합병법인의 연구·인력개발비 세액공제 4년 연평균 산정방법

요지

다른 내국법인을 합병한 내국법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 일반연구・인력개발비 세액공제액을 계산하는 경우 해당 내국법인의 ⁠「조세특례제한법」 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액은 합병법인과 피합병법인의 과거 4년간 연구・인력개발비를 합산하여 계산함

회신

다른 내국법인을 합병한 내국법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 일반연구·인력개발비 세액공제액을 계산하는 경우
해당 내국법인의「조세특례제한법」제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하는 것입니다.

[합병법인과 피합병법인의 해당 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액 / 합병법인의 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)] × ⁠(합병법인의 해당 과세연도 개월 수 / 12월)

1. 질의내용

 ○ 합병법인의 합병일이 속하는 사업연도의 연구·인력개발비 세액공제액 산출 시 과거 4년간 연평균발생액 계산 방법

  - ⁠(1안)합병법인과 피합병법인의 과거 4년간 연평균 발생액을 각각 계산한 후 합산하되, 피합병법인의 과거 4년간 연평균 발생액을 계산함에 있어서 ⁠‘해당 과세연도의 개월 수는 의제사업연도의 개월 수를 차감한 수’로 하는 방법

  - ⁠(2안)합병법인과 피합병법인의 과거 4년간 연구·인력개발비를 합산한 후 연평균 발생액을 계산하는 방법

2. 사실관계

 ○ 질의법인은 합병시 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 합병등기일 현재 피합병법인의 연구·인력개발비 세액공제 이월액을 승계받았음

  - 이때 합병등기일이 속하는 사업연도의 합병법인의 연구·인력개발비 세액공제액을 산출하기 위해 연구및인력개발비의 과거 4년간 연평균 발생액을 조특법 제10조 제1항(2013.1.1 개정전) 및 같은 법 시행령 제9조 제5항에 따라 계산하고자 함

  - 질의법인과 피합병법인의 최근 연구·인력개발비 지출액이 아래와 같은 경우

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

  1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

  2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

  3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

  가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

  나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

   1) 중소기업인 경우: 100분의 25

   2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

  가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

  나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

   3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

      100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

 ② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ③～④ ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

 ①～② ⁠(생략)

 ③ 법 제10조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란 제2조제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다.

 ④ 법 제10조제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

    해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

 ⑤ 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다.

 ⑥ 제4항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

 ⑦～⑪ ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 기본통칙 10-9…2【연구·인력개발비의 연평균발생액 계산 】

  법령의 개정으로 최초로 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구및인력개발비의 합계액은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구및인력개발비를 포함하여 계산한다.

○ 조세특례제한법 기본통칙 10-9…3【분할 등이 속하는 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 계산 】

  법 제10조 제1항 각호의 규정에 의한 ¨당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비¨를 계산함에 있어서 내국법인이 분할·분할합병·사업양도 또는 현물출자(이하 ¨분할 등¨ 이라 함)를 한 후 존속하는 경우 분할·분할합병·사업양도 또는 현물출자일(이하 ¨분할일 등¨이라 함)이 속하는 사업연도 개시일부터 분할일 등의 전일까지 분할 등을 하기전 분할법인·사업양도법인 또는 현물출자법인으로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 분할 등을 한 후 분할법인·사업양도법인 또는 현물출자법인에서 발생한 것으로 본다.

출처 : 국세청 2013. 05. 27. 서면법규과-594 | 국세법령정보시스템