한국농어촌공사 신재생에너지사업 부가가치세 과세 전환 및 매입세액 공제 특례

요지

한국농어촌공사가 공급하는 신재생에너지사업은 2018.7.1 이후 공급 분부터 부가가치세가 과세되며 해당 과세사업과 관련하여 2018.7.1. 이후 공급받은 재화ㆍ용역의 매입세액은 공제하는 것임

회신

｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따라 설립된 한국농어촌공사(이하 ⁠“공사”)가 공급하는 신재생에너지사업은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제106조제7항, 제8항 및 같은 법 시행규칙 제48조 별표10 제3호에 따라 2018.7.1. 이후 공급 분부터 부가가치세가 과세되는 것이며 해당 과세사업과 관련하여 2018.7.1. 이후 공급받은 재화 또는 용역에 대한 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제하는 것임. 또한 공사가 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산(건설 중인 자산 포함)을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 같은 법 제43조 및 같은 법 시행령 제85조에 따라 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있는 것임

 ○ 신청공사는 ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣(이하 ⁠“농어촌공사법”)에 따라 설립된 공사로 ｢조세특례제한법｣상 정부업무대행단체에 해당함

 ○ 신청공사가 시행하는 신재생에너지 사업(이하 ⁠“본건사업”)은 지방자치단체로부터 사업을 위탁받아 신재생에너지시설(지열‧지중열 냉난방시설, 폐열 재이용 시설 등)을 농업인등에게 지원하는 사업으로

  - 기존에는 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제48조제1항과 별표10(이하 ⁠“본건규정”)에 따라 본건사업이 면세되어 신청공사가 매출처인 지방자치단체에 계산서를 발급하고 매입처인 설치사로부터 공급받은 용역에 대한 매입세액은 불공제 하였으나

  - 2018.3.21. 본건규정이 개정됨에 따라 본건사업이 과세사업으로 전환되었음(2018.7.1. 이후 재화‧용역 공급분부터 시행)

 ○ ⁠(질의1관련) 신청공사는 AA시로부터 총사업비 285백만원의 친환경에너지보급사업을 위탁받아 2018.4월 공급시기 도래분에 대하여 계산서를 발행하였고(나머지는 2018.7.1. 이후 공급시기 도래) 2018.7.1. 전에는 해당 사업관련 매입은 발생하지 아니하였음

 ○ ⁠(질의2관련) 신청공사는 농업기반시설활용 재생에너지개발사업과 관련하여 ⁠(유)PP전력으로부터 건설용역을 공급받아 2018.6월 준공하였고(구축물) 관련 매입세액은 전액 불공제함

  - 또한 신청공사는 2017.8.월 DDD(주)와 수상태양광 발전설비건설 용역계약을 체결하여 2018.7.1. 현재 건설 중이었으며 2017.12월 공급시기 도래분에 대하여 세금계산서를 수취하고 관련 매입세액은 전액 불공제함

2. 질의내용

 ○ 한국농어촌공사가 지자체로부터 위탁받아 시행하는 신재생에너지사업이 법의 개정으로 2018.7.1. 이후 공급분부터 면세사업에서 과세사업으로 전환된 경우로서

  1. 개정규정 시행일 전 계약 체결 후 공급시기 도래분에 대하여 지자체에 계산서를 발급하고 시행일 후 잔여 부분의 공급시기가 도래하는 경우 부가가치세 과세 및 매입세액공제 범위

  2. 개정규정 시행일 전 면세사업용으로 취득하며 매입세액 불공제한 감가상각자산 및 시행일 현재 건설 중인 자산에 대하여 과세전환에 따른 매입세액공제 특례규정 적용 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

   6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

  ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

   4. ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농어촌공사

  ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

  ① 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표 10【정부업무대행단체의 면세사업】(2018.3.21.－669호로 개정된 것)

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표 10【정부업무대행단체의 면세사업】(2018.3.21.－669호로 개정되기 전의 것)

○ 조세특례제한법 시행규칙 부칙

  제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 별표 10 제3호, 제5호, 제6호, 제15호 및 제47호의 개정규정은 2018년 7월 1일부터 시행한다.

  제5조(정부업무대행단체의 부가가치세 면제 사업 조정에 관한 적용례) ① 별표 10 제3호, 제5호, 제6호, 제15호, 제20호, 제37호, 제41호 및 제47호의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 재화 또는 용역을 공급하는 경우부터 적용한다.

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

  ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

   1. 역무의 제공이 완료되는 때

   2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

  ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

   3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 제43조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

  사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

  ① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

   1. 건물 또는 구축물

  ⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】

  ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

   4. 부가가치세:과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

○ 법인세법 제121조【계산서의 작성‧발급 등】

  ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

출처 : 국세청 2020. 02. 10. 서면-2019-법령해석부가-0247[법령해석과-408] | 국세법령정보시스템