장기임대주택 부수토지 일부 분할수용 시 양도세 감면 적용 여부

요지

장기임대주택의 부수토지 중 일부가 분할되고 분할된 토지만이 수용된 경우 분할된 토지의 양도소득에 대하여 양도소득세 감면규정을 적용할 수 없음

회신

 ⁠「조세특례제한법」제97조 제1항의 장기임대주택 요건을 갖춘 임대주택을 계속하여 임대하는 경우로서 해당 임대주택의 부수토지 중 일부가 분할되고 분할된 토지만을 양도(협의매수)하는 경우 분할된 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 같은 조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용받을 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 1987.6월 : 갑은 경기도 ××시 ××구 ××동 416-2 대지(652.6㎡)를 취득함(이하 ⁠“A토지”라 함)

 ○ 1996.5월 : A토지 지상에 B집합건물 착공 및 사업자등록(부동산/점포임대)

 ○ 1996.11월 : A토지 지상에 B집합건물 준공 및 임대개시

 * 다세대주택 면적 : 428.44㎡, 사무실 면적 : 214.22㎡, 대지면적은 층별 대지권 지분비율에 따른 것임

 ○ 1997.5월 : 주택임대신고서 제출(다세대주택 14세대는 국민주택규모 이하임)

 ○ 1999.11월 : ××시에 주택임대업자로 등록

 ○ 2004.3월 : 관할 세무서에 사업자등록 정정신고(주택임대 추가)

 ○ 2005.8월 : 갑은 B집합건물의 1층 1/2을 배우자(을)에게 증여

 ○ 2013.10월 : B집합건물의 부수토지인 A토지 일부가 C토지(47.8㎡)로 분할되었으며, 분할된 내용은 아래와 같음(건물은 변동없음)

   * 분할후 각 층별 A토지 면적 : 분할후 A토지 총 면적×분할후 지분율

   * C토지(분할후) = 분할전 A토지 - 분할후 A토지(각 층별 분할전후 지분율 변동에 따른 면적 차이임)

  - 분할 후 C토지의 소유자 : 갑 40.0㎡, 을 7.8㎡

 ○ 2014.11월 : ××시가 C토지(47.8㎡)를 협의취득함

 ○ 2015.5월 : B집합건물(부수토지 포함) 일괄 양도(50억원 상당)

  - 양도가액은 각 호별로 감정평가한 가액을 기준으로 구분기장함

2. 질의내용

 ○ 장기임대주택의 부수토지가 분할된 후 분할된 토지가 협의취득으로 소유권 이전된 경우 해당 토지 양도에 대하여 조특법 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)에 따른 양도소득세 감면 적용 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, ⁠「임대주택법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

 1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

 2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는「소득세법 시행령」제122조 제4항 및 제5항을 준용한다.

③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 1. ⁠「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증

 2. 임대차계약서 사본

 3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

 4. 삭제

 5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

 2. 삭제

 3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

 3의2. 삭제

 4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

 5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

⑥ 법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기부 등본 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다.

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

  가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수・수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

○ 소득세법 시행규칙 제72조 【1세대1주택의 특례】

② 영 제154조제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조제1항 제3호 가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.

○ 임대주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. "임대주택"이란 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

 2. "건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

  가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택[임대사업자가 토지를 임차하여 건설ㆍ임대하는 주택(이하 "토지임대부 임대주택"이라 한다)을 포함한다]

  나. 「주택법」 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조에 따른 임대사업자 등록을 마치고 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택

○ 임대주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

○ 임대주택법 시행령 제7조 【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】

① 법 제6조제1항에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(戶數) 또는 세대를 말한다.

 1. 건설임대주택의 경우 : 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

 2. 매입임대주택의 경우 : 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대

출처 : 국세청 2015. 06. 30. 서면-2015-법령해석재산-0213 | 국세법령정보시스템