요지
수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 아니하고 주차장으로 임대하던 토지를 양도하여 발생한 처분수입에 대하여는 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’를 적용받을 수 없는 것이며, 해당 토지의 양도소득에 대해서는 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 추가로 납부하여야 하는 것임
답변내용
「법인세법」제3조제3항제1호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 아니하고 주차장으로 임대하던 토지를 양도하여 발생한 처분수입(이하 “자산양도소득”이라 함)은 같은 법 제3조제3항제5호에 따라 수익사업에서 생기는 소득에 해당하는 것으로, 해당 자산양도소득에 대하여는 같은 법 제62조의2의 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’를 적용받을 수 없는 것임.
또한, 주차장으로 임대하다 양도한 해당 토지는 같은 법 제55조의2제2항제4호에 따른 비사업용 토지로서, 해당 토지의 양도소득에 대해서는 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 추가로 납부하여야 하는 것임
1. 질의내용
○ (질의1) 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 않은 토지를 매각하여 양도소득이 발생한 경우 동 자산양도소득에 대하여 각 사업연도소득에 대한 법인세를 신고․납부하여야 하는지 아니면 법인세법§62조의2 규정에 따라 소득세법을 준용하여 계산한 양도소득세상당액을 신고․납부하여야 하는지 여부
○ (질의2) 질의1에서 각 사업연도소득에 대한 법인세를 신고․납부하는 경우 동 토지 매각으로 발생한 양도소득이 토지등 양도소득에 대한 과세특례 적용 대상인지 여부
2. 사실관계
○ □□□□공단(“질의공단”)은 19**.**.**. ｢○○○의 ○○○○에 관한 특별법｣에 따라 설립된 정부출연기관으로 수익사업을 영위하는 비영리법인임
- 질의공단은 1997.**.**. ‘○○도 ○○시 ○○구 ○동 721, 721-1, 721-2’ 3필지 합계 4,419㎡(이하 “쟁점토지”)를 취득하여 고유목적사업에 사용하지 않고 단순히 보유만 해오다
- 200*.**.**.～2013.**.**. 기간동안 쟁점토지에 대해 임대차계약을 체결하고 임차인에게 주차장용지로 임대하여 임대소득이 발생
- 2014.**.**. 쟁점토지를 매수인((주)△△△△)에게 양도하고 소유권 이전 등기 완료함
3. 관련 법령
○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업․소매업, 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. ｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득
3. ｢소득세법｣ 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식․신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. ｢소득세법｣ 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】
② 법 제3조제3항제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지․관리 등을 위한 관람료․입장료 수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
○ 법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】
① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
○ 법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.
1. ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다.)
3. ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 ｢소득세법｣ 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.
○ 법인세법 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액
가. ｢소득세법｣ 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
나. ｢소득세법｣ 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지
다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
가. ｢지방세법｣이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
나. ｢지방세법｣ 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것
○ 법인세법 시행령 제92조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
④ 법 제55조의2제4항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.
1. ｢도시개발법｣ 그 밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 「소득세법 시행령」 제152조의 규정에 의한 것으로 한다.
2. 적격분할·적격물적분할·적격현물출자·조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득
3. ｢한국토지주택공사법｣에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득
4. 주택을 신축하여 판매(「임대주택법」에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득
가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 ｢주택건설기준 등에 관한 규정｣ 제2조제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다)
나. 건물이 정착된 면적에 5배(｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적
5. 그 밖에 공공목적을 위한 양도 등 기획재정부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득
○ 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】
법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
○ 법인세법 시행령 제92조의8【사업에 사용되는 토지의 범위】
① 법 제55조의2제2항제4호다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
가. ｢주차장법｣에 따른 부설주차장(주택의 부설주차장을 제외한다. 이하 이 목에서 같다)으로서 동법에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지. 다만, 제6호의 규정에 따른 휴양시설업용 토지 안의 부설주차장용 토지에 대하여는 제6호에서 정하는 바에 의한다.
나. ｢지방세법 시행령｣ 제101조제3항제1호에 따른 사업자 외의 법인으로서 업무용자동차(승용자동차․이륜자동차 및 종업원의 통근용 승합자동차를 제외한다)를 필수적으로 보유하여야 하는 사업에 제공되는 업무용자동차의 주차장용 토지. 다만, 소유하는 업무용자동차의 차종별 대수에 ｢여객자동차 운수사업법｣ 또는 ｢화물자동차 운수사업법｣에 규정된 차종별 대당 최저보유차고면적기준을 곱하여 계산한 면적을 합한 면적(이하 “최저차고기준면적”이라 한다)에 1.5를 곱하여 계산한 면적 이내의 토지에 한한다.
다. 주차장운영업용 토지
주차장운영업을 주업으로 하는 법인이 소유하고, ｢주차장법｣에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지
○ 법인세법 시행규칙 제46조【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】
⑥ 영 제92조의8제1항제2호 다목에서 “기획재정부령이 정하는 율”이라 함은 100분의 3을 말한다.
출처 :
국세청 2014. 06. 25. 법규법인2014-198 | 국세법령정보시스템
