요지
방산업체 지정이 취소되어 소급효가 적용되는 경우 당초 일반세율을 적용하여 발급한 세금계산서는 수정발급대상하지 아니하는 것임
회신
사업자가 방위산업체의 지정 신청 시 지정요건을 사실은폐나 그 밖의 사위의 방법에 기인하여 지정받음에 따라 방위산업물자를 공급하면서 「조세특례제한법」제105조제1항제1호의 영세율을 적용받지 아니하고 세금계산서를 발급한 후 방위산업체 지정이 취소(취소의 소급효가 적용되는 경우)된 경우에는 당초 발급한 세금계산서를 수정(영세율 적용 세금계산서)하여 발급하지 아니하는 것임. 다만, 방위사업체의 지정취소의 효과가 소급효가 인정되는지의 여부는 방위사업청에 문의할 사항임
○ 당사는 2010.12.22. 방위사업청과 계약을 체결하여 “차기상륙함 디젤엔진 및 5항목(수리부속, 공구, 기술자료, 기술지원, 교육훈련)”을 납품하기로 함
- 계약물품의 납품기일은 2014.9.30., 계약금액은 13,704백만원(부가가치세 포함)임
○ 위 계약물품을 위하여 2010.10.28. 방위사업청으로부터 방산물자로 지정받았으나, 산업통상자원부로부터 방산업체 지정에 대해서는 계약일 이후인 2011.7.20. 지정받음
○ 2013.4월 감사원 감사결과 당사의 계약물품에 대해 「방위사업법」제48조에 따라 방위사업청 및 산업통상자원부로부터 방산물자 및 방산업체 지정을 취소 통보 받음
- 방산물자지정 취소일 2013.6.6., 방산업체 지정 취소일 2013.6.10.
○ 당사는 계약금 및 중도금 등에 대해 아래와 같이 수령하고 세금계산서를 발급함
1) 2011.4.22. 선수금 4,269백만원 수령(공급가액 3,881백만원, VAT 388백만원)
2) 2012.3.13. 선수금 2,479백만원 수령(공급가액 2,254백만원, VAT 225백만원, 영세율 적용대상임에도 부가가치세를 포함하여 세금계산서 발급)
3) 2013.1.18. 선수금 2,167백만원 수령(공급가액 1,970백만원, VAT 197백만원, 영세율 적용대상임에도 부가가치세를 포함하여 세금계산서 발급)
4) 2013.1.28. 계약물품 중 일부를 추가로 공급하고 2,972백만원 수령(공급가액 2,702백만원, VAT 270백만원, 영세율 적용대상임에도 부가가치세를 포함하여 세금계산서 발급)
※ 방산물자 및 방산업체 지정 이후에도 선금 및 물품대금 수령 시 일반세금계산서 발급
2. 질의내용
○ 방산업체로 지정된 사업자가 방산물자에 대하여 영세율을 적용하지 아니하고 일반세금계산서를 발급한 후에 방산업체 지정이 취소된 경우 당초 발급한 세금계산서에 대하여 수정신고를 하여야 하는지 여부
3. 관련법령 및 관련사례
○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(영)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.
1. 「방위사업법」에 따라 지정을 받은 방산업체가 공급하는 같은 법에 따른 방산물자(경찰이 작전용으로 사용하는 것을 포함한다)와 「비상대비자원 관리법」에 따라 중점 관리대상으로 지정된 자가 생산공급하는 시제품(시제품) 및 자원 동원으로 공급하는 용역
○ 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】
① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.
9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
○ 국세기본법 제45조 【수정신고】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때
○ 방위사업법 제3조【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (2009.4.1 개정)
7. “방위산업물자”라 함은 군수품 중 제34조의 규정에 의하여 지정된 물자를 말한다.
8. "방위산업"이라 함은 방위산업물자를 생산하거나 연구개발하는 업을 말한다.
9. "방위산업체"라 함은 방위산업물자를 생산하는 업체로서 제35조의 규정에 의하여 지정된 업체를 말한다.
○ 방위사업법 제34조【방산물자의 지정】
① 방위사업청장은 지식경제부장관과 협의하여 무기체계로 분류된 물자중에서 안정적인 조달원 확보 및 엄격한 품질보증 등을 위하여 필요한 물자를 방산물자로 지정할 수 있다. 다만, 무기체계로 분류되지 아니한 물자로서 대통령령이 정하는 물자에 대하여는 이를 방산물자로 지정할 수 있다. (2008.2.29 개정)
② 방산물자는 주요방산물자와 일반방산물자로 구분하여 지정한다.
③ 제2항의 규정에 의한 주요방산물자와 일반방산물자의 구분 그 밖에 방산물자의 지정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 방위사업법 제35조【방산업체의 지정 등】
① 방산물자를 생산하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 시설기준과 보안요건 등을 갖추어 지식경제부장관으로부터 방산업체의 지정을 받아야 한다. 이 경우 지식경제부장관은 방산업체를 지정함에 있어서 미리 방위사업청장과 협의하여야 한다. (이하 생략)
○ 방위사업법 제48조【지정의 취소 등】
① 지식경제부장관은 방산업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당된 때에는 방위사업청장과 협의하여 그 지정을 취소할 수 있다.
1. 방산업체의 대표 및 임원이 제6조의 규정에 의한 청렴서약서의 내용을 위반한 때
2. 제35조제1항의 규정에 의한 시설기준 및 보안요건에 미달하게 된 때
3. 제35조제3항의 규정에 의한 승인을 얻지 못한 때
4. 정당한 사유없이 정부에 대한 방산물자의 공급계약을 거부 또는 기피하거나 이행하지 아니한 때
5. 제36조제5항의 규정에 의한 이행명령을 이행하지 아니한 때
6. 사위(詐僞) 또는 부정한 방법으로 제38조제1항에 따른 자금융자를 받거나 융자받은 자금을 그 용도 외에 사용한 때
7. 사위 또는 부정한 방법으로 제39조제1항의 규정에 의한 보조금을 지급받거나 지급받은 보조금을 그 용도 외에 사용한 때
8. 제39조제2항의 규정에 의한 승인을 얻지 아니하고 재산을 처분한 때
9. 제45조제3항의 규정을 위반하여 국유재산이나 물품을 용도 외에 사용한 때
10. 제49조제1항의 규정에 의한 시설의 개체·보완·확장 또는 이전에 필요한 조치명령을 이행하지 아니한 때
11. 제53조제1항의 규정에 의한 명령에 위반한 때
12. 허위 그 밖에 부정한 내용의 원가자료를 정부에 제출하여 공급계약을 체결한 때
13. 방산업체가 부도·파산 그 밖의 불가피한 경영상의 사유로 정상적인 영업이 불가능한 경우에 관련서류를 첨부하여 지식경제부장관에게 방산업체 지정의 취소를 요청한 때
② 방위사업청장은 방산업체가 제1항제1호 내지 제12호의 어느 하나에 해당된 때에는 지식경제부장관에게 그 지정의 취소를 요청할 수 있다.
③ 방위사업청장은 방산물자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 때에는 지식경제부장관과 협의하여 그 지정을 취소할 수 있다.
1. 2개 이상의 업체에서 조달이 용이하고 품질을 보증할 수 있다고 인정된 때
2. 군의 소요가 없거나 편제장비가 삭제된 때
3. 비밀등급이 저하되어 「군사기밀보호법」 제2조의 규정에 의한 군사기밀이 요구되지 아니하게 된 때
4. 연구개발 또는 구매의 계획변경·취소 등으로 방산물자지정의 취소가 필요하거나 방산물자지정을 계속 유지할 필요가 없는 때
○ 방위사업법 시행령 제50조【방산업체의 보호육성】
① 정부는 방산업체가 생산하는 방산물자를 우선적으로 구매하여야 한다.
○ 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제26조 【수의계약에 의할 수 있는 경우】
① 법 제7조 단서에 따라 수의계약에 의할 수 있는 경우는 다음 각 호와 같다.
5. 제1호부터 제4호까지의 경우 외에 계약의 목적ㆍ성질 등에 비추어 경쟁에 따라 계약을 체결하는 것이 비효율적이라고 판단되는 경우로서 다음 각 목의 경우
라. 「방위사업법」에 따른 방산물자를 방위산업체로부터 제조ㆍ구매하는 경우
○ 여신전문금융업법 제57조 【허가ㆍ등록의 취소 등】
② 금융위원회는 신용카드업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 허가 또는 등록을 취소할 수 있다.
1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 제3조 제1항에 따른 허가를 받거나 등록을 한 경우
2. 제6조 제1항 제2호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자인 경우(여신전문금융회사인 경우만 해당한다)
3. 제1항에 따른 업무의 정지명령을 위반한 경우
3의 2. 제6조의 2에 따른 허가요건 유지의무를 위반한 경우
4. 정당한 사유 없이 1년 이상 계속하여 영업을 하지 아니한 경우
5. 법인의 합병ㆍ파산ㆍ폐업 등으로 사실상 영업을 끝낸 경우
출처 :
국세청 2014. 03. 04. 서면법규과-186 | 국세법령정보시스템
