국세청·기재부 해석 불일치 시 가산세 감면 가능성

요지

납세의무자가 국세청의 질의회신에 따라 근로소득세 신고후 기획재정부에서 기존 국세청 질의회신과 다르게 해석하여 수정신고할 경우 가산세 감면의 정당한 사유에 해당함

회신

납세의무자가 국세청 질의회신에 따라 미국 과세당국에 현지 근로소득세를 원천납부한 후 국내 근로소득 연말정산시 외국납부세액에 대하여 공제를 받았으나, 추후 기획재정부에서 기존 국세청 질의회신과 다르게 해석하여 결과적으로 외국납부세액을 공제한 것이 소급적으로 부적법하게 된 경우에는 납세의무자에게 근로소득세 과소신고를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어「국세기본법」제48조 제1항에 따라 가산세를 감면할 수 있는 것임

1. 사실관계

 ○□□□공단(이하 “질의공단”이라 함)은 ⁠“질의공단이 한-미 조세조약상 정부기능을 수행하는 기관에 해당되지 않는다”는 우리청 해석에 따라

  -원천징수의무자로서 질의공단의 뉴욕사무소 파견 직원들의 현지 근로소득에서 소득세를 원천공제한 후 이를 미국 과세당국에 신고․납부하였으며

  -이와 더불어 파견 직원들의 한국 내 근로소득 연말정산 시 외국납부세액에 대해 공제받도록 하였음

 ○그 후 질의공단은 상기 우리청 해석에 대해 기획재정부에 재질의하여 ⁠“질의공단이 한-미 조세조약상 정부기능을 수행하는 기관에 해당한다”는 회신을 받았으며

  -이에 질의공단은 이를 기초로 뉴욕사무소 파견 직원들이 미국 과세당국에 기 납부한 근로소득에 대해 환급하여 줄 것을 신청하였고

  -그 결과 미국 과세당국에서는 개인별로 환급심사를 진행하여 환급을 해주었으며, 이를 근거로 국내 근로소득 연말정산 시 기 공제받은 외국납부세액에 대하여는 수정신고를 하고자 함

2. 질의내용

 ○납세의무자가 양도소득세를 과소신고한 것에 대한 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제48조【가산세 감면】

 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 ② ⁠(생략)

 ③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.

○ 국세기본법 시행령 제28조【가산세의 감면 등 신청】

 ①법 제48조제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.

  1.감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액

  2.해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조제1항의 경우만 해당한다)

 ②제1항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.

 ③관할 세무서장은 제1항에 따른 신청서를 제출받은 경우에는 그 승인여부를 통지하여야 한다.

 ○ 징세과-359, 2011.4.15.

   귀 질의의 경우, 내국법인의 국외사업장에 대한 외국 과세당국의 과세처분에 따라 내국법인이 외국에 납부한 세액에 대하여 경정청구를 통하여 추가로 외국납부세액공제를 받은 이후, 외국 과세당국의 과세처분에 대한 소송으로 외국법원으로부터 그 과세처분을 취소(감액)하는 판결을 받음에 따라 당초 경정청구를 통해 공제받은 외국납부세액에 대하여 수정신고 하는 경우는 ⁠「국세기본법」제48조 제1항에 의한 가산세(초과환급신고가산세 및 납부환급 불성실가산세)를 부과하지 않는 정당한 사유에 해당하는 것입니다.

 ○ 법규과-4311, 2008.10.15.

   법인이 납세지 관할세무서장 등의 경정내용을 기준으로 이와 연관되는 그 다음사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고ㆍ납부하였으나, 당초 경정 사업연도분에 대한 심판결정에 의해 당해 연관된 사업연도의 소득금액 및 과세표준과 세액을 증액하여 재경정하는 경우에는 당해 법인에게 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 없는 것이므로 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 징수하지 아니하는 것임

 ○ 서면법규과-174, 2013.2.15.

   귀 서면질의의 경우, 상속세 신고기한내에 상속재산을 ⁠「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법인 개별주택가격에 따라 평가하여 상속세 과세표준신고서를 제출한 후, 관할 자치단체가 개별주택가격을 변경함에 따라 과소신고・납부하게 된 경우는「국세기본법」제48조 제1항에 따른 가산세 감면의 정당한 사유에 해당됩니다.

 ○ 서면법규과-766, 2013.07.02

   납세자가 차액결제 선물환거래에서 발생된 손익의 귀속시기를 가치평가일이 속하는 사업연도로 보는 기획재정부 예규에 따라 수정신고 한 후, 그 귀속시기를 대금결제일이 속하는 사업연도로 보는 기존 해석과 회계기준에 따라 경정청구하였으나 거부되었고, 그 거부처분에 대하여 심판청구한 결과 그 귀속시기가 대금결제일이 속하는 사업연도로 확정되어 다시 수정신고하는 경우는 ⁠「국세기본법」제48조 제1항에 따른 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는 것임

 ○ 대법원2006두7133, 2006.08.24

   원심은, 그 채용 증거들을 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원래 비과세 대상이었던 이 사건 기술료 분배금이 원고와 ○○○ 사이의 분쟁으로 중재 절차가 진행되는 동안 1998.12.31. 대통령령 제15967호로 법인세법시행령이 개정되어 과세대상으로 변경된 상황에서 과세관청인 피고 등도 원고가 중재판정결과 일시에 수령한 이 사건 기술료 분배금의 세무처리와 관련하여서는 그것이 과세대상인지 여부와 익금으로 귀속될 년도 등에 관하여 확실한 견해를 가지지 못하였던 것으로 보이므로, 이러한 사정이라면 납세의무자인 원고가 과세대상 여부나 귀속년도 등을 정확하게 인식하지 못한 것이 무리가 아니라고 보이고, 중재절차에서 ○○○가 이 사건 기술료 분배금 지급 의무의 존부 및 범위에 관하여 다투고 있어서 원고의 예상대로 승소하리라고 단정하기 어려운 상황에서 기술료 분배금을 전혀 지급받지 못하고 있던 원고에게 법인세 110억 여원을 우선 납부할 것을 기대하기는 어려우며, 원고가 이 사건 기술료 분배금의 과세대상 여부 및 수익의 귀속년도에 관 하여 의의(疑意)가 있던 중 국세청의 질의회신의 내용에 따라 자진하여 이 사건 기술료 분배금을 2001년 귀속 법인세로 신고·납부한 점 등에 비추어 보면, 원고에게 이 사건 기술료 분배금을 1999년도 및 2000년도 귀속분 소득으로 보아 신고기한 내 그에 해당하는 법인세를 신고·납부하여야 할 의무를 게을리 하였다고 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 부과처분 중 각 가산세부과 처분은 위법하다고 판단하였다. 위의 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단은 옳은 것 으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위배 또는 심리미진으로 인한 사실오인이나 가산세 면책사유로서의 정당한 사유에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

 ○ 대전고등법원2011누1557, 2011.11.24

   토지거래허가구역 내 토지를 허가 없이 매매한 경우에 종전 대법원은 매매계약이 무효이므로 양도소득세 과세대상이 된다고 볼 수 없다는 입장이었다가 2011.7. 양도소득세 과세대상이 된다고 변경되었으므로 판례가 변경되기 전에 양도소득세를 신고·납부하는 것을 기대하기 어렵고 가산세를 부과하는 것은 가혹함

○ 대법원2011두31673, 2012.4.12.

   가산세는 과세의 적정을 꾀하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액 납부의 의무를 부과하고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 가해지는 일종의 행정상 제재이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330 판결 등 참조). 원심판결 이유에 의하면, 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 토지거래허가구역 내 토지를 매도하고 대금을 수수하였으면서도 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 토지를 제3자에게 전매하여 매매대금을 수수하고서도 최초의 매도인이 제3자에게 직접 매도한 것처럼 토지거래허가를 받아 이전등기를 마친 경우, 위 등기가 말소되지 않은 채 남아 있고 매도인 또는 중간 매도인이 수수한 매매대금을 그대로 보유하고 있는 때에 양도소득세 과세대상이 되는지 여부에 관하여 세법 해석상 견해의 대립이 있었던 점, 종래 대법원은 그러한 매매계약은 무효이므로 양도소득세의 과세대상이 된다고 볼 수 없다는 입장이었다가 대법원 2011.7.21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결로 종전 견해를 변경하여 위와 같은 예외적인 경우에는 자산의 양도로 인한 소득이 있다고 보아 양도소득세의 과세대상이 된다는 입장을 취하게 된 점, 원고는 종전 대법원 판례의 입장에 따라 이 사건 과세처분에 관하여 토지거래허가를 받지 아니하여 매매계약이 무효이므로 양도소득세 부과대상이 되지 않는다는 취지로 다투면서 2009. 12. 11. 심판청구를 제기하고, 제1심에서는 승소판결을 받기도 한 점 등의 사정에 비추어 보면, 종전 대법원 판례가 변경되기 전의 상태에서 원고가 스스로 세법 규정을 자기에게 불리하게 해석하여 양도소득세를 신고・납부하는 것을 기대하기 어렵고, 원고에게 이를 하지 않았다는 이유로 가산세를 부과한다는 것은 가혹하다는 취지에서 원고에게 이 사건 양도소득세 신고・납부의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단하였다. 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유 주장과 같은 가산세 면제의 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

출처 : 국세청 2016. 12. 22. 서면-2016-법령해석기본-5684[법령해석과-4172] | 국세법령정보시스템