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임상시험용역 부가가치세 과세 적용 시기와 범위

부가가치세과-744  ·  2014. 08. 28.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 2014년 3월 17일 이전에 체결된 임상시험용역 계약의 일부를 그 이후에 위임하여 공급할 때, 부가가치세가 과세되는지 궁금합니다.

S요약

국세청은 의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대해 부가가치세 과세를 2014년 3월 17일 이후 최초로 체결된 계약부터 적용한다고 밝혔습니다. 2014.3.17. 이전 계약의 일부가 이후 위임되어 공급되더라도 부가가치세 과세대상이 되는 것으로 판단됩니다.
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핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-744  ·  2014. 08. 28.

  • 국세청 부가가치세과-744(2014.08.28) 회신에 따르면, 의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역은 2014.3.17. 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 경우부터 부가가치세 과세 대상으로 적용됩니다.
  • 2014.3.17. 이전에 체결된 임상시험용역 계약의 일부를 2014.3.17. 이후 위임하여 공급할 경우, 해당 부분 역시 부가가치세 과세 대상에 해당합니다.
  • 약사법 제34조의2에 따른 임상시험실시기관이 의약품 제조업자 등에게 공급하는 임상시험용역은 부가가치세법상 의료보건용역 및 연구용역의 면세 대상에 포함되지 않으므로, 부가가치세 과세가 일반적으로 적용됩니다.
  • 기획재정부와 국세청의 유권해석 모두 임상시험용역의 위임 및 공급 시점에 따라 부가가치세 과세 여부를 판단하고 있으므로, 용역의 위임 및 공급일이 2014.3.17. 이후라면 과세대상이 되는 것으로 보입니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세): 의료보건 용역 등 일부 재화·용역의 공급에 대해 부가가치세 면제 규정
  • 기획재정부 부가가치세제과-341(2014.05.13): 임상시험용역 과세는 2014.3.17. 이후 공급분부터 적용
  • 기획재정부 부가가치세제과-236(2014.3.17.): 임상시험용역은 부가가치세법 제26조 및 동법 시행령의 의료보건용역 면세 대상이 아님
사례 Q&A
1. 2014.3.17. 이전 임상시험용역 계약 일부가 이후 위임되면 부가세 과세되나요?
답변
2014.3.17. 이후 위임되어 공급되는 임상시험용역의 경우 부가가치세 과세 대상이 됩니다.
근거
국세청 부가가치세과-744 및 기획재정부 해석에 의하면 공급 시점이 2014.3.17. 이후인 경우 과세 적용이 명확히 규정되어 있습니다.
2. 임상시험용역에 대해 언제부터 부가가치세가 부과되나요?
답변
2014.3.17. 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 경우부터 부가가치세가 부과됩니다.
근거
기획재정부 및 국세청 유권해석에서 2014.3.17. 이후 최초 계약 및 공급분에 한해서 과세 적용을 명시하고 있습니다.
3. 임상시험실시기관의 용역이 부가가치세법상 면세대상에 포함되나요?
답변
임상시험실시기관이 공급하는 임상시험용역은 부가가치세법상 의료보건용역 면세대상에 포함되지 않습니다.
근거
기획재정부 부가가치세제과-236, 부가가치세법 시행령에 따라 임상시험용역은 의료보건용역 및 연구용역 면세 대상에서 제외되어 과세대상입니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 2014.3.17. 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용하는 것이며, 2014.3.17. 이전에 체결된 임상시험용역계약의 일부를 위임하는 계약과 공급이 2014.3.17.이후인 경우에는 부가가치세 과세대상임

회신

의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 2014.3.17. 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용하는 것이며, 2014.3.17. 이전에 체결된 임상시험용역계약의 일부를 위임하는 계약과 공급이 2014.3.17.이후인 경우에는 부가가치세 과세대상입니다.

[관련 참고자료]

1. 사실관계

 가.질의자는 병원(A)와 2014.3.17.이전에 임상시험용역계약(가)을 체결하였고, A는 2014.3.17. 이후에 동 계약을 근거로 타 병원(B)에게 용역의 일부를 위임하는 계약(나)을 체결하였으며 계약(가)에 대하여 계산서를 수수하였음

 나.B는 2014.3.17.이후에 A와 계약을 체결하였으므로 세금계산서를 발행하여 A에게 교부하고자 하며, A는 최초의 계약(가)에 부가가치세가 포함되지 아니하였으므로 동 계약을 근거로 체결하는 계약(나) 역시 부가치세를 포함하지 아니하여야 한다고 함

2. 질의내용

 2014.3.17. 이전에 임상시험용역계약(가)을 근거로 2014.3.17.이후에 용역의 일부를 위임하는 계약(나) 체결시 부가가치세 면제 여부

3. 관련된 법령 및 기존 해석사례

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

○ 기획재정부 부가가치세제과-341, 2014.05.13

의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세와 관련한 질의회신(기획재정부 부가가치세제과-236, 2014.3.17.)은 동 질의회신일(2014.3.17.) 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용하시기 바랍니다

○ 기획재정부 부가가치세제과-236, 2014.3.17.

약사법 제34조의2에 따른 임상시험실시기관이 같은 법 제2조제15호에 따른 임상시험 용역을 의약품 제조업자 등에게 공급하는 경우 부가가치세법 제26조제1항제5호 및 같은 법 시행령 제35조에 따른 의료보건용역의 공급에 해당하지 않으며, 같은 법 시행령 제42조제2호 및 같은 법 시행규칙 제32조에 따른 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역의 공급에 해당하지 아니함

출처 : 국세청 2014. 08. 28. 부가가치세과-744 | 국세법령정보시스템