요지

조세특례제한법 제144조에 따라 발생한 이월세액의 경우, 조세특례제한법 제31조에 의거하여 통합법인은 승계가 가능한 것이나 거주자의 경우 승계가 가능하지 아니함

회신

귀 질의1의 경우, 거주자의 특정한 사업과 관련하여 발생한 ｢조세특례제한법｣ 제29조의7에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 같은 법 제132조에 따른 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은, 위 사업에 관한 권리와 의무를 일부 양도하더라도 같은 법 제29조의7 제2항에 해당하지 않는 경우에는 같은 법 제144조 제1항에 따라 이월하여 공제하는 것입니다.
질의 2의 경우, ｢조세특례제한법｣ 제29조의7 제1항에 따른 세액공제를 적용받고 있던 거주자가 기존사업장을 공동사업장으로 변경하는 경우로서 같은 법 제29조의7 제2항에 해당하지 않는 경우에는 해당 공동사업장의 손익분배비율에 의한 소득금액 상당액에 대하여 세액공제를 받을 수 있는 것입니다.
질의 3의 경우, ｢조세특례제한법｣ 제29조의7 제1항에 따른 고용증대세액공제를 적용함에 있어서 ｢소득세법｣제43조 제1항에 따른 공동사업장의 공동사업자별 상시근로자 수는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율에 따라 계산하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ◇◇◇◇는 ’01.6.20. 개인 단독사업장(aaa)으로 개업하였으나, ’19.1.1. 공동사업자로 변경함

  - ◇◇◇◇의 연도별 청년 외 상시근로자 수는 아래와 같음

◀◇◇◇◇의 연도별 상시근로자 수▶

  - 단독사업장이었을 때 당시 최저한세 적용 등으로 이월세액 존재

2. 질의내용

 ○단독사업장에서 공동사업장으로 변경되었을 경우 고용증대세액공제 계산 방법

  - ⁠(질의1) 단독사업장에서 공제 받지 못한 이월세액을 단독사업장의 대표가 받는 것인지 아니면 공동사업장의 대표들이 손익분배비율로 나누어 받는 것인지 여부

  - ⁠(질의2) 고용 유지된 2차 연도에 고용증대세액공제 계산 방법

  - ⁠(질의3) 공동사업장으로 변경된 해에 고용 증가된 인원(2명)에 대한 공동사업자별 고용증대세액공제 금액 계산 방법

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제29조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

  ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

   2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

    가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

  ② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제26조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

  ⑦ 법 제29조의7제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자 수, 청년등 상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.

   1. 상시근로자 수

   2. 청년 등 상시근로자 수

  ⑧ 제7항에 따른 상시근로자 수의 계산에 관하여는 제23조제11항 각 호 외의 부분 후단 및 같은 항 제2호를 준용한다.

  ⑨ 제7항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 제23조제13항을 준용한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

  ⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

   1. 창업(법 제6조제9항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0

   2. 법 제6조제9항제1호(합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.

    가. 해당 과세연도에 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우

 ○ 조세특례제한법 제31조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

  ⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

 ○ 조세특례제한법 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】

  ① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세, 같은 법 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 제100조의32에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

   3. 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4제1항 및 제126조의7제8항에 따른 세액공제금액

 ○ 조세특례제한법 제144조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】

  ① 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 7년, 제10조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 10년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

 ○ 소득세법 제43조【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

  ① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

  ② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

 ○ 소득세법 제87조【공동사업장에 대한 특례】

  ① 공동사업장에서 발생한 소득금액에 대하여 원천징수된 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

  ② 제81조제1항, 제3항부터 제7항까지 및 제9항부터 제11항까지의 규정과 「국세기본법」 제47조의5에 따른 가산세로서 공동사업장에 관련되는 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

  ③ 공동사업장에 대해서는 그 공동사업장을 1사업자로 보아 제160조제1항 및 제168조를 적용한다.

  ④ 공동사업자가 그 공동사업장에 관한 제168조제1항 및 제2항에 따른 사업자등록을 할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동사업자(출자공동사업자 해당 여부에 관한 사항을 포함한다), 약정한 손익분배비율, 대표공동사업자, 지분ㆍ출자명세, 그 밖에 필요한 사항을 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

 ○ 소득세법 제2조【납세의무】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

   1. 거주자

   2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인

 ○ 소득세법 제5조【과세기간】

  ① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.

  ② 거주자가 사망한 경우의 과세기간은 1월 1일부터 사망한 날까지로 한다.

  ③ 거주자가 주소 또는 거소를 국외로 이전(이하 "출국"이라 한다)하여 비거주자가 되는 경우의 과세기간은 1월 1일부터 출국한 날까지로 한다.

4. 관련사례

○ 사전-2023-법규소득-0267, 2023.6.22.

  귀 사전답변 신청의 경우, 거주자의 특정한 사업과 관련하여 발생한 ｢조세특례제한법｣제29조의7 및 같은 법 제30조의4에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 같은 법 제132조에 따른 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은, 위 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양도하더라도 같은 법 제29조의7제2항 및 같은 법 제30조의4제2항에 해당하지 않는 경우에는 같은 법 제144조제1항에 따라 이월하여 공제하는 것입니다.

○ 사전-2021-법규소득-1673, 2022.6.14.

  ｢조세특례제한법｣제6조를 적용함에 있어서 기존 사업장을 공동사업장으로 변경하면서 그 공동사업장의 구성원으로 참여하는 경우에는 창업에 해당하지 않고, 기존사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세에 대해 같은 조 제1항에 따른 세액(이하 ⁠“쟁점감면”)을 적용받고 있던 거주자가 기존사업장을 공동사업장으로 변경하는 경우로서 같은법 시행령 제5조 제2항 및 제3항에 해당하지 않는 경우에는 해당 공동사업장의 손익분배비율에 의한 소득금액 상당액에 대하여 쟁점감면을 적용받을 수 있는 것입니다.

○ 기준-2022-법무소득-0182, 2022.11.28.

  ｢조세특례제한법｣제29조의7 제1항 내지 제3항을 적용함에 있어 2이상의 사업장을 운영하는 내국인의 상시근로자수는 해당 거주자 및 내국법인의 전체 사업장을 기준으로 판단하는 것으로

  기존사업장에 공동사업 구성원으로 참여하는 경우에는 손익분배비율만큼 해당 사업을 양수하여 종사하던 상시근로자를 승계한 것으로 보아 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제23조 제13항을 준용하여 상시근로자의 수를 계산하는 것이나, 귀 자문신청과 같이 동일 과세기간에 공동사업 구성원으로 참여하였다가 탈퇴한 경우 해당 과세연도의 개시일에 상시근로자를 승계시킨 것으로 보아야 하므로 공동사업장의 상시근로자 수는 내국인의 상시근로자 수 계산에 영향을 미치지 않는 것입니다.

○ 서면-2021-법규소득-8159, 2023.1.11.

  귀 서면질의 신청의 경우, ｢조세특례제한법｣제29조의7 제1항에 따른 고용증대세액공제를 적용함에 있어서 ｢소득세법｣ 제43조 제1항에 따른 공동사업장의 공동사업자별 상시근로자 수는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율에 따라 계산하는 것이고, 공동사업자의 증가로 손익분배비율이 변경되는 경우에는 ｢조세특례제한법 시행령｣제23조 제13항 제3호 각 목외의 부분에 따라 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산하는 것입니다. 또한, 공동사업자의 증가에 따라 해당 과세연도의 손익분배비율이 감소한 기존 공동사업자의 위 법령에 따라 각각 계산한 해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도(최초로 공제받은 과세연도)에 비하여 감소하지 않는 경우, ｢조세특례제한법｣제29조의7 제2항이 적용되지 아니하는 것입니다.

출처 : 국세청 2025. 05. 12. 서면-2025-소득-0224 | 국세법령정보시스템