* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
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새로이 변경된 질의회신에 따라 누락된 합병평가차익에 대해서 수정신고를 하고자 하는 경우는「국세기본법 시행규칙」제12조 제1항 제1호에서 규정한“정당한 사유없이 합병평가차익명세서를 제출하지 아니한 경우”에 해당하지 않는 것임
납세의무자가 법인세 신고시에 동일사안에 대한 가장 최근의 질의회신에 따라 합병평가차익이 없는 것으로 판단하여 과세이연을 위한 합병평가차익명세서를 제출하지 않았으나 새로이 변경된 질의회신에 따라 누락된 합병평가차익에 대해서 수정신고를 하고자 하는 경우는「국세기본법 시행규칙」제12조 제1항 제1호에서 규정한“정당한 사유없이 합병평가차익명세서를 제출하지 아니한 경우”에 해당하지 않습니다.
1. 사실관계
○ 질의외 법인(피합병법인)은 2008년도 재무제표 작성시 개정된 기업회계기준에 따라 토지를 재평가하여 약 2,637억 원의 재평가이익을 회계장부에 계상
- 동 재평가이익은 세무상 인정되지 않는바, 관련 회계상 장부가액과 세무상 장부가액의 차이를 (△)유보로 세무조정*하여 법인세를 신고함
* 법인세 세무조정 : 익금산입 2,637억(기타)/ 손금산입 2,637억(△유보)
○ 2009년 12월 질의법인은 피합병법인을 흡수합병하였고, 기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙 제17조에 의거하여 회계상 연결재무제표상의 장부가액을 승계함
- 이에 따라, 피합병법인의 토지는 상기 재평가이익이 가산된 가액으로 승계되어 질의법인의 회계장부에 계상됨
○ 한편, 합병당시 국세청 유권해석(법인세과-1373, 2009.12.4, 이하 “쟁점 해석”)에서는, 합병법인에게 승계되지 않는 피합병법인의 (△)유보로 인해 합병법인의 승계자산 장부가액이 증가된 부분은 합병평가차익을 구성하지 아니하는 것으로 회신함
○ 쟁점 해석에 따라, 질의법인은 피합병법인의 (△)유보를 승계하지 않음으로 인해 발생한 토지에 대한 합병법인의 회계상 장부가액과 피합병법인의 세무상 장부가액의 차이(초과액)는 합병평가차익이 아닌 것으로 판단함
- 이에 따라, 2009사업연도 정기 법인세 신고 시 합병평가차익이 없는 것으로 인식한 후 당시 법인세법 시행령 제80조에서 규정한「합병평가차익조정명세서」를 제출하지 않음 (본건 합병은 합병평가차익의 과세이연 요건을 충족하는 적격합병에 해당함)
○ 2013년 8월 질의법인은 세무조사 수감 중 국세청이 쟁점 해석을 변경한 해석(법규법인-178, 2010.9.17)에 따라 쟁점 해석에 근거해 당초 신고하지 않았던 합병평가차익 및 과세이연을 위한 압축기장충당금을 수정신고*함
* 익금산입 합병평가차익 2,641억 / 손금산입 압축기장충당금 2,637억
(토지 외의 압축기장충당금 설정 불가 자산에서 평가차익 약 4억원 발생)
2. 질의내용
질의법인이 2009사업연도 법인세 신고시 합병평가차익조정명세서를 제출하지 아니한 경우가「개정 국세기본법 시행규칙」제12조 제1항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”에 해당하는지 여부
3. 관련법령
○ 국세기본법 제45조【수정신고】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 있다. 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때
3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)
② 삭제
③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 국세기본법 시행령 제25조 【과세표준수정신고】
① (생략)
② 법 제45조제1항제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 원천징수의무자가 정산 과정에서「소득세법」제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 소득을 누락한 것
2. 세무조정 과정에서 「법인세법」 제36조제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(익금)과 손금(손금)에 동시에 산입(산입)하지 아니한 것
3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것
○ 부칙
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(과세표준 수정신고에 관한 적용례) 제25조제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다.
(생략)
○ 국세기본법 시행규칙 제12조【과세표준수정신고】
① 영 제25조제2항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 「법인세법」 제44조, 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[「법인세법」(법률 제9898호 법인세법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대하여 과세를 이연받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 모두에 해당하는 경우는 제외한다.
1. 정당한 사유 없이 「법인세법 시행령」 제80조, 제82조, 제83조의2, 제84조 및 제84조의2에 따라 과세특례를 신청하지 아니한 경우[「법인세법 시행령」(대통령령 제22184호 법인세법 시행령 일부개정령으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제80조, 제82조, 제83조 및 제83조의2에 따라 과세특례를 적용받기 위한 관련 명세서를 제출하지 아니한 경우를 포함한다]
2. 영 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우
② (생략)
○ 부칙
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(과세표준 수정신고에 관한 적용례) 제12조제1항의 개정규정은 이 규칙 시행 전에 수정신고한 분(이 규칙 시행 전에 해당 관할 세무서장이 해당 수정신고와 관련하여 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하여 통지하지 아니한 경우로 한정한다)에 대해서도 적용한다.
(생략)
