요지

비영리법인이 정부가 설립한 협력재단으로부터 사업에 소요되는 사업비를 지급받고 사업종료후 정산하여 반납함으로써 최종적으로 손익이 국가에 귀속되는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 않음

회신

｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따라 설립된 비영리법인인 ○○공단이 출연기관 및 ⁠「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」에 따라 정부가 설립한 대·중소기업·농어업협력재단(이하 ⁠‘협력재단’)과 체결한 ⁠‘농어촌상생협력기금 사업수행 협약’에 따라 농어촌상생협력기금사업을 수행하면서 협력재단으로부터 해당 사업에 소요되는 사업비를 지급받고 사업기간 종료 후 사업비를 정산하여 반납함으로써 해당 사업의 손익이 최종적으로 국가에 귀속되는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 않는 것임

1. 사실관계

○ ○○공단 ⁠「수산자원관리법」제55조의2에 따라 수산자원을 보호·육성하고 어장관리 및 기술을 연구, 개발, 보급하는 등 수산자원관리사업의 원활한 수행을 목적으로 2010.11.18. 정부가 설립하여 운영하는 비영리법인임

 ○ 질의법인은 국고보조금에 의해 자체 수행하는 국가사업과 지방자치단체 등 외부로부터 위탁받아 수행하는 수탁사업을 겸영하며

  - 수탁사업 중 업무대행비 성격의 대행수수료가 발생하는 사업은 수익사업으로 보아 법인세를 신고하고 있음

 ○ 질의법인은 □□공사 및 대·중소기업·농어업협력재단^*(이하 ⁠‘협력재단)과 체결한 농어촌상생협력기금^** 사업 협약(이하 ⁠‘본건 협약’)에 따라 ⁠「폐어구 분리수거 환경 조성 및 어촌특화 시설지원 사업」(이하 ⁠‘쟁점사업’)을 수행함

    * 「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」(이하 ⁠‘상생협력법’) 제20조제1항에 따라 정부가 설립

   ** 상생협력법에 따라 정부가 협력재단에 설치하며 협력재단은「자유무역협정 체결에 따른 농어업인등의 지원에 관한 특별법」 제18조의2에 따른 농어촌상생협력기금을 관리·운용

○ 질의법인은 협력재단이 상생협력법에 따라 조성한 기금을 본건 협약에 따라 사업비로 지급받아 쟁점사업을 수행하고, 사업기간 종료 후 사업비를 정산함

  - 정산 후 남은 잔액은 협력재단에 반납하며 별도로 수취하는 수수료는 없음

2. 질의내용

 ○ ○○수산자원공단이 수행하는 농어촌상생협력기금사업이 비영리법인의 수익사업에 해당하는지 여부

3. 관련법령

 ○ 법인세법 제3조 【납세의무자】

 ② 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

 ○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득(淸算所得)

  3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

  1. 축산업(축산 관련 서비스업을 포함한다) 외의 농업

  2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

    (이하생략)

○ 법인세법 제121조【계산서의 작성·발급 등】

 ①법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

○ 법인세법 제75조의8 【계산서 등 제출 불성실 가산세】

 ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

  4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 공급가액의 100분의 2(가목을 적용할 때 제121조제1항 후단에 따른 전자계산서를 발급하지 아니하였으나 전자계산서 외의 계산서를 발급한 경우와 같은 조 제8항에 따른 계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 사업연도 말의 다음 달 25일까지 같은 조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급한 경우는 100분의 1로 한다)

   가. 재화 또는 용역을 공급한 자가 제121조제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 같은 조 제8항에 따른 발급시기에 발급하지 아니한 경우

○ 법인세법 시행령 제120조 【가산세의 적용】

 ③ 법 제75조의5제1항 및 제75조의8제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

  1. 국가 및 지방자치단체

  2. 비영리법인(제3조제1항의 수익사업과 관련된 부분은 제외한다)

○ 수산자원관리법 제55조의2【한국수산자원공단】

 ① 정부는 수산자원을 보호·육성하고 어장관리 및 기술을 연구·개발·보급하는 등 수산자원관리 사업을 원활히 수행하기 위하여 한국수산자원공단(이하 ⁠“공단”이라 한다)을 설립·운영한다.

 ② 공단은 법인으로 한다.

 ③ 공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다. 다만, 취수시설(｢수도법｣ 제3조제7호 및 제8호에 따른 광역상수도 및 지방상수도의 취수시설을 말한다)로부터 상류로 유하거리(流下距離) 20킬로미터 이내에서 내수면 수산자원조성사업을 하는 경우에는 관계 부처의 장과 협의하여야 한다.

  1. 인공어초·바다숲·바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업

  2. 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업

  3. 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업

  4. 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업(제3조제5호에 따른 ｢내수면어업법｣의 내수면 수산자원조성사업을 포함한다)

  5. 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업

 ④ 공단의 설립과 운영에 드는 자금은 다음 각 호의 재원으로 충당한다.

  1. 정부의 출연금

  2. 정부의 보조금

  3. 정부, 지방자치단체 또는 민간의 용역 수행에 따른 수입금

  4. 그 밖의 수입금

○ 수산자원관리법 시행령 제47조의3 【공단의 사업】

 법 제55조의2제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

  1. 수산자원의 생태체험 및 이용사업

  2. 수산자원 브랜드의 가치 제고 및 관련 시설 운영 사업

  3. 수산자원관리 사업에 필요한 외국과의 교류ㆍ협력사업

  4. 수산자원 정보화사업

○ 수산자원관리법 제55조의6 【업무의 지도ㆍ감독】

 해양수산부장관은 제55조의2제3항 각 호에 따른 공단의 사업을 지도ㆍ감독하고, 필요하다고 인정하는 경우 공단의 업무ㆍ회계 및 재산에 관한 사항을 보고하게 하거나 소속 공무원으로 하여금 공단의 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사하게 할 수 있다.

○ 수산자원관리법 제61조 【수산자원의 조성 및 회복을 위한 사업 등의 위탁】

 ① 행정관청은 수산자원의 조성 및 회복을 위한 사업을 효율적으로 추진하기 위하여 해당 사업 중 인공어초 설치사업 등 대통령령으로 정하는 사업이나 해당 사업에 따라 설치된 시설ㆍ장비의 관리에 관한 업무를 공단 또는 해양수산부장관이 지정하는 기관ㆍ단체ㆍ협회에 대행하게 하거나 위탁할 수 있다.

 ② 지방자치단체는 제55조의2제3항제4호의 내수면 수산자원조성사업을 공단이 수행할 수 있도록 위탁할 수 있다.

 ③ 행정관청은 제1항 및 제2항에 따라 수산자원의 조성 및 회복을 위한 사업이나 시설ㆍ장비의 관리에 관한 업무를 대행하게 하거나 위탁하는 경우 그 사업비 또는 소요경비의 전부 또는 일부를 지원할 수 있다.

 ④ 제1항에 따른 수산자원의 조성 및 회복을 위한 사업의 대행 또는 위탁에 필요한 사항과 해당 사업을 대행하거나 위탁받을 기관ㆍ단체 또는 협회의 지정 등에 필요한 사항은 해양수산부령으로 정한다.

○ 대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제20조【대·중소기업·농어업협력재단의 설립】

 ① 정부는 대·중소기업 상생협력을 촉진하기 위하여 대·중소기업·농어업협력재단(이하 ⁠“재단”이라 한다)을 설립한다.

 ② 재단은 다음 각 호의 사업을 한다.

  1. 대ㆍ중소기업 간 협력사업의 개발 및 운영 지원

  2. 제9조에 따른 기술협력 촉진사업의 관리ㆍ운영 및 평가 지원

  3. 제17조에 따른 수탁기업협의회의 구성 및 운영 지원

  4. 제21조, 제22조, 제22조의2, 제23조, 제24조, 제24조의2 및 제25조에 따른 수탁ㆍ위탁거래의 공정화 지원

  5. 위탁기업과 수탁기업 간 분쟁의 자율적 조정 지원

  6. 제20조의5에 따른 대ㆍ중소기업상생협력기금의 관리ㆍ운용

  7. 「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제2조제19호에 따른 상생협력을 위하여 농림축산식품부장관과 해양수산부장관이 지정ㆍ위탁하는 사업 및 같은 법 제18조의2제1항에 따른 농어촌상생협력기금의 관리ㆍ운용

  8. 상생결제의 관리ㆍ운영 및 보급ㆍ확산 지원

  9. 그 밖에 중소벤처기업부장관이 지정ㆍ위탁하는 사업

 ③ 재단은 법인으로 하며, 이 법에 규정한 것을 제외하고는 ｢민법｣ 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.

 ④ 정부는 예산의 범위에서 재단의 설립과 운영에 필요한 자금을 지원할 수 있다.

 ⑤ 재단의 정관을 변경하려면 중소벤처기업부장관의 인가를 받아야 한다.

○ 대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제20조의5 【대ㆍ중소기업상생협력기금의 설치 등】

 ① 대ㆍ중소기업 간의 지속가능한 발전, 상생협력 촉진 및 동반성장을 통한 국민경제의 지속성장 기반을 마련하기 위하여 재단에 대ㆍ중소기업상생협력기금(이하 "상생협력기금"이라 한다)을 설치한다.

 ② 재단은 상생협력기금을 다른 회계와 구분하여 별도 회계로 관리ㆍ운용하여야 한다.

 ③ 상생협력기금은 내국법인 출연금 등으로 조성한다.

 ④ 제3항에 따라 출연하는 자는 그 용도와 사업을 지정할 수 있다. 이 경우 재단은 그 지정된 용도와 사업에 출연금 등을 사용하여야 한다.

 ⑤ 상생협력기금은 다음 각 호의 용도에 사용하여야 한다.

  1. 대ㆍ중소기업 간 상생협력 성과의 공평한 배분에 관한 사업

  2. 대ㆍ중소기업 간 기술협력 촉진 사업

  3. 대ㆍ중소기업 간 인력교류 확대 사업

  4. 대ㆍ중소기업 간 환경경영협력 촉진 사업

  5. 대ㆍ중소기업 간 임금격차 완화 및 일자리 창출 지원 사업

  6. 상생협력기금의 조성ㆍ운용 및 관리를 위한 경비

  7. 그 밖에 대ㆍ중소기업 간 협력을 위한 것으로서 대통령령으로 정하는 사업

○ 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 제18조의2【농어촌상생협력기금의 설치 등】

 ① 협정의 이행으로 피해를 입거나 입을 우려가 있는 농어업등·농어촌의 지속가능한 발전 및 민간기업등과 농어촌·농어업인 등 간의 상생협력 촉진을 위한 사업 등을 체계적으로 지원하기 위하여 농어촌상생협력기금(이하 "상생기금"이라 한다)을 설치한다.

 ② 상생기금은 ｢대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률｣ 제20조제1항에 따른 대·중소기업·농어업협력재단(이하 ⁠“재단”이라 한다) 내에 상생기금 운영위원회와 상생기금 운영본부를 설치하여 별도 회계로 관리·운용하여야 한다.

 ③ 상생기금은 정부 외의 자가 출연하는 현금이나 물품, 그 밖의 재산 등으로 조성한다.

 ④ 상생기금의 조성액 목표는 매년 1천억원으로 하고, 상생기금 조성액이 부족한 경우 정부는 그 부족분을 충당하기 위하여 필요한 조치를 하여 그 결과를 국회 농림축산식품해양수산위원회에 보고하여야 한다.

 ⑤ 제3항에 따라 출연하는 자는 그 용도와 사업을 지정하여 출연할 수 있다. 이 경우 재단은 그 지정된 용도와 사업에 정부 외의 자가 출연하는 현금이나 물품, 그 밖의 재산 등을 사용하여야 한다.

 ⑥ 상생기금은 다음 각 호의 용도에 사용하되, 재단은 상생기금이 지역 간 형평을 고려하여 사용되도록 노력하여야 한다.

  1. 농어업인 자녀를 대상으로 하는 교육ㆍ장학사업

  1의2. 「초ㆍ중등교육법」 제23조제2항에 따라 교육부장관이 정하는 교육과정 중 농림ㆍ해양ㆍ수산에 관한 과목을 편성ㆍ운영하는 학교, 「고등교육법」 제2조 각 호의 학교 중 농학ㆍ수의학ㆍ수산학 등 농어업 관련 학위과정을 운영하는 학교 및 농어촌 지역 학교와 학생을 대상으로 하는 교육ㆍ장학사업

  2. 의료서비스 확충, 문화생활의 증진 등 농어촌주민의 복지 증진에 관한 사업

  3. 정주 여건의 개선, 마을공동체 활성화, 경관 개선 등 농어촌 지역 개발 및 활성화 사업

  4. 농수산물 생산, 유통, 판매 등의 분야에서 민간기업등과 농어촌·농어업인등 간 서로의 이익을 증진하기 위하여 하는 공동 협력 사업

  5. 농업협동조합중앙회 및 수산업협동조합중앙회에서 발행하는 상품권 사업

  6. 상생기금의 조성ㆍ운용 및 관리를 위한 경비

  7. 그 밖에 민간기업등과 농어촌ㆍ농어업인등 간 상생협력 촉진에 필요한 것으로서 대통령령으로 정하는 사업

출처 : 국세청 2025. 05. 30. 서면-2023-법규법인-2350 | 국세법령정보시스템