제주특별자치도 개발사업 매매토지의 비사업용 토지 적용 관련 유권해석

요지

토지보상법 및 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용되는 토지가 아닌 경우 비사업용토지에서 무조건 제외되는 토지에 해당하지 않으며, 사업용으로 보는 건축중인 토지 판단시 건축주체가 토지소유자인지 여부와는 관계없음

회신

1.「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제229조에 따라 사업시행승인을 받은 사업시행자에게 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에서 정한 협의의 절차 및 방법을 거치지 않고 당사자간 매매계약에 따라 양도한 토지는 ⁠「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 제3호가 적용되지 않는 것입니다.
2.토지소유자가 건설에 착공하지 않고 사업시행자가 건설에 착공한 경우 해당 토지가 ⁠「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호에 해당하는지 여부는 기획재정부 예규(재산세제과-541, 2009.03.20.)를 참고하시기 바랍니다.
* 재산세제과-541, 2009.03.20.
지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하고 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 착공주체에 관계없이 ⁠「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제5호가 적용되는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 2008.11.20. ◉◉◉ 유원지 개발사업시행승인고시

  - 제주특별자치도 특별법 제229조 및 ⁠「제주특별자치도 개발사업시행승인 등에 관한 조례」제20조에 따라 ◉◉◉ 유원지 개발사업시행승인 사항이 고시됨

  - 사업시행자 : ◈◈◈◈◈개발(주) ⁠(현재 ×××개발(주))

  - 사업장 위치 : ×××시 ××동 399번지 일원(면적 : 107,811㎡)

 ○ 2010.11.05. ×××시 ××동 399번지 일원 ◉◉◉ 유원지 개발사업 착공신고서 수리

 ○ 2015.04.01. ××국 재외국민인 ☆☆☆는 보유중인 부동산을 ◈◈◈◈◈개발(주)에게 양도하는 매매계약을 체결함

  - 양도물건 : ×××시 ××동 375 외 43필지 41,693㎡

  - 매매가액 : ×××백만원

 ○ ☆☆☆는 2012.8.6. 퇴임전 ◈◈◈◈◈개발(주)의 대표이사였고, ◈◈◈◈◈개발(주)의 주주는 ××기업인 ⁠(주)▽▽▽▽▽임(100%)

 ○ 2015.04.29. ☆☆☆는 양도소득세 예정신고를 하면서 유원지 개발사업부지에 해당하는 면적 41,418㎡에 대하여 장기보유특별공제(30%)를 적용하였음(장기보유특별공제액 : 1,053백만원)

2. 질의내용

 ○ ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」(이하 ⁠“제주특별자치도 특별법”이라 함)제229조 등에 따라 유원지 개발사업 시행승인을 받은 사업시행자에게 매매로 소유권을 이전하고 토지소유자가 아닌 사업시행자가 건설에 착공한 경우 해당토지의

  - 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 적용여부

  - 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호 적용여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

 8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지:제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율

○ 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

 2. 토지를 취득한 후 ⁠「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

 3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지 : 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

 4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

 1. 2006년 12월 31일 이전에 상속받은 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

 1의2. 직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지·임야 및 목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속·증여받은 토지. 다만, 양도 당시 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(녹지지역 및 개발제한구역은 제외한다) 안의 토지는 제외한다.

 2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

 3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말하고, 법 제97조의2 제1항을 적용받는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지

 4. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 농지

  가. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

  나. 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 토지

 5. 그 밖에 공익·기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 소득세법 시행규칙 제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

 5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

 2. "공익사업"이라 함은 제4조 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조【공익사업】 이 법에 의하여 토지등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각호의 1에 해당하는 사업이어야 한다.

 8. 그 밖에 다른 법률에 의하여 토지등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제14조【토지조서 및 물건조서의 작성】

① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조에 따른 사업인정 전에 협의에 의한 토지등의 취득 또는 사용이 필요할 때에는 토지조서와 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자와 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 이 경우 사업시행자는 해당 토지조서와 물건조서에 그 사유를 적어야 한다.

 1. 토지소유자 및 관계인이 정당한 사유 없이 서명 또는 날인을 거부하는 경우

 2. 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소·거소를 알 수 없는 등의 사유로 서명 또는 날인을 받을 수 없는 경우

② 토지와 물건의 소재지, 토지소유자 및 관계인 등 토지조서 및 물건조서의 기재사항과 그 작성에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제15조 【보상계획의 열람 등】

① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서와 물건조서를 작성하였을 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기·방법 및 절차 등이 포함된 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, 시장·군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자와 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다.

② 사업시행자는 제1항에 따른 공고나 통지를 하였을 때에는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 다만, 사업지역이 둘 이상의 시·군 또는 구에 걸쳐 있거나 사업시행자가 행정청이 아닌 경우에는 해당 특별자치도지사, 시장·군수 또는 구청장에게도 그 사본을 송부하여 열람을 의뢰하여야 한다.

③ 제1항에 따라 공고되거나 통지된 토지조서 및 물건조서의 내용에 대하여 이의(이의)가 있는 토지소유자 또는 관계인은 제2항에 따른 열람기간 이내에 사업시행자에게 서면으로 이의를 제기할 수 있다.

④ 사업시행자는 해당 토지조서 및 물건조서에 제3항에 따라 제기된 이의를 부기(부기)하고 그 이의가 이유 있다고 인정할 때에는 적절한 조치를 하여야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제16조 【협의】

사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제17조 【계약의 체결】

사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조【사업인정】

① 사업시행자는 제19조의 규정에 따라 토지등을 수용 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 사업인정을 신청하고자 하는 자는 국토해양부령이 정하는 수수료를 납부하여야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행령 제8조 【협의의 절차 및 방법 등】

① 사업시행자는 법 제16조에 따른 협의를 하려는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 보상협의요청서에 다음 각 호의 사항을 적어 토지소유자 및 관계인에게 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소ㆍ거소 또는 그 밖에 통지할 장소를 알 수 없을 때에는 제2항에 따른 공고로 통지를 갈음할 수 있다.

 1. 협의기간ㆍ협의장소 및 협의방법

 2. 보상의 시기ㆍ방법ㆍ절차 및 금액

 3. 계약체결에 필요한 구비서류

② 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공고는 사업시행자가 공고할 서류를 토지등의 소재지를 관할하는 시장(행정시의 시장을 포함한다)ㆍ군수 또는 구청장(자치구가 아닌 구의 구청장을 포함한다)에게 송부하여 해당 시(행정시를 포함한다)ㆍ군 또는 구(자치구가 아닌 구를 포함한다)의 게시판에 14일 이상 게시하는 방법으로 한다.

③ 제1항 제1호에 따른 협의기간은 특별한 사유가 없으면 30일 이상으로 하여야 한다.

④ 법 제17조에 따라 체결되는 계약의 내용에는 계약의 해지 또는 변경에 관한 사항과 이에 따르는 보상액의 환수 및 원상복구 등에 관한 사항이 포함되어야 한다.

⑤ 사업시행자는 제1항 제1호에 따른 협의기간에 협의가 성립되지 아니한 경우에는 국토교통부령으로 정하는 협의경위서에 다음 각 호의 사항을 적어 토지소유자 및 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다. 다만, 사업시행자는 토지소유자 및 관계인이 정당한 사유 없이 서명 또는 날인을 거부하거나 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소ㆍ거소, 그 밖에 통지할 장소를 알 수 없는 등의 사유로 서명 또는 날인을 받을 수 없는 경우에는 서명 또는 날인을 받지 아니하되, 해당 협의경위서에 그 사유를 기재하여야 한다.

 1. 협의의 일시ㆍ장소 및 방법

 2. 대상 토지의 소재지ㆍ지번ㆍ지목 및 면적과 토지에 있는 물건의 종류ㆍ구조 및 수량

 3. 토지소유자 및 관계인의 성명 또는 명칭 및 주소

 4. 토지소유자 및 관계인의 구체적인 주장내용과 이에 대한 사업시행자의 의견

 5. 그 밖에 협의와 관련된 사항

○ 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제229조 【개발사업의 시행승인 등】

① 개발사업을 시행하고자 하는 자는 도지사의 시행승인을 얻어야 한다. 다만, 개발사업의 시행자가 국가 또는 개발센터인 경우에는 도지사의 의견을 들어야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 도지사의 시행승인을 얻거나 의견을 들어야 하는 개발사업의 범위는 도조례로 정한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 개발사업의 시행승인을 얻고자 하는 자 또는 의견을 듣고자 하는 자는 도조례가 정하는 바에 의하여 사업계획과 첨부서류 등을 작성하여 도지사에게 제출하여야 한다.

⑫ 도지사가 개발사업의 시행승인을 하는 경우에는 도조례가 정하는 바에 의하여 이를 고시하여야 한다. 시행승인을 받은 개발사업의 내용을 변경하는 경우에도 또한 같다.

○ 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제230조 【인ㆍ허가 등의 의제】

① 개발사업을 시행하고자 하는 자가 제229조에 따른 개발사업의 시행승인을 얻거나 의견을 들은 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의ㆍ신고 등(이하 "허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제229조 제12항에 따른 개발사업의 시행승인 고시가 있은 때에는 관계 법률에 의한 허가등의 고시ㆍ공고 등이 있은 것으로 본다.

 36. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항에 따른 사업인정

○ 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제233조 【제한적 토지수용】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업시행자(제229조 제1항의 규정에 의하여 개발사업의 시행승인을 얻거나 도지사의 의견을 들은 자를 말한다)는 사업대상 토지면적 중 국ㆍ공유지를 제외한 토지의 3분의 2이상을 소유하고 토지소유자 총수의 2분의 1이상의 동의를 받고, 개발사업에 따른 사업규모가 도조례로 정하는 일정 면적 이상인 경우에는 개발사업에 필요한 토지ㆍ건물 또는 토지에 정착한 물건과 이에 관한 소유권 외의 권리(이하 이 조에서 "토지등"이라 한다)를 수용 또는 사용할 수 있다.

 1. 제266조 제1항의 규정에 의한 개발센터시행계획에 의한 개발사업을 시행하는 개발센터

 2. ⁠「관광진흥법」제2조 제7호의 규정에 의한 관광단지의 사업시행자

 3. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제6호의 규정에 의한 기반시설 중 유원지시설에 대한 사업시행자

② 제229조 제12항에 따른 고시가 있는 때에는 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다. 다만, 재결의 신청은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제23조제1항 및 제28조제1항에도 불구하고 개발사업의 시행기간 내에 이를 할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 의한 수용 또는 사용에 대하여는 이 법에 규정된 사항을 제외하고는 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다.

○ 제주특별자치도 개발사업시행 승인 등에 관한 조례 제20조(개발사업의 시행 승인 고시)

① 법 제229조 제11항에 따라 개발사업의 시행승인을 한 때에는 다음 각 호의 내용을 공보나 인터넷 등에 고시하여야 한다.

 1. 사업시행지의 위치

 2. 사업의 종류 및 명칭

 3. 면적 또는 규모(토지조서 포함)

 4. 사업시행자의 성명, 주소(법인인 경우에는 법인의 명칭, 주소와 대표자의 성명, 주소)

 5. 사업의 착수예정일과 완료예정일

 6. 사업시행지의 위치도 및 계획 평면도

 7. 공사설계도(「건축법」제25조에 따라 건축협의를 하여야 하는 사업인 경우에는 개략 설계도서)

 8. 그 밖에 필요한 사항

② 법 제229조 제9항에 따라 개발사업 변경승인을 한 경우에도 제1항의 사항을 준용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경미한 사항의 변경인 경우에는 그러하지 아니 하다.

 1. 개발사업시설계획면적이 100분의 20 이내의 변경

 2. 개발사업시설계획중 시설지구별 토지이용계획면적의 100분의 30 이내의 변경

 3. 개발사업시설계획중 시설지구별 건축연면적의 100분의 30 이내의 변경

③ 법 제233조 제1항에 따라 제한적 토지수용대상 개발사업인 경우에는 수용 또는 사용할 토지․건물의 소재지․지번․지목 및 면적, 소유권과 소유권외의 권리의 명세 및 그 소유자, 권리자의 주소․성명을 제1항에 포함하여 고시하여야 한다.

출처 : 국세청 2015. 09. 22. 기준-2015-법령해석재산-0177[법령해석과-2422] | 국세법령정보시스템