도시정비 신탁사업 부가가치세 납세의무자 판단 기준

요지

2019.12.31. 이전 도시정비법에 따라 신탁업자가 사업시행자가 되어 정비사업을 시행하는 경우 토지등소유자(또는 토지등소유자가 구성한 공동사업자)가 부가가치세 납세의무자가 되는 것임

회신

1. 질의1의 경우 기획재정부 해석(기획재정부 부가가치세제과-354, 2020.8.12.)을 참조하시기 바람
○ 기획재정부 부가가치세제과-354, 2020.8.12.
1) ｢도시 및 주거환경 정비법」(이하“도시정비법”) 제27조에 따라 신탁업자가 주택재개발‧재건축사업의 사업시행자로 지정되어 토지등소유자인 위탁자와 신탁계약을 체결하고 정비사업을 시행하면서 신탁재산을 처분하는 경우, 2019.12.31. 이전에 재화를 공급하는 분에 대하여는 구 ｢부가가치세법｣(2019.12.31. 법률 제16845호 개정되기 전의 것) 제10조제8항에 따라 위탁자가 재화를 공급하는 것으로 보는 것이나, 2020.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 ｢부가가치세법｣(2019.12.31. 법률 제16845호 개정된 것) 제10조제8항제2호에 따라 도시정비법에 따른 주택재개발‧재건축사업의 사업시행자인 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 보는 것임
2) 2019.12.31. 이전에 재화를 공급하는 분에 대하여는 해당 정비사업과 관련하여 위탁자가 공동사업자를 등록한 경우에는 구 ｢부가가치세법｣(2019.12.31. 법률 제16845호 개정되기 전의 것) 제10조제8항에 따라 위탁자가 등록한 공동사업자가 재화를 공급하는 것으로 보는 것임
3) 2020.1.1.부터 개정된 ｢부가가치세법｣에 따라 수탁자는 자기의 사업을 위하여 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세를 ｢부가가치세법｣ 제38조에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임
2. 2019.12.31. 이전에 위탁자가 등록한 공동사업자(이하 ⁠“공동사업자”)가 재화를 공급하는 경우로서 토지등소유자가 신탁업자에게 건물등을 신탁하는 경우 및 정비사업을 시행하여 신축한 건물등을 관리처분계획에 의하여 토지등소유자에게 분양하는 경우(분양 후 당초 지분을 초과하는 경우 포함)에는 ｢부가가치세법｣ 제9조에 따른 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것이나 신탁업자가 사업자인 토지등소유자에게 도시정비법 제64조에 따른 매도청구를 행사하여 해당 토지등소유자가 사업용 건물을 양도하는 경우에는 같은 법 제9조에 따른 재화의 공급에 해당하는 것이며 공동사업자가 시공사 등으로부터 용역을 공급받으며 발급받은 세금계산서에 대하여 그 공급가액의 범위 내에서 실제 용역을 공급받은 토지등소유자에게 ｢부가가치세법 시행령｣ 제69조제15항에 따라 세금계산서를 발급한 경우로서 해당 매입세액이 토지등소유자의 과세사업과 관련된 매입세액인 경우 해당 토지등소유자는 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

 ○｢도시 및 주거환경정비법｣(이하 ⁠‘도시정비법’)의 개정으로 2016.3.2.부터 시장‧군수 등은 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 신탁업자를 재개발‧재건축사업(이하 ⁠“본건 정비사업”)의 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행할 수 있게 됨(도시정비법 §27)

 ○ 신탁업자가 지정개발자로서 정비사업을 시행하는 경우 정비구역 안에 소재한 토지 및 건축물의 소유자 또는 그 지상권자(이하 ⁠“토지등소유자”)는 신탁업자에게 개별적으로 토지 및 건물을 신탁하고

  -신탁업자는 정비사업을 시행하여 기존 건물을 철거, 새로운 건물을 신축한 후 관리처분계획에 따라 토지등소유자와 일반인에게 신축된 건물 등을 공급함

   * 신탁계약서 제1조(신탁목적)

 ○ 본건 토지등소유자들은 공동사업자에 해당하는 것으로 보아 사업자등록(이하 ⁠“본건 공동사업자”)을 하였음

  ※ 본건은 2019.12.31. 부가법 §10⑧ 개정 전 거래에 대한 질의임

2. 질의내용

 1. 도시정비법에 따라 재개발‧재건축사업의 시행자로 지정된 신탁업자가 토지등소유자와 신탁계약을 체결하고 정비사업을 시행하는 경우 부가가치세 납세의무자가 신탁업자인지 토지등소유자(공동사업자)인지

 2. 토지등소유자가 신탁업자에게 국민주택 외 건물을 신탁하는 경우 부가가치세 과세 여부

 3. 정비사업의 납세의무자가 관리처분계획에 따라 토지등소유자에게 공급하는 부동산의 부가가치세 과세 여부 및 분양가액이 당초 지분을 초과하는 경우 부가가치세 과세 여부

 4. 신탁업자가 매도청구 절차를 통해 토지등소유자로부터 국민주택 외 건물을 취득하는 경우 부가가치세 과세 여부

 5. 토지등소유자가 부가법상 사업자인 경우 세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제3조【납세의무자】

  다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가‧지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단‧재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

   1. 사업자

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

  ⑧ 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는 ｢신탁법｣ 제2조에 따른 위탁자(이하 "위탁자"라 한다)가 직접 재화를 공급하는 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 본다.

   1. 수탁자가 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 경우로서 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우

   2. 수탁자가 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제27조제1항 또는 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제19조제1항에 따라 지정개발자로서 재개발사업‧재건축사업 또는 가로주택정비사업‧소규모재건축사업을 시행하는 과정에서 신탁재산을 처분하는 경우 2019.12.31. 신설>

  ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 2017.12.19. 개정>

   4. 신탁재산의 소유권 이전으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

    가. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

    나. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

○ 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】

  ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

   4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

  ③ 제1항제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

   3. ｢도시 및 주거환경정비법｣, ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  ⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제69조【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

  ⑭ ｢전기사업법｣에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

  ⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 ｢국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률｣에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 ｢도시가스사업법｣에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다.

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 조세특례제한법 제104조의7【정비사업조합에 대한 과세특례】

  ② ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 ｢법인세법｣ 제1조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 ｢법인세법｣(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

  ③ 정비사업조합이 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은 ｢부가가치세법｣ 제9조 및 제10조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   8. "사업시행자"란 정비사업을 시행하는 자를 말한다.

   9. "토지등소유자"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 제27조제1항에 따라 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조제7항에 따른 신탁업자(이하 "신탁업자"라 한다)가 사업시행자로 지정된 경우 토지등소유자가 정비사업을 목적으로 신탁업자에게 신탁한 토지 또는 건축물에 대하여는 위탁자를 토지등소유자로 본다.

    가. 주거환경개선사업 및 재개발사업의 경우에는 정비구역에 위치한 토지 또는 건축물의 소유자 또는 그 지상권자

    나. 재건축사업의 경우에는 정비구역에 위치한 건축물 및 그 부속토지의 소유자

○ 도시 및 주거환경정비법 제25조【재개발사업‧재건축사업의 시행자】

  ① 재개발사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 시행할 수 있다.

   1. 조합이 시행하거나 조합이 조합원의 과반수의 동의를 받아 시장‧군수등, 토지주택공사등, 건설업자, 등록사업자 또는 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 시행하는 방법

  ② 재건축사업은 조합이 시행하거나 조합이 조합원의 과반수의 동의를 받아 시장‧군수등, 토지주택공사등, 건설업자 또는 등록사업자와 공동으로 시행할 수 있다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제27조【재개발사업‧재건축사업의 지정개발자】

  ① 시장‧군수등은 재개발사업 및 재건축사업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 토지등소유자, ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제2조제12호에 따른 민관합동법인 또는 신탁업자로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자(이하 "지정개발자"라 한다)를 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다.

   3. 제35조에 따른 재개발사업 및 재건축사업의 조합설립을 위한 동의요건 이상에 해당하는 자가 신탁업자를 사업시행자로 지정하는 것에 동의하는 때

  ⑤ 제2항에 따라 시장‧군수등이 지정개발자를 사업시행자로 지정‧고시한 때에는 그 고시일 다음 날에 추진위원회의 구성승인 또는 조합설립인가가 취소된 것으로 본다. 이 경우 시장‧군수등은 해당 지방자치단체의 공보에 해당 내용을 고시하여야 한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 시행령 제21조【지정개발자의 요건】

  법 제27조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

   3. 신탁업자로서 정비구역의 토지 중 정비구역 전체 면적 대비 3분의 1 이상의 토지를 신탁받은 자

○ 도시 및 주거환경정비법 제29조【계약의 방법 및 시공자 선정 등】

  ⑦ 제6항에 따라 시공자를 선정하거나 제23조제1항제4호의 방법으로 시행하는 주거환경개선사업의 사업시행자가 시공자를 선정하는 경우 제47조에 따른 주민대표회의 또는 제48조에 따른 토지등소유자 전체회의는 대통령령으로 정하는 경쟁입찰 또는 수의계약(2회 이상 경쟁입찰이 유찰된 경우로 한정한다)의 방법으로 시공자를 추천할 수 있다.

  ⑧ 제7항에 따라 주민대표회의 또는 토지등소유자 전체회의가 시공자를 추천한 경우 사업시행자는 추천받은 자를 시공자로 선정하여야 한다. 이 경우 시공자와의 계약에 관해서는 ｢지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률｣ 제9조 또는 ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제39조를 적용하지 아니한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제35조【조합설립인가 등】

  ⑥ 조합이 정비사업을 시행하는 경우 ｢주택법｣ 제54조를 적용할 때에는 조합을 같은 법 제2조제10호에 따른 사업주체로 보며, 조합설립인가일부터 같은 법 제4조에 따른 주택건설사업 등의 등록을 한 것으로 본다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제48조【토지등소유자 전체회의】

  ① 제27조제1항제3호에 따라 사업시행자로 지정된 신탁업자는 다음 각 호의 사항에 관하여 해당 정비사업의 토지등소유자(재건축사업의 경우에는 신탁업자를 사업시행자로 지정하는 것에 동의한 토지등소유자를 말한다. 이하 이 조에서 같다) 전원으로 구성되는 회의(이하 "토지등소유자 전체회의"라 한다)의 의결을 거쳐야 한다.

   1. 시행규정의 확정 및 변경

   2. 정비사업비의 사용 및 변경

   3. 정비사업전문관리업자와의 계약 등 토지등소유자의 부담이 될 계약

   4. 시공자의 선정 및 변경

   5. 정비사업비의 토지등소유자별 분담내역

   6. 자금의 차입과 그 방법‧이자율 및 상환방법

   7. 제52조에 따른 사업시행계획서의 작성 및 변경

   8. 제74조에 따른 관리처분계획의 수립 및 변경

   9. 제89조에 따른 청산금의 징수‧지급(분할징수‧분할지급을 포함한다)과 조합 해산 시의 회계보고

   10. 제93조에 따른 비용의 금액 및 징수방법

   11. 그 밖에 토지등소유자에게 부담이 되는 것으로 시행규정으로 정하는 사항

  ③ 토지등소유자 전체회의의 소집 절차‧시기 및 의결방법 등에 관하여는 제44조제5항, 제45조제3항‧제4항‧제6항 및 제7항을 준용한다. 이 경우 "총회"는 "토지등소유자 전체회의"로, "정관"은 "시행규정"으로, "조합원"은 "토지등소유자"로 본다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제53조【시행규정의 작성】

  시장‧군수등, 토지주택공사등 또는 신탁업자가 단독으로 정비사업을 시행하는 경우 다음 각 호의 사항을 포함하는 시행규정을 작성하여야 한다.

   1. 정비사업의 종류 및 명칭

   2. 정비사업의 시행연도 및 시행방법

   3. 비용부담 및 회계

   4. 토지등소유자의 권리‧의무

   5. 정비기반시설 및 공동이용시설의 부담

   6. 공고‧공람 및 통지의 방법

   7. 토지 및 건축물에 관한 권리의 평가방법

   8. 관리처분계획 및 청산(분할징수 또는 납입에 관한 사항을 포함한다). 다만, 수용의 방법으로 시행하는 경우는 제외한다.

   9. 시행규정의 변경

   10. 사업시행계획서의 변경

   11. 토지등소유자 전체회의(신탁업자가 사업시행자인 경우로 한정한다)

   12. 그 밖에 시‧도조례로 정하는 사항

○ 도시 및 주거환경정비법 제64조【재건축사업에서의 매도청구】

  ④ 제2항의 기간이 지나면 사업시행자는 그 기간이 만료된 때부터 2개월 이내에 조합설립 또는 사업시행자 지정에 동의하지 아니하겠다는 뜻을 회답한 토지등소유자와 건축물 또는 토지만 소유한 자에게 건축물 또는 토지의 소유권과 그 밖의 권리를 매도할 것을 청구할 수 있다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제74조【관리처분계획의 인가 등】

  ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장‧군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경‧중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장‧군수등에게 신고하여야 한다. 각호생략>

○ 도시 및 주거환경정비법 제86조【이전고시 등】

  ① 사업시행자는 제83조제3항 및 제4항에 따른 고시가 있은 때에는 지체 없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에서 정한 사항을 분양받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 해당 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전이라도 완공된 부분은 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 분양받을 자에게 소유권을 이전할 수 있다.

  ② 사업시행자는 제1항에 따라 대지 및 건축물의 소유권을 이전하려는 때에는 그 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시한 후 시장‧군수등에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제87조【대지 및 건축물에 대한 권리의 확정】

  ① 대지 또는 건축물을 분양받을 자에게 제86조제2항에 따라 소유권을 이전한 경우 종전의 토지 또는 건축물에 설정된 지상권‧전세권‧저당권‧임차권‧가등기담보권‧가압류 등 등기된 권리 및 ｢주택임대차보호법｣ 제3조제1항의 요건을 갖춘 임차권은 소유권을 이전받은 대지 또는 건축물에 설정된 것으로 본다.

  ② 제1항에 따라 취득하는 대지 또는 건축물 중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 ｢도시개발법｣ 제40조에 따라 행하여진 환지로 본다.

  ③ 제79조제4항에 따른 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 ｢도시개발법｣ 제34조에 따른 보류지 또는 체비지로 본다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제89조【청산금 등】

  ① 대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자는 제86조제2항에 따른 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액(이하 "청산금"이라 한다)을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다.

○ 도시개발법 제40조【환지처분】

  ① 시행자는 환지 방식으로 도시개발사업에 관한 공사를 끝낸 경우에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 공고하고 공사 관계 서류를 일반인에게 공람시켜야 한다.

  ⑤ 시행자는 환지처분을 하려는 경우에는 환지 계획에서 정한 사항을 토지 소유자에게 알리고 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 공고하여야 한다.

○ 도시개발법 제42조【환지처분의 효과】

  ① 환지 계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분이 공고된 날의 다음 날부터 종전의 토지로 보며, 환지 계획에서 환지를 정하지 아니한 종전의 토지에 있던 권리는 그 환지처분이 공고된 날이 끝나는 때에 소멸한다.

○ 민법 제703조【조합의 의의】

  ① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

○ 신탁법 제2조【신탁의 정의】

  이 법에서 "신탁"이란 신탁을 설정하는 자(이하 "위탁자"라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 "수탁자"라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 "수익자"라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다.

출처 : 국세청 2020. 08. 24. 서면-2018-법령해석부가-0369[법령해석과-2672] | 국세법령정보시스템