중소기업 독립성 기준 미충족 시 유예기간 적용 여부

요지

창업일이 속하는 과세연도부터 독립성 기준 위배로 중소기업에 해당하지 않으므로 유예기간 적용 대상 아님

회신

2020년에 창업한 법인이「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 요건을 갖추지 못하게 되어 창업일이 속하는 과세연도부터 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 유예기간을 적용하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인의 모법인(이하 ⁠‘지배기업’)은 자산총액 5천억 미만의 법인으로 완전 자회사를 다수 보유

 ○ 지배기업은 ’20년에 100%를 출자하여 질의법인을 신규설립

  - 질의법인은 중소기업 기준 중 독립성 기준을 제외한 업종기준, 규모기준, 자산총액기준을 모두 충족

2. 질의내용

 ○ 중소기업 유예기간 중인 지배기업이 ’20년 중에 100% 출자하여 설립한 법인의 중소기업 유예 적용 여부 및 유예 적용기간

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

  (2020.12.29., 31295호로 개정전)

① 법 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 ⁠“매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

  4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. ⁠「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

 ④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

○ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

    (2020.06.09. 30776호 개정 전)

 ① ⁠「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

 가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

 나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단(이하 이 호에서 "상호출자제한기업집단"이라 한다)에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사 중 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

  1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

  2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

출처 : 국세청 2021. 03. 15. 서면-2020-법인-5698[법인세과-598] | 국세법령정보시스템