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환지청산금의 양도소득세 과세 및 자경농지 감면 인정범위

부동산납세과-420  ·  2014. 06. 13.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금이 양도소득세 과세대상인지와, 자경농지 해당 시 환지예정지 지정 후 기간에 따라 양도소득세 감면 범위가 어떻게 되는지요?

S요약

환지처분에 따라 교부받는 환지청산금은 토지 면적 감소에 따른 것으로 “양도”에 해당하여 양도소득세 과세대상이 될 수 있으며, 자경농지 감면 적용도 환지예정지 지정일부터 3년 경과한 경우엔 특정 범위까지 감면이 가능하다고 판단됩니다.
#환지청산금 #양도소득세 #자경농지 #감면 요건 #환지처분 #소득세법
핵심 정리

R회신 내용 부동산납세과-420  ·  2014. 06. 13.

  • 국세청 부동산납세과-420(2014.06.13) 회신 근거입니다.
  • 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금(금전청산금 및 감환지에 대한 청산금)은 환지처분 대상 토지 전부 중 환지청산금 수령분, 또는 권리면적에서 감소된 부분에 대해 “양도”로 보아 양도소득세 과세대상임을 명확히 하고 있습니다.
  • 단, 도시개발법 등 환지처분에 따른 지목·지번 변경이나 보류지 충당은 양도로 보지 않으나, 면적이 줄고 금액 청산이 있는 부분은 양도에 해당함을 확인하였습니다.
  • 자경농지 양도소득세 감면에 관해서는, 환지예정지 지정일부터 3년이 지나 환지처분에 따라 교부된 환지청산금에 해당하는 부분만 조세특례제한법 제69조 단서에 따라 양도소득세 감면 가능하다고 하였습니다.
  • 관련 부동산납세과-249(2014.04.14) 해석례와 마찬가지로, 환지예정지 지정일로부터 3년이 경과된 후 환지처분에 따라 청산금을 교부받는 경우 일정 소득까지만 감면을 인정한다고 하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 소득세법 제88조: 환지처분에 따른 지목·지번 변경, 보류지 충당은 양도 아님. 다만 토지 면적 감소로 환지청산금 교부 시 양도 해당
  • 소득세법 시행령 제162조: 환지처분으로 면적 감소된 토지의 양도시기는 환지처분 공고 다음날
  • 조세특례제한법 제69조: 자경농지 양도 시 거주‧경작 기간 등 요건 충족 시 양도소득세 감면, 단서에 따라 환지예정지 지정일부터 3년 경과 등 일정 소득만 감면
  • 조세특례제한법 시행령 제66조: 자경농지 감면대상, 감면 범위 및 제외되는 토지·소득 명확화
사례 Q&A
1. 환지처분에 따른 환지청산금은 양도소득세 과세대상인가요?
답변
네, 환지처분으로 교부받는 환지청산금은 토지 면적이 감소하여 청산금을 받는 부분에 한해 “양도”로 간주되므로 양도소득세 과세대상입니다.
근거
소득세법 제88조, 국세청 부동산납세과-420(2014.06.13) 회신에 따라, 단순 지번·지목 변경이나 보류지는 제외되나 환지청산금은 과세 대상입니다.
2. 자경농지라면 환지청산금도 양도소득세 감면이 가능한가요?
답변
자경농지에 해당하더라도 환지예정지 지정일부터 3년이 경과한 후 발생한 소득에 한해 환지청산금의 양도소득세가 감면될 수 있습니다.
근거
조세특례제한법 제69조 단서와 같은 법 시행령 제66조에 따라, 일정 기간이 경과한 후의 소득만 감면 적용이 가능합니다.
3. 환지예정지 지정 후 3년이 지나야 환지청산금 감면이 되나요?
답변
네, 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하여 환지처분에 따라 교부받은 환지청산금에 한해서만 양도소득세 감면 적용이 가능합니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제66조 및 국세청 기존 유권해석에 따라 3년 경과 요건 충족이 필수입니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

환지예정지 지정일부터 3년이 경과하여 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 ⁠「조세특례제한법」제69조제1항 단서에서 정한날까지 발생한 소득에 대하여 양도소득세액을 감면하는 것임

회신

1. 귀 질의 1)의 경우 ⁠「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우에는 ⁠「소득세법」 제88조제1항에 따른 양도로 보지 아니하는 것이나, 환지처분대상 토지 전부에 대하여 환지청산금을 교부받거나 환지처분에 따라 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 따른 권리면적보다 감소하여 환지청산금 교부 대상인 부분은 ⁠“양도”에 해당하는 것입니다.

2. 귀 질의 2)의 경우 기존해석사례(부동산납세과-249,2014.04.14)를 참고하시기 바랍니다.
○ 부동산납세과-249 ⁠(2014.04.14)
「조세특례제한법」제69조제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어「도시개발법」및 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하여 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 ⁠「조세특례제한법」제69조제1항 단서에서 정한날까지 발생한 소득에 대하여 양도소득세액을 감면하는 것입니다

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

  ○ 사실관계

- 충남 아산시 배방읍 ○○리 일대 369,789㎡ 도시개발사업 시행

  * 충청남도 고시 제2009-304호(「도시개발법 제3조, 제4조, 제17조)

- 2010.01.13 환지예정지 지정통보(「도시개발법」)

  * 환지예정지 지정의 효력 발생시기는 2010년1월13일

  ○ 질의내용

   질의1) 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금(금전청산금 및 감환지에 대한 청산금)이 양도소득세 과세대상인지

   질의2) 환지청산금(금전청산금 및 감환지에 대한 청산금) 대상토지가 자경농지인 경우 환지예정지 지정이후 경과기간에 관계없이 양도소득세를 감면 받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

   소득세법 제88조 【양도의 정의】

    ① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(「상속세 및 증여세법」 제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

    ② ⁠「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우에는 제1항에 따른 양도로 보지 아니한다.

    ○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

    자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

   소득세법 시행령 제152조 【환지등의 정의】

    ① 법 제88조제2항에서 "환지처분"이란 ⁠「도시개발법」에 의한 도시개발사업, ⁠「농어촌정비법」에 의한 농업생산기반 정비사업 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료후에 사업구역내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할ㆍ합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다.

    ② 법 제88조제2항에서 "보류지(보류지)"란 제1항에 따른 사업시행자가 해당 법률에 따라 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 다음 각 호의 토지로 사용하기 위하여 보류한 토지를 말한다.

    1. 해당 법률에 따른 공공용지

    2. 해당 법률에 따라 사업구역 내의 토지소유자 또는 관계인에게 그 구역 내의 토지로 사업비용을 부담하게 하는 경우의 해당 토지인 체비지

    ○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

    ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

    1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

    2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

    3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

    4.~8. 생략

    9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

    조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

    ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

    ② 생략

    ③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

    ○ 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

    ① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

    1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

    2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

    3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

    ② 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

    ③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란 ⁠「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.

    ④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

    1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

    가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

    나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

    다. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

    2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

    ⑤ ~⑥ 생략

    ⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다.

   양도소득금액 × ⁠(주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) - ⁠(취득당시의 기준시가)

   ⑧ 생략

   ⑨ 법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

 나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

    ○ 재일46014-1173 ⁠(1997.05.13)

     [ 회 신 ]

    부동산의 양도에 따른 양도차익을 계산함에 있어 적용할 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한날이 되는 것이므로 귀 문의 경우 환지청산금의 잔금을 정산한 날이 양도시기.

    ○부동산거래관리과-444 ⁠(2010.03.22)

     [ 회 신 ]

    「도시개발법」기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적 보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는「소득세법 시행령」제162조제3항의 규정에 의하여 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 하는 것입니다.

    ○ 부동산거래관리과-432(2011.05.25.)

     [ 회 신 ]

    1. 소득세법 시행령 제162조의 규정에 따라 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 따른 권리면적보다 감소된 경우에는 그 감소된 면적의 토지에 대한 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날이 되는 것입니다.

    2. 귀 질의의 경우 위 ⁠‘1’에 해당하여 환지처분 공고일의 다음날을 미수령한 환지청산금의 양도시기로 보아 이에 대한 양도소득세를 신고․납부하는 것입니다.

    ○ 부동산거래관리과-583 ⁠(2012.10.30)

     [ 회 신 ]

    「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우에는 「소득세법」 제88조제1항에 따른 양도로 보지 아니하는 것이나, 환지처분에 따라 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 따른 권리면적보다 감소하여 환지청산금 교부 대상인 부분은 ⁠“양도”에 해당하는 것입니다.

    ○ 부동산납세과-249 ⁠(2014.04.14)

     [ 회 신 ]

    ⁠「조세특례제한법」제69조제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어「도시개발법」및 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하여 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 ⁠「조세특례제한법」제69조제1항 단서에서 정한날까지 발생한 소득에 대하여 양도소득세액을 감면하는 것입니다.

출처 : 국세청 2014. 06. 13. 부동산납세과-420 | 국세법령정보시스템