’20~’21 과세연도에 외투감면을 받은 법인이, ’20~’21 과세연도에 ’18~’19 과세연도분 고용증대세액공제 등의 추가공제를 받는 경우추가공제에 대해 중복지원 배제규정(법§127③)이 적용되는지 여부
➠ 추가공제에 대해 중복지원 배제규정이 적용되는 것으로 봄이 타당

요지

회신

2020~2021 과세연도에 ｢조세특례제한법｣ 제121조의2에 따른 외국인투자에 대한 조세 감면을 최초로 적용받은 내국법인이 해당 과세연도에 2018~2019 과세연도분 ⁠‘고용증대 세액공제 또는 중소기업 사회보험료 세액공제’의 추가공제를 적용받는 경우, 같은 법 제127조 제3항에 따라 해당 규정에 따른 공제할 세액에 내국법인의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제받을 수 있는 것임

1. 사실관계

 ○자문대상법인은 외국인 투자법인으로 ’20~’21 과세연도에 대한 법인세 신고 시

  - 조특법§121의2에 따른 외투감면을 최초로 적용받았으며, ’18~’19 과세연도에 대한 고용증대세액공제 등의 추가공제에 대하여 조특법§127③을 적용함으로써 추가공제 금액 전액이 아니라, 그 중 내국인 지분비율에 해당하는 금액만을 세액공제하였음

 ○자문대상법인은, ｢’18∼’19 과세연도분 고용증대세액공제 등의 추가공제는 ’20∼’21 과세연도에 대한 외투감면과 중복지원에 해당하지 아니하는바, 조특법§127③의 적용대상이 아니므로 해당 추가공제 금액 전액을 세액공제 하여야 한다｣는 취지로 당초 미공제세액(추가공제금액×외국인 지분비율)의 공제를 구하는 경정청구를 하였음

2. 질의요지

 ○’20~’21 과세연도에 외국인 투자감면을 받은 법인이 ’20~’21 과세연도에 ｢’18~’19 과세연도분 중소기업 사회보험료 및 고용증대세액공제의 추가공제｣를 받는 경우, 추가공제에 대해 중복지원 배제규정(조특법§127③)이 적용되는지 여부

3. 관련 법령

○조특법 제127조【중복지원의 배제】

  * 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것

③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제8조의3제3항, 제25조, 제25조의4, 제25조의5, 제25조의7, 제26조, 제29조의5, 제29조의7, 제30조의4, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18제2항을 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다.

○조특법 제29조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

  * 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

 2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

  가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

  나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

○조특법 제30조의4【중소기업 사회보험료 세액공제】

  * 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것

① 중소기업이 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 청년 및 경력단절 여성(이하 이 조에서 "청년등"이라 한다) 상시근로자고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년등 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년등 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 100

 2. 청년등 외 상시근로자 고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년등 외 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년등 외 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 50(대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 중소기업의 경우 100분의 75)

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 중소기업이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 과세연도의 전체 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서도 공제한다.

 1. 청년등 상시근로자 수가 감소하지 아니한 경우 : 제1항제1호 및 제2호에 따라 공제받은 금액 상당액

 2. 제1호 외의 경우: 제1항제2호에 따라 공제받은 금액 상당액

○조특법 제121조의2【외국인투자에 대한 조세 감면】

  * 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(「지방세법」 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.

 1. ~ 3. ⁠(생략)

② 2018년 12월 31일까지 제6항에 따른 조세감면신청을 한 외국인투자기업에 대해서는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득(제1항제1호에 따른 감면대상 사업의 경우 대통령령으로 정하는 소득)에 대하여 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상이 되는 세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

 1. 제1항 제1호 및 제2호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득 : 다음 각 목의 구분에 따른 세액

  가. 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 세액(이하 이 항, 제12항제1호·제2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액

  나. 가목의 기간 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액

 2. 제1항제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득: 다음 각 목의 구분에 따른 세액

  가. 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 감면대상세액의 전액

  나. 가목의 기간 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액

출처 : 국세청 2024. 08. 08. 기준-2024-법규법인-0083 | 국세법령정보시스템