연구인력개발비 세액공제 인건비 범위(4대 보험 사용자 부담 포함 여부)

요지

연구 인력개발비 세액공제 대상인 인건비는 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용으로 국민건강보험법에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등 소득세법 제12조제3호너목에 따른 비과세 근로소득은 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것임

회신

조세특례제한법 제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로 국민건강보험법에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것) 제12조제3호너목에 따른 비과세 근로소득은 해당 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것임

1. 사실관계

 ○ ⁠(주)00000(이하 "회사")는 포장 공사업을 영위하는 중소기업으로 매년 기업부설연구소 전담요원의 인건비에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 받고 있으며

  - 사용자인 회사는 기업부설연구소 전담요원에 대한 사용자 부담금인 4대 보험(건강, 국민연금, 산재, 고용)의 보험료를 지출하고 있음

2. 질의내용

 ○ 급여에 포함되지 않는 사용자 부담분 건강보험료, 국민연금보험료, 산재보험료, 고용보험료 등이 연구인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 포함되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제10조【연구․인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

 1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

○조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

 2. 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관 및 ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

○ 조세특례제한법 시행령【별표6】

○ 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발비의 용어정의 등】

① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다.

 1. ⁠“인건비”라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며, ｢소득세법｣ 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금 전입액을 포함하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제45조【복리후생비의 손금불산입】

① 법인이 그 임원 또는 사용인을 위하여 지출한 복리후생비중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용 외의 비용은 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 직장체육비

 2. 직장연예비

 3. 우리사주조합의 운영비

 4. 삭제

 5. ｢국민건강보험법｣ 및 ｢노인장기요양보험법｣에 따라 사용자로서 부담하는 보험료 및 부담금

 6. ｢영유아보육법｣에 의하여 설치된 직장어린이집의 운영비

 7. ｢고용보험법｣에 의하여 사용자로서 부담하는 보험료

 8. 기타 임원 또는 사용인에게 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위안에서 지급하는 경조사비 등 제1호 내지 제7호의 비용과 유사한 비용

○ 법인세법 기본통칙 19-19…8【보험료의 손금산입】

   종업원을 수익자로 하는 보험료(선원보험료, 단체정기재해보험료, 상해보험료, 신원보증보험료 등)는 영 제44조의 2 제2항에 규정하는 퇴직보험료 등과 ｢국민건강보험법｣ 및 ｢고용보험법｣의 규정에 의하여 사용자로서 법인이 부담하는 보험료를 제외하고 이를 종업원에 대한 급여로 본다. 다만, 임원 또는 사용인의 퇴직금을 지급하기 위하여 불입하는 보험료 중 영 제44조의 2 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 것 외의 보험료는 이를 손금에 산입하지 아니한다.

○ 소득세법 제12조【비과세소득】

   다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

 3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

 너.｢국민건강보험법｣, ｢고용보험법｣ 또는 ｢노인장기요양보험법｣에 따라 국가, 지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 보험료

4. 관련 사례

○ 법규과-1869, 2010.12.17.

   조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발준비금의 사용기준 등】에서 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 ⁠“인건비”에는 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 제외하도록 하고 있으나, 최근 판례(서울행정법원2009구합23273, 2010.7.23)에서는 퇴직급여충당금은 세액공제대상 인건비에 해당한다고 판시한바 있음

   이 경우, 퇴직금 중간정산에 의해 지급한 퇴직금이 세액공제대상 인건비에 해당하는지 여부

   중간정산퇴직금의 연구인력개발비 세액공제 대상 여부는 ｢조세특례제한법｣ 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발준비금의 사용기준 등】을 참조하기 바람

  ․조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발준비금의 사용기준 등】

    “인건비”라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며, 소득세법 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다. ⁠(이하 생략)

○ 법인세과-1956, 2008.8.11.

   전담부서에서 근무하는 ⁠‘연구요원의 인건비’라 함은 그 명칭여하에 불구하고 급여의 성격을 지닌 비용을 말하는 것이며, ｢소득세법｣ 제12조 제4호에서 규정하고 있는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당되는 것임

   ｢조세특례제한법 시행령｣ 별표 6의 1. 기술개발. 가목 자체기술개발 제1항의 ⁠‘연구개발 전담부서’ 근무 직원의 인건비 범위는 이와 관련된 질의회신(서면2팀-1985, 2007.11.1. 및 서면2팀-62, 2007.1.9.)을 참고하기 바람

○ 서면2팀-62, 2007.2.1.

   조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 관련 ⁠(별표6) 제1호의 비용란 ⁠‘가’의 ①에서 규정하고 있는 전담부서에서 근무하는 ⁠‘연구요원의 인건비’라 함은 그 명칭여하에 불구하고 급여의 성격을 지닌 비용을 말하는 것이며, 따라서 소득세법 제12조 제4호(현행 소득세법 제12조 제3호)에서 규정하고 있는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당하는 것임

○ 법인46012-2129, 1994.7.25.

   조세감면규제법시행령 제9조 제2항 관련 ⁠(별표4) 제1호의 비용란 가의 ①에서 규정하고 있는 전담부서에서 근무하는 ｢연구요원의 인건비｣라 함은 그 명칭여하에 불구하고 급여의 성격을 지닌 비용을 말하는 것이며, 따라서 소득세법 제5조 제4호에서 규정하고 있는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당되는 것임

○ 대법원2011두6844, 2011.6.24.

   인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 말한다고 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법 취지에 반하지 않는 점 등에 비추어 보면, ⁠(중략) 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 이 사건 과세특례규정을 적용함이 상당하다 할 것임

출처 : 국세청 2014. 07. 17. 서면법규과-752 | 국세법령정보시스템