부동산등기용 등록번호 부여 시 법인으로 보는 단체 해당 여부

요지

부동산등기용 등록번호를 부여받은 경우, 이는 국세기본법 제13조 제1항 제1호에 규정된 주무관청에 등록한 경우에 해당되지 않는 것임

회신

귀 질의1의 경우 기존해석사례(징세과-402, 2009.12.10)를 참조하시기 바랍니다.
○ 징세과-402, 2009.12.10
귀 질의의 경우, 재단법인인 종교단체와 정관, 회계 등 모든 운영이 독립된 것인지 여부는 구체적인 정황에 의해 사실판단하여야 하며,
재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하교회는 교의에 따르는 사람들을 교원으로 하는 단체로서 법인격 없는 사단으로 볼 수 있으므로 ⁠「국세기본법」제13조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻지 아니한 경우에는 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는 것입니다.

귀 질의2의 경우 부동산등기법에 의한 부동산등기용 등록번호는 등기권리자의 동일성 확인과 등기사무의 편의 등을 위한 제도로서, 부동산등기용 등록번호를 부여받은 것만으로 국세기본법 제13조 제1항 제1호 소정의 법령에 따라 주무관청에 등록한 것으로 볼 수 없는 것으로 기존해석사례(징세46101-765, 1999.12.22)를 참조하시기 바랍니다.
○ 징세46101-765, 1999.12.22
1. 귀 질의의 ⁠『○○ ○○ ○○제단』이 부동산등기를 위하여 부동산등기법에 의하여 시장(구청장), 군수로부터 ⁠『부동산등기용 등록번호』를 부여받은 경우, 이는 국세기본법 제13조 제1항 제1호에 규정된 ⁠『주무관청에 등록』한 경우에 해당되지 아니하여 법인으로 보는 단체가 아닙니다.
2.다만, 국세기본법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖춘 단체로서 대표자 또는 관리인이 같은법 시행령 제8조에 의거 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻는 단체는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있는 것이나, 단체가 같은법 제13조 제2항의 요건을 갖추었는지 여부는 관할세무서장이 구체적으로 사실을 판단하여 결정하는 사항입니다.

1. 질의내용

 가. 사실관계

  ○ 질의교회는 소유부동산 양도일 당시 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받지 않았음

   - 3년 이상 고유목적사업에 사용하던 재산을 양도한 질의교회를 1거주자로 보아 양도소득세가 과세됨

 나. 질의요지

  ○ 출연된 기본재산을 단체의 사용목적 이외에 회원들이 사용·수익하지 않으며, 정관에 회원자격규정과 회원총회가 없음에도, 교회의 기본재산을 총유로 보아 사단으로 판단하는 이유

  ○ 주무관청으로부터 법인 아닌 사단·재단의 부동산등기용 등록번호를 부여받은 단체를 국세기본법 제13조 제1항 제1호 후단의 등록으로 보지 않는 근거

2. 관련법령

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

 ① 법인(「법인세법」 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

  1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

  2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

 ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

  1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

  2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

  3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

 ③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 ⁠「소득세법」에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

 ⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

 ⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.

 ⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

 ① 법 제13조제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(「법인세법」 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

  1. 단체의 명칭

  2. 주사무소의 소재지

  3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

  4. 고유사업

  5. 재산상황

  6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

  7. 그 밖에 필요한 사항

 ② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

 ③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 ⁠「부가가치세법 시행령」 제8조제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 「법인세법」 제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.

○ 제262조 【물건의 공유】

① 물건이 지분에 의하여 수인의 소유로 된 때에는 공유로 한다.

② 공유자의 지분은 균등한 것으로 추정한다.

○ 민법 제271조【물건의 합유】

① 법률의 규정 또는 계약에 의하여 수인이 조합체로서 물건을 소유하는 때에는 합유로 한다. 합유자의 권리는 합유물 전부에 미친다.

② 합유에 관하여는 전항의 규정 또는 계약에 의하는 외에 다음 3조의 규정에 의한다.

○ 민법 제275조【물건의총유】

① 법인이 아닌 사단의 사원이 집합체로서 물건을 소유할 때에는 총유로 한다.

② 총유에 관하여는 사단의 정관 기타 계약에 의하는 외에 다음 2조의 규정에 의한다.

○ 민법 제703조 【조합의의의】

① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

② 전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다.

○ 민법 제704조【조합재산의 합유】

조합원의 출자 기타 조합재산은 조합원의 합유로 한다.

○ 징세46101-2411, 1998.09.03

국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 동법 제1항의 규정에 의한 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 동법 시행령 제8조에 의거 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용하는 것임. 그러나 다음 각 호의 요건을 갖추었는지 여부는 관할세무서장이 사실판단 할 사항임.

① 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

② 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

③ 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

○ 징세46101-765, 1999.12.22

1. 귀 질의의 ⁠『○○ ○○ ○○제단』이 부동산등기를 위하여 부동산등기법에 의하여 시장(구청장), 군수로부터 ⁠『부동산등기용 등록번호』를 부여받은 경우, 이는 국세기본법 제13조 제1항 제1호에 규정된 ⁠『주무관청에 등록』한 경우에 해당되지 아니하여 법인으로 보는 단체가 아닙니다.

2. 다만, 국세기본법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖춘 단체로서 대표자 또는 관리인이 같은법 시행령 제8조에 의거 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻는 단체는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있는 것이나, 단체가 같은법 제13조 제2항의 요건을 갖추었는지 여부는 관할세무서장이 구체적으로 사실을 판단하여 결정하는 사항입니다.

 ○ 징세46101-2313, 1997.09.10

1. 단체가 부동산에 관한 등기를 하기위하여 부동산 등기법에 의하여 시장(구청장) 군수로부터 ⁠“부동산등기용 등록번호”를 부여받는 경우 이는 국세기본법 제13조 제1항 제1호에 규정한 ⁠“주무관청에 등록”에 포함되지 아니하는 것입니다

2. 공익을 목적을 출연된 기본재산이 있는 재단은 재단으로서 등기되지 아니하더라도 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체에 속하는 것이나 그 보유재산이 공익을 목적으로 출연된 기본재산에 해당하는지 여부는 관리ㆍ사용등 사실에 따라 판단할 사항입니다.

 ○ 징세과-402, 2009.12.10

[ 제 목 ]

대한예수교장로회총회유지재단이 법인인 경우 소속된 교회가 법인으로 보는 단체 여부

[ 요 지 ]

재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하교회는 교의에 따르는 사람들을 교원으로 하는 단체로서 법인격 없는 사단으로 볼 수 있으므로 ⁠「국세기본법」제13조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻지 아니한 경우에는 법인으로 보는 단체에 해당하지 않음.

[ 회 신 ]

귀 질의의 경우, 재단법인인 종교단체와 정관, 회계 등 모든 운영이 독립된 것인지 여부는 구체적인 정황에 의해 사실판단하여야 하며,

재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하교회는 교의에 따르는 사람들을 교원으로 하는 단체로서 법인격 없는 사단으로 볼 수 있으므로 ⁠「국세기본법」제13조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻지 아니한 경우에는 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는 것입니다.

 ○ 재조세-322, 2003.12.20.

  국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 관할세무서장으로부터 법인으로 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 동법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 그 승인이 취소된 경우 동법시행규칙 제5조의 2의 규정에 의한 단체의 승인취소통지서를 받은 날부터 법인으로 보지 않는 것임

○ 징세46101-205, 2001.02.28.

  세무서장에게 신청하여 ⁠「법인으로 보는 단체」로 승인받은 단체는 소관 세무서장이 승인을 취소하기 전까지는 일정기간(승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지) 거주자로 변경할 수 없으므로 법인세상 법인으로서의 납세의무를 이행하여야 하는 것이고

  만약 ⁠「법인으로 보는 단체」로 승인받은 단체가 임의로 소득세법상 거주자로서의 납세의무를 이행한다면 법인세법상 법인으로서의 납세의무를 미이행함에 따른 불이익을 받는 것임

○ 징세46101-170, 2003.04.16.

  국세기본법 제13조 제2항 제3호의 ⁠“사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것”이라는 요건은 관할세무서장에게 법인으로 보는 단체로 승인 신청할 때는 물론이고 법인으로 보는 단체로 승인을 얻은 이후 그 단체 존속기간 내내 유지되어야 하는 것임

○ 대법원 2008두19864, 2010. 12. 23.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 종중인 원고는 비법인사단으로서 이 사건 시행령조항의 ⁠‘사업자’이지만 수용된 토지에 사업자등록을 하지도 아니하고 실제 위 토지에서 사업을 수행하지도 아니한 이상 부재부동산 소유자에 해당한다고 판단한 후, 원고 자신은 법인이 아니어서 이 사건 시행령조항의 '사업자'가 아니므로 부재부동산 소유자가 될 수 없다는 원고의 주장에 대하여는 원고가 ⁠‘법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정’에 따라 등록번호를 부여받았으므로 국세기본법 제13조 제1항제1호 소정의 주무관청에 등록한 '법인으로 보는 단체'에 해당한다는 이유로 배척하였다. 앞서 본 법리와 관계 규정 및 기록에 비추어 살펴보면, 부동산등기용 등록번호를 부여받은 것만으로 주무관청에 등록한 것으로 볼 수 없으므로 원심이 비법인사단인 원고가 국세기본법 제13조 제1항제1호 소정의 '법인으로 보는 단체'라고 판단한 부분은 잘못이다. 그러나 결국 원고가 이 사건 시행령조항의 사업자인 부재부동산 소유자에 해당한다고 본 결론은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 부재부동산 소유자의 범위에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관 의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

○ 서울고등법원 1998. 6. 12. 선고 97구52211

원고 종중은 1991. 8. 30. 부동산등기법 제41조의2 제1항 제3호 의 규정에 의하여 이 사건 토지의 소재지를 관할하는 경기도 화성군수로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받았으나, 현재까지 등기되지 아니하였고, 법 제13조 제2항 의 규정에 의한 세무서장의 승인을 받지도 아니한 사실, 원고 종중은 그 대표자가 선임되어 있고, 이익의 분배방법 및 분배비율은 정하여져 있지 아니한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없는바, 부동산등기법에 의한 부동산등기용 등록번호는 등기권리자의 동일성 확인과 등기사무의 편의 등을 위한 제도로서, 원고가 부동산등기용 등록번호를 부여받기 위하여 부동산소재지의 관할군수에게 등록한 것을 가지고 법 제13조 제1항 제1호 소정의 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단 에 해당한다고 할 수는 없고, 원고가 법 제13조 제2항 에 의한 승인을 받은 바도 없으므로, 원고는 세법상 법인으로 보는 단체에 해당되지 아나하고, 따라서 원고에게 법인세법이 적용될 여지는 없으며, 오히려 위 인정사실에 의하면 원고 종중은 위 구 소득세법 제1조 제3항 의 요건을 충족한다고 보여지므로(대법원 1983. 5. 10. 선고, 82누167 판결 참조), 원고에 대하여 법인세법이 적용되어야 한다는 위 주장은 더 나아가 살필 것도 없이 이유 없다.

○ 대법원 94다14094, 1994. 11. 11.

제1심은 그 판결에서 들고 있는 증거들을 종합하여 신청인은 부동산등기법 제41조의 2 , 법인아닌사단·재단및외국인의 부동산등기용등록번호부여절차에관한규정에 의한 공부에 1988.1.7. 신청인 교회가 신규등록을 하였으며, 1991.2.22. 신청외 OOO가 신청인 교회의 대표자로 변경등록을 한 사실은 인정되나, 위 등록번호 부여절차에서 단체의 실체나 대표자 자격이 실질적으로 심사되지 않는 점에 비추어 그것만으로 신청인 교회가 실체를 갖추고 있거나 위 OOO가 신청인 교회의 적법한 대표자라고 보기 어렵고, 달리 이 두가지 점을 인정할 만한 아무런 자료가 없다는 이유로 이 사건 신청을 부적법하다 하여 각하하였고, 원심은 이를 그대로 유지하였다.

(중략)

이러한 취지에서 한 원심이 인용한 제1심의 판단은 결과적으로 정당하고, 거기에 가처분취소신청권자의 범위에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 상고이유는 받아들일 수 없다.

○ 대법원99다4504, 1999.4.23.

  민법상의 조합과 법인격은 없으나 사단성이 인정되는 비법인사단을 구별함에 있어서는 일반적으로 그 단체성의 강약을 기준으로 판단하여야 하는바, 조합은 2인 이상이 상호간에 금전 기타재산 또는 노무를 출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하는 계약관계에 의하여 성립하므로(민법 제703조) 어느 정도 단체성에서 오는 제약을 받게 되는 것이지만 구성원의 개인성이 강하게 드러나는 인적 결합체인 데 비하여 비법인사단은 구성원의 개인성과는 별개로 권리ㆍ의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 단체적 조직을 가지는 특성이 있다 하겠는데, 어떤 단체가 고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의원칙에 의하여 행하여지며, 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 자본의 구성, 재산의 관리 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있는 경우에는 비법인사단으로서의 실체를 가진다고 할 것이다(대법원 1992.7.10. 선고, 92다2431 판결 참조).

○창원지방법원2011구합1892, 2011.11.24(대법원2012두29165, 2013.03.28로 확정)

구 국세기본법 제13조 제1항 제2호에서 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보아 국세기본법과 세법을 적용한다고 규정하고 있는바, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지고, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 각 교회활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용 · 수익할 수 있다고 할 것이므로(대법원 1999. 7. 7. 97누17261 판결 참조), 원고를 법인격 없는 사단으로 볼 수는 있어도 법인격 없는 재단으로 볼 수는 없다 할 것이어서, 원고는 위 제2호에서 정한 ’공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단’에 해당하지 않으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

○ 서울행정법원2012구단13798, 2013.10.25

1) 첫 번째 주장에 대하여

 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제2호에서 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보아 국세기본법과 세법을 적용한다고 규정하고 있는바, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지고, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 각 교회활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용·수익할 수 있다고 할 것이므로(대법원 1999. 7. 7. 97누17261판결 참조), 원고를 법인격 없는 사단으로 볼 수는 있어도 법인격 없는 재단으로 볼 수는 없다 할 것이어서, 원고는 위 제2호에서 정한 ⁠‘공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단’에 해당하지 않는다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(중략)

2) 두 번째 주장에 대하여 이 사건 부동산의 양도 당시 구 국세기본법 제13조 제2항에 따라 원고의 대표자나 관리자가 피고에게 신청하여 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 승인을 얻은 바 없으므로, 원고가 구 국세기본법 제13조 제2항의 각 호에서 정한 일정한 요건을 갖추었는지 여부와 관계없이 원고는 구 국세기본법 제13조 제2항에 정한 ⁠‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니한다 할 것이다(원고는, 원고가 2003. 7. 29. 최초 사업자등록 당시 피고에게 원고를 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 등록해줄 것을 신청하였는데, 담당공무원이 단순히 부가가치세법상 사업자 등록번호를 부여한 것이라는 취지의 주장도 하고 있으나, 을2호증의 1, 을3호증의 1의 각 기재를 보면, 원고가 각기 별개의 신청서를 제출하였다고 보이고 달리 원고의 위 주장을 인정할 증거가 없다).

(생략)

출처 : 국세청 2014. 08. 28. 징세과-1125 | 국세법령정보시스템