부동산임대사업자가 지방보조금으로 매입한 재화 및 용역의 매입세액 공제 가능 여부

요지

부동산임대사업 등 과세사업을 영위하는 사업자(이하“신청인”이라 함)가 지방자치단체로부터 받는 보조금을 재원으로 과세사업을 위한 재화 또는 용역을 공급받고 발급받은 세금계산서 상의 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

회신

부동산임대사업 등 과세사업을 영위하는 사업자(이하“신청인”이라 함)가 지방자치단체로부터 받는 보조금을 재원으로 과세사업을 위한 재화 또는 용역을 공급받고 발급받은 세금계산서 상의 매입세액은 부가가치세법 제17조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것이며, 신청인이 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금을 지급받아 과세사업을 영위하는 경우 같은 법 시행령 제61조제1항에 따른 매입세액의 안분계산 시 해당 보조금은 비과세사업의 공급가액에 포함되지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○(주)○○(이하 ⁠“신청인”이라 함)는 19××.×.24. 지방자치단체 등 공공기관과 민간기업이 공동으로 출자하여 설립된 영리법인으로 부동산임대사업과 전시서비스업 등 과세사업을 영위함

○지방자치단체 등은 청구법인의 전시활동이 산업을 활성화하고, 지역경제의 발전에 이바지 함에 따라 사업운영지원을 위한 보조금(이하 ⁠“쟁점보조금”이라 함)을 지급하고 있음

  - 임대업 및 전시서비스업에서 발생하는 매출은 신고하였으나, 쟁점보조금은 과세표준에 포함시키지 아니함

 ○ 쟁점보조금 규모는 20××년～20××년의 경우 ×～××억원 정도이며, 같은 기간 신고한 과세매출은××억원～××억원으로 보조금 비율은 평균 28% 정도임

2. 신청내용

○ 보조금을 재원으로 재화 또는 용역을 매입하는 경우 관련 매입세액이「부가가치세법」제17조제2항제6호의 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업과 관련된 매입세액인지 여부

 ○ 과세사업을 영위하면서 사업운영지원을 위한 보조금을 지급받는 경우「부가가치세법 시행령」제61조제1항의 비과세사업에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

  1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

 ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

  4. 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ⁠“납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ⁠“매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 ⁠“매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 ⁠“환급세액”이라 한다)으로 한다. ⁠(2010. 1. 1. 개정)

  1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 ⁠(2010. 1. 1. 개정)

 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

 ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

출처 : 국세청 2013. 05. 28. 서면법규과-608 | 국세법령정보시스템