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코스닥 상장법인 대주주 판정기준 및 양도소득세 과세

서면-2024-자본거래-3675 · 2024. 11. 20.

질의 및 요약

Q질의내용

코스닥 시장에 신규 상장한 법인의 주식 양도 시, 대주주 해당여부는 언제 기준으로 판단되는지 궁금합니다.

S요약

대주주가 양도하는 코스닥시장상장법인 주식의 경우, 양도소득세 과세대상에 해당하는지 여부는 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 주식 보유비율을 판단하는 것이 원칙입니다. 해당 기준일 당시 상장유무와 무관하게, 코스닥 상장주식의 대주주 기준(예: 2% 이상 등)을 적용하게 됩니다.

#코스닥 #대주주 #상장주식 #양도소득세 #주식 양도 #직전 사업연도

핵심 정리

R회신 내용 서면-2024-자본거래-3675 · 2024. 11. 20.

국세청 서면-2024-자본거래-3675(2024.11.20) 회신에 따르면, 코스닥상장법인 대주주 여부는 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 소유 비율 등을 판단합니다.
대주주가 양도하는 코스닥시장상장법인의 주식은 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 등 관련 규정에 따라 양도소득세 과세대상에 포함될 수 있습니다.
직전 사업연도 종료일에 상장이 안 되어 있었다 해도 직전 사업연도 종료일 기준의 지분율이 코스닥 시장 대주주 기준(예: 2% 이상, 시기별로 금액 요건 상이)에 해당하면 대주주로 인정됩니다.
이는 부동산납세과-96(2013.10.18.) 예규 등 기해석 사례를 통해서도 동일하게 판시된 바 있습니다.
질의의 경우처럼 증자를 통해 상장되었다면, 상장 전후 여부와 무관하게 양도일이 속하는 직전 사업연도 기준으로 대주주 여부를 판정하게 됩니다.

L관련 법령 해석

소득세법 제94조: 대주주가 양도하는 주권상장법인의 주식 등은 양도소득세 과세대상
소득세법 시행령 제157조: 주권상장법인 대주주의 범위와 판단 기준 명시
소득세법 시행령 제157조 제5항 제1호: 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주식소유비율 기준(코스닥 2% 등)
부동산납세과-96, 2013.10.18. 예규: 신규 상장 시 직전 사업연도에도 상장기준을 적용한다는 해석

사례 Q&A

1. 코스닥 신규 상장법인의 대주주 기준은 언제 기준인가요?

답변

코스닥 신규 상장법인의 대주주 판정은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 소유주식 비율로 판단됩니다.

근거

소득세법 시행령 제157조 제5항 제1호와 국세청 유권해석에 의해 직전 사업연도 종료일 기준이 적용됩니다.

2. 코스닥 주식 양도 시, 상장 이전 지분율도 대주주 판정에 쓰이나요?

답변

상장 이전이라도 직전 사업연도 종료일 당시 지분이 코스닥 기준(예: 2% 등)에 해당한다면 대주주로 판정됩니다.

근거

부동산납세과-96 등 기해석사례 및 소득세법 시행령 제157조 규정에 근거합니다.

3. 대주주가 코스닥 상장주식을 양도하면 무조건 양도소득세가 부과되나요?

답변

대주주 해당 시 코스닥 시장 상장주식 양도는 양도소득세 과세대상에 포함됩니다.

근거

소득세법 제94조 제1항 제3호 및 해당 국세청 유권해석(서면-2024-자본거래-3675 참조)에 따라 적용됩니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

코스닥시장상장법인의 대주주에 해당하는지의 여부는 같은법 시행령 제157조 제5항 제1호에 따라 당해 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하는 것임

회신

대주주가 양도하는 코스닥시장상장법인의 주식은 ⁠「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상이며, 당해 코스닥시장상장법인의 대주주에 해당하는지의 여부는 같은법 시행령 제157조 제5항 제1호에 따라 당해 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하는 것으로, 귀 질의의 경우 대주주의 범위에 해당하는 것입니다.
귀 질의는 기해석사례(부동산납세과-96, 2013. 10. 18., 재산세과-1238, 2009. 06. 19.)를 참고하시기 바랍니다.

[문서번호]

서면-2024-자본거래-3675(2024.11.19)

[세목]

양도

[납세자회신번호]

자본거래관리과-461

[제 목]

양도소득세 과세대상인 코스닥 상장법인 대주주 해당여부

[요 지]

[답변내용]

대주주가 양도하는 코스닥시장상장법인의 주식은 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상이며, 당해 코스닥시장상장법인의 대주주에 해당하는지의 여부는 같은법 시행령 제157조 제5항 제1호에 따라 당해 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하는 것으로, 귀 질의의 경우 대주주의 범위에 해당하는 것입니다.

귀 질의는 기해석사례(부동산납세과-96, 2013. 10. 18., 재산세과-1238, 2009. 06. 19.)를 참고하시기 바랍니다.

[관련법령]

소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

소득세법 제157조【주권상장법인대주주의 범위 등】

【관련 참고자료】

1. 사실관계

○주식발행법인 : ㈜○○ → ㈜◇◇◇(코스닥상장 후)

○’13. 7월 : 코넥스 시장 상장

○ ’19. 12. 31. : 1**,***주 보유(지분율 2.34%)

○ ’20. 07. 23. : 코스닥 상장 위한 증자(증자 이후 신청인^* 지분율 1.73%)

* 신청인은 유상증자에 참여하지 않아 주식수 변동없음

○ ’20. 7월 : 코스닥 시장 상장

○ ’20. 8∼9월 : 보유주식 1**,***주(1.73%) 전량 양도

〔지분율에 의한 상장주식 대주주 기준〕

구분	코스피	코스닥	코넥스
’20.4.1.∼‘23.12.31.	1%	2%	4%

2. 질의내용

○신청인이 ’20. 8∼9월 중 양도한 1**,***주가 양도소득세 과세대상인지 여부를 판단함에 있어,

주식발행법인이 직전 사업연도 종료일에는 코넥스 시장 상장법인이었으나, ’20.7월 코스닥 시장에 상장되었으므로 직전 사업연도 종료일을 기준 코스닥시장 상장주식에 대한 지분율(2% 기준)을 적용해야 하는지 여부

3. 관련법령

■소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것)

제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

　 1) 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

■소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것)

제157조 【주권상장법인대주주의 범위 등】

⑤ 제4항제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.

1.코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우

가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 20억원

나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 15억원

다. 2020년 4월 1일부터 2021년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 10억원

라. 2021년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 3억원

2.코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우

가. 2021년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 10억원

나. 2021년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 3억원

4. 관련예규

○부동산납세과-96, 2013. 10. 18.

신규 코스닥 상장법인의 주식을 양도하는 경우로 직전 사업연도에는 상장되지 아니한 때에도 주식소유비율은 코스닥 상장법인의 주식에 적용되는 기준을 따르는 것임

○ 재산세과-1238, 2009. 06. 19.

대주주가 양도하는 코스닥상장법인의 주식은 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상이며 당해 코스닥상장법인의 대주주에 해당하는지의 여부는 같은법 시행령 제157조 제4항 제1호 전단의 규정에 따라 당해 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하는 것으로 귀 질의의 경우 대주주의 범위에 해당하는 것임

출처 : 국세청 2024. 11. 20. 서면-2024-자본거래-3675 | 국세법령정보시스템

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