고용증대세액공제 이월공제 및 상시근로자 감소시 추가납부 여부

요지

고용증대세액공제를 받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 기간 중 상시근로자 수가 감소되지 않은 경우에는 조세특례제한법 제30조의4제3항을 적용하지 아니하는 것임

회신

조세특례제한법 ⁠(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제30조의4제1항에 따라 고용증대세액공제를 받은 중소기업은 공제받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 기간 중 상시근로자 수가 공제받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 그 감소된 과세연도의 과세표준 신고시 같은 법 제30조의4제3항 각 호에 따라 계산한 금액(최저한세 적용으로 공제받지 못하고 이월된 세액이 있는 경우에는 이월된 세액을 차감한 후의 금액)을 법인세로 납부하여야 하는 것임
귀 서면질의의 경우, 고용증대세액공제를 받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 기간 중 상시근로자 수가 감소되지 않은 2010년 세액공제분에 대하여는 조세특례제한법 제30조의4제3항을 적용하지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○ ⁠(주)00000은 구 조세특례제한법(2011.12.31. 개정되기 전) 제30조의4제1항제1호 및 제2호에 따라 2010년부터 2011년 중 고용증대세액을 계산하여 다음과 같이 공제를 받음

  -2010년 중 1호에 따른 발생분으로 계산된 세액 36백만원

  -2011년 중 2호에 따른 발생분으로 계산된 세액 30백만원

    *2013년은 2011년 대비 25명 감소(2012년은 2010년, 2011년 대비 증가)

   ** 2010년 발생분 36백만원(’10년 34백만원, ’11년 2백만원 각각 공제)

    2011년 발생분 30백만원(’11년 20백만원, ’12년 5백만원 각각 공제)

2. 질의내용

(질의1) 조세특례제한법(2011.12.31. 개정전) 제30의4가 삭제되면서 별도 경과규정이 없음에도 상시근로자 수가 공제받은 사업연도보다 감소한 경우 추가 납부세액을 계산하여 납부하여야 하는지

(질의2) 2010년 및 2011년 각각 고용증대세액 공제를 받은 중소기업이 2013년에 상시근로자수가 감소한 경우 2010년 공제세액에 대하여도 추가 납부하여야 하는 것인지 여부

3. 관련 법령

 ○ 조세특례제한법 제30조의4【고용증대세액공제】(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정전)

 ① 중소기업이 2010년 3월 1일부터 2011년 6월 30일까지의 기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 상시근로자 수(그 수가 음수이면 영으로 본다)에 300만원을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 2010년 3월 1일부터 2010년 3월 1일이 속하는 과세연도 종료일까지의 상시근로자 수 - 직전 과세연도의 상시근로자 수

  2. 2010년 3월 1일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 2011년 6월 30일(2010년 3월 1일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도가 2011년 6월 30일 이전에 종료하는 경우에는 그 종료일)까지의 상시근로자 수 - 직전 과세연도의 상시근로자 수

 ② 생략

 ③ 제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 공제를 받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 기간 중 각 과세연도의 상시근로자 수가 공제를 받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 그 감소된 과세연도의 과세표준을 신고할 때 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액(제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액으로 한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

 1. 제1항에 따라 공제를 받은 과세연도(제1항제1호 및 제2호에 따라 각각 공제를 받은 경우에는 제2호에 따라 공제를 받은 과세연도로 한다)보다 감소한 상시근로자 수 × 300만원

 2. 공제를 받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우 2번째 과세연도에는 직전연도 대비 감소한 상시근로자 수 × 300만원

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑤ 제1항을 적용받고자 하는 중소기업은 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 제출하여야 한다.

○부칙

   제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제119조제1항제10호 및 제120조제1항제9호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다.

   제3조(고용증대세액공제에 관한 적용례) 제30조의4의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

○조세특례제한법 제27조의4【고용유지중소기업 등에 대한 과세특례 및 고용증대세액공제 적용 시 상시근로자의 범위 등】(2011.12.31. 개정전)

⑦ 법 제30조의4제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 상시근로자는 ｢근로기준법｣에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.

 1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자. 다만, 근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다.

 2. ｢근로기준법｣ 제2조제1항제8호에 따른 단시간근로자. 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 제외한다.

 3. ｢법인세법 시행령｣ 제20조제1항제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 임원

 4. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자

 5. 제4호에 해당하는 자의 직계존비속 및 친족(｢국세기본법 시행령｣제20조제1호부터 제8호까지의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다)과 그 직계존비속의 배우자

 6. ｢소득세법 시행령｣ 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 보험료 등의 납부사실도 확인되지 아니하는 자

 가. ｢국민연금법｣ 제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금

 나. ｢국민건강보험법｣ 제62조에 따른 직장가입자의 보험료

⑧ 법 제30조의4제1항 및 제3항에 따른 상시근로자 수는 다음의 계산식에 따라 계산한다. 다만, 제7항제2호 단서에 따른 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.

⑨ 제8항에 따라 계산한 상시근로자 수 중 100의 1 미만 부분은 없는 것으로 본다.

⑩ 법 제30조의4제1항 각 호에 따라 상시근로자 수 증가분을 계산할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 기업의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

 1. 창업(법 제6조제6항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우: 0

 2. 법 제6조제6항제1호(합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 승계한 기업의 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계받은 상시근로자 수를 더한 수

 가. 해당 과세연도에 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계한 경우

 나. 제11조제1항에 따른 특수관계자로부터 상시근로자를 승계한 경우

○ 조세특례제한법 제30조의4 【중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제】(2011.12.31. 개정후)

 ① 중소기업이 2013년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

○ 조세특례제한법 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】

① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 ｢법인세법｣ 제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(｢법인세법｣ 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

 3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25 및 제126조의7제8항에 따른 세액공제금액

○ 조세특례제한법 제144조【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 ｢소득세법｣ 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

3. 관련 법령

○ 서면2팀-795, 2007.4.30

   ｢조세특례제한법｣(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제30조의 4 규정에 의한 고용증대특별세액공제액 중 같은 법 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 같은 법 제144조 제1항의 규정에 의하여 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 이를 공제할 수 있는 것임

○ 서면1팀-37, 2007.1.5.

   조세특례제한법 제30조의 4(2005.12.31 삭제전 고용증대특별세액공제)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내 종료하는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 한함)에서 공제받을 수 있는 것으로,

   귀 질의의 경우 공동사업 탈퇴한 구성원의 이월된 고용증대특별세액공제액도 당해 거주자의 소득세(사업소득에 한함)에서 이월공제가 가능한 것임

○ 서이46012-10797, 2003.4.17.

   2000년 12월 29일 법률 제6297호로 개정되기 전 조세특례제한법 제27조 “중고설비투자에 대한 세액공제” 및 제144조 ⁠“세액공제액의 이월공제” 규정을 적용함에 있어서 2000.12.31. 이전에 종료하는 사업연도에 발생한 중고설비투자에 대한 세액공제액이 최저한세의 적용 등으로 2001.1.1.이후 개시하는 사업연도로 이월된 경우,

   동 이월공제세액은 공제할 세액이 발생한 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 공제받을 수 있는 것임

○대법원2013두14665, 2013.11.15. ⇦ 서울고등법원2012재누110 2013.6.26.

   이 사건 부칙규정은 이 사건 일부 개정 조감법의 다른 규정과 마찬가지로 이 사건 적용례 규정이 신법인 이 사건 전부 개정 조감법의 적용대상으로 규정하지 아니한 1994. 1. 1. 전에 개시된 사업연도분 법인세의 과세와 관련 하여서는 이 사건 전부 개정 조감법의 시행 이후에도 여전히 효력을 유지하고 있다고 할 것이므로

   원고와 같이 1991. 1. 1. 전에 구 조감법 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인이 최종상장기한인 2003. 12. 31. 이전에 재평가를 취소한 경우에는 이 사건 전부 개정 조감법의 시행 이후에도 이 사건 부칙 규정을 적용하여 과세할 수 있음 ⇦ 재평가 취소사유

○대구고등법원2006누652, 2009.4.3.

   개정법률이 전문개정인 경우 종전 부칙도 실효됨이 원칙이나 특별한 사정이 있는 경우 그 효력이 상실되지 않으며,

   이를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단함

출처 : 국세청 2014. 04. 29. 서면법규과-438 | 국세법령정보시스템