.증권시장에서 양도되는 주권

나.증권시장 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권

2.제1호 외에 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 주권등을 양도하는 경우에는 해당 금융투자업자

3.제1호 및 제2호 외의 방법으로 주권등을 양도하는 경우에는 그 주권등의 양도자. 다만, 국내사업장을 가지고 있지 아니한 비거주자 또는 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 주권등을 금융투자업자를 통하지 아니하고 양도하는 경우에는 그 주권등의 양수인을 증권거래세 납세의무자로 한다.

■｢조세특례제한법｣ 

제117조【증권거래세의 면제】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한다.

1.벤처투자회사, 창업기획자 또는 벤처투자조합이 창업기업 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우

2.신기술사업금융업자 또는 신기술사업투자조합이 신기술사업자에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우

■｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣

제2조【정의】

11."벤처투자조합"이란 벤처투자회사 등이 벤처투자와 그 성과의 배분을 주된 목적으로 결성하는 조합으로서 제50조 또는 제63조의2에 따라 등록한 조합을 말한다.

■｢여신전문금융업법｣

제2조【정의】

14."신기술사업금융업"이란 제41조제1항 각 호에 따른 업무를 종합적으로 업으로서 하는 것을 말한다.

14의2."신기술사업자"란 ｢기술보증기금법｣ 제2조제1호에 따른 신기술사업자와 기술 및 저작권･지적재산권 등과 관련된 연구･개발･개량･제품화 또는 이를 응용하여 사업화하는 사업(이하 "신기술사업"이라 한다)을 영위하는 ｢중소기업기본법｣ 제2조에 따른 중소기업, ｢중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법｣ 제2조제1호에 따른 중견기업 및 ｢외국환거래법｣ 제3조제15호에 따른 비거주자를 말한다

14의3."신기술사업금융업자"란 신기술사업금융업에 대하여 제3조제2항에 따라 금융위원회에 등록한 자를 말한다.

14의4."신기술사업금융전문회사"란 신기술사업금융업자로서 신용카드업･시설대여업･할부금융업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 금융업을 함께 하지 아니하는 자를 말한다.

14의5."신기술사업투자조합"이란 신기술사업자에게 투자하기 위하여 설립된 조합으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합을 말한다.

가.신기술사업금융업자가 신기술사업금융업자 외의 자와 공동으로 출자하여 설립한 조합

나. 신기술사업금융업자가 조합자금을 관리･운용하는 조합

4. 관련예규

■ 증권거래세 과세 사례

○서면-2022-법규재산-0614, 2024.11.15.

(제목)중소기업창업투자회사가 벤처기업의 주권 등을 벤처투자조합으로부터 현물 분배받아 양도한 경우 증권거래세 면제 여부

(요지)벤처투자조합이 보유한 벤처기업의 주식을 현물로 분배받은 후 이를 양도한 경우 증권거래세가 면제되지 않음

(회신)귀 서면질의의 경우, ｢기획재정부 금융세제과-564, 2024.10.25.｣를 참고하시기 바랍니다.

○기획재정부 금융세제과-564, 2024.10.25.

[질의] 벤처투자조합이 보유한 벤처기업의 주식을 업무집행사원인 중소기업창업투자회사가 현물로 분배받아 제3자에게 양도한 경우 증권거래세가 면제되는지 여부

(1안) 증권거래세 면제대상에 해당함

(2안) 증권거래세 면제대상에 해당하지 않음

[회신] 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다.

○서면인터넷방문상담3팀-982, 2005.06.29.

(제목)창업투자조합의 주식처분에 따른 증권거래세 해당 여부

(요지)창업투자조합의 해산에 따라 출자비율대로 보유주식을 배분받은 조합원이 당해 주권을 타인에게 양도하는 경우에는 주권 또는 지분의 양도에 해당하므로 증권거래세가 과세됨

(회신)귀 질의의 경우 증권거래세법 제1조 및 제2조의 규정에 의한 주권의 양도에 해당하는 것이며, 조세특례제한법 제117조의 규정을 적용할 수 없는 것입니다.

○국심-2006-광-1832, 2007.05.01.

(제목)구조조정대상기업의 주식을 조합원이 양도시 증권거래세 면제대상인지 여부

(요지)조합의 해산으로 기업구조조정조합이 아닌 주권 또는 지분을 배분받은 조합원이 동 주권, 지분을 양도하는 경우 증권거래세 면제대상이라 할 수 없음

(판단)법조문상으로도 ⁠“기업구조조정조합이 구조조정대상기업에 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우” 증권거래세가 면제된다고 하고 있으므로, 조합이 해산되면서 조합의 주권 또는 지분을 배분받는 조합원이 동 주권 또는 지분을 양도하는 경우까지 포함된다고 할 수 없다 하겠다.

■ 증권거래세 면제 사례

○서면-2022-자본거래-1438, 2022.11.16.

(제목)조합이 주식을 양도하는 경우 증권거래세 과세 여부

(요지)｢조세특례제한법｣ 제13조에 따른 중소기업창업투자회사, 창업기획자 또는 중소기업창업투자조합이 동조에 따른 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 동법 제117조 제1항 제1호 규정에 의해 증권거래세 면제 대상입니다.

(회신)｢증권거래세법｣ 제3조 제1호 및 제2호 외의 방법으로 주권등을 양도하는 경우에는 그 주권등의 양도자가 증권거래세의 납세의무자에 해당하며, ｢조세특례제한법｣ 제13조에 따른 중소기업창업투자회사, 창업기획자 또는 중소기업창업투자조합이 동조에 따른 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 동법 제117조 제1항 제1호 규정에 의해 증권거래세 면제 대상입니다.

○서면-2019-자본거래-3856, 2020.01.22.

(제목)증권거래세 면제 해당여부

(요지)｢조세특례제한법｣ 제13조에 따른 신기술사업금융업자 또는 신기술사업투자조합이 같은 조에 따른 신기술사업자에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 같은 법 제117조 제1항 제2호에 따라 증권거래세 면제 대상임

(회신)귀 질의의 경우 ｢조세특례제한법｣ 제13조에 따른 신기술사업금융업자 또는 신기술사업투자조합이 같은 조에 따른 신기술사업자에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 같은 법 제117조 제1항 제2호에 따라 증권거래세 면제 대상입니다.

○서면인터넷방문상담3팀-1465, 2005.09.06.

(제목)조세특례제한법상 증권거래세 면제대상 해당 여부

(요지)중소기업창업투자조합이 해산으로 청산업무를 진행하는 중에 창업자 또는 벤처기업에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우, 증권거래세를 면제함

(회신)중소기업창업지원법에 의하여 결성된 중소기업창업투자조합이 동법의 규정에 의한 해산으로 청산업무를 진행하는 중에 창업자 또는 벤처기업에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우에는 조세특례제한법 제117조 제1항 제1호의 규정을 적용하여 증권거래세를 면제하는 것입니다.

출처 : 국세청 2025. 05. 14. 서면-2025-자본거래-0220 | 국세법령정보시스템